Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Биологический проект
Alien
Jan 31 2010, 15:26
Пост #1


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
7 Сторінки V « < 5 6 7  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(90 - 102)
Death
Jun 7 2010, 15:46
Пост #91


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



боинк это не кластер и не грид.

рассчитывайте 1 юзер - 1 задание.

рассчитывайте на то, что 50% юзеров посчитают одно задание, отправят результат на сервер и больше никогда не вернутся. исходя из этого и надо делать проект.

я не в курсе как считается динамика для таких процессов.

может быть надо считать статику - один юзер щитает при т=0, Т=100 градусов, второй т=0.1 мс, Т=100 градусов и теде, а потом сервер уже склеивает эти "картинки" и получается "фильм".

как-то так...


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jun 12 2010, 21:37
Пост #92


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



хеллоу ребята, мне удалось запустить проект в громаксе на ГПУ Тесла 1060.
Я получил доступ на полигоне МГУ, кластер у них очень большой.. Так что благодарю их за возможность протестировать проект.
Очень долго этого ждал ибо годами были проблемы с запуском.. То было мало памяти на видеокарте, то еще что-то..

В общем с моими настройками параметров симуляции, у меня получился прирост в 6 раз больше, чем одно ядро AMD Opteron™ 270 2GHz процессора.
Как бы я ожидал большего, но все зависит от параметров.. собственно на сайте нвидиа это заметно, при использовании разных алгоритмов расчета для параллелизации.


Death, все верно, но тут Algon сделал классное предложение.
исходя из того чтоб жизнь задачи было около двух суток, значит нужно просто одно длинное время поделить на много маленьких кусочков, а потом сшить в одну траекторию.
да, разные температурные режимы нас тоже интересуют... а так же определение энергетического ландшафта свободной энергии Гиббса, для чего необходимо запускать много реплик.
Собственно вся разница лишь в подготовке проекта и боинк особо для них адаптировать не придеться..


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jun 12 2010, 21:51
Пост #93


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



на самом деле можно начать с простых вещей и программ.. которые немение актуальны.
мне кажется когда получим маленькую победу, более сложная проблема с громаксом сможет активней решаться.

к примеру, как уже писал есть программа Modeller - http://www.salilab.org/modeller/download_installation.html
чуть позже могу расписать как и что нужно сделать, с примерами.
Это тот случай когда для одгой структуры нужно лишь одно ядро и расчет модели происходит за минуту.
С боинком можно получить сотни тысяч структур и отобрать при этом лучшую.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Algon
Jun 13 2010, 12:58
Пост #94


Ambulance
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 899
З нами з: 11-November 08
З: Бердянск, СИЗО ГУВД :)
Користувач №: 862
Стать: Чол
Парк машин:
QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420.



Извиняюсь за длительное отсутствие, навалилась куча работы sad.gif
Запустил сборку openmpi-1.4.2, потом займусь Gromacs-MPI. Если все пройдет без ошибок, ближе к вечеру запущу пробный расчет. Кластер стоит наготове smile.gif

To Alien: нужно ли попытаться собрать GROMACS Double-Precision With OpenMPI? Или вы его не используете?

To Rilian: Возможна сборка всех этих пакетов под OSX, сможешь попробовать при возможности?


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jun 13 2010, 20:17
Пост #95


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



хэллоу,
ничего страшного, что задержался..
Double-Precision мы не используем, хотя бывали редкие случаи, когда двойная математическая точность спасала от проблем в нестабильных расчетах. 64 битная ОС и компиляции, наверное компенсирует..


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Algon
Jun 13 2010, 21:14
Пост #96


Ambulance
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 899
З нами з: 11-November 08
З: Бердянск, СИЗО ГУВД :)
Користувач №: 862
Стать: Чол
Парк машин:
QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420.



Пока результаты негативные, похоже начались настоящие проблемы smile.gif
Буду по возможности ковыряться дальше, рано или поздно что-нибудь получится.

Может действительно имеет смысл пока переключиться на Modeller, поскольку он обещает более быстрое получение результатов в виде рабочего модуля?
А затем можно будет и Gromacs довести.


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jun 13 2010, 21:49
Пост #97


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



давай с моделлера...
самое главное что теперь однозначно знаем какие проблемы у громакса и пути их решения..
а после тестов с гпу, я понять не могу что там F@H считает, с такими ограничениями)) все надежды на выход 4.5 громакса, с нативной поддержкой гпу.

чуть позже напишу список того, что нужно.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jun 28 2010, 03:39
Пост #98


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



сорри, ребята..немного пропал.. готовился к выступлению на рабочем съезде по медицинской информатике, который прошел 23-26 июня..
еще сделаю пару отчетов и буду более свободен.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 28 2010, 17:15
Пост #99


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Обязанности: организация диагностики пациентов, составление "карты здоровья", взаимодействие с медицинскими учреждениями, лабораториями диагностики, научно-исследовательскими центрами. В том числе, организация сотрудничества с исследовательскими группами работающими в области биоинформатики, драг-дизайна, математического и компьютерного моделирования биологических процессов, определения биомаркеров здоровья. В том числе c: www.23andme.com, www.rayandterry.com, www.google.com/health/

Требования: К.М.Н., 25-35 лет, энергичность, компетентность, знание английского. Резюме на почту: mi20022@ya.ru Зарплата 100000 рублей.

http://m-batin.livejournal.com/68981.html link.gif

ps: умный человек, подписывайтесь на rss thumbsup.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Aug 27 2010, 15:35
Пост #100


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



спасибо, пока в другое место устраиваться не хочу... сейчас планы на развитие науки в нашей стране..


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Finansist
Dec 12 2011, 04:23
Пост #101


Трохи обжився
**

Група: Trusted Members
Повідомлень: 18
З нами з: 12-December 11
Користувач №: 2 870
Стать: Чол
Парк машин:
Ноут AMD Athlon II x2 P340



Аж интересно, чем все закончилось?

ЗЫ: прочитал все от корки до корки, уж очень хочется понять окончание этого проекта.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Dec 12 2011, 15:56
Пост #102


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



ничем))
нет человека который бы занялся техническим решением данной проблемы, адаптации боинка под данные задачи по аналогии других проектов (F@H, etc).


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
smilesvua
Dec 13 2011, 00:42
Пост #103


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 876
З нами з: 5-January 11
З: Львов
Користувач №: 1 573
Стать: Чол
Парк машин:
Core i7 2600K@4.5/32gb/HD7950@1000 + MBP 13" 2015.



Может выложить на относительно общедоступное обозрение проблему и коллективное бессознательное поможет?


--------------------
Все будет хорошо.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

7 Сторінки V « < 5 6 7
Reply to this topicStart new topic
2 Користувачів переглядають дану тему (2 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 13:35

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.