Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа
Rilian
Jun 18 2007, 16:31
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gif

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

QUOTE
What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.


IPB Image

График проекта
IPB Image

Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
15 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(30 - 44)
Rilian
Jul 19 2007, 23:15
Пост #31


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Случайно нашел что на сайте можно сразу проводить "соревнования" по разным типам, очки, ВЮ итд

Их могут, как я понял, создавать только капитаны команд.

http://www.worldcommunitygrid.org/team/cha...?challengeId=18

Может вызовем все другие Украинские команды на соревнование? smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Aug 2 2007, 10:27
Пост #32


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



А мы уже на 741-м месте! aristokrat.gif Далеко еще до первой сотни, но до НГ может и дойдем ))) подключайте побольше другов )) dk.gif

З.Ы. кстати по поводу избыточности проекта.. посмотрел сейчас у меня 10 результов в стадии Pending Validation, самый старый из них 07/26/2007 и так всегда зависает не больше 10вюшек примерно недельной давности в худшем случае, так что не всё так страшно smile.gif


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
x3mEn
Aug 4 2007, 04:21
Пост #33


snow catcher
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 225
З нами з: 4-August 07
Користувач №: 563
Стать: Чол
Free-DC_CPID



В мене так стається, що в трійках результатів майже завжди Claimed Credit більший серед інших результатів. Про що це може свідчити?
Ось, наприклад:

1. 8.93 48.5 / 48.0
2. 4.19 45.1 / 48.0
3. 3.69 50.5 / 48.0 <----- це мій результат
або ось:
1. 5.24 62.4 / 66.4
2. 5.86 76.8 / 66.4 <----- мій результат
3. 4.86 60.0 / 66.4

Тобто від часу обрахунку не залежить, але оцінка зароблених очок в мене виявляється вищою за інших.


--------------------

(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Aug 8 2007, 21:50
Пост #34


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



Всё, нема больше заданий. sad.gif
No work is available for FightAIDS@Home
и так уже 3-й день. На замену предлагают Human Proteome Folding )) Пойду пока розетту посчитаю...


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Aug 9 2007, 18:56
Пост #35


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Бровари
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
AMD x5 + Intel x2



(Abbath @ Aug 8 2007, 10:50 PM) *
Всё, нема больше заданий. sad.gif
No work is available for FightAIDS@Home
и так уже 3-й день. На замену предлагают Human Proteome Folding )) Пойду пока розетту посчитаю...

то я заметил, что считал блоки с дедлайном менее суток, теперь видимо досчитал.... переходить на розетту что ли



нашел в чем дело - готовится новая версия расчетного ядра, которая будет использовать немного другой формат блоков, поэтому досчитываются старые, а новые какое-тов ремя выдаваться не будут, пока они там у себя все не поконвертируют.... обещают не более суток задержки в период до 15 августа, хотя это время, как видимо, уже наступило

The testing of the new AutoDock code is nearly complete. Meanwhile we will be finishing up certain batches of work units using the old code and then switch to the new code. The data formats used for the new code are slightly different so we need to run the old work units to completion before starting the new work units. Thus, there will be a short period of time during which FightAIDS@Home work units will not be sent out as we convert to the new code and new data. If your preferences are set to run only the FightAIDS@Home project, you may see that your agent is paused for some amount of time. We do not expect this to be much longer than one day, and perhaps just hours. This may happen at different times for the UD agents vs the BOINC agents and we expect it to happen some time the week of August 6 to 15, 2007. No action is required on the part of members. Forgive us for any inconvenience this might cause you and thank you for your patience and contribution.


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Aug 10 2007, 19:00
Пост #36


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Бровари
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
AMD x5 + Intel x2



FAAH снова в онлайне smile.gif


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Oct 16 2007, 12:44
Пост #37


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



а мы уже на 498-м месте! smile.gif prapor.gif


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Oct 16 2007, 12:50
Пост #38


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Я кору дуба 2 подключил smile.gif

Правда под другим ником smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Abbath
Oct 16 2007, 21:01
Пост #39


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 77
З нами з: 11-February 07
З: Кмев
Користувач №: 438
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Core2Duo 4400@2.4GHz + Core Duo T2400 1.83GHz



а я.... еще троих другов с работы которые о распределенных вычислениях слышат впервые smile.gif получилось ты подключил коре дуба 2, а я просто 3 дуба biggrin.gif читать сайт и форум они поленились, пришлось сказал что это оч. полезная прога необходимая для оптимизации работы компа ))


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Oct 16 2007, 21:11
Пост #40


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Да... использование ресурсов оптимизирует на все 100% smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
x3mEn
Oct 17 2007, 06:47
Пост #41


snow catcher
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 225
З нами з: 4-August 07
Користувач №: 563
Стать: Чол
Free-DC_CPID



А в мене теж ювілей - 100 результатів в копилку команди!


--------------------

(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
scourge
Dec 5 2007, 01:33
Пост #42


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 3
З нами з: 5-December 07
Користувач №: 659
Стать: Чол
Парк машин:
C2D @ 1,83 GHz; Athlon XP @ 1,75 GHz



Шановні кранчери, доброго дня!

А чому в профілі найчисельнішої української команди "Ukraine" на WCG не виставлене поле "Країна"? Взагалі.
І тому в пошуку команд за країною вона не відображається взагалі ;-), а на першому місці відображається конкуруюча Ukraine WCG Team ;-) ?

(2 кранчери, 3 гетьмани ;-), навіть Львівських команд дві fool.gif )


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Dec 5 2007, 01:48
Пост #43


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Если чесно, с этим фидаидс такая каша шо ужжос!

Я вот пытался за какой-то командой закрепить "официальная от Украины", и понял что это безнадежная идея. Кто мне в этом поможет?


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
scourge
Dec 5 2007, 02:19
Пост #44


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 3
З нами з: 5-December 07
Користувач №: 659
Стать: Чол
Парк машин:
C2D @ 1,83 GHz; Athlon XP @ 1,75 GHz



Для начала нужно профиль заполнить.
А то некоторые вроде меня, которые считали-считали, а потом думают: "А не присоединиться ли мне куда-нить?", будут скорее всего присоединяться к самой многочисленной команде, а через поиск - это Ukraine WCG Team, кажется.

Я этот сайт нашел случайно через подпись "distibuted.org.ua" на форуме ОГО! от Укртелекома и ради любопытства кликнул :-), до этого я вообще не был в курсе, что какие-то команды распределенных вычислений у нас есть.
Зашел страницу FAAH, и оттуда на статистику команды попал.

Кстати, капитану Илье Царюку там через веб-интерфейс письмо нельзя отправить, ганьба! :-)

зы: а почему только FA@H? На WCG и другие достойные проэкты есть, например недавно запустили проэкт по анализу микрофотографий результатов кристаллизации белков (улучшение техник кристаллизации белков для того, чтобы их можно было подвергнуть рентген-структрурному анализу и определить 3D-структуру ихнюю), называется Help Conquer Cancer
Так он еще и графику красивую рисует, если в виде скринсейвера юзать.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Dec 5 2007, 02:19
Пост #45


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Капитан RHAngel, 50177406 ?

Я написал ему в асю и попросил выставить страну


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

15 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 16th July 2019 - 12:07

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.