Human Proteonome Folding, Phase 2, рассчет структуры белков в человеческом теле Налаштування

[Rilian]

Human Proteome Folding Project
Phase 2

Официальные результаты проекта
Активные эксперименты
Human Microbiome Project - официальный сайт

http://homepages.nyu.edu/~rb133/wcg/thread_2010_03_10.html

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Proteins are essential to living beings. Just about everything in the human body involves or is made out of proteins.

What are proteins?
Proteins are large molecules that are made of long chains of smaller molecules called amino acids. While there are only 20 different kinds of amino acids that make up all proteins, sometimes hundreds of them make up a single protein.

Adding to the complexity, proteins typically do not stay as long chains. As soon as the chain of amino acids is built, the chain folds and tangles up into a more compact and particular shape that lets it conduct specific and necessary functions within the human body.

Proteins fold because the different amino acids like to stick to each other following certain rules. Imagine that amino acids are pop-beads of 20 different colors. The pop-beads are sticky, but sticky in such a way that only certain combinations of colors can stick together. This makes the amino acid chains fold in a particular way that creates proteins that are useful to the human body. Human cells have mechanisms to help the proteins fold properly and, equally important, mechanisms to get rid of improperly folded proteins.

How do proteins relate to human genes?
The collection of all of the human genes is known as "the human genome." Depending on how the genes are counted, there are over 30,000 genes in the human genome. Each gene, which is a section of a long chain known as DNA, dictates how to build the chain of amino acids for one of the 30,000 proteins. In recent years, scientists were able to map the sequence for each human gene. This means that we now know the sequence of amino acids in all of the human proteins. Thus, the human genome is directly related to the "human proteome," the collection of all human proteins.

The protein mystery
While researchers have learned a great deal about the human proteome, the functions of most of the proteins remain a mystery. The genes do not reveal exactly how the proteins will fold into their final shape, which is critical because that determines what a protein can do and what other proteins it can connect to or interact with.

Proteins are like puzzle pieces. For example, muscle proteins connect to each other to form a muscle fiber. They join together in a specific manner because of their shape, as well as other factors relating to the shape.

Everything that goes on in cells and in the body is very specifically controlled by the shape of the proteins that do or do not let proteins interlock with other proteins. For example, the proteins of a virus or bacteria may have particular shapes that enable it to break through the cell membrane, allowing it to infect the cell.

The Human Proteome Folding Project
Знания структуры белков позволит ученым понять как белки выполняют свои биологические функции, а также как болезни блокируют белки от выполнения необходимых функций для поддержания здоровых клеток

The Human Proteome Folding Project will combine the power of millions of computers in a grid to help scientists understand how human proteins fold. The work to be done in this monumental task is shared across this grid, so that results can be achieved far sooner than would be possible with conventional supercomputers. With a greater understanding of protein structure, scientists can learn how diseases work and ultimately find cures for them.

When your grid agent is running, it is folding an amino acid chain in various ways and evaluating how well each folding follows the specific rules of how specific amino acids stick together or not. As computers try millions of ways to fold the chains, they attempt to fold the protein in the same way that it actually folds in the human body. The best shapes identified for each protein are returned to the scientists for further study.



-----

Оказывается тут тоже юзается розетта

(Show/Hide)

График проекта


Це повідомлення відредагував Rilian: Feb 4 2011, 00:23

[Rilian]

Апдейт от координаторов проекта!

Hello,
We've been stalling starting any large experiments in anticipation of our next big initiative. I've been developing more work units as necessary, folding Candidatus Desulforudis audaxviator (an interesting bacterium).

From Wikipedia:

it has survived for millions of years on chemical food sources that derive from the radioactive decay of minerals in the surrounding rock, making it one of the few organisms known that does not depend on sunlight for nourishment and the only species known to be alone in its ecosystem

The current plan, to keep you all informed, is to annotate proteins from the Human Microbiome Project. Compiling the protein sets for this data is proving to be extremely complicated. With such a huge number of sequence reads, we want to make sure we target proteins that are truly novel for the WCG. This is going to be a major undertaking and may result in some new publicity from IBM. With that in mind I don't want to give too much away, but I can assure you we will roll it out with plenty of information.

We have a huge backlog of work here at the lab preparing our manuscript, but things are looking very good. We may continue to produce work units on an "as needed" basis until we can finalize things for the microbiome project. I'll try to keep you all informed.

--
Patrick Winters
Human Proteome Folding Scientist

по русски:

Если кратко: в проекте завершились раздаваться ВЮ из фолдинга рисовых белков. Сейчас раздаются ВЮ из подпроекта Human Microbiome Project. Пока что они не могут подробнее рассказать об этом, но по всей видимости намечается новый отдельный проект WCG в этой области.

По поводу рисовых белков. Посчитано очень много информации, и сейчас они готовят "манускрипт" (статью).

В данное время считаются белки из Desulforudis audaxviator - "интересной бактерии".

Desulforudis audaxviator была обнаружена в 2002 году в пробах воды в золотодобывающей шахте Мпоненг (Mponeng) в Южной Африке недалеко от Йоханнесбурга на глубине 2,8 км[1]. Длина Desulforudis audaxviator составляет приблизительно четыре микрометра. Этот вид не нуждается в солнечном свете и получает энергию в ходе восстановительной реакции с участием сульфата (SO42-) и водорода, образующегося в результате распада радиоактивных изотопов урана, тория и калия, содержащихся в горных породах[2]. Desulforudis audaxviator не способна утилизировать кислород или хотя бы защищаться от его токсичного действия.

Бактерия была изолирована от поверхности Земли в течение нескольких миллионов лет, приспособившись к выживанию в экстремальных условиях — при температурах более 60 °C и рН 9,3[3]. Таким образом Desulforudis audaxviator является одновременно термофильным и алкалифильным микроорганизмом.

Desulforudis audaxviator является на сегодняшний день единственным видом, представляющим собой самодостаточную экосистему, способную самовоспроизводиться без всякого контакта с остальной земной биосферой. Поскольку окружающая среда на таких глубинах похожа на раннюю Землю, это дает основания строить предположения о том, какие организмы существовали до возникновения кислородной атмосферы.

Предполагают, что значительную долю своих генов Desulforudis audaxviator получила от архей (другого царства живых существ) путём горизонтального переноса.

По имеющимся оценкам, бактерии, обитающие в подобных условиях, из-за острого дефицита ресурсов должны расти и размножаться невероятно медленно. Ученые не исключают, что между двумя клеточными делениями у таких микробов могут проходить сотни и даже тысячи лет.

Вероятно, что в ходе дальнейших исследований Desulforudis audaxviator будут разрешены некоторые вопросы, относящиеся к проблеме происхождения жизни на Земле.

Кип он кранчинг!

[Rilian]

Бета тест прошел успешно, и версия 6.17 уже в строю. В ней исправлены разные ошибки при работе в win32 и особенно в серверных 64-бит версиях Windows®™

Пока ученые проекта готовят статью про текущие исследования и эксперименты,

Hi,
I just wanted to add that I've verified a few proteins run with the new executable and they look good. Also, I'll update everyone with a status update soon, but I just wanted to add that I've sent IBM more work units. We're going to fold Chlamydomonas reinhardtii in the interim before we get to the microbiome project. It's a nice little single celled alga whose metabolism is being exploited to create clean sources of hydrogen.

Here's two pics of the beta results NG590 and NG592.





--
Patrick
Human Proteome Folding Scientist

[Rilian]

I'll be happy to update our experiments table and post a status update when I get a chance. It's been a little hectic here for me. While I'm not technically leaving the lab, I'm leaving NY in a couple weeks. I have quite a backlog of re-processing to do for our publication before I leave.

A short update would be that we have plenty more work queued up. I added "Chlamydomonas reinhardtii" into the pipeline (wikipedia it for a description). It's a few months worth of work and it will give us time to set up the Human Microbiome proteins (mentioned in previous posts) which will run for a very long time.

I understand you guys want to know what's up. I'll tell you more when I have time. Suffices to say, there hasn't been any slowdown or delay with the project and we are still producing great structure predictions. Now we just need to finish this manuscript and get the whole thing publicized! We know the WCG predictions are going to be a hugely popular resource.

Patrick Winters
Human Proteome Folding Scientist

CODE

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28940_lastpage,yes#279602

[corsar83]

Чото давно тихо в этой ветке. Новостей не слышно

[Rilian]

Чото давно тихо в этой ветке. Новостей не слышно

считаем то что написано выше ... ^

[corsar83]

блин выдаёт на двух компах следующее

<message>
CreateProcess() failed - (0x5)
</message>
]]>

кис вроде настроен нормально. Может кто знает, чо нужно сделать

[Rilian]

блин выдаёт на двух компах следующее

<message>
CreateProcess() failed - (0x5)
</message>
]]>

кис вроде настроен нормально. Может кто знает, чо нужно сделать

http://boincfaq.mundayweb.com/index.php?language=1&view=448

This is caused by something blocking BOINC from starting up the science application. Always check that you allowed BOINC through your firewall and exclude both the BOINC and BOINC Data directories from actively being scanned by your anti virus and anti spyware product(s).

Put BOINC (boinc.exe and boincmgr.exe) in the trusted zone of your firewall and only scan the directory or directories by hand with your anti-virus and other anti-malware software, after you closed down or suspended BOINC.

[corsar83]

блин выдаёт на двух компах следующее

<message>
CreateProcess() failed - (0x5)
</message>
]]>

кис вроде настроен нормально. Может кто знает, чо нужно сделать

http://boincfaq.mundayweb.com/index.php?language=1&view=448

This is caused by something blocking BOINC from starting up the science application. Always check that you allowed BOINC through your firewall and exclude both the BOINC and BOINC Data directories from actively being scanned by your anti virus and anti spyware product(s).

Put BOINC (boinc.exe and boincmgr.exe) in the trusted zone of your firewall and only scan the directory or directories by hand with your anti-virus and other anti-malware software, after you closed down or suspended BOINC.

Вроде все так и сделано, но не хочет. В списке киса вобще почему-то нету исполняющих по протеоме, не в довереных, не в ограничениях. По остальным проектам есть. А можно как-то сделать, чтоб по протеоме перегрузились заново все необходимые файлы с сайта?

[EKONOMIST]

Можно перезапустить проект - есть такая кнопка в боинке, только нужно убедиться, что остальные вцг-задания досчитались

[corsar83]

Можно перезапустить проект - есть такая кнопка в боинке, только нужно убедиться, что остальные вцг-задания досчитались

Это перезапустит сразу все проекты? А статистика не обнулится?

[EKONOMIST]

Перезапустит все вцг-проекты, может разве что сброситься количество очков, которые заработал этот хост в этом проекте, общая статистика не пропадет

[Rilian]

Вроде все так и сделано, но не хочет. В списке киса вобще почему-то нету исполняющих по протеоме, не в довереных, не в ограничениях. По остальным проектам есть. А можно как-то сделать, чтоб по протеоме перегрузились заново все необходимые файлы с сайта?

зайди в папку проекта wcg в data и все exe файлы добавь в "доверенные"

"перезагрузка" проекта в этом случае бесполезна

[corsar83]

Вроде все так и сделано, но не хочет. В списке киса вобще почему-то нету исполняющих по протеоме, не в довереных, не в ограничениях. По остальным проектам есть. А можно как-то сделать, чтоб по протеоме перегрузились заново все необходимые файлы с сайта?

зайди в папку проекта wcg в data и все exe файлы добавь в "доверенные"

"перезагрузка" проекта в этом случае бесполезна

блин хоть убей всё облазил не могу найти эту папку и файлы. Куда оно его скачует в папке боинка нету. Всю XP облазил так и не нашёл.

[tiss]

блин хоть убей всё облазил не могу найти эту папку и файлы. Куда оно его скачует в папке боинка нету. Всю XP облазил так и не нашёл.

ОС какая??? Если ХРюша то где-то в папке Документс энд Сеттингс, если Всита или семерка то в папке Програм Дата

[Gelo]

блин что за фигня - задания считаются меньше минуты и выдает "Ошибка вычисления"

(Show/Hide)

27.09.2010 8:35:27 | World Community Grid | Starting nu124_00006_17

27.09.2010 8:35:27 | World Community Grid | Starting task nu124_00006_17 using hpf2 version 617

27.09.2010 8:35:27 | World Community Grid | Starting nu124_00005_6

27.09.2010 8:35:27 | World Community Grid | Starting task nu124_00005_6 using hpf2 version 617

27.09.2010 8:35:49 | World Community Grid | Computation for task nu124_00005_6 finished

27.09.2010 8:35:49 | World Community Grid | Output file nu124_00005_6_0 for task nu124_00005_6 absent

27.09.2010 8:35:49 | World Community Grid | Starting nu122_00087_12

27.09.2010 8:35:49 | World Community Grid | Starting task nu122_00087_12 using hpf2 version 617

27.09.2010 8:35:51 | World Community Grid | Computation for task nu124_00006_17 finished

27.09.2010 8:35:51 | World Community Grid | Output file nu124_00006_17_0 for task nu124_00006_17 absent

27.09.2010 8:35:51 | World Community Grid | Starting nu122_00026_8

27.09.2010 8:35:51 | World Community Grid | Starting task nu122_00026_8 using hpf2 version 617

27.09.2010 8:36:33 | World Community Grid | Computation for task nu122_00087_12 finished

27.09.2010 8:36:33 | World Community Grid | Output file nu122_00087_12_0 for task nu122_00087_12 absent

27.09.2010 8:36:39 | World Community Grid | Computation for task nu122_00026_8 finished

27.09.2010 8:36:39 | World Community Grid | Output file nu122_00026_8_0 for task nu122_00026_8 absent

то же самое и с Help Cure Muscular Dystrophy - Phase 2