Версія даної теми для друку

Натисніть сюди для перегляду даної теми у оригінальному форматі

Розподілені обчислення в Україні _ Malariacontrol _ Malariacontrol.net

Автор: nikelong Jul 8 2007, 15:22



Проект "Malariacontrol.net"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19.01.2007 Капитан - Arbalet
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите http://boinc.berkeley.edu/download.php (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://www.malariacontrol.net/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее http://malariacontrol.net/team_members.php?teamid=461&sort_by=total_credit&offset=0 вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
Проект создан для определения оптимальной стратегии борьбы против эпидемии малярии в Африке.

В то время когда Вы посылаете электронное сообщение или блуждаете по сети, Ваш компьютер мог-бы помогать бороться с одним из самых тяжелых заболеваний, которое в Африке создает настоящую гуманитарную проблему, - малярией. Africa@Home, проект, который былпридуман и разработан в ЦЕРН, начал свою работу в июле (2006-го года). Пользователи домашних и офисных компьютеров по желанию предоставляют свои машини для интенсивной компьютерной симуляционной программы, которая называется malariacontrol.net, созданной исследователями Института тропиков в Швейцарии (STI).
Малярия является причиной миллионов смертей в Центральной Африке ежегодно; она так-же приводитк самой высокой сметрности среди детей младше 5-ти лет. Программа malariacontrol.net используется для моделирования процессов того, как малярия распостраняется по территории Африки. Использование тысяч компьютеров добровольцев поможет ученым лучше понять проблему и совершенствовать лечение с помощью новых лекарств.
Что-бы инсталлировать программу malariacontrol.net добровольцы просто должны загрузить необходимое программное обеспечение с сайта http://malariacontrol.net, коотрое будет проводить расчеты незаметно, пока пользователи заняты своей обычной работой.
Результаты регулярно отправляются на сервер Университета Женевы для обработки. За несколько первых месяцев пробного этапа с 500 добровольцами malariacontrol.net смогла провести моделирование, которое в случае работы на одном компьютере заняло бы 150 лет. Эти исследования проводятся при финансовой поддержке Женевской международной аккадемической сети (GIAN).

О малярии:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%B0%D0%BB%D1%8F%D1%80%D0%B8%D1%8F — (средневековый итал. mala aria — «плохой воздух», ранее известная как «болотная лихорадка») — инфекционное заболевание, передаваемое человеку при укусах комаров рода Anopheles («малярийных комаров») и сопровождающееся повышением температуры, лихорадкой, ознобами, спленомегалией (увеличением размеров селезёнки), гепатомегалией (увеличением размеров печени), анемией. Характеризуется хроническим рецидивирующим течением. Вызывается протозойными паразитами рода Plasmodium (80-90 % случаев — Plasmodium falciparum)

Малярия ежегодно вызывает около 350—500 миллионов инфицирований и около 1,3-3 миллиона смертей у людей [1]. На районы Африки южнее Сахары приходится 85-90 % этих случаев [2], в подавляющем большинстве инфицируются дети в возрасте до 5 лет. [3] Смертность, как ожидается, вырастет вдвое на протяжении следующих 20 лет.

Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/15/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Malariacontrol

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Malaria_Control.net/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/99-malariacontrolnet

http://www.polarseti.ru/page.php?28

Автор: ReMMeR Jan 7 2008, 10:55

Порадовала трехмерная визуализация ! smile.gif
Хотя планета, солнце, звезды, луна, горы, восход/закат нафиг не надо, а важен тоько график посредине, но Порадовало smile.gif

Автор: ReMMeR Jan 7 2008, 23:50

Нифига себе апдейт ядра - оно джаву на 20 метров выкачало себе smile.gif

Автор: KoDAk Jan 8 2008, 00:10

(ReMMeR @ Jan 7 2008, 10:55 AM) *

Порадовала трехмерная визуализация ! smile.gif
Хотя планета, солнце, звезды, луна, горы, восход/закат нафиг не надо, а важен тоько график посредине, но Порадовало smile.gif

скриин в студию clap_1.gif

Автор: ReMMeR Jan 8 2008, 00:24

Вот smile.gif

Или я не понял зачем оно smile.gif

Приєднане зображення Приєднане зображення Приєднане зображення Приєднане зображення

Автор: KoDAk Jan 8 2008, 00:40

Это скорей диаграммы распределения растростанения эпидемии
+ визуализация времени суток ))

Автор: ReMMeR Jan 8 2008, 11:20

Это скорей диаграммы распределения растростанения эпидемии

Да
+ визуализация времени суток ))

Красиво, не спорю smile.gif
а зачем ? smile.gif

Автор: Arbalet Jan 8 2008, 13:12

(ReMMeR @ Jan 8 2008, 11:20 AM) *

Красиво, не спорю smile.gif
а зачем ? smile.gif

Так тебе ведь понравилось - вот зачем. smile.gif

Автор: ReMMeR Jan 8 2008, 15:58

Оно же в не показывается по дефолту smile.gif
Наврное ктото практиковался в написании скринсейвера smile.gif

Автор: YuRi Jan 9 2008, 00:18

Зато именно тогда, когда ты оставляешь машину в покое и она может все ресурсы направить на расчет, запускается скринсейвер...

Автор: ReMMeR Jan 9 2008, 00:30

это же peace death

Автор: Некто May 21 2008, 14:59

joined

Автор: mad May 23 2008, 09:53

Вот и я присоединился.

Автор: Некто May 23 2008, 16:20

какие типы заданий выгоднее всего? smile.gif

Автор: Некто May 27 2008, 19:54

может, стоит попробовать оптимизированные боинк-клиенты?
Например, http://calbe.dw70.de/boinc_red.html
features: cpu affinity and delayed return results immediately

Автор: Некто May 27 2008, 21:18

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif

Автор: nikelong May 27 2008, 21:26

(Некто @ May 27 2008, 10:18 PM) *

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif


Грубо говоря, почти в 2 раза повышается ППД компа ?

Автор: (_KoDAk_) May 27 2008, 22:13

(Некто @ May 27 2008, 10:18 PM) *

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif

а откуда такие данные ??? сам проверял?

Автор: Некто May 27 2008, 23:10

((_KoDAk_) @ May 27 2008, 11:13 PM) *

(Некто @ May 27 2008, 10:18 PM) *

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif

а откуда такие данные ??? сам проверял?

ну не в 2, но прирост заметен smile.gif http://www.malariacontrol.net/results.php?userid=26496 -> сравни 27 число (сегодня) и 25
http://img291.imageshack.us/my.php?image=ppdin9.png

Автор: (_KoDAk_) May 27 2008, 23:16

ну как насчитают так пасмотрим
ну седня проверим... что у меня війдет

Автор: Некто May 27 2008, 23:17

хотя, может, это результат небольшого разгона (с 3.0 до 3.6)... но тогда было б всего +20%

Автор: Rilian Jan 30 2009, 13:32

Создание аккаунтов запрещено

Автор: nikelong Jan 30 2009, 23:05

Rilian,
Сервак лежид, и ВЮ не выдают уже вторую (третью?) неделю ... nike.gif

Автор: Rilian Jan 31 2009, 14:57

У кого есть инвайт код, пришлите в личку плиз!

Автор: Rilian Mar 8 2009, 13:39

Судя по странице приложений, последнее тестовое выпущено 24 февраля 2009!

http://www.malariacontrol.net/apps.php

Автор: Death Mar 8 2009, 23:27

а присоединиться не дают ((

Автор: Rilian Mar 8 2009, 23:45

Да. Дес, если откопаешь инвайте, пиши сразу!

Автор: nikelong Apr 12 2009, 11:00

Пошли новые ВЮ!

Но новых юзеров добавлять недают, можно добавить комп только если ты уже зарегестрирован в проекте.

А задания вот такие:




Хотя....


Database/file status
State #
Results ready to send 0
Results in progress 3,342
Workunits waiting for validation 0
Workunits waiting for assimilation 0
Workunits waiting for deletion 0
Results waiting for deletion 0
Results received within 24 hours 1,605
New users within 24 hours 0
Transitioner backlog (hours) 0


Может просто пачку тестовых выбросили ....

Автор: (_KoDAk_) Apr 12 2009, 12:25

мне ни одной не перепало (

Автор: nikelong Apr 12 2009, 15:23

У мня на 4-х машинах забило кэш под завязку, так шо дня на 2-3 я обеспечен работой онли малярияконтрол.нет

Возможно это тестовые ВЮ, поэтому их прием нужно разрешить в своей панели управления.

Автор: Rilian Apr 12 2009, 15:31

Дайте инвайте

Автор: nikelong Apr 12 2009, 22:27

Rilian,
Облазил весь профиль - шото похожего на инвайте не нашел sad.gif

В какой вкладке он теоретически может быть?

Автор: Rilian Apr 12 2009, 22:59

у админов где-то... я облазил оф форум и понял что пока им хватает мощностей, вход новым участникам заказан

Автор: (_KoDAk_) Apr 13 2009, 07:40

ужас эти задания, они ниЗко калорийные (

итак 10к насчитал в дальнейшем пасмопримммм

Автор: nikelong May 29 2009, 13:16

Протестировали с РеММеРом смену капитанства, посему с сегодняшнего дня - я капитан команды в этом проекте smile.gif

Автор: Rilian Aug 24 2009, 23:04

http://www.malariacontrol.net/create_account_form.php?next_url=%2Fhome.php

открыта регистрация! koc.gif rtfm.gif

Нике или Rеммер, ***, РАЗРЕШИТЕ ВСТУПЛЕНИЕ В КОМАНДУ

Автор: nikelong Aug 24 2009, 23:38

New members in last day rilian

Ага, витаэмо! smile.gif

Автор: Rilian Aug 30 2009, 22:34

Команда на 106 месте а ТЫ еще не подключился?
koc.gif koc.gif koc.gif koc.gif

Автор: ReMMeR Aug 31 2009, 09:11

1 комп отдан чисто под малярию.
Немного смущает то, что очков дается меньше (за то же процессорное время), чем в остальных боинк-проектах.

Автор: Rilian Aug 31 2009, 09:19

Да, балуют вас аквой и милкивеем smile.gif

Но зато очков "меньше" дается всем командам, а не тока нашей

Автор: nikelong Aug 31 2009, 09:42

Ну да, после 15000 в АБЦ иметь с той же фермы 4000 в малярии как то ОЯЕБУ.

Автор: Rilian Sep 4 2009, 10:12

We opened account creation again last month. Welcome to all new users, and thank you for your support! We are now in a situation where we have a number of new models for which we are currently estimating model parameters, and therefore can make good use of you contribution.


In July, we sent out the last in a series of runs to do with two potential malaria control strategies under evaluation: intermittent preventive treatment in infants (IPTi) and in children (IPTc). They involve giving a treatment dose of an anti-malarial drug at either pre-specified ages or calendar times. The aim is to reduce the burden of clinical malaria episodes and deaths without incurring problems with sustainability, drug resistance or preventing the child from gaining acquired immunity. Field trials so far have shown encouraging results and there is evidence that choosing a drug with a long half-life is important for protection.

We are interested in looking at where these strategies might be useful and cost-effective. The workunits you have been running look at a bunch of different variables: delivery strategies, drug characteristics, levels of drug resistance already present in the locations, levels of transmission, the seasonal pattern of malaria transmission, the health system coverage for effective treatment of clinical cases and varying health system costs. They are nearly complete – many thanks! We are looking forward to analysing the results.

Amanda
Project scientist

Автор: Rilian Sep 5 2009, 23:47

накранчил 5000

Автор: Rilian Sep 10 2009, 20:23

105 место!

в основном благодаря мегасливам Nikelong и сливам Alex Buianin, UA_ReMMeR, oognevoy, rilian, Vzhik, - DoctoR -, Death, serhjo и fancy

http://boincstats.com/stats/user_stats.php?pr=mcp&st=0&ti=461

Автор: nikelong Sep 10 2009, 20:57

Rilian,
Угу..полюбому нужно фсотню команду втянуть ....

Автор: Arbalet Sep 10 2009, 23:15

А пока команда покоряет новые статистические рубежи, выявлен новый тип малярии: заражение крови паразитом Plasmodium knowlesi, обычно поражающим длиннохвостых и свинохвостых макак (лапундеров), выявлено у жителей Малайзии. Более того, паразит исключительно быстро репродуцируется в крови - каждые 24 часа, это делает его потенциально смертельно опасным... fear.gif Как обычно, песец подкрался незаметно! help.gif

Автор: Rilian Sep 14 2009, 10:31

Вошли в топ-100!

http://boincstats.com/stats/team_stats.php?pr=mcp&st=0

Автор: nikelong Sep 14 2009, 12:48

Уrа товаrищи, уrа!
То о чем так давно твердили большевики кранчеры наконец-то свеrшилось!

Автор: Rilian Oct 6 2009, 19:13

Recently, I have been working with project scientists to implement a new model to simulate the transmission of malaria by mosquitoes. While the current transmission model used by the science application to model the dynamics of how changing levels of malaria within a population affects how many humans are likely to be get new infections from biting mosquitoes, this new model will simulate more of the mosquitoes' behaviour and allow us to study the effects of deploying mosquito nets and spraying houses with insecticide within our simulations. This model was not ready the last time we made a new release of the BOINC client (the science application), but we hope to have it ready for testing with some large simulations soon!

We have also resumed plotting the map of malariacontrol.net users. We'll update this in regular intervals in the future.

Take a look at it here: http://www.malariacontrol.net/map

IPB Image

Diggory Hardy
Project software developer

Автор: nikelong Dec 20 2009, 23:20

Публикация в Wall Street Journal о проекте malariacontrol.net

http://online.wsj.com/article/SB10001424052748703816204574483481567116994.html

 

Volunteering Computers for Science
Users Make Their Home PCs Available to Chase Medical Breakthroughs

By JEREMY SINGER-VINE
(Show/Hide)


The next cure for a major disease is as likely to be discovered on a computer as on a laboratory bench—and scientists are enlisting ordinary citizens to volunteer to help crunch the data.

Advances in computer science have enabled medical researchers to test how proteins fold, genes interact and pandemics spread in complex digital simulations of natural environments. As these simulations become more intensive and widely used, however, computers at academic institutions and other research facilities can't keep up with the demand for medical processing power.

View Full Image
VOLUNTEER1
Agence France-Presse/Getty Images

Indian border security guards, who regularly contract malaria, are required to carry repellents and masks.
VOLUNTEER1
VOLUNTEER1

Instead, scientists are tapping into a vast network that allows the research to be parceled out in tiny workloads that can be performed on anyone's household computer when it's not otherwise being used. So far, hundreds of thousands of people in countries around the world have volunteered their computers' processing power to help advance the cause of medical research.

Here's how it works: Volunteers download an application onto their home computer that links them into a network that includes other citizen volunteers and research scientists. The network assigns each computer a small bit of a project's puzzle to solve. The process, which continues as long as the computer is turned on but idle, typically takes several hours, but can vary depending on the project and the individual computer's power. When complete, the results are automatically sent back to the network's server.

In 2003, epidemiology researcher Nicolas Maire and his colleagues at the Swiss Tropical Institute in Basel began simulating how potential malaria vaccines would affect populations where the disease is most prevalent. They ran the program on a network of several dozen of their institute's computers. But as the research team graduated to the second phase of their project in 2006, adding more variables, complex interactions and data to their model, it became clear that they needed more processing power.

The new simulations could take months or years to complete on their network, and other local computing facilities had long waits or were too expensive, the team concluded. Instead they bet that, given the project's humanitarian appeal, they could recruit volunteers to crunch the data. The wager paid off: Today, nearly 35,000 users run malariacontrol.net's calculations while their computers are idle, allowing the team to complete simulations far more quickly than would otherwise have been possible. Some of the research group's findings, based on its network of home-computer users in the U.S., Europe, South America, Australia and elsewhere, have been reported in leading journals like Parasitology and Malaria Journal.

Volunteer computing, as it's known, dates back to 1996, when a group of researchers enlisted participants in a search for ever-larger prime numbers, an effort that continues to break world records. Several years later, volunteers flocked to SETI@home, a project to sift through the static in radio telescope data for signs of extraterrestrial life.

View Full Image
VOLUNTEER2
Getty Images

In Myanmar, medicine is distributed to control malaria, a disease that is easy to treat but remains one of the nation's biggest killers. The government's health-care spending is the lowest world-wide
VOLUNTEER2
VOLUNTEER2

In the last five years, biomedical researchers have caught on to the possibilities of volunteer computing, and so too have the volunteers. James Whitus, who describes himself as "just an average Joe helping out," had been contributing his home computer's processing power to SETI@home until late 2004. Then he heard about the World Community Grid, a not-for-profit IBM project that provides research support to a number of different medical and humanitarian studies.

"I figured why search for extraterrestrials when you can help with research?" Mr. Whitus says. "Something that could actually make a difference here on this planet."

Today, the 28-year-old car inspector in Lafayette, Ind., and his fiancee support the grid's projects—which range from cancer-drug research to improving crop yields in developing countries—on their two desktop computers and on an old laptop that they devote solely to the cause.

Such volunteer computing projects are generally based on open-source software called the Berkeley Open Infrastructure of Network Computing, or Boinc. Volunteers download the simple application from boinc.berkeley.edu, and sign up for the projects they want to support. (Not all projects have lofty goals: One searches for the Sudoku puzzle with the fewest initial entries.)
Security Risks

An open network of so many computers might seem a security risk, and it is. But David Anderson, the Berkeley scientist who founded Boinc in 2004, says he has taken two key precautions. The first uses a system of digital signatures so that hackers cannot hijack an existing project's network. The second cordons off, or "sandboxes," all Boinc activity from the rest of a host computer, so that even if a bug or malicious code did slip into a project, it would cause minimal damage.

Still, volunteers should learn more about projects before joining them, Dr. Anderson suggests. Several sites, including Boinc's official page, host message boards where volunteers can discuss projects. After five years and more than 300,000,000 tasks performed by volunteers' computers, "there have been zero security incidents," according to Dr. Anderson.

There's also the cost to volunteers, in a higher energy bill, from keeping a computer running at all times. According to an estimate on Boinc's community-edited Web page (from the Boinc home page, search Heat and Energy Considerations), running Boinc costs about $3 a month more than leaving a computer on but idle, and about $8.80 a month more than leaving it off all the time, based on typical U.S. energy costs. The typical cost in Europe is about 200% higher, the site says.
Helping Out

See some biomedical research projects enlisting volunteer computers at boinc.berkeley.edu.

Downloading, setting up and running Boinc is no more difficult than for most other software, although it lacks the polished interface and technical support of many higher-end applications. Users with older computers should be prepared for certain frustrations, as one reporter learned by trial. A few projects refused to send any work to this volunteer's 2004 mid-range laptop, for lack of computing power. What parcels of work that were received took up to 18 hours of idle time to complete. (System requirements for individual projects are usually available on their Web sites.) After upgrading to a newer laptop, work parcels flowed where they had previously been blocked, and each took closer to four hours to complete.

Advances in personal-computer and Internet speeds have helped to triple the combined power of the volunteer computing efforts over the past two years, according to data from the site boincstats.com. Today the approximately 60 projects using Boinc harness in total about 2,500 teraflops—or twice the operations per second of the world's most powerful computer—from four million computers owned by nearly two million users. About 20 of those projects are related to medical research, to which more than 300,000 volunteers contribute. That includes the various efforts that comprise the World Community Grid.

Any scientist with the skills to set up a server can become part of the Boinc network. Researchers in most cases must pay for the servers that dispatch, gather and analyze the volunteers' data. But those costs are a small fraction of the roughly $1 million a year it costs to run a low-end supercomputer. (IBM's World Community Grid is free of cost to researchers, but the projects must be approved by an external advisory board.)

The top-supported biomedical project on Boinc is Rosetta@home, which simulates how proteins fold and could lead to novel treatments for a range of diseases. The sequence of the amino acids that comprise a protein—what may look like a whirling, intertwined, chaotic mess—precisely determines its structure and biological function. But exactly how these proteins bend along each amino acid is a vastly complex problem, one that the project's 80,000 volunteered computers help to solve by testing various permutations looking, essentially, for the most stable structure.
Don't Exist in Nature

The findings allow the Rosetta lab, run by David Baker at the University of Washington, to design proteins that don't exist in nature. Some new proteins could deactivate viruses such as the flu—as Dr. Baker's lab is trying to do for this year's H1N1 strain—by attaching to and smothering the sections of the pathogens that harm human cells. The project's biggest breakthroughs in the last couple of years have been in creating catalysts, which selectively speed up chemical reactions and which regulate almost every biological process, Dr. Baker said. One catalyst in development, for instance, is an enzyme that could slice apart genes in female mosquitoes, potentially preventing malaria transmission without using toxic chemicals.

Scientific studies that make use of the Boinc network have shown some promise, but no breakthroughs, researchers say. Findings from Rosetta@home have been published in the journals Science and Nature. But "what we haven't done yet is create enzymes that cure diseases," Dr. Baker said.

Similarly, projects associated with World Community Grid have generated dozens of research papers published in highly regarded journals. But, said Joseph Jasinski, an IBM engineer who works closely with the projects: "Have we discovered a new drug for curing AIDS? No. But we've found some great candidates."

Автор: Khvastov Maxim Jan 25 2010, 20:22

Нам на пятки наступает U.S.Army amo006.gif , при нынешних темпах они обгонят нас через ~ 2 недели. Кстати, следом за ними маршируют "Геи, бисексуалы, лесбиянки и транссексуалы США" bunny.gif
Если у Вас есть возможность помочь удержаться, это будет очень кстати. ИМХО, нужно всего 5-6 ядер на 3ГГц.

Автор: nikelong Jan 26 2010, 00:08

Khvastov Maxim,
Сорри, я пока решаю свои цели в праймгриде sad.gif
Но полюбому єтот проект у меня под контролем и я сюда вернусть...

Автор: Alien Jan 26 2010, 01:06

интересная вещь, лекарством является цианистый калий, собственно яд =)

Автор: Khvastov Maxim Jan 26 2010, 09:36

(nikelong @ Jan 26 2010, 00:08) *

єтот проект у меня под контролем и я сюда вернусть...

Ну тогда волноваться не о чём bq.gif

Автор: Algon Jan 26 2010, 19:11

Подключился, сначала попробую на 1 компе, если все пойдет нормально - перекину сюда 6-8 ядер.

Автор: Khvastov Maxim Jan 27 2010, 17:19

А у меня дома вторые сутки нет электричества, отопления, нет газа, вода в трубах замёрзла за ночь. fear.gif Короче, по техническим причинам я пока вне игры angry2.gif

Автор: Khvastov Maxim Feb 2 2010, 19:08

У меня со вчерашнего дня в логе такая ересь


02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work sent
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work is available for malariacontrol.net test version
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work is available for Prediction of Malaria Prevalence
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work is available for Estimation of parameters of infection dynamics (variable duration, max 4h)
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 60.3% of time, computation enabled 100.0% of that

Никто не сталкивался ?
з.ы. Задания, естественно, не получаю sad.gif Кеша хватит максимум на день sad.gif

Автор: Algon Feb 2 2010, 19:51

QUOTE

02.02.2010 19:47:26 malariacontrol.net Requesting new tasks for CPU
02.02.2010 19:47:31 malariacontrol.net Scheduler request completed: got 1 new tasks
02.02.2010 19:47:33 malariacontrol.net Started download of wu_676_411_282289_0_1265131092
02.02.2010 19:47:35 malariacontrol.net Finished download of wu_676_411_282289_0_1265131092

У меня все нормально.
Похоже сервер считает, что ты не уложишься в deadline: Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 60.3% of time, computation enabled 100.0% of that

Автор: Khvastov Maxim Feb 2 2010, 20:03

QUOTE(Algon @ Feb 2 2010, 19:51) *

Похоже сервер считает, что ты не уложишься в deadline

И чо теперь делать ? ((
На той неделе у меня 4 дня света не было, ну не уложился я в дэдлайн, 10-12 заданий не досчитал...

Автор: Death Feb 2 2010, 23:48

в настройках боинка посмотри чтобы стояло работать на 100% и т.д.

Автор: Khvastov Maxim Feb 3 2010, 00:05

Death,
Всё стоит на 100%, сразу проверил. Сейчас работает 1 проект всего.
Переустановка Боинка и перезапуск проекта не помогли... sad.gif
Последние задание досчитается через 10 минут. Хэлп!

upd: Заработало smile.gif Отослал последнее задание, и сразу появилась возможность закачать новые... затарился, на всякий случай, на 3 дня smile.gif

Автор: Rilian Feb 3 2010, 00:11

QUOTE(Khvastov Maxim @ Feb 3 2010, 00:05) *

Death,
Всё стоит на 100%, сразу проверил. Сейчас работает 1 проект всего.
Переустановка Бинка и перезапуск проекта не помогли... sad.gif
Последние задание досчитается через 10 минут. Хэлп!


Загляни сюда http://distributed.org.ua/btp и добавь временно второй проект. Когда статистика компа выростет, он будет принимать задания

Если переустановка BOINC не помогла, значит оно хранит статистику времени работы где-то в реестре...

Автор: nikelong Feb 3 2010, 00:48

затарился, на всякий случай, на 3 дня


Вот токо хотел написать.
Когда в логах видите шото накшталт:
Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 60.3% of time, computation enabled 100.0% of that


УМЕНЬШАЙТЕ кэш!
Было 10 дней - ставьте 7.
Было 1 день - ставьте 0.5 !(!)!

Автор: Khvastov Maxim Feb 3 2010, 09:00

QUOTE(nikelong @ Feb 3 2010, 00:48) *

УМЕНЬШАЙТЕ кэш!
Было 10 дней - ставьте 7.
Было 1 день - ставьте 0.5 !(!)!

Поздно уже, но буду иметь ввиду, спасибо. Просто в первый раз вижу что-то подобное.
А тем временем поднялись на одну позицию, и к завтрашнему утру, скорее всего, возьмём ещё одну. Ура, товарищи smile.gif

Автор: Rilian Feb 6 2010, 01:47

Вакцину от малярии успешно испытали на африканских детях

Международная группа исследователей сообщила об успешном завершении первой фазы клинических испытаний вакцины против малярии, проводившихся в Мали. В двойном, слепом, плацебо-контролируемом исследовании приняли участие 100 африканских детей в возрасте от 1 до 6 лет.

Экспериментальная вакцина, разработанная при поддержке компании GlaxoSmithKline и Американского агентства международного развития и других организаций, включала мембранный антиген одного из возбудителей малярии P. Falciparum.

Участвовавшие в испытаниях дети были разделены на две группы. Первой из них вводился экспериментальный препарат в трех различных дозировках, остальные дети, составившие группу сравнения, получали давно одобренную к применению вакцину против бешенства.

Как отмечают авторы исследования, все три дозы экспериментальной вакцины хорошо переносились испытуемыми. Наиболее частой побочной реакцией был отек и воспаление в месте инъекции.

При этом все три дозировки экспериментального препарата способствовали как минимум стократному увеличению уровня антител к возбудителю малярии. По данным ученых, количество антител в крови привитых детей соответствовало уровням взрослых людей, многократно контактировавших с возбудителем малярии в течение жизни.

Как отмечается в отчете о клинических испытаниях, опубликованном в журнале PLoS One, полученные результаты свидетельствуют о хорошей переносимости и безопасности вакцины. Сейчас исследователи ведут подготовку ко второй фазе клинических испытаний, в которой будет задействовано 400 африканских детей.

Автор: Death Feb 6 2010, 11:57

остальные дети, составившие группу сравнения, получали давно одобренную к применению вакцину против бешенства.

то есть как обічно проект рв никак не помог?

Автор: Death Feb 12 2010, 11:38

Если не будет спида и малярии не будет и нас. Статья из Гардиан.

http://www.newsland.ru/News/Detail/id/324933/

Усилия бесполезны. Пока мы наблюдаем, как африканские государства упорно отказываются предпринять хоть что-либо во имя восстановления хоть подобия цивилизации в Зимбабве, чаша для сбора подаяний в пользу Эфиопии снова путешествует из рук в руки. Прошло почти 25 лет с тех пор, как в Эфиопии стартовала прославленная благотворительная кампания «Накормите мир!», возглавленная Бобом Гелдофом, ирландским рок-музыкантом и актером, известным нам по главной роли в фильме «Стена». За это время население Эфиопии увеличилось с 34 до 78 миллионов.

Скажите мне, почему я должен помогать продолжению демографического взрыва в этой стране? Где логика? Логики нет. Есть две причины отвергнуть всякую логику.

Одна из них – моя совесть. Вторая – все тот же кадр, снова изображающий ребенка с широко распахнутыми глазами, снова глядящего в камеру, которая снова запечатлевает трагедию…

Простите меня. Моя совесть побывала в этой стране вместе с моим телом и моими деньгами. В отличие от большинства из вас, читающих эти строки, мне довелось побывать в Эфиопии, и подобно большинству из вас, я жертвовал свои кровные благотворительным фондам, чтобы остановить голод в этой стране. Тот ребенок, мальчик с широко открытыми глазами, которого нам удалось спасти чуть больше двадцати лет назад, вырос и превратился в крепкого парня. С торчащим членом и автоматом Калашникова за спиной, теперь он производит новое потомство когда ему заблагорассудится.

Несомненно, должен найтись аргумент для поддержания в действии этой хищнической и бессмысленной экономическо-социально-сексуальной системы – но мне такой аргумент неизвестен. Есть лишь целый ряд причин отказаться от написания этих строк.

Ибо они не принесут мне новых друзей, а лишь навлекут ханжеский гнев сердито фарисействующих авторов «писем в редакцию» – непременных затычек в бочке любой дискуссии в жизни Ирландии, ухмыляющихся с вершины своего морального превосходства. Возможно, они приведут в бешенство даже лучших людей Ирландии, правозащитников, филантропов и гуманистов, которыми я восхищаюсь. Пусть будет так.

Только прошу вас, господа гневные фарисеи, пожалуйста! Пожалуйста, не опускайтесь до ленивых аналогий – не упоминайте Великий Голод, вошедший в историю Ирландии как черта между «до» и «после», подобно второй мировой войне в России. Эти события несопоставимы. За 20 лет Голода Ирландия потеряла 30 процентов своего населения. За тот же срок – благодаря западным продуктам питания, тяжелым грузовикам «Мерседес-Бенц» и транспортным самолетам «Локхид» – население Эфиопии увеличилось более чем вдвое.

Увы, эта несчастная страна не одинока в своем безумии. Где-то там, за горизонтом, лежит и Сомали – еще один прелестный край традиций женского обрезания и вспыльчивых бездельников с автоматом в руках, наркотической жвачкой во рту и вечно твердым членом в штанах.

На самом деле, перед нами почти что целый континент сексуально невоздержанных нищих – и десятки миллионов людей, выживающих лишь благодаря помощи остального мира.

Эта зависимость не пробудила ни политическое благоразумие, ни здравый смысл. Вместо них процветает лишь идиотизм в духе вуду, когда грядущий президент Южной Африки твердо верит в промывание гениталий после секса водой из-под крана как в надежное средство предохранения от инфекции. Не приходится и говорить о том, что бедность, голод и социальная разруха – плохое лекарство от бессмысленных войн в Уганде, Конго, Судане, Сомали, Эритрее и других странах.

Да, несомненно, эта картина написана широкими мазками. Но именно такими мазками история запечатлевает свои самые яркие и поворотные эпизоды. Япония, Китай, Россия, Корея, Польша, Германия, Вьетнам, Лаос и Камбоджа претерпели в XX веке куда более жесткие удары истории, нежели почти любой уголок Африки.

Ныне почти все эти страны тем или иным путем оказывают помощь или вкладывают средства в Африку. Что вкладывает Африка, край обширных саванн и пышных пастбищ, в остальной мир? Пожалуй, разве что СПИД.

Тем временем население Африки растет, обгоняя рост ее ресурсов, катастрофически разрушая экологию. К 2050 году население Эфиопии составит 177 миллионов человек – эквивалент нынешних Франции, Германии, Бельгии, Нидерландов и Люксембурга вместе взятых, только расположенных на опаленных солнцем и уже почти лишенных белковой пищи землях Восточной Африки.

Итак, насколько осмысленно наше желание активно помогать увеличению взрослого населения жестоко перенаселенной, экологически разоренной и экономически зависимой страны?

Насколько нравственно сегодняшнее спасение от голода эфиопских детей, которым завтра светит обрезание тупым ножом, нищета, голод, насилие и сексуальная эксплуатация, результатом которой станет еще полдюжины новых детей, глядящих широко распахнутыми глазами в будущее, наполненное теми же прелестями жизни? Возможно, это принесет успокоение вам – что и является первопричиной столь щедрой благотворительности. Но этого недостаточно.

Эта эгоистичная щедрость – одно из проклятий Африки. Она удерживает на плаву политические системы, погибшие бы без нее.

Она продолжила войну Эритреи и Эфиопии почти на десятилетие. Она вдохновила Билла Гейтса на программу избавления всего континента от малярии – болезни, которая в отсутствие элементарной личной самодисциплины остается практически самым эффективным средством борьбы с перенаселением из ныне существующих.

По словам Гейтса, в случае успеха этой программы десятки миллионов детей смогут избежать ранней смерти и дожить до зрелого возраста. Прекрасно. Что дальше? Впрочем, я знаю. Пусть приезжают к нам. Именно так.



Кевин Майерс

Автор: Khvastov Maxim Feb 12 2010, 11:56

Я считаю, что у каждого человека должен быть шанс дожить до того возраста, когда нужно сделать выбор - стать нормальным человеком, или "бездельником с автоматом в руках, наркотической жвачкой во рту и вечно твердым членом в штанах. "
Помощь нужна.

Автор: nikelong Feb 12 2010, 13:03

Помощь нужна


Поэтому нужно начать с себя. С своей семьи, с своей страны.

А не ехать хрен знает куда и искать там негров, чтобы им помочь ...

Автор: Death Feb 12 2010, 13:08

Khvastov Maxim, а сколько у них шансов там стать нормальными людьми в окружении наркоманов с калашниковыми?



Khvastov Maxim, да и вообще как будто вот они до 18 доживают абсолютно нейтральными а потом типа развилка chaotic evil or lawful good.

Автор: Khvastov Maxim Feb 12 2010, 13:24

QUOTE(Death @ Feb 12 2010, 13:08) *

Khvastov Maxim, а сколько у них шансов там стать нормальными людьми в окружении наркоманов с калашниковыми?

<сарказм>Сложно сказать. Дайте посчитаю. 17.2%? 25%? Сколько у Вас получилось?</сарказм>
Как можно подсчитать, сколько шансов? Пусть и не много, так что теперь делать? Забить на них совсем?

QUOTE(Death @ Feb 12 2010, 13:08) *

Khvastov Maxim, да и вообще как будто вот они до 18 доживают абсолютно нейтральными а потом типа развилка chaotic evil or lawful good.

В том всё и дело, что нет, у каждого своя судьба, свой шанс прожить жизнь.


QUOTE(nikelong @ Feb 12 2010, 13:03) *

Поэтому нужно начать с себя. С своей семьи, с своей страны.

Согласен полностью, но где и как? Средства-то есть, но цели, где взять цели ?

Автор: Algon Feb 12 2010, 16:59

Народ, опять развели холивар по проекту...
Ну не хочет кто-то считать Малярию - не надо, никто же не заставляет. Но и негативных высказываний, тем более не совсем по делу, вроде как договаривались не допускать, так?
Если есть конкретные претензии к проекту, то давайте обсуждать здесь, если замечаний по проекту нет, добро пожаловать в раздел "Ой у Вишневому Садочку" smile.gif И вообще всем этим теориям по поводу регулирования численности населения с помощью вирусов (естественных или искусственных - неважно), место не на нашем форуме, как мне кажется...

З.Ы. Лично я на вопрос, стоит или нет считать этот проект, отвечу как Портос: "Я дерусь, потому что дерусь" hunter.gif

Автор: nikelong Feb 12 2010, 17:06

Средства-то есть, но цели, где взять цели ?


Пойди почисть 5 метров тротуара от снега и льда.

Автор: Khvastov Maxim Feb 12 2010, 17:24

QUOTE(Algon @ Feb 12 2010, 16:59) *

З.Ы. Лично я на вопрос, стоит или нет считать этот проект, отвечу как Портос: "Я дерусь, потому что дерусь" hunter.gif

Отлично сказано smile.gif Ты в одной цитате собрал всё, что я хотел сказать thumbsup.gif
QUOTE(nikelong @ Feb 12 2010, 17:06) *

Пойди почисть 5 метров тротуара от снега и льда.

Да не вопрос, мне не в первый раз. Только вот если я эти 5 метров тротуара почищу, максимум, что обо мне подумают окружающие - "давай, быдло, убирай, учиться не хочешь, хоть улицы убирай". А если я всем расскажу, что я участвую в проекте РВ, который поможет сберечь жизни африканским детишкам, покажут большой палец - мол, мы и сами бедные, а ещё и другим помогаем.
Я к чему это говорю - бесспорно, нужно начинать с малого, с себя, на родине навести порядок, но нужно делать это на всех фронтах - и в головах сограждан, и в экономике и образовании. А так получается, что "моя хата скраю, ничего не знаю" no.gif

А вообще я не тролль ни разу, так что закругляюсь drinks2.gif

Автор: Rilian Feb 27 2010, 13:43

МалярияКонтрол несколько недель не будет выдавать задания, и пока предлагает посчитать другие медико-биологические проекты.

Также они выпустили пресс-релиз о проделанной работе
koc.gif

malariacontrol.net will stop sending out new workunits for a few weeks starting Mon March 1st. Please read http://www.malariacontrol.net/forum_thread.php?id=976 and http://www.malariacontrol.net/forum_thread.php?id=980 for more information.

QUOTE
It has now become clear to us that the fitting runs currently in progress have (or will soon) reach a conclusion, whereas the new model we're working on won't be ready for fitting for probably a few more weeks, so we won't be making smooth changeover to fitting runs for the new model. There will, therefore, be a pause during which we won't be creating work units on malariacontrol.net, so if you all wouldn't mind supporting other BOINC projects in the meantime but sticking around for when we have the new model ready to use, we'd be grateful!

We'll stop the fitting runs which have reached a conclusion today, leaving the remaining ones which look like they may still produce more optimal parameter sets until, provisionally, a week's time. At this point we expect to cease work unit generation altogether. Our current expected time-frame to have the new model ready to parameterize and ready for action on BOINC is April.

In case any of you are wondering what that new model is, no, it's not our vector transmission model. It actually contains several new components predominantly including a new case management model (how sick people are treated, in hospital or a clinic, etc.), and a model detailing how quickly different drugs kill parasites and how long the drug is effective in humans that have taken it (this model is a big step up on what we had before). Another major difference between this new model (of new and old components) is that it now uses shorter time-steps of one day (opposed to 5 days, which was previously used).


Status update

Dear malariacontrol.net user,

As you have read in our latest status update, we are close to the end of the current phase of the project. We will soon stop sending out workunits for a few weeks, until the project scientists have prepared the input data for the next phase of research.

This is a good time to explain what we have achieved with your help over the last few months, and how these results will be used in the future.

The main objective of this phase of the project was to optimize our mathematical models to get them to predict the malaria situation in the field as accurately as possible. We do this by repeatedly comparing model predictions with data from real-world malaria studies, trying out different values for the parameters we feed into the models to see which work best. We learn from the outcomes as we go along: that is, we sort of “evolve” our model, with your help, by testing a great many variations, picking the best performers, testing variations of these, and then repeating the process. This takes a great deal of computation, and couldn’t be done without volunteered resources.

Here's a picture illustrating results from one of our recent runs: You can see how our measure of the discrepancy between model and real world (on the y-axis) decreases as the model is optimized through successive iterations (on the x-axis)

IPB Image

Another way of looking at the same data is by plotting the predicted outcomes of the model against real-world data. The following examples look at one outcome, the so-called age-incidence of malaria episodes: This is the rate at which humans of a certain age come down with malaria. Here it is shown as the number of episodes per person-year (py). The first of the two plots show an early stage of the fitting process, where field data and predictions are quite different. In the second image, plotted from data at a later stage, you can see the data and predictions converge: thus indicating that the model has become much more accurate.

IPB Image

IPB Image

If you're wondering what Ndiop and Dielmo means, these are the names of two Senegalese villages, that's where the field studies for this particular dataset were carried out.

We’ve gone through this type of fitting process with quite a number of different model formulations. In technical terms, we have “parameterized a number of different models”. The goal is to now compare the predicted impact of various control interventions across many such model formulations, and find out how different model assumptions influence the predictions. This is a way of learning about model uncertainties, and is done routinely these days with climate models.

The following -very preliminary- plots demonstrate where this is going: We have simulated an effective house spraying program that went on for twelve years and then stopped. We've then plotted the predictions from such a model ensemble (Prevalence, shown on the Y-axis, indicates the proportion of the human population with parasites in their blood):

IPB Image

IPB Image

One of our top priorities in the near future will be the design and analysis of more simulation experiments like this one, predicting the effect of a number of different malaria control interventions (Bed nets, indoor spraying, vaccines, case management,etc.). Once optimized-- though your contributions-- these models can be used to develop intelligent and effective deployment strategies, hopefully saving a great many lives.

Thank you for your ongoing interest and support!

On behalf of the modeling team,
Nick
____________
Nicolas Maire
Swiss Tropical Institute

Автор: Rilian Mar 4 2010, 18:25

2010-03-04: We have submitted some work-units for a follow-up experiment.

Есть немного ВЮ! ph34r2.gif

Автор: nikelong Mar 6 2010, 14:51

Произошел вброс заданий:

Results ready to send 2,042

Подбираем, пока нерасхватали (!)

Автор: Death Mar 9 2010, 23:53


Автор: nikelong Apr 21 2010, 08:23

Задания появились ...

Results ready to send 999
Results in progress 30,998


Автор: ReMMeR Jul 7 2010, 10:20

Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.

Автор: Rilian Nov 16 2010, 12:25

кратко: проанализированы результаты, готовятся публикации, даны ссылки на новые публикации.

2010-11-16: We have recently analysed a lot of the results of simulation experiments we ran over the last few months. Some of the results are currently being written up for publication, others were already presented to the malaria research community at scientific meetings. Here are the links to summaries of presentations given recently at the http://biomedcentral.cvent.com/EVENTS/Info/Summary.aspx?e=1c099f13-6568-4bc8-86b2-89ac5268c546 conference, and the http://www.astmh.org/Home.htm.

http://www.malariajournal.com/content/9/S2/O7

http://www.malariajournal.com/content/9/S2/O11

http://www.abstractsonline.com/Plan/ViewAbstract.aspx?sKey=c60e468d-a18f-4b17-ac45-6c2bcb625b5d&cKey=5ba384ba-07d4-410c-9265-1534ff36d916&mKey={8CCCE7EA-36CD-4B75-8B34-E799DC76F535}

http://www.abstractsonline.com/Plan/ViewAbstract.aspx?sKey=5e79340f-2ddb-4508-af56-999b85b410a4&cKey=164eda57-340e-4c4c-b947-7d31c2cc2e05&mKey={8CCCE7EA-36CD-4B75-8B34-E799DC76F535}

Thank you for your ongoing support. Nick


Автор: DarkWater Nov 2 2011, 15:31

Ребята, я теперь и здесь с вами.
Когда следующий срез результатов по этому проекту?

Автор: nikelong Aug 29 2012, 10:51

Dear malariacontrol.net user,

Some of you have been having a bit of trouble with some jobs not completing properly. Thanks for letting us know right away! Michael T. has sorted out the lost computing credits, and he's re-setting the initial values for those models and sending them out for another try at fitting.

These things happen on the frontiers of science. If we knew what to expect every time we run a model, we wouldn't need to run the experiment! In this case, it's all due to re-fitting a model parameter for survival, sigma2i. The survival factor grew too fast and sent the density of infection reeling towards infinity. For those of you unlucky enough to download those particular model runs, the models never converged... and, as you know, the work unit never completed.

Why refit the models? We were investigating a wider parameter space for the model fitting than we had earlier. Think of the parameter space as a complicated roller coaster path with two or three valleys. Depending on where you start the search for the minimum value, you'll land in one or another valley. The key is to keep searching across the entire parameter space to make sure you've found the true, goverall, minimum. It was in this search, for the global minimum of sigma2i, that our fitting algorithm got stuck.

In our last post, we talked about how your simulations helped us answer a question about the optimal strategy for distributing a malaria vaccine. This time around we'd like to tell you about another problem we looked at with your model runs - an analysis to see which factors were most important to determine the effective lifetime of long-lasting insecticide treated nets.

Long-lasting insecticide treated nets work: we know they reduce malaria transmission by protecting people from infectious bites. But even more important from a malaria control perspective, the nets keep the mosquitos from getting malaria from infected humans. In short, how long can we expect the epidemiological effect of these long-lasting nets to last?

We ran simulation models to explore the influence of pre-intervention transmission level, initial coverage, net attrition, and both physical and chemical net decay. The effective lifetime was most sensitive to the pre-intervention transmission level, with a lifetime of almost 10 years at an entomological inoculation rate of two infectious bites per adult per year, but of little more than 2 years at 256 two infectious bites per adult per year. The LLIN attrition rate and the insecticide decay rate were the next most important parameters. The lifetime was surprisingly insensitive to physical decay parameters, but this could change as physical integrity gains importance with the emergence and spread of insecticide resistance.

The strong dependency of the effective lifetime on the pre-intervention transmission level indicated that the required distribution frequency may vary more with the local entomological situation than with quality of the net or the characteristics of the distribution system. This highlights the need for malaria monitoring both before and during intervention programmes, particularly since there are likely to be strong variations between years and over short distances.

For more information on this result, including some pretty pictures, see http://www.malariajournal.com/content/11/1/20/abstract

So, well done you, malaria control net contributor!

As always, thank you for your support and collaboration.

Mariah Silkey
____________
Mariabeth Silkey
Swiss Tropical and Public Health Institute
http://www.swisstph.ch

http://www.malariacontrol.net/forum_thread.php?id=1264&nowrap=true#19059

Автор: Death Aug 29 2012, 14:55

судя по 1 месту найк реально озабочен ростом малярии в африке.

2.5 ляма - нифигасебе!
ты крут!

Автор: Rilian Aug 29 2012, 15:06

QUOTE(Death @ Aug 29 2012, 15:55) *

судя по 1 месту найк реально озабочен ростом малярии в африке.

2.5 ляма - нифигасебе!
ты крут!

вернее ростом статистических исследований. malariacontrol.net никак не связана с подбором методов борьбы.

Автор: Arbalet Dec 23 2014, 01:22

А проект вполне так себе бодрячком... smile.gif

Пишут, что обновили бета-приложение для моделирования OpenMalaria до версии 33. Так как ранее были выявлены проблемы с 64-битной версией приложения, то они его пока отключили и вернулись к использованию 32-битной версии на 64-разрядных windows-системах.

Invision Power Board
© Invision Power Services