Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> А зачем мы считали?
tyoma
Jan 28 2011, 21:39
Пост #1


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 823
З нами з: 9-June 04
З: Надвірна
Користувач №: 53
Стать: Чол



После 2007 года - я не вижу ни привета ни отчета по этому проэкту. Сайт в полудауне. В общем логичный вопрос - нас кинули? И второй вопрос - а где написано, что нас опять не кидают/будут кидать в подобных проэктах? В ФАДе как бы говорилось про открытость результатов, так где они? Ну или раскажите про тяжелую судьбу создателей ФАДа, хоть какую то, кто то знает?


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
2 Сторінки V < 1 2  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 21)
Alien
Jan 29 2011, 01:31
Пост #16


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



oni vzali v primer villin, potomu chto odin i malenkih belkov dlya udobstva. no raznaya posledovadelnost aminokislotnuh ostatkov butet po raznomu vliyat na folding. no ya ne videl chtob oni issledovali raznue variacii posledovadelnostei... esli eto tak to razvitiya u nih net, biologicheskogo


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
UA_Lex
Jan 29 2011, 20:59
Пост #17


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 189
З нами з: 5-August 09
З: Бердянск
Користувач №: 1 130
Стать: Чол
Парк машин:
Проц - AMD Athlon BE 7850@2800 MHz Видео - ATI Radeon HD 4870@750/900 Память - 4 Gb



У меня тоже иногда возникают сомнения в перспективности фолдинга. В свете того, что никак не появится 7 версия клиента, что нет нормального клиента для ати/амд карт, такое ощущение, что они сами не особо заинтересованы в более эффективном использовании имеющихся ресурсов. Надеюсь, что я ошибаюсь.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Jan 29 2011, 21:46
Пост #18


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



имхо, лучше греть воздух Розеттой. Хотя то же - они не могут (не имеют морального права) сделать задачи на ПАРУ гиг ОЗУ и на 5-6 суток счёта.
Мне понравилось, какие задачи появились пару лет назад.
Пора уже сделать новые мега-задачки для ЦПУ-2011.
И fold-it имхо интересная идея, особенно, если они реально используют данные умных человечков из сосайети. Т.к. см. моё слоган под аватаром, имхо.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
whynot
Jan 29 2011, 22:06
Пост #19


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 378
З нами з: 8-December 08
Користувач №: 882
Стать: Чол
Free-DC_CPID
jabber:whynot@jabster.pl



Если говорить за FAH, то для меня это довольно болезненная тема. За полгода до перехода в язычество, у меня сложилось стойкое ощущение, что VP попросту капитализировал проект. Я помню, все эти объявления "VP прочитал лекцию тут", "VP присутствовал на зборах здесь". При этом на интересы негров -- плевать. Я признаю, AMD64 в 32bit это позор, но этот позор это факт; три раза подряд ему впихивают 64bit ядро. Три клиента лежат -- нет задач для вас, через два дня я их просто положил и в течении недели каждый день поднимал для проверки -- а может меня уже помиловали? Еще нет.

При этом -- главное, чтобы все выглядело гламурненько. Скандальные треды молча переводятся в шум и через две недели исчезают. Журнализдов снаружи (а откуда им еще там взяться?) трогать низзя. Идиотка постит месидж, что FAH выбран для исследования "open source community"; ей намекнули, что FAH никаким боком не "open source". Не знаю чем там у них это исследование закончилось, но я тоже как то в этом поучаствовал. Так мой пост удалили. (Я компетентен судить об этом, мои оба биологических родителя -- журнализды.)

Я не рисуюсь, мне действительно плевать, чем там зарабатывает VP. Мне нужно, чтобы оно считало. Is it really that much?

В boinc тоже не все зашибись. Но, по крайней мере, есть что считать.


--------------------
--
А ты готов к третьему майдану?
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
A1ex01
Jan 29 2011, 22:32
Пост #20


round catcher)
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 389
З нами з: 27-August 08
З: Kyiv
Користувач №: 809
Стать: Чол
Парк машин:
хз*X2/2/500/хз*5870 ц7x64



меня отвернули от фолдинга бонусы на процах
если им нужен результат -на видяхах его быстрее получить, причем на ати еще быстрее. А они ввели какие то бонусы вместо новых клиентов ати...
+столько времени нет позитивных результатов...


--------------------
Stats: RC5-72 OGR-(26 /27 /28 ) Mag@(free-dc /boinc)
support: BTC 3Po6aejsoZM7bQvo138fuYwaLc67bzMfEr
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 30 2011, 00:26
Пост #21


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com





vijay смотрит на вас...


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 30 2011, 00:32
Пост #22


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



не работает картинка
кстати, в инглиш версии больше список публикаций http://folding.stanford.edu/English/Papers#ntoc8 есть даже за 2010 год

Нашел интересную для себя информацию
QUOTE
ABSTRACT. Multiple variants of the AMBER all-atom force field were quantitatively evaluated with respect to their ability to accurately characterize helix-coil equilibria in explicit solvent simulations. Using a global distributed computing network, absolute conformational convergence was achieved for large ensembles of the capped A21 and Fs helical peptides. Further assessment of these AMBER variants was conducted via simulations of a flexible 164-residue five-helix-bundle protein, apolipophorin-III, on the 100 ns timescale. Of the contemporary potentials that had not been assessed previously, the AMBER-99SB force field showed significant helix-destabilizing tendencies, with beta bridge formation occurring in helical peptides, and unfolding of apolipophorin-III occurring on the tens of nanoseconds timescale. The AMBER-03 force field, while showing adequate helical propensities for both peptides and stabilizing apolipophorin-III, (i) predicts an unexpected decrease in helicity with ALA to ARG+ substitution, (ii) lacks experimentally observed 3-10 helical content, and (iii) deviates strongly from average apolipophorin-III NMR structural properties. As is observed for AMBER-99SB, AMBER-03 significantly overweighs the contribution of extended and polyproline backbone configurations to the conformational equilibrium. In contrast, the AMBER-99phi force field, which was previously shown to best reproduce experimental measurements of the helix-coil transition in model helical peptides, adequately stabilizes apolipophorin-III and yields both an average gyration radius and polar solvent exposed surface area that are in excellent agreement with the NMR ensemble.

как я и говорил тут сразу виден методологический характер исследований.
при построении белково-нуклеиновых комплексов в 2011 году, мне понадобится эта информация ибо я хотел использовать силовое поле AMBER-03 и думал над тем почему остальные используют AMBER-99.
http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0010056

почитал чуть дальше
QUOTE
Simulations were then run in parallel on a local computing cluster using the AMBER-94, AMBER-99w, AMBER-99SB, and AMBER-03 force fields with 12 A ° cutoffs imposed on non-bonded interactions to accurately account for tertiary contacts within the helical bundle. Eight 100 ns simulations per force field were conducted, yielding a total apoLp-III sampling time of 3.2 ms. Each 100 ns simulation of this system, composed of 40,118 atoms in all, required approximately 6 months of wall-clock time on a single 2.5 GHz Xeon processing core.

еще писали сэнки волонтерам ФАХ


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

2 Сторінки V < 1 2
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 21st October 2019 - 02:44

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.