Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Waldhausen |
Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол |
Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap http://distributed.ru/wiki/pro:simap |
Death |
Jun 7 2014, 19:22
Пост
#331
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 429 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake 17 Nordlichter 40,636,491 29 73 54,147.66 15 boinc.at 47,151,683 28 73 142,689.78 11 Ars Technica 65,412,406 38 63 452,833.19 14 BOINC Synergy 53,478,891 94 8 2,044,222.19 -------------------- |
Vzik |
Jun 15 2014, 22:49
Пост
#332
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 388 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
3200 не вистачило навздогнати BOINC@Poland. Але все одно, ми молодці!
-------------------- |
Rilian |
Oct 19 2014, 13:07
Пост
#333
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php
приготовлена пачка заданий Oct 2014. Размер 100,000,000 TFPOPS, то есть примерно ее хватит на 100 дней судя по тому что СИМАП BOINC хотели закрить в конце 2014го, то єто последние задания проекта спешите посчитать их и внести свой вклад в биоинформатику -------------------- |
Rilian |
Oct 28 2014, 13:14
Пост
#334
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
До конца проекта 45 дней http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php
-------------------- |
Death |
Oct 29 2014, 01:19
Пост
#335
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 429 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
чекпоинт
Opportunities Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake 17 Nordlichter 43,198,765 5,249 44,701 32.96 15 boinc.at 48,356,791 10,019 39,931 166.07 16 Team Norway 45,899,870 42,377 7,574 551.18 12 Ars Technica 67,033,946 20,069 29,882 846.96 14 BOINC Synergy 57,239,064 35,128 14,823 1,046.62 8 Rechenkraft.net 94,778,058 45,878 4,073 13,026.53 9 9 TSC! Russia 276,012 94,102 340,827 320,876 325,581 2,221,359 9,258,749 339,759 4 92,266,171 10 10 BOINC@Poland 64,445 20,262 102,677 103,934 89,717 613,121 2,630,365 98,143 8 83,473,273 11 11 Czech National Team 54,996 19,751 70,197 72,874 73,096 492,898 2,182,316 76,875 11 80,537,483 12 12 Ars Technica 19,515 5,883 22,516 19,630 20,069 148,142 388,938 16,673 33 67,033,946 13 13 BOINC.Italy 76,335 26,611 104,286 97,715 63,997 476,750 1,927,024 73,394 12 59,624,164 14 14 BOINC Synergy 28,485 8,900 38,911 32,242 35,128 233,909 989,954 35,086 23 57,239,064 15 15 boinc.at 9,286 2,622 12,714 12,152 10,019 70,854 270,803 10,215 49 48,356,791 16 16 Team Norway 29,721 11,426 51,589 38,105 42,377 280,181 1,180,539 41,612 19 45,899,870 17 17 Nordlichter 8,025 1,830 9,065 9,259 5,249 39,106 585,463 14,309 39 43,198,765 18 18 Ukraine 36,941 12,838 45,007 50,258 49,950 330,293 1,363,271 50,050 15 41,725,321 19 19 University of Illinois at Urbana-Champaign 19 0 0 42 14 118 250 14 507 41,254,202 надо попедалить ) -------------------- |
re_SET |
Oct 29 2014, 09:32
Пост
#336
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 465 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
***** надо попедалить ) Поддерживаю! Я втопил сколько мог! Больше просто нечем ((! -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Rilian |
Nov 4 2014, 10:21
Пост
#337
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Rilian |
Nov 10 2014, 13:53
Пост
#338
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Rilian |
Nov 16 2014, 17:14
Пост
#339
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Yura12 |
Nov 23 2014, 15:24
Пост
#340
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 8 З нами з: 13-February 13 З: Петрозаводск Користувач №: 3 169 Стать: Чол |
Уже осталось чуть больше месяца, пока можно поддержать медико-биологический проект распределённых вычислений SIMAP. С 2015 года он будет недоступен для счёта через BOINC всем пользователям (а будет считаться только внутри института у организаторов проекта). Поэтому сейчас – самое важное сейчас – это активно поддержать проект, чтобы успеть как можно больше просчитать, продвинуть проект и исследования. Остальные проекты подождут, их мы и в 2015 году успеем просчитать, а SIMAP уже нет. Так что присоединяйтесь к проекту SIMAP, переводите на него как можно больше мощностей. Заключительное соревнование по SIMAP http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/586 |
Rilian |
Nov 27 2014, 19:39
Пост
#341
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
SIMAP - Similarity Matrix of Proteins is temporarily shut down for maintenance. Please try again later.
-------------------- |
Rilian |
Dec 4 2014, 00:50
Пост
#342
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
странно но
Project status: preparing new work Scheduled start: Wed, Dec 10 (06:00:00) -------------------- |
dimus8210 |
Dec 5 2014, 13:23
Пост
#343
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 708 З нами з: 24-November 13 З: Київ Користувач №: 3 348 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04 |
Панове хто-небудь готується-хом’ячить до SIMAP final challenge?
-------------------- Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
|
Vzik |
Dec 5 2014, 14:41
Пост
#344
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 388 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
Панове хто-небудь готується-хом’ячить до SIMAP final challenge? -------------------- |
Vzik |
Dec 8 2014, 11:24
Пост
#345
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 388 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
Здається, на що здатна наша команда, то це приблизно 3000 балів в час, як доречі і у BOINC@Poland (Link).
Мабудь не популярний проект, до того ж який закривають... -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 19th April 2024 - 05:17 |