Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 [intermittent], Поиска лекарств от лихорадки Денге и сопутствующих болезней
kornq
Feb 20 2010, 16:36
Пост #1


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 116
З нами з: 10-April 09
З: Киев
Користувач №: 991
Стать: Чол
Парк машин:
Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB



IPB Image (логотип не у нас!)

Поиск Лекарств от Лихорадки Денге, 2 фаза / Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2
17.02.2010

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gifО проекте

Организаторы системы распределенных вычислений World Community Grid объявили о начале проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2, в котором продолжится поиск новых лекарств от опасных заболеваний, вызываемых флавивирусами (Flaviviridae). Проект поддерживается Медицинским отделением Техасского университета (University of Texas Medical Branch, UTMB) в Галвестоне и Университетом Чикаго (University of Chicago) в Иллинойсе, США.

Проект призван обнаружить потенциальные лекарственные соединения, которые блокируют размножение в организме человека вирусов семейства Flaviviridae. К ним относятся вирусы, вызывающие такие опасные заболевания, как лихорадка Денге, желтая лихорадка, лихорадка Западного Нила, гепатит С и пр. Около 40% населения Земли проживают в регионах, где высока вероятность заразиться одним из перечисленных вирусов. Ежегодно более 1,5 млн людей лечат от лихорадки Денге. По некоторым оценкам, гепатитом С в мире заражено до 2% населения. Большой вред развивающимся странам наносят желтая лихорадка и лихорадка Западного Нила. К сожалению, эффективных препаратов для лечения этих заболеваний не существует, а паллиативная терапия обходится слишком дорого и при этом способна лишь ненамного снизить показатели летальности среди больных.

В рамках проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 ученые сделали ставку на поиск ингибиторов вирусной протеазы NS3.

QUOTE
Ингибиторами (лат. inhibere – сдерживать, останавливать) называют вещества, замедляющее или предотвращающее развитие какого-либо процесса или химической реакции.


Протеаза NS3 – фермент, играющий ключевую роль в репликации (размножении) вируса в организме человека. Последовательность аминокислот и атомная структура NS3 практически одинаковы для всех флавивирусов. К тому же строение протеазы прекрасно известно, поэтому исследователи надеются с помощью вычислительных методов найти эффективные лекарственные средства – химические соединения, блокирующие работу NS3.

Ученые из UTMB и Чикагского университета уже обнаружили вещества, замедляющие в клеточных культурах работу протеазы вирусов, вызывающих лихорадки Денге и Западного Нила. Однако необходим дополнительный поиск перспективных лекарственных средств, к которым флавивирусы имеют минимальную резистентность. В этом вопросе ученые активно сотрудничают с сообществом World Community Grid, многотысячная армия участников которого предоставляет вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения научных исследований.

В августе 2009 года закончилась первая фаза проекта. Вычисления производились с помощью специализированной программы для молекулярного докинга – AutoDock, разработанной доктором Олсоном (Olson) и его сотрудниками из Научно-исследовательского института Скриппса).

QUOTE
Молекулярный докинг (стыковка) – метод компьютерного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой, в т.ч. для комплексов низкомолекулярных соединений и активных центров белковых молекул.


В ходе вычислений было произведено моделирование взаимодействия с протеазой NS3 около 3 млн потенциально эффективных малых молекул, из которых было отобрано несколько тысяч самых перспективных.

К сожалению, чаще всего до 90-95% соединений, отобранных на первом этапе виртуального (”in silico”) скрининга веществ-кандидатов, оказываются бесполезными при лабораторных исследованиях. Поэтому до начала тестирования in vitro необходимо выбрать из найденных молекул наиболее эффективные. Для этого и предназначена вторая фаза проекта. (Впрочем, в UTMB уже приступили к «пробирочным» испытаниям некоторых из найденных веществ, показавших высокую активность в биохимических тестах.)

В ходе работы Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 планируется отсеять ложноположительные соединения, найденные в первой фазе проекта, с помощью еще одной программы для молекулярного докинга – CHARMM, разработанной Мартином Карплюсом (Martin Karplus) и его сотрудниками в Гарварде. По итогам вычислений будут отобраны молекулы, показывающие наибольшее сродство с протеазой флавивирусов. Именно по результатам второй фазы проекта в лабораторию UTMB попадут химические соединения, которым суждено со временем стать новыми лекарствами от смертельно опасных лихорадок.

Для контроля качества вычисленій будут проведены исследования на таких целях:
The naming conventions for our quality control systems are:
ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders
ts02 = trypsin and its known binders/non-binders
ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders
ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders
ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders
ts06 = lysozyme and a small set of known binders/non-binders - Mar 22, 2010
(this is a control set to compare with some supercomputer runs)

Плюс еще будет 18 "реальных" целей проекта

Как получить больше рассчетных заданий

В проекте редко бывают задания и необходимо набирать их в кэш БОИНКа. как это сделать:

1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles

2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."

3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост.

4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней.

Удачного улова и рассчетов smile.gif

Карта распространения болезней
IPB Image

Информация
В проекте надо посчитать 22,108,000 заданий (кворум 2), что примерно равно 6,500 процессорных лет!

График проекта
IPB Image

Скриншот проекта
IPB Image

Полезные ссылки
* Распределенные вычисления: поиск лекарств от лихорадки и гепатита

Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 12 2011, 17:36
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
6 Сторінки V  1 2 3 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(1 - 14)
Arbalet
Feb 23 2010, 23:21
Пост #2


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



(kornq @ Feb 20 2010, 16:36) *

Запустили(в 17.02.10.) продолжение Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us...o?articleId=121

Кому интересно, перевел с англ. о второй фазе проекта - многабукф. smile.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Feb 24 2010, 01:27
Пост #3


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



спасибо за букфы, очень интересно: теперь расчеты могут дать (если повезет) конкретное лекарство. В принципе.
Т.е. 1 фаза - обширная и предварительная.
2-я - теоретически, уже в скором времени может дать материал для практических экспериментов.
Да уж, по идее, количество должно переходить в качество. Хватит ли количества (фаза1) в этом случае??? /риторический вопрос, но очень хотелось бы.../
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Feb 24 2010, 10:08
Пост #4


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 744
З нами з: 27-September 03
З: Бровари
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою



фаза2 требует 1 гиг оперативы на каждое задание?
к сожалению с таким требованием, не смогу считать... sad.gif


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
kornq
Feb 24 2010, 23:53
Пост #5


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 116
З нами з: 10-April 09
З: Киев
Користувач №: 991
Стать: Чол
Парк машин:
Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB



Arbalet
Спасибо за перевод.
А нащёт 1 гига оперативы на WU они загнули.


--------------------
Медали в WCG -
(Show/Hide)

 

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Feb 25 2010, 11:53
Пост #6


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Rilian, если будешь использовать перевод, то бери сразу вот этот вариант, отредактированный профессиональным биологом: http://www.vechnayamolodost.ru/pages/drugi...vychpo50c5.html


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Feb 25 2010, 19:33
Пост #7


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



да, только в сокращении млн. ставится точка, и если Олсон - женщина, то написано правильно, но если мужчина, то будет с окончанием, т.е. склоняется smile.gif и слово "сотрудники" также нужно согласовать в падеже. Типа, вот.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Feb 25 2010, 20:00
Пост #8


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



(Sergyg @ Feb 25 2010, 19:33) *

да, только в сокращении млн. ставится точка, и если Олсон - женщина, то написано правильно, но если мужчина, то будет с окончанием, т.е. склоняется smile.gif и слово "сотрудники" также нужно согласовать в падеже. Типа, вот.

Ценные замечания, спасибо! Только по поводу млн не соглашусь - http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%BB%D0%BD, мы же не обрезаем слово. И, кстати, на сайте Вечная Молодость есть замечательная фича Орфус, как раз для того, чтобы отправлять подобные апичаке. smile.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tiss
Feb 25 2010, 20:48
Пост #9


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 662
З нами з: 28-February 09
Користувач №: 952
Стать: Чол
Free-DC_CPID



А как задания по калорийности?


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Feb 25 2010, 21:48
Пост #10


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



Arbalet и я соглашусь, что нужно залезть в словарь русского языка и посмотреть. Просто я помню, что во всех советских книгах млн. был с точкой. Хотя у меня и амнезия. Помню, что она у меня есть smile.gif
Кстати, есть схожий вопрос, хотя мне сейчас это не нужно в практике smile.gif Как писать грн. ? Обычно пишут с точкой, но с другой стороны это не сокращение, т.е. пропущены гласные? но и не аббревиатура - точно. Скорее всего, мы все успели забыть, т.к. это вроде как такой способ сокращения слова - с пропуском гласных букв. Т.о. и млн. и грн. - один и тот же случай.
Сорри, tiss, мы тут не в твоем вопросе копаемся smile.gif
а Википедия и прочее - не авторитет. Даже МС Офис - не всегда прав.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Feb 25 2010, 22:03
Пост #11


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Sergyg, на gramota.ru утверждают, что правильно млн без точки писать, хотя и за точку в конце вас никто не будет бить ногами smile.gif, а вот грн. обычно пишут с точкой.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 25 2010, 22:58
Пост #12


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(tiss @ Feb 25 2010, 20:48) *

А как задания по калорийности?

заданий щяс нет - будут позже. сейчас считаются 1000 мега-больших ВЮ, потом результаты отправятся ученым, и потом они создадут новые пачки маленьких ВЮ для всех.


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 7 2010, 01:33
Пост #13


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



The following information should help to decipher some of the additional workunits that we will soon distribute.

We need to perform several quality control calculations during this phase of “Discovering Dengue Drugs-Together”. These calculations are in addition to our free energy drug discovery calculations against proteases from dengue, West Nile, and hepatitis C viruses. Large numbers of control calculations are necessary to accurately benchmark the novel and unprecedented free energy calculations used in this project. Unfortunately, these quality control calculations are too time-consuming to execute using off-grid supercomputer resources, and thus must be run on World Community Grid.

For the control calculations, we will dock well-characterized proteins against small molecule libraries that contain a few dozen known binders and a few thousand non-binders. These proteins are part of the stringent benchmarking and validation database known as the Directory of Useful Decoys (www.dud.docking.org).

The naming conventions for our quality control systems are:
ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders
ts02 = trypsin and its known binders/non-binders
ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders
ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders
ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders

Again, we thank you for helping us discover dengue drugs together.

All my best,
Stan Watowich
Influenza Antiviral Drug Search and Discovering Dengue Drugs - Together Scientist


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 7 2010, 01:51
Пост #14


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



обновил шапку


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 8 2010, 18:02
Пост #15


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Texas Advanced Computing Center, IBM and World Community Grid celebrate research milestones winner.gif

IPB Image
Child with dengue fever (Bairo Pite Clinic, Timor-Leste), by Robin Taudevin

Texas Advanced Computing Center (TACC) and World Community Grid have played a key role in helping Dr. Stan Watowich, from The University of Texas Medical Branch, complete Phase 1 of his research project to discover chemical compounds that can be effective against Dengue Fever.

World Community Grid members have contributed more than 320,000 years swoon.gif of volunteer computing time to solve pressing scientific problems. The Texas Advanced Computing Center (TACC) has supported World Community Grid both as a resource provider and as an active collaborator on several of the research projects. TACC and World Community Grid helped Dr. Stan Watowich, the Principal Investigator for the "Discovering Dengue Drugs – Together" project, complete Phase 1 of his research project. Phase 2 is now underway.

IPB Image
worthy.gif Dr. Stan Watowich

Более подробно - в пресс-релизе на сайте университета

http://www.tacc.utexas.edu/news/feature-st...ice-to-society/



--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

6 Сторінки V  1 2 3 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 18:11

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.