Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[(_KoDAk_)]

-OIeksandr потенциальный активист (но пока не с нами) (
из слегка активных
-jeck (
- Sergey Stychynsky (
-

[Vladus]

ура с нами
max4dog

Растем!

[uNiUs]

Из тех украинцев, кто более-менее считает Розетту, но еще ни в какой команде не состоят :
jeck, Pavlo Narozhnyy, GNEEOT, OIeksandr, Igor Unzhakov, Woland, dad, Sergey Stychynsky, ndl, Anatoliy_SHUBA, Ayane, dukem.
Если кто-нить знает, как с ними связаться - отпишитесь, или сами намекните
А в общем - команда считает как никогда хорошо. Хотя надеюсь, что это еще не предел...
Можно даже сказать, что в Розетте Ukraine одна из самых сплоченных команд среди крупных проектов по боинку.

[(_KoDAk_)]

вот мы и на 93 месте

[Oleg82]

вот мы и на 93 месте

также все достижения бей в традиционную тему ЙО!

[x3mEn]

в мене Rosetta більше не роздає завдань...

[uNiUs]

в мене Rosetta більше не роздає завдань...

Можливо, ти випадково натиснув кнопку "Не запрашивать новые задания". Краще скопіюй лог, наприклад в такому вигляді:
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
19.08.2007 18:16:05|rosetta@home|Sending scheduler request: Requested by user
19.08.2007 18:16:05|rosetta@home|(not requesting new work or reporting completed tasks)
19.08.2007 18:16:10|rosetta@home|Scheduler RPC succeeded [server version 509]
19.08.2007 18:16:10|rosetta@home|Deferring communication for 4 min 2 sec
19.08.2007 18:16:10|rosetta@home|Reason: requested by project
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

[x3mEn]

в мене Rosetta більше не роздає завдань...

Можливо, ти випадково натиснув кнопку "Не запрашивать новые задания". Краще скопіюй лог, наприклад в такому вигляді:

та ні, цей варіант виключено, я вже перевіряв.
останній лог від rosetta такий:

19.08.2007 13:59:11|rosetta@home|Sending scheduler request: To report completed tasks
19.08.2007 13:59:11|rosetta@home|Reporting 1 tasks
19.08.2007 13:59:16|rosetta@home|Scheduler RPC succeeded [server version 509]
19.08.2007 13:59:16|rosetta@home|Deferring communication for 4 min 2 sec
19.08.2007 13:59:16|rosetta@home|Reason: requested by project

раніше, десь на 60% попереднього завдання, проект починав сам скачувати ще одне завдання. а тут, дивлюсь, не качає. окрім того faah скачує і обраховує свої завдання вправно.

вилікувалось Перезапуском проекта

хм... якщо таке буде повторюватись, від rosetta треба буде відмовитись,
як це було з Folding@Home - двічі обчислював завдання і двічі наприкінці підвисав комп, а після перевантаження результати обчислення злітали на 0. Може і збіг обставин, але я вирішив більше долю не випробувати.
тепер ось faah з місяць працює - політ нормальний.

[uNiUs]

та ні, цей варіант виключено, я вже перевіряв.
останній лог від rosetta такий:

раніше, десь на 60% попереднього завдання, проект починав сам скачувати ще одне завдання. а тут, дивлюсь, не качає. окрім того faah скачує і обраховує свої завдання вправно.

Спробуй тут збільшити кеш завдань (Connect to network about every
(determines size of work cache; maximum 10 days)) до 2-х днів і натисни кнопку "Обновить".

[x3mEn]

та ні, цей варіант виключено, я вже перевіряв.
останній лог від rosetta такий:

раніше, десь на 60% попереднього завдання, проект починав сам скачувати ще одне завдання. а тут, дивлюсь, не качає. окрім того faah скачує і обраховує свої завдання вправно.

Спробуй тут збільшити кеш завдань (Connect to network about every
(determines size of work cache; maximum 10 days)) до 2-х днів і натисни кнопку "Обновить".

в мене стоїть 0.3
останні 2 тижні я налаштувань не міняв, тому і дивно, що таке сталось.

[uNiUs]

в мене стоїть 0.3
останні 2 тижні я налаштувань не міняв, тому і дивно, що таке сталось.

Якщо стоїть кеш 0.3 - тоді зовсім не дивно. Бо в тебе ще й час обчислення стоїть 3 години. І якщо ще на 1 компьютері в тебе більш ніж 1 проект - тоді досить ймовірно, що попередне завантаження нової ВЮ може не відбутися вчасно. В тебе часто розраховується тільки 1 ВЮ, без попереднього завантаження. Це не дуже добре, як на мене. В мене час обчислення стоїть 24 години та кеш на 4 дні (на випадок проблем у провайдера, моєї довгої відсутності, стихійних лих, кінця світу тощо) і ще ніколи комп'ютер не залишався без роботи )))

[(_KoDAk_)]

У меня аналогично вычисления 24 часа кеш на 3 дня

[x3mEn]

Якщо стоїть кеш 0.3 - тоді зовсім не дивно. Бо в тебе ще й час обчислення стоїть 3 години......

Це все дуже добре, але до цього ж працювало майже 2 тижні. І зараз працює, і завантажує, а тоді не завантажувало навіть за примусового Оновити та інші шаманства. Тому це не аргумент.
Інтернет в мене постійний, проблем немає. Окрім того інший проект свої завдання того самого часу завантажував.
Врешті, якийсь ґлюк. Буду сподіватись, що не системний.

[uNiUs]

Виходячи з твого логу я не бачу навіть спроб Розетти зв'язатися з сервером(один із варіантів - кнопка Оновити). Твій кліент тільки відзвітував про обраховану ВЮ. Ніяких запросів на нові ВЮ, навіть не було синхронізаціі. Якщо хочеш розібратись - виклади весь лог мені в ICQ. Доречі добра новина - твоє завдання успішно зарахувалося, нові закачуються, тому не бачу причин для хвилювання. В мене кілька машин з досить поганим каналом інтернету працюють в Розетті з вищеописаними налаштуваннями працюють з листопаду 2006р - вищезазначених проблем не було. Доречі, на головній сторінці нашої команди я додав монітор статусу проекту. Можливо, це й зайве, бо сервери Розетти завжди працюють як годинник за виключенням досить коротких проміжків часу, відведених для профілактики серверів. Але таке буває нечасто, триває лише кілька годин та про це завжди можна прочитати на головній сторінці проекту.
Питання:Невже так важко виставити більший кеш? Хоча б до 1? Можеш мені повірити - для стабільності проекту це буде краще.

[x3mEn]

Питання:Невже так важко виставити більший кеш? Хоча б до 1? Можеш мені повірити - для стабільності проекту це буде краще.

А навіщо? Я приймаю участь у двох проектах, інтернет в мене є постійно. Навіть якщо припустити, що деякий час інтернету не буде, комп без роботи не залишиться, тому що буде обраховуватись завдання іншого проекту. Оскільки середній час обчислення одного завдання 3-5 годин, то це означає, що інтернету має не бути десь близько стільки ж. А в мене такого практично не було. Більш того, на тижні комп в мене працює в середньому тих самих 5год. на день, тому навіщо мені пачка завдань на 24 год. обрахунку? :-/

Зараз все ґаразд, як тільки минає 50-60 %% минулого завдання, шедулер скачує наступне завдання. Що стосується того випадку, то проект завдань не скачував близько 24 години. Як тільки я дав команду Перезапустить проект, відбулась заміна модулів і одразу було скачано завдання. І до досі все нормально. Тому ніякого зв'язку з поняттям кешу я не бачу.