Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Folding@home: помоги победить коронавирус
Arbalet
Mar 11 2020, 19:03
Пост #1


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Компания Folding@home объединяет исследователей по всему миру, которые работают над тем, чтобы лучше изучить коронавирус 2019-nCoV и ускорить научные усилия по разработке новых методов спасения людей. Установив предлагаемое программное обеспечение, каждый человек может пожертвовать неиспользованные вычислительные ресурсы своего компьютера консорциуму Folding@home, исследователи которого работают над улучшением понимания структур потенциальных мишеней для лекарств против 2019-nCoV, и помочь в разработке новых методов лечения.



Данные, которые пользователи таким образом помогут генерировать, будут быстро и открыто распространяться в рамках открытого научного сотрудничества нескольких лабораторий по всему миру, предоставляя исследователям новые инструменты для разработки жизненно важных лекарств.

2019-nCoV является близким родственником коронавируса SARS (SARS-CoV) и действует аналогичным образом. Для обоих коронавирусов первый этап заражения происходит в легких, когда белок на поверхности вируса связывается с белком-рецептором на клетке легкого. Этот вирусный белок называется шипом (отмечен красным цветом на изображении ниже), а рецептор – ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2).


Иллюстрация, созданная Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), показывает ультраструктурную морфологию коронавируса. Обратите внимание на шипы, расположенные на внешней поверхности вируса, которые придают ей вид короны, окружающей вирион.

Терапевтическое антитело представляет собой белок, который может блокировать связывание вирусного белка с рецептором и предотвратить заражение вирусом клетки легкого. Терапевтическое антитело уже было разработано для SARS-CoV, но для создания терапевтических антител или малых молекул против 2019-nCoV ученые должны лучше понять структуру белка вирусного шипа и механизм его связывания с рецептором ACE2, необходимым для проникновения вируса в клетки человека.

Белки все время движутся – они раскачиваются, складываются и разворачиваются, принимая различные формы. Поэтому необходимо изучить не одну форму вирусного шипа, а все возможные варианты с учетом колебания белка и складывания в альтернативные формы. Это позволит лучше понять, как шип взаимодействует с рецептором ACE2, и подобрать терапевтическое антитело. Уже существуют структуры вирусного шипа SARS-CoV, но они с низким разрешением, а формы шипа различаются у SARS-CoV и 2019-nCoV. У нас есть возможность оказать помощь в моделировании структуры белка-шипа 2019-nCoV и идентифицировать участки, на которые может быть нацелено терапевтическое антитело. Для этого нужно построить математические модели, но они требуют достаточной вычислительной мощности.

Каждый желающий может поучаствовать в работе, установив программу Folding@home и выбрав вкладку «Any Disease» (любое заболевание) – разработчики пока не сделали опцию для направления ресурсов конкретно на коронавирус, но обещают оповестить, когда реализуют эту функцию. Один белок 2019-nCoV, протеаза, кодируемая вирусной РНК, уже кристаллизован. И хотя интересующий белок-шип 2019-nCoV еще не расшифрован, можно использовать гомологичную структуру шипа SARS-CoV для идентификации мишеней терапевтических антител.

Аминат Аджиева, портал «Вечная молодость» <a href="http://vechnayamolodost.ru" target="_blank">http://vechnayamolodost.ru</a> по материалам FOLDING@HOME: FOLDING@HOME Takes Up The Fight Againist COVID-19/2019-NCOV.

koc.gif

Немножечко полезного FAQ от Cullorblind, чтобы повысить отдачу от железа:
Вижу в теме GTX 1070 на скринах , но с очень низким PPD как для GTX 1070, у которого PPD должен быть от 600к до 800к в зависимости от частоты чипа и задания.
Как будто не введён passkey, а если не введён - тогда не начисляется Quick Return Bonus, с которым PPD в зависимости от мощности железа и задания в 2-10 раз выше чем без passkey.

Поэтому, чтобы не профукивать PPD - и свой и команды - просьба в standalone-клиенте жамкнуть Configure, потом на вкладке Identity - на соответствующую ссылку для получения passkey на мыло, а потом из почты нужно скопипастить passkey в клиент в поля passkey и reenter.
Для новичков считающих с 0 заданий - после получения passkey и 10 посчитанных заданий PPD существенно вырастет, см. скрины.

Как установить небраузерный standalone-клиент:
https://forums.overclockers.ru/viewtopic.php?f=21&t=395883
https://foldingathome.org/support/faq/insta...guides/windows/



Последние дней 10 - сильная напряжёнка с генерацией новых заданий в связи с огромным наплывом и новых участников и переключением нескольких кластеров из майнинга, железо может простаивать до часа в попытках дождаться у серваков своей очереди на скачивание заданий.

Современные GPU имеют больше терафлопс и всегда приносят больший PPD на ватт по сравнению с CPU, условно 100 ватт на ничзкочастотном AMD 8 ядернике это 100к PPD, 100 ватт на GTX 1060 - это 500к PPD c passkey.
Поэтому оптимальные по энергоэффективности конфиги - срендне-малоядерный процессор от 3 ГГц и GPU на какой есть деньги, желательно Nvidia; AMD 5700 XТ считает только последнее 22 ядро, на Vega10 считает и 21 и 22 ядро, но на них чаще бывают ошибки с последними COVID-19 related проектами


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
3 Сторінки V  1 2 3 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(1 - 14)
Arbalet
Mar 11 2020, 19:29
Пост #2


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Эх, тряхнем стариной smile.gif

Приєднане зображення


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Mar 14 2020, 10:55
Пост #3


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Начали раздавать задания в рамках коронавирусного проекта! help.gif

Приєднане зображення

Проект 11752

КОРОНАВИРУСНЫЙ ПРОЕКТ

Домен связывания рецептора коронавируса SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) в комплексе с человеческим рецептором ACE2 (структура, альтернативная 11741)

Дальнейшее описание появится вскоре после того, как мы справимся с нагрузкой по выпуску этих проектов, спасибо за ваше терпение!

Этот проект находится в ведении Мемориального онкологического центра Sloan Kettering.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
astronom2003
Mar 15 2020, 21:18
Пост #4


Капитан Ukraine-Sarny
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 493
З нами з: 18-November 07
З: город Сарны,Ривненская обл.
Користувач №: 651
Стать: Чол
Парк машин:
Куча всякого разного железа...



Arbalet, де стільки пропадав?


--------------------
www.orion-astro.narod.ru - сайт команды Ukraine-Sarny.

Наш девиз : ***PER ASPERA AD ASTRA*** !!!



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vadimus
Mar 15 2020, 22:12
Пост #5


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 4
З нами з: 4-September 07
Користувач №: 575
Стать: Чол
Парк машин:
Core 2 Duo E6750 2.66@3.2 Athlon XP 2500+ 1.68@1.86



После 10 лет перерыва снова здрасьте.

Я за это время почти всё забыл. Но смог вспомнить команду и свой логин. Я даже сейчас по статистике вхожу в 200 лучших в команде )

После такого перерыва прошу помочь советом. Есть где-то инструкция по актуальному клиенту для Windows? Он у меня не сразу захотел работать, полчаса простаивал, теперь завёлся. Но не полностью. Я выделил 3 ядра, фактически работает только 1. Как включить вычисления на GPU NVIDIA, пока совсем не разобрался. Подскажите, плиз.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ale4316
Mar 16 2020, 00:14
Пост #6


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 221
З нами з: 30-September 15
З: Ромни
Користувач №: 3 554
Стать: Чол
Парк машин:
AMD 486 dx4 100



Для GPU просчета нужно Geforce не ниже 660 серии. А ядро и у меня грузит одно, из выделенных 3.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Mar 16 2020, 00:49
Пост #7


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Vadimus, у меня тоже не постоянно грузит GPU, там, видимо, от наличия заданий на серверах зависит. А вот все ядра ЦПУ пригружает исправно, но только зачастую не проектами по коронавирусу. Возможно, задания по коронавирусу разбирают с устрашающей скоростью. smile.gif Самому интересно, как можно (и можно ли) настроить клиент на прием только коронавирусных заданий.

astronom2003, интерес к РВ снизился до минимума, особенно, когда когда вломили за электричество конские тарифы. Посчитывал себе легонько новые проекты в WCG для сбора ачивок. Но недавно обратил внимание на SETI@home, после прочтения новостей об их программе исследования галактических сигналов от астрофизических объектов. И опять облом - SETI прикрывают... Ну и тут коронавирус и в высшей степени своевременная реакция Стэнфорда по его исследованию в Folding@home. Не ожидал, что у них там все по прежнему весьма бодренько! Лучший способ вернуться в РВ smile.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vadimus
Mar 16 2020, 09:12
Пост #8


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 4
З нами з: 4-September 07
Користувач №: 575
Стать: Чол
Парк машин:
Core 2 Duo E6750 2.66@3.2 Athlon XP 2500+ 1.68@1.86



(ale4316 @ Mar 16 2020, 01:14) *

Для GPU просчета нужно Geforce не ниже 660 серии. А ядро и у меня грузит одно, из выделенных 3.

У меня 1660 Ti.

Це повідомлення відредагував Vadimus: Mar 16 2020, 10:29
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ale4316
Mar 16 2020, 09:30
Пост #9


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 221
З нами з: 30-September 15
З: Ромни
Користувач №: 3 554
Стать: Чол
Парк машин:
AMD 486 dx4 100



Розета тоже начала давать задания короновируса, но и как фолдинг, выбрать чисто их , нет возможности.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Mar 19 2020, 02:43
Пост #10


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 442
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



Знов з вами. Підключився, але у F@H все глючить: від веб-контрола до статистики facepalm.gif .. Якось навіть не цікаво mad.gif


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ale4316
Mar 19 2020, 09:30
Пост #11


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 221
З нами з: 30-September 15
З: Ромни
Користувач №: 3 554
Стать: Чол
Парк машин:
AMD 486 dx4 100



Буду считать лишь конкретный проект вируса, а то это похоже на : копайте от сюда и туда, а я схожу узнаю где надо точно.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
SpellChecker
Mar 19 2020, 10:16
Пост #12


кодю
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 224
З нами з: 23-February 08
Користувач №: 712
Стать: Чол
Парк машин:
1 x 4 core



присоединился
(Show/Hide)





--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Mar 19 2020, 12:47
Пост #13


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Вчера считал целый день задание на ЦПУ, не связанное с ковид-19. На ГПУ вообще ничего не давали, поэтому считал SETI на видекарте. Но сегодня пригрузили коронавирусом и ЦПУ, и ГПУ. Может быть задания нарезали в достаточно количестве, а то наверняка желающих участвовать сейчас возросло многократно


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ArsenEverlast
Mar 20 2020, 20:44
Пост #14


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 147
З нами з: 8-February 14
З: Lviv
Користувач №: 3 385
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Dell Inspiron 7720 (i7-3632QM, Radeon HD 7730M), ARTLINE Gaming X93 (i7-6700K, GeForce GTX 1080), Lenovo IdeaPad 330 (i7-8550U, GeForce MX150)



Добывающая Ethereum майнинговая компания CoreWeave выделит мощности 6000 видеокарт на исследования коронавируса.


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Mar 21 2020, 18:33
Пост #15


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



(ArsenEverlast @ Mar 20 2020, 20:44) *

И это сразу же привело к тому, что кончились вообще все задания по коронавирусу smile.gif У меня простаивает и ГПУ, и ЦПУ.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

3 Сторінки V  1 2 3 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 30th May 2020 - 23:06

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.