Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Simap, создаем базу данных сходств протеинов
Waldhausen
Mar 3 2006, 17:54
Пост #1


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 5
З нами з: 3-March 06
Користувач №: 188
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:
(Show/Hide)

IPB Image


02.02.2009
CODE
Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603


2.03.2009
CODE
140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE
http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
24 Сторінки V « < 20 21 22 23 24 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(315 - 329)
Arbalet
Nov 6 2013, 00:13
Пост #316


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



re_SET с набором 9 000 000 очков в SIMAP!!! aristokrat.gif bq.gif bq.gif Грандиозный результат! winner.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Nov 6 2013, 20:31
Пост #317


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Arbalet @ Nov 6 2013, 01:13) *

re_SET с набором 9 000 000 очков в SIMAP!!! aristokrat.gif bq.gif bq.gif Грандиозный результат! winner.gif


Спасибоexcl.gif И усмотрели же.... Догоняйте! koc.gif


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 10 2013, 17:16
Пост #318


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Набрал 2 миллиона. Пока что перехожу в ВЦГ, картографировать рак ... наверное до конца проекта smile.gif

Тем временем в СИМАПе половина сентябрьской пачки уже посчитана http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Nov 11 2013, 21:32
Пост #319


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Rilian @ Nov 10 2013, 18:16) *

Набрал 2 миллиона. Пока что перехожу в ВЦГ, картографировать рак ... наверное до конца проекта smile.gif

Тем временем в СИМАПе половина сентябрьской пачки уже посчитана http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php


Тоже пока по бейджик в МСМ...


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Nov 11 2013, 22:55
Пост #320


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



(re_SET @ Nov 11 2013, 21:32) *

(Rilian @ Nov 10 2013, 18:16) *

Набрал 2 миллиона. Пока что перехожу в ВЦГ, картографировать рак ... наверное до конца проекта smile.gif

Тоже пока по бейджик в МСМ...

Аналогично. awesome.png Ох и просядем в Simap...


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Nov 11 2013, 23:37
Пост #321


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Arbalet @ Nov 11 2013, 23:55) *

(re_SET @ Nov 11 2013, 21:32) *

(Rilian @ Nov 10 2013, 18:16) *

Набрал 2 миллиона. Пока что перехожу в ВЦГ, картографировать рак ... наверное до конца проекта smile.gif

Тоже пока по бейджик в МСМ...

Аналогично. awesome.png Ох и просядем в Simap...


Потом догоним.


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
gladiator_maximus
Nov 26 2013, 16:09
Пост #322


Все буде Україна!
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 036
З нами з: 29-January 10
З: 47°52'N,35°03'E
Користувач №: 1 284
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
ЦП-AMD FX 8300 3.6 GHz, ГП-Radeon RX 480 4 Gb; ОЗУ- DDR3 24 GB (1600MHz); SSD Iridium 256 Gb; HDD- Toshiba 2Tb+4Tb; / Intel® Xeon® CPU E5-2640 2.80GHz/16Gb DDR3 1333/RX 480 8 Gb/SSD 120 Gb



В пректе намечается переход на новый алгоритм и пересчёт старых данных.

Перевод (более-менее)...
Да, мы собираемся пересчитать таблицы SIMAP используя неэвристический алгоритм Смита-Уотермана (Smith-Waterman). В данный момент мы разрабатываем новую версию приложения для этого. Несколько месяцев назад мы анонсировали общие параметры нового приложения, по которым будут создаваться и настраиваться приложения для ЦПУ и ГПУ. Параллельно мы разрабатываем приложения для ОС Android, дабы расширить спектр применимых устройств.
Всё это является нашей текущей работой (в смысле, что не в свободное от основных дел время) и она движется хорошо. Мы надеемся начать бета-тестирование в начале следующего года. Пересчёт матриц подразумевает большой объём работы. Однако, мы предусматриваем некоторое ускорение расчётов за счёт оптимизации оборудования у нас. Общий объём работы будет определён после создания нового приложения. Пересчёт будет производиться в несколько этапов: белки из полностью распознанных геномов сначала, фрагменты природных последовательностей белков в конце. Это позволит нам поддерживать проект в работоспособном с точки зрения науки состоянии и актуальном состоянии.

http://forum.boinc.ru/yaf_postsm59055findl....aspx#post59055
http://boincsimap.org/boincsimap/forum/vie...21&p=9192#p9192
http://nar.oxfordjournals.org/content/earl...nar.gkt970.long


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 26 2013, 16:11
Пост #323


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Звучит интересно!

Я подключу часть компов, хотя в данный момент мне очень интересно посчитать MCM ...


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
kornq
Mar 3 2014, 16:09
Пост #324


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 116
З нами з: 10-April 09
З: Киев
Користувач №: 991
Стать: Чол
Парк машин:
Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB



Не знаю может вы уже в курсе на счет этого - http://www.samsung.com/at/microsite/powersleep/ ?


--------------------
Медали в WCG -
(Show/Hide)

 

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 3 2014, 17:15
Пост #325


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(kornq @ Mar 3 2014, 16:09) *

Не знаю может вы уже в курсе на счет этого - http://www.samsung.com/at/microsite/powersleep/ ?

хм, сразу не заметил что там про СИМАП smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
May 30 2014, 17:44
Пост #326


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 388
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



Згідно сьогодняшній новині від проекту SIMAP проект буде працювати лише до кінця поточного року SIMAP will leave BOINC by end of 2014


--------------------
(Show/Hide)






Folding@Home

Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Jun 1 2014, 20:51
Пост #327


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Vzik @ May 30 2014, 17:44) *

Згідно сьогодняшній новині від проекту SIMAP проект буде працювати лише до кінця поточного року SIMAP will leave BOINC by end of 2014



Тому пропоную нажати на проект, щоб зайняти достойне місце при закінченні! Завдання з'являються на початку місяця і рахуються тиждень чи два. Цей проект не дуже рахують, тому думаю, до кінця року можна бути в десятці!


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 2 2014, 08:24
Пост #328


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



ОМГ!

ок я подключаюсь обратно


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Jun 3 2014, 01:08
Пост #329


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



Нова пачка завдань буде 7-го числа!


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Jun 7 2014, 14:12
Пост #330


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



Є завдання!

В зв'язку з анонсованим завершенням підтримки проектом BOINC-платформи та переведенням його на розрахунок власними силами науковців (за допомогою ГПУ?) на початку 2015 року, пропоную максимально можливій кількості учасників долучитися до проекту, для того, щоб після його закінчення ми виявилися на достойному місці!
Слава Україні!


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

24 Сторінки V « < 20 21 22 23 24 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th March 2024 - 09:25

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.