Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Simap, создаем базу данных сходств протеинов
Waldhausen
Mar 3 2006, 17:54
Пост #1


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 5
З нами з: 3-March 06
Користувач №: 188
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:
(Show/Hide)

IPB Image


02.02.2009
CODE
Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603


2.03.2009
CODE
140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE
http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
24 Сторінки V « < 22 23 24  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(345 - 354)
Rilian
Dec 8 2014, 12:03
Пост #346


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Final workunits for SIMAP: about 5 days remaining
The last workunits for SIMAP are currently distributed. We assume about 5 days of work distribution left. Beyond these, there will be no more work in this project.

Thanks to all of you for crunching protein similarities.

http://boincsimap.org/boincsimap/old_news.php


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
Dec 8 2014, 15:04
Пост #347


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 352
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



Отаке, навіть змагання (на 2 тижні) не добіжить до кінця з такими новинами.


--------------------
(Show/Hide)




Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Dec 8 2014, 15:40
Пост #348


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 343
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
і7 4790, 16Gb озу, GTX 1060 3Gb, Ubuntu 16.04 64bit (linux 4.8) Athlon II X3(4 core) 450, 8Gb, Radeon R9 280X, Ubuntu 14.04 64bit (linux 3.13)



(Vzik @ Dec 8 2014, 15:04) *

Отаке, навіть змагання (на 2 тижні) не добіжить до кінця з такими новинами.


Електроенергію зекономимо sarcastic.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
Dec 10 2014, 23:23
Пост #349


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 352
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



Схоже 17 грудня це край змагань. Дораховую ще 2 години на серверах і більше не йдуть завдання.


--------------------
(Show/Hide)




Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Dec 11 2014, 10:42
Пост #350


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 440
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Vzik @ Dec 10 2014, 23:23) *

Схоже 17 грудня це край змагань. Дораховую ще 2 години на серверах і більше не йдуть завдання.


Завдання йтимуть ще близько доби! Я в будь-якому випадку до кінця. Для мене це пріоритетний проект, про який невдовзі будемо говорити в минулому часі..


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Dec 12 2014, 17:17
Пост #351


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Project status: no work
Project is closing. No more work to be calculated.

http://boincsimap.org/boincsimap/

ey.gif prapor.gif ffuuuuu.png shuffle.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Dec 12 2014, 22:30
Пост #352


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 440
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Rilian @ Dec 12 2014, 17:17) *

Project status: no work
Project is closing. No more work to be calculated.

http://boincsimap.org/boincsimap/

ey.gif prapor.gif ffuuuuu.png shuffle.gif


Усім дякую! Це був чудовий проект!..


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
Dec 13 2014, 20:51
Пост #353


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 352
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



Так, проект був корисний.
Проте надходять залишки (з кінцевим терміном 15.12) кимось недораховані. Можливо все.
Вражаючі бали у лідерів змагань: або обладнання сучасне, або кількість учасників в команді велика.


--------------------
(Show/Hide)




Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Dec 13 2014, 21:48
Пост #354


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 343
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
і7 4790, 16Gb озу, GTX 1060 3Gb, Ubuntu 16.04 64bit (linux 4.8) Athlon II X3(4 core) 450, 8Gb, Radeon R9 280X, Ubuntu 14.04 64bit (linux 3.13)



(Vzik @ Dec 13 2014, 20:51) *

Так, проект був корисний.
Проте надходять залишки (з кінцевим терміном 15.12) кимось недораховані. Можливо все.
Вражаючі бали у лідерів змагань: або обладнання сучасне, або кількість учасників в команді велика.


Деякі лідери не приховують своїх систем, у zombie67 з SETI.USA 75 систем з оптеронами та і7, займає 3-тю позицію.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Yura12
Dec 20 2014, 16:34
Пост #355


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 8
З нами з: 13-February 13
З: Петрозаводск
Користувач №: 3 169
Стать: Чол



Вот и завершился самый знаменитый забег по SIMAP.
Сейчас в проекте осталось досчитать менее 1500 заданий.
Если бы не это долгое, 14 дневное соревнование, то точно не успели бы тогда досчитать проект SIMAP до начала 2015 года.
А так ровно к сроку можно считать успели.
Вот так завершается один из самых старых и популярных проектов.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

24 Сторінки V « < 22 23 24
Reply to this topicStart new topic
2 Користувачів переглядають дану тему (2 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 20th October 2017 - 08:48

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.