Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 [intermittent], Поиска лекарств от лихорадки Денге и сопутствующих болезней Налаштування

[kornq]

(логотип не у нас!)

Поиск Лекарств от Лихорадки Денге, 2 фаза / Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2
17.02.2010

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Официальный сайт
• Официальный форум
• Обзор проекта
• Новости проекта
• Команда исследователей
• Часто задаваемые вопросы (англ)
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта

О проекте

Организаторы системы распределенных вычислений World Community Grid объявили о начале проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2, в котором продолжится поиск новых лекарств от опасных заболеваний, вызываемых флавивирусами (Flaviviridae). Проект поддерживается Медицинским отделением Техасского университета (University of Texas Medical Branch, UTMB) в Галвестоне и Университетом Чикаго (University of Chicago) в Иллинойсе, США.

Проект призван обнаружить потенциальные лекарственные соединения, которые блокируют размножение в организме человека вирусов семейства Flaviviridae. К ним относятся вирусы, вызывающие такие опасные заболевания, как лихорадка Денге, желтая лихорадка, лихорадка Западного Нила, гепатит С и пр. Около 40% населения Земли проживают в регионах, где высока вероятность заразиться одним из перечисленных вирусов. Ежегодно более 1,5 млн людей лечат от лихорадки Денге. По некоторым оценкам, гепатитом С в мире заражено до 2% населения. Большой вред развивающимся странам наносят желтая лихорадка и лихорадка Западного Нила. К сожалению, эффективных препаратов для лечения этих заболеваний не существует, а паллиативная терапия обходится слишком дорого и при этом способна лишь ненамного снизить показатели летальности среди больных.

В рамках проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 ученые сделали ставку на поиск ингибиторов вирусной протеазы NS3.

Ингибиторами (лат. inhibere – сдерживать, останавливать) называют вещества, замедляющее или предотвращающее развитие какого-либо процесса или химической реакции.

Протеаза NS3 – фермент, играющий ключевую роль в репликации (размножении) вируса в организме человека. Последовательность аминокислот и атомная структура NS3 практически одинаковы для всех флавивирусов. К тому же строение протеазы прекрасно известно, поэтому исследователи надеются с помощью вычислительных методов найти эффективные лекарственные средства – химические соединения, блокирующие работу NS3.

Ученые из UTMB и Чикагского университета уже обнаружили вещества, замедляющие в клеточных культурах работу протеазы вирусов, вызывающих лихорадки Денге и Западного Нила. Однако необходим дополнительный поиск перспективных лекарственных средств, к которым флавивирусы имеют минимальную резистентность. В этом вопросе ученые активно сотрудничают с сообществом World Community Grid, многотысячная армия участников которого предоставляет вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения научных исследований.

В августе 2009 года закончилась первая фаза проекта. Вычисления производились с помощью специализированной программы для молекулярного докинга – AutoDock, разработанной доктором Олсоном (Olson) и его сотрудниками из Научно-исследовательского института Скриппса).

Молекулярный докинг (стыковка) – метод компьютерного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой, в т.ч. для комплексов низкомолекулярных соединений и активных центров белковых молекул.

В ходе вычислений было произведено моделирование взаимодействия с протеазой NS3 около 3 млн потенциально эффективных малых молекул, из которых было отобрано несколько тысяч самых перспективных.

К сожалению, чаще всего до 90-95% соединений, отобранных на первом этапе виртуального (”in silico”) скрининга веществ-кандидатов, оказываются бесполезными при лабораторных исследованиях. Поэтому до начала тестирования in vitro необходимо выбрать из найденных молекул наиболее эффективные. Для этого и предназначена вторая фаза проекта. (Впрочем, в UTMB уже приступили к «пробирочным» испытаниям некоторых из найденных веществ, показавших высокую активность в биохимических тестах.)

В ходе работы Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 планируется отсеять ложноположительные соединения, найденные в первой фазе проекта, с помощью еще одной программы для молекулярного докинга – CHARMM, разработанной Мартином Карплюсом (Martin Karplus) и его сотрудниками в Гарварде. По итогам вычислений будут отобраны молекулы, показывающие наибольшее сродство с протеазой флавивирусов. Именно по результатам второй фазы проекта в лабораторию UTMB попадут химические соединения, которым суждено со временем стать новыми лекарствами от смертельно опасных лихорадок.

Для контроля качества вычисленій будут проведены исследования на таких целях:
The naming conventions for our quality control systems are:
ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders
ts02 = trypsin and its known binders/non-binders
ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders
ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders
ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders
ts06 = lysozyme and a small set of known binders/non-binders - Mar 22, 2010
(this is a control set to compare with some supercomputer runs)

Плюс еще будет 18 "реальных" целей проекта

Как получить больше рассчетных заданий

В проекте редко бывают задания и необходимо набирать их в кэш БОИНКа. как это сделать:

1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles

2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."

3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост.

4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней.

Удачного улова и рассчетов

Карта распространения болезней


Информация
В проекте надо посчитать 22,108,000 заданий (кворум 2), что примерно равно 6,500 процессорных лет!

График проекта


Скриншот проекта


Полезные ссылки
* Распределенные вычисления: поиск лекарств от лихорадки и гепатита

Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 12 2011, 17:36

[Rilian]

DDDT-2 Work Unit distribution updated
Greetings all,

We are making a few changes to how work units are distributed to members for DDDT-2. The reason for these changes, we would like to have more members being able to participate. We have been saying that when the type C's come, more work will be available to the members. So with that thought in mind, we are going to make these changes to help get the type C work units running.

1. New type A work units will be sent to reliable hosts only with a 7 day turnaround. This means they will get scheduled first on the grid to the generally faster 24/7 machines on the grid.
2. Type B work units will be sent out with priority 1. This means they will go to all members, but will be pushed to the top of the queue when sending work units, meaning they'll get B work units if they're available over type C work units.
3. On type A work units, some error out within seconds of the work unit starting. These work units are automatically counted as complete on our end to help off load the batches quicker with less intervention on our part.
4. If a type A work unit has completely exit 29 out and there is runtime associated with it, then credit is granted to all members on that work unit. We realise these work units may have run 24 hours before failing. So members should get credit for this work. (Please note that this is starting now)

We are still working closely with the researchers in hopes to get more new work. Please be patient with us and remember, this project will have periods of no work being available (this being one of them).

Let me know if you have any questions,
-Uplinger
https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ad_thread,28648

[Arbalet]

500 тысяч участников и 320 тысяч лет процессорного времени в WCG - это очень круто!

Кстати, биологи считают, что только 200 тысяч лет назад люди обособились в отдельный биологический вид. Так давно это было. А тут у нас 320 тысяч лет - какие грандиозные цифры...

[Rilian]

Надеемся и будем надеяться что эти 320000 процессорных лет потрачены с пользой!

Из этой суммы кстати 377 лежат в копилке лучшей команды в мире - Ukraine

[Rilian]

Есть ВЮ типа "C" и их очень много. Собственно, проект вступил во вторую фазу для большинства кранчеров.

[Rilian]

И, ура!, наша команда посчитала первую ВЮ в проекте DDDT2

http://www.worldcommunitygrid.org/ms/team/viewMyTeam.do

[Arbalet]

Тысячи кранчеров ринулись добывать золотые сапфировые бейджи DDDT2

Це повідомлення відредагував Rilian: Mar 14 2010, 16:26

[Brodyaga]

На сайте объявление висит, что 26.03.10 стартует соревнование по Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2, есть несколько вопросов:
1. Мы участвуем?
2. Если участвуем, то есть ли смысл заранее переключится на данное иследование или лучше "день в день"?
3. Что за тип соревнований - "Increase in Points"? И где можно ознакомится с типами соревнований?

[tiss]

1. Мы участвуем?

Я бы предпочел смотреть сюда и выбирать нужный подпроект в зависимости от указаний рилиана.

[Rilian]

На сайте объявление висит, что 26.03.10 стартует соревнование по Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2, есть несколько вопросов:
1. Мы участвуем?
2. Если участвуем, то есть ли смысл заранее переключится на данное иследование или лучше "день в день"?
3. Что за тип соревнований - "Increase in Points"? И где можно ознакомится с типами соревнований?

Соревнований очень много, мы участвуем всегда и во всех ("вступает" в соревнование командой - капитан, то есть я). Крупные соревнования, где соревнуются интересные команды, я периодически объявляю в топике про соревнования. -- Обновил ЧяВо

А по теме: в DDDT2 за месяц нашей команде перепало 5 ВЮ. Заданий в проекте нет, и если они выдаются - то очень в маленьком количестве на самые быстрые компьютеры (те которые стабильно возвращают посчитанные ВЮ менее чем за 2 дня)

[Rilian]

Удивительно, но за ночь один из компов таки поймал DDDT2-шную жабу типа "А"

ts02_ b212_ ps0000_ 1--

Кранчиться должна несколько дней ...

[vitalidze1]

Rilian,
АГА в мене по прогнозам боінка 55-65 годин в залежності від компа.

[Rilian]

Появилась новая пачка маленьких заданий типа "C".

Любители лихорадки, налетайте

[SlavaAltus]

Отметелил одно...

[Rilian]

у меня 2 ВЮхи уже. Первая будет считаться 100 часов, вторая досчиталась за 50 минут, но ждет валидации ...

[Rilian]

Досчитал одну ВЮ типа "А" за 83 часа на 2Ghz