Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Rosetta@home, проектирование новых белков
Dimych
May 29 2007, 12:12
Пост #1


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 2
З нами з: 29-May 07
Користувач №: 522
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст
CODE
<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

IPB Image



Марка по теме проекта:

IPB Image

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
18 Сторінки V < 1 2 3 4 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Vladus
Jun 19 2007, 01:36
Пост #16


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 11
З нами з: 18-June 07
З: Донецк
Користувач №: 530
Стать: Чол
Парк машин:
15



(uNiUs @ Jun 18 2007, 11:25 PM) *

А еще было бы неплохо не только объединить украинские команды, но и попросить присоединиться тех, кто еще ни в одной команде не состоит. Таких тоже много


А также существуют.... непатриотичные wink.gif юзеры, как, например, (_KoDAk_):
второе место среди украинцев,
но считает за команду "TSC! Russia".
Товарисч довольно активно пишет на форуме
Погуглить действительно иногда полезно:
Профиль 1
Профиль 2
Ну а здесь вообще его мыло есть.
А здесь в последнем его посте есть другое мыло и даже телефон.

Похоже, что это все один человек....

И еще раз призываю помочь команде Ukraine, бо давно уже ближайшими перед нами в рейтинге находятся команды "IBM" и.... "Gay USA". censoree.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Oleg82
Jun 19 2007, 05:13
Пост #17


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 321
З нами з: 26-October 06
Користувач №: 308
Стать: Чол
Парк машин:
Quad Q6600 2.4GHz/3Gb



а чувак и недогадывается что гдето на него папочку завели похлеще интерпола fear.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Jun 19 2007, 09:13
Пост #18


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID




А также существуют.... непатриотичные wink.gif юзеры, как, например, (_KoDAk_):
второе место среди украинцев,
но считает за команду "TSC! Russia".
Товарисч довольно активно пишет на форуме
Погуглить действительно иногда полезно:
Профиль 1
Профиль 2
Ну а здесь вообще его мыло есть.
А здесь в последнем его посте есть другое мыло и даже телефон.

Похоже, что это все один человек....

И еще раз призываю помочь команде Ukraine, бо давно уже ближайшими перед нами в рейтинге находятся команды "IBM" и.... "Gay USA". censoree.gif


Браво! Целое досье завел!
Жаль только, что он не хочет бросать TSC! Russia. Я с ним уже беседовал по этому поводу по аське еще где-то месяца три назад. А так помощь была бы очень даже кстати... А действительно за Украину обидно. (Особенно глядя на "Gay USA" huh1.gif )
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vladus
Jun 19 2007, 09:36
Пост #19


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 11
З нами з: 18-June 07
З: Донецк
Користувач №: 530
Стать: Чол
Парк машин:
15



(Oleg82 @ Jun 19 2007, 06:13 AM) *

а чувак и недогадывается что гдето на нето папочку завели похлеще интерпола fear.gif


Дык, вся информация открытая, в свободном инетном доступе. wink.gif

(uNiUs @ Jun 19 2007, 10:13 AM) *

Жаль только, что он не хочет бросать TSC! Russia. Я с ним уже беседовал по этому поводу по аське еще где-то месяца три назад. А так помощь была бы очень даже кстати...


Да, жаль.... Но есть еще несознательные/непроинформированные считающие. Хотя, подобное "досье" можно собрать только на активно пишущих в инете...


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 22 2007, 08:07
Пост #20


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Что означают красные точки на графике?
http://i19.tinypic.com/6cs0ope.png

Минимальные состояния с предыдущих моделей ?
(За 24 часа предсказаний мой клиент успевает рассмотреть около 120 моделей)


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Jun 22 2007, 14:20
Пост #21


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID



(Rilian @ Jun 22 2007, 09:07 AM) *

Что означают красные точки на графике?
http://i19.tinypic.com/6cs0ope.png

Минимальные состояния с предыдущих моделей ?
(За 24 часа предсказаний мой клиент успевает рассмотреть около 120 моделей)


Это цитата из официального FAQ по розетте:
Последнее поле, в правом нижнем углу, составляет график энергии и RMSD каждого принятого перемещения. Они - тот же самый вид графиков, который показан на странице лучших предсказаний. Но в отличие от этого, Вы видите их для каждого *принятого* перемещения в течение траектории. Графики на странице лучших предсказаний составлены только из сворачиваний с низкой энергией от каждой траектории.

Думаю, красными точками обозначены действительно минимальные состояния энергии. Хотя у меня таковых нет - только зеленые. Может, красными обозначены только наиболее удачные с точки зрения Розетты?

P.S: На моем древнем домашнем AthlonXP за 24 часа считается около 75 моделей. Хотя это еще зависит от количества шагов(step) обсчета, так что ориентироваться на эту величину как на показатель производительности не стоит.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 22 2007, 14:35
Пост #22


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



у меня почти всегда когда я смотрю на графическое представление при подсчете Розетты, видны по несколько красных точек.

Допустим это минимальные значения. Надо только понять, это мин значения среди рассмотренных в данной ВЮ моделей, или среди всех ? Я спрашиваю, потому что иногда у меня зеленые точки "заходят" под красные, то есть находится меньшая энергия


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Jun 22 2007, 14:50
Пост #23


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Сложно сказать. Попробуй посмотреть, не меняются ли расположение красных точек при переходе на следующую модель обсчета - и тогда все станет ясно. А вообще, теоретически, чем ниже и левее находится конкретная точка, тем лучше.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 22 2007, 15:09
Пост #24


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Вот пример, когда красные точки "выше" зеленых:

http://i16.tinypic.com/52c7jfr.png


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 27 2007, 18:01
Пост #25


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Вышла новая версия клиента 5.70beta, которую мой БОИНК менеджер успешно скачал (2.85МБ) и установил


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 28 2007, 11:09
Пост #26


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



uNiUs, ты можешь объединить украинские команды?

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_loo...r&search=Search

при просмотре команд есть кнопка Initiate transfer


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Jun 29 2007, 09:33
Пост #27


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID



(Rilian @ Jun 28 2007, 12:09 PM) *

uNiUs, ты можешь объединить украинские команды?

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_loo...r&search=Search

при просмотре команд есть кнопка Initiate transfer


У тебя во всех командах активна эта функция? blink.gif
У меня везде активно только Join this team. А Initiate transfer - это смена капитана команды, а не объединение команд. Наскалько мне известно, команды нельзя объединять, даже если являешься капитаном обоих.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 29 2007, 09:42
Пост #28


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



По ходу трансфер внутри команды возможен только если ты не капитан, а участник команды.

Но капитан может отсылать емейл всем участником. Поэтому надо сделать N ников, вступить во все маленькие команды и связаться с капитанами


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Jul 2 2007, 23:03
Пост #29


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID



(Rilian @ Jun 29 2007, 10:42 AM) *

По ходу трансфер внутри команды возможен только если ты не капитан, а участник команды.

Но капитан может отсылать емейл всем участником. Поэтому надо сделать N ников, вступить во все маленькие команды и связаться с капитанами


Каким образом связаться с капитанами? Через трансфер? Очень оригинальный способ. Только написать таким образом ничего нельзя - можно только послать запрос на его мыло, которое так и останется неизвестным. Нет никаких гарантий, что трансфер молча будет отклонен без всяких вопросов.
Вообще не думаю, что над этим стоит ломать голову. Из всех перечиленных тобой команд хоть что-то представляет собой только BOINC@Ukraine, и то там сейчас активность близка к нулю.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Aug 7 2007, 23:51
Пост #30


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Это по поводу использования результатов Розетты проектом WCG (Хотя это итак известно smile.gif )
Только не совсем понятно насчет версии. В Розетте сейчас 5.68-5.73. А WCG использует 5.18.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

18 Сторінки V < 1 2 3 4 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 18:44

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.