Версія даної теми для друку

Натисніть сюди для перегляду даної теми у оригінальному форматі

Розподілені обчислення в Україні _ Медико-біологічні _ RNA World (beta)

Автор: nikelong Jan 2 2010, 02:07

Проект "RNA World (beta)"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 03.01.2010 Капитан - distributed.org.ua
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите http://boinc.berkeley.edu/download.php (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://www.rnaworld.de/rnaworld/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется http://www.rnaworld.de/rnaworld/team_display.php?teamid=671. Нажмите Join чтобы вступить в команду.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Новичкам: http://distributed.org.ua/index.php?go=Pages&in=view&id=170, как поставить и настроить BOINC-менеджер
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте - общая информация (на английском):
RNA World занимается исследованием РНК разных оргинизмов: от простейших, до РНК человека
(Show/Hide)

Project description

RNA World is a distributed supercomputer that uses Internet-connected computers to advance RNA research. This system is dedicated to identify, analyze, structurally predict and design RNA molecules on the basis of established bioinformatics software in a high-performance, high-throughput fashion.

In contrast to classical bioinformatic approaches, RNA World does not rely on individual desktop computers, web servers or supercomputers. Instead, it represents a continuously evolving cluster of world-wide distributed machines of any type. As such, RNA World is very heterogenous and, depending on the sub-project, currently addresses Internet-connected computers running Linux, Windows and OSX operating systems - your computer could be an important part of it. The fact that hardware and electricity costs are shared among the volunteer contributors raises the possibility of performing interesting analyses which under economical aspects would often not be affordable. In return, RNA World is not for profit, exclusively uses open source code and will make its results available to the public.

In its present form, RNA World runs a fully automated high-throughput analysis software version of Infernal1, a program suite originally developed in Sean Eddys laboratory for the systematic identification of non-coding RNAs. The goal of this RNA World sub-project is to systematically identify all known RNA family members in all organisms known to date and make the results available to the public in a timely fashion. With your help, we also aim at supplying established bioinformatic databases such as Rfam2 with our results to help reduce their future maintenance costs.

In contrast to other distributed and grid computing projects, the RNA World developers are currently designing generalized user interfaces that, in parallel to the projects our own research team is following up, allow non-associated individual scientists to submit their own projects in a manner similar to using a web server interface - of course, free of cost.

RNA World is developed by the German non-profit association Rechenkraft.net e.V. and is solely operated by volunteers. At present, it is in closed alpha phase. Cooperation partners are the Philipps-University of Marburg (Germany) and the Indian Institute of Science in Bangalore (India); further cooperation partners are welcome. Scientists having suggestions for specific RNA relevant software that is worth considering integration into the RNA World distributed supercomputer are welcome to contact us with a brief proposal.

Why RNA?

Every protein in a cell is produced from a transiently synthesized messenger molecule, termed mRNA. This mRNA is then recognized by a cellular machinery that translates the base sequence of mRNA into its corresponding protein (which is a sequence of amino acids). This protein synthesis machinery, termed ribosome, is actually a ribozyme, i.e. it is a catalytically active assembly of several RNA molecules. Consequently, RNAs do not only serve as messenger molecules or perform structural functions as e.g. in tRNA but may also act as catalysts that perform biochemical reactions as is the case for protein enzymes. Of course, the ribosome also contains numerous proteins as it is a very complex ribonucleoprotein particle but these predominantly serve structural functions, e.g. to give the ribosome its shape.

Fascinatingly, the initial analysis of the human genome sequence revealed that, apparently, only a very small fraction of the DNA of our genome is encoding proteins. Scientists at first thought "what is all this junk DNA about?" or "can't we just delete it?". Today, it has become clear that probably a major fraction of regulatory events taking place in a human cell might be governed by small RNAs, the so-called miRNAs. Among other functions, these appear responsible for making sure that a skin cell becomes a skin cell while a muscle, liver or hair cell differentiates to a muscle, liver or hair cell during development and all this although the genetic material (DNA) of all of these very different cell types is essentially identical. On top of that it seems that many cancer types are accompanied by or even result from a deregulated miRNA profile in the affected cell. Moreover, viruses have been discovered to bring along miRNAs to modify the target cell's regulatory network leading to diseases.

Hence, we can clearly state that investing into RNA research, e.g. by supporting the RNA World distributed supercomputer project, will ultimately lead to important discoveries that might also have significant impact on future health care.


Подпроекты: (http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en)

Project: CRISPR

(Show/Hide)

The http://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR elements are part of a http://en.wikipedia.org/wiki/Prokaryote defence system directed against external attacks by e.g. http://en.wikipedia.org/wiki/Virus and may be viewed as a simple http://en.wikipedia.org/wiki/Immune_system of microorganisms.

By employing RNA World to systematically screen organisms for the presence of the various types of this defence machinery, we hope to acquire important information on the global distribution and varieties of this system. There is an enormous repertoire of potential applications to the results of such analyses ranging from the improvement of industrially relevant microbial food production to novel ways of coping with multi-drug resistant pathogenic bacteria.


Project: GEMM

(Show/Hide)

The http://en.wikipedia.org/wiki/Cyclic_di-GMP_riboswitch is a so-called cis-acting riboswitch designed to detect the second messenger cyclic di-GMP. The bottom line is that GEMM is an upstream terminal part of an mRNA that can bind to this small signal molecule. Upon binding, its structure is modulated such that the downstream part of the mRNA which encodes a protein is affected in such a way that, depending on the type of GEMM motif, the corresponding protein production is either activated or inactivated. Hence, GEMM serves as an RNA-based molecular switch to control protein production.

The reason for why we are interested in this RNA module is twofold: (1) its switch properties make it very useful for synthetic biology applications and (2) GEMM controls production of proteins that are essential for the capability of certain pathogens to attack human cells. Examples for such pathogens are the cholera-causing bacterium Vibrio cholerae or Bacillus anthracis which is responsible for anthrax. What RNA World does is a systematical screen of all completely sequenced organisms in order to identify this GEMM motif.


Project: 6S

(Show/Hide)

6S RNA is a small non-coding RNA of about 200 nucleotides in size which is widespread among bacteria and occasionally even occours in multiple gene copies within a given species. It appears to represent a system to preserve RNA polymerase under conditions of nutrient limitation. Interestingly, due to its special structure, this RNA may serve as a template for bacterial house-keeping RNA polymerase to generate small miRNA-sized RNAs upon nutrient re-supply, thereby demonstrating that RNA polymerases can act as both DNA-dependent RNA polymerases and RNA-dependent RNA polymerases.

In this project we attempt to chart the presence of this regulatory system in all completely sequenced organisms.


Project: Thermo

(Show/Hide)

All organisms examined so far to this respect respond to a sudden decrease in ambient temperature by inducing a specialized genetic program termed the cold shock response (CSR). This cellular stress response is designed to cope with a broad variety of temperature-dependent modulations of molecular structures, transport processes, chemical reactivities, and many more.

The goal of this project is to systematically identify non-coding RNAs (ncRNAs) involved in thermoregulation in all organisms whose genomes have been completely sequenced.


Project: Mtb, Myctu, Mycle & Myc - изучает РНК туберкулезных палочек

(Show/Hide)

http://en.wikipedia.org/wiki/Mycobacterium_tuberculosis is the the causative agent of http://en.wikipedia.org/wiki/Tuberculosis (TB) which is a world-wide pandemic that is contagious and spreads through the air. Scaringly, more than two billion people, equal to one third of the world’s total population, are infected with TB bacilli. Even worse, multidrug-resistant TB (MDR-TB) is a form of TB that does not respond to the standard treatments using first-line drugs and is present in virtually all countries surveyed by WHO and its partners. Strikingly, a total of 1.77 million people died from TB in 2007, equal to about 4800 deaths a day which makes TB one of the world's major causes of death.

Since it is known that certain non-coding RNAs (ncRNAs) are required to control the ability of many pathogens to infect their hosts, in this project we undertake an exhaustive search to map all ncRNAs known to date in this organism. Moreover, including the leprosy-causing agent Mycobacterium leprae, we extend our bioinformatic analyses to all fully sequenced strains of the genus Mycobacterium and also compare pathogenic versus non-pathogenic strains to possibly identify ncRNA-based differences that might be involved in virulence processes. To validate the biological and medical relevance of our computational investigations, laboratory experiments are performed in cooperation with our research partners in India. It is clear that the potentially possible identification of a ncRNA which is essential for pathogenicity of this organism may represent an excellent novel drug target to battle TB in the future.


Project: sRib

(Show/Hide)

Ribozymes are non-coding RNA molecules that, like protein enzymes, catalyze chemical reactions. Examples are the hammerhead ribozyme, the HDV ribozyme, the hairpin ribozyme and many more.

In this project we are screening the kingdom of life for the presence of ribozymes. We also include artificially designed ribozymes in order to find out whether natural analogs exist.


Project: tRNA & tRNA-like

(Show/Hide)

tRNAs are essential components of the cellular protein production machinery but also serve a number of additional functions as e.g. regulating gene expression in conjunction with the T-box element or are utilized as primers for reverse transcription of the HIV genome, a process essential for viral integration into the host genome. Moreover, tRNAs are also required for building the bacterial cell wall and occur in certain lipids making them an extremely versatile molecule family. Interestingly, a number of tRNA-like sequences have been identified in plant virus genomes and appear to be linked to the regulation of viral replication.

In this project, we aim at compiling a complete survey on the occurrence of tRNAs and tRNA-like sequences hoping to identify even more variety in this fundamental molecule class.


Project: T-box

(Show/Hide)

The T-box leader is part of the 5' end of a number of mRNAs and represents an RNA element that serves a regulatory function in controlling protein production by interacting with non-charged tRNAs.

In this project, the RNA World supercomputer is utilized to identify T-box elements throughout the kingdom of life.


Project: GA

(Show/Hide)

Whenever a new genome sequence is published, its sequence of letters (i.e. the bases of the DNA molecules it contains) is annotated computationally. During this process, all regions are being identified that, based on the standard genetic code and a number of well-known rules, code for proteins. Besides ribosome-related RNAs such as rRNAs and tRNAs and a number of universally occurring non-coding RNAs, the majority of ncRNAs usually escape detection. In this project, we focus on exclusively filling in the gaps resulting from current protein-focused genome annotation procedures by systematically identifying ncRNAs and by adding our results to those generated by the standard methods.


-------------------------

Ссылки по теме:График ППД команды "Ukraine"
(Show/Hide)


Автор: Rilian Jan 7 2010, 14:39

additional participants will be allowed to participate presumably later this month. An appropriate announcement will be placed in the project's info section.

проект обещают сделать публичным к концу января 2010

Автор: Rilian Jan 18 2010, 14:39

2010-01-18: RNA World - Again more work
The server is currently preparing another set of approx. 8500 work units. Following that I will add even more. Our change in HR settings seem to work just fine so we are getting closer and closer to finally going public. However, it seems that our server might be too weak for full operation since it is also hosting the Yoyo@home project. As a consequence, we will move RNA World to a different machine. ;-) Michael.

регистрация пока закрыта sad.gif

Автор: Death Jan 18 2010, 17:21

http://boinc.info/projects/www.rnaworld.de_rnaworld/

картинки проекта

Автор: Alien Jan 27 2010, 15:17

могу поделиться видео молекулярной динамики транспортной РНК, сделанная в нашем отделе.
А то у Death-а статические картинки -менее неинтересно wink.gif Если мне память не изменяет, то данное видео в пределах 1 нс, при температуре 37 по цельсию, давление 1 атм.

Автор: Death Jan 27 2010, 16:45

немного посчитал под админским акком.

то есть вот это то что происходит "в животе" за 1 нс?

Автор: Alien Jan 27 2010, 17:13

эта траектория была посчитана в 2005 году где-то, на кластере КНУ. Этим я не занимался, но скоро буду ставить белково-нуклеиновые комплексы (эти 2 шт. тРНК + димер тирозил-тРНК синтетаза, которую можно увидеть в ролике о молдингриде).
Выглядит ли динамика так в клетке, ну приблизительно да..данная конформация была с учетом окружения молекул воды и солей, с определенной концентрацией. Вода и соли были удалены из визуализации.
Тоесть динамику в реальном времени зафиксировать почти нереально - будут одни смазы. Разве что понижать температуру, но от этого изменятся все показатели и самое главное сама конформация..
Есть еще метод Ядерно Магнитного Резонанса (ЯМР-спектроскопия, но это очень дорогое удовольствие + ограничение объектов до ~3000 атомов). Хотя тут получится ансамбль статических структур, а не динамика.
Мы стараемся для контроля сравнивать результаты после кристаллографии->динамика и ЯМР->динамика.. результаты достаточно схожи.

Сложность заключается в том, что любая структура, имеет большое количество локальных минимумов в своем энергетическом ландшафте (свободная энергия). Каждый локальный минимум соответствует стабильной конформации белка, чем их больше тем больше рецепторов для докинга получаем и тем больше результатов по эффективности или по безопасности. Есть переходящие состояния, это когда энергетика стремится преодолеть энергетический барьер, перейдя в другую конформацию, таким образом получается фолдинг. Но для этого нужно много времени в расчетах. Вот еще почему многие работают с маленькими объектами.

Автор: Rilian Jan 28 2010, 23:31

2010-01-25: The server is currently delivering another set of approx. 25.000 work units. After that, we will have to do some in-depth analysis of the results acquired so far and maybe use the idle time to migrate the server to a new machine which, hopefully, will be an Intel i7-based quad core with 12 GB of RAM and a dual 1.5 TB HD RAID system.

;-) Michael.

Автор: Death Jan 29 2010, 11:12

сцко лучше бы написал что паблик сделают чем квадами хвастаться.

Автор: Rilian Jan 29 2010, 12:51

QUOTE(Death @ Jan 29 2010, 11:12) *

сцко лучше бы написал что паблик сделают чем квадами хвастаться.

думаю сделают Public сразу когда перейдут на новый сервер.

Автор: Rilian Jan 31 2010, 17:05

2010-01-31: RNA World has successfully moved to a new server based on an Intel i7-920 Quad-Core machine with 12 GB of RAM and a dual 1.5 TB RAID system, as announced earlier. The server now also runs everything on a 64 bit basis, in contrast to the previous one where everything was 32 bit. As a consequence, a lot of stuff had to be de novo installed, recompiled and currently we run test work units to check for proper function of the system. If you receive an ERROR 403 please just clear your DNS cache (simply restart your machine) to solve this issue. Thanks to the many generous donations and Yoyos ambitious commitment we could put this significant project improvement quickly into practice. Please note that it might still be possible that we detect the one or the other issue.Michael.

Создание аккаунтов пока запрещено sad.gif

Автор: Death Feb 1 2010, 11:34

вот что они собираются делатью

In its present form, RNA World runs a fully automated high-throughput analysis software version of Infernal1, a program suite originally developed in Sean Eddys laboratory for the systematic identification of non-coding RNAs. The goal of this RNA World sub-project is to systematically identify all known RNA family members in all organisms known to date and make the results available to the public in a timely fashion. With your help, we also aim at supplying established bioinformatic databases such as Rfam2 with our results to help reduce their future maintenance costs.

Автор: Rilian Feb 1 2010, 13:27

We now have to thoroughly test the new server, check the results and then new participants will be allowed. ;-)
Michael.

Мы сейчас тестируем сервер, потом проверяем результаты, и открываем создание аккаунтов ;-)
Майкл

Автор: Death Feb 1 2010, 20:42

ready steady GO!

Автор: Rilian Feb 1 2010, 21:11

QUOTE(Death @ Feb 1 2010, 20:42) *

ready steady GO!

шо го?
все закрыто

Автор: Death Feb 1 2010, 22:14

ладно, пока просто приготовились )))

Автор: Rilian Feb 2 2010, 15:56

2010-02-02: We are currently looking for a few people willing to help in our testing efforts who exclusively use Windows 2000 as operating system. Please contact us.Michael.

В проект приглашаются счастливые обладатели Windows 2000 которые хотели бы протестировать проект на этих ОС (и сообщить о найденных багах)

кто заинтересовался, пишите на mw@rnaworld.de чтобы вам создали аккаунт

Автор: Death Feb 2 2010, 23:53

кто может поднять виртуалку? ))

Автор: Rilian Feb 2 2010, 23:54

QUOTE(Death @ Feb 2 2010, 23:53) *

кто может поднять виртуалку? ))

та ладно, и так скоро откроют. Пока есть что кранчить

Автор: nikelong Feb 3 2010, 00:49

кто может поднять виртуалку? ))

Это спрашивай в ветке ДАЙМСА.
Там есть люди с кучей 2000-х виртуалок happy.gif

Автор: Rilian Feb 6 2010, 18:00

регистрация открыта!

http://www.rnaworld.de/rnaworld/

Автор: Rilian Feb 8 2010, 15:54

есть ВЮ

2010-02-08: A warm welcome to the many newly registered participants. ;-) I will release a set of new work units today so that you guys get an idea about what computing for RNA World feels like. As always, we will be doing useful stuff, so these are no dummy WUs or so.
;-)Michael.

Автор: Rilian Feb 8 2010, 23:45

Проект довольно калориен!

Автор: Rilian Feb 10 2010, 16:17

Results ready to send 11,256

Автор: Rilian Feb 13 2010, 20:17

CMC work units available for Linux x64 systems
The new CMCALIBRATE (CMC) WUs for Linux x64 have been generated and uploaded to the server. Following their completion, a second set of CMC WUs will be released for Windows x64. Afterwards, results will be compared and then there should be no more WU shortage since on the basis of the CMC results we will most likely commence with CMSEARCH mass production. In parallel to this weekends CMC WUs, additional CMSEARCH WUs will be fed into the system to ensure that those of you who do not run Linux x64 systems will have something to munch on. For the CMC guys, please note as stated in the FAQ: You may experience huge hardware demands for some of these WUs with RAM requirements above 1.5 GB per WU and run times of maybe even a week. If you have a multicore machine, be aware that the RAM requirement in the worst case might have to be multiplied by your core number. Now you will understand, why we run CMC exclusively on x64 machines at present. Of course, I exaggerate a bit here, but it is better to be prepared than to experience unwelcomed surprises. I do not think that there is another DC project out there at present that beats us in what we have to demand from our participants. Consequently, your efforts are most welcome.
Michael. 13 Feb 2010 16:19:28 UTC

---

The current sets of work units have remarkably short run times, so our server is currently preparing WUs which are almost immediately getting downloaded and will be returned successfully within a few minutes - sometimes even just within a few seconds. So, the server intentionally gets some hard beating today. For us, this is important to check out the limits such that we can combine the work packet contents more effectively in the future, i.e. avoid releasing short WUs only, but sort of "sprinkle" them amongst larger ones. There is more CMSEARCH work in the pipeline and some time during the weekend I intend to put a set of "heavy duty" CMCALIBRATE work units online. For reasons of internal result comparison, this time, they will be assigned exclusively to Linux-64 machines.

Michael. 12 Feb 2010 15:48:57 UTC

Автор: Rilian Feb 25 2010, 12:35

в проекте не хватает машин с Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
help.gif
http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php


Автор: Rilian Feb 25 2010, 16:36

Обновлены часто задаваемые вопросы по проекту
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/FAQ/en

Обновлена страница научных целей проекта
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en


Автор: Rilian Feb 26 2010, 20:53

Были ВЮ

Сейчас осталось много вю под Linux x64


http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php

Автор: Rilian Mar 4 2010, 17:45

2010-03-04: The entire set of CMC work units for Linux x64 machines is almost complete now and so is the current CMS bundle. We have already prepared the first eukaryotic organisms which will cause significantly more traffic during download and correspondingly require more HD storage as well. As soon as the results have been assembled (a matter of just a few days), we will normalize the client server communication intervalls such that all the problems that occurred with the last CMS work units will not reappear. We will then release a set of CMC work units for Windows x64 only plus a first test set of the eukaryotic CMS WUs for all systems to check whether it runs smoothly. If that is the case, we will fill up the server with more work. Exact dates will be announced here. Thank you all for your patience and help with the trouble shooting.
Michael.

Вобщем, скоро будут ВЮ cool2.gif

Автор: Rilian Mar 6 2010, 22:12

Обещают новые ворк-юниты на этих выходных!

2010-03-06: This weekend we will release new work. As announced earlier, first we will send out two sets of CMC WUs exclusively for Windows x64 machines. These will be submitted this evening. In parallel to that we will upload our first CMS test set of WUs to analyze eukaryotic organisms including the human genome to all systems. Please note that these WUs will require a broadband internet connection since the sizes of the genomes of these organisms are one to two orders of magnitude larger than all what we have analyzed so far. Importanly, run times can be significantly longer as well with up to 100 hrs for a single WU.
Michael.

Будут новые задания по исследованию организмов-эукариот, включая людей huh1.gif , кроликов bunny.gif и танцующих бананов dance.gif

QUOTE
Эукариооты, или Ядерные (лат. Eucaryota) — надцарство живых организмов, клетки которых содержат ядра. Все организмы, кроме бактерий и археев, являются ядерными.

Животные, растения, грибы, а также группы организмов под общим названием протисты — все являются эукариотическими организмами. Они могут быть одноклеточными и многоклеточными, но все имеют общий план строения клеток. Считается, что все эти столь несхожие организмы имеют общее происхождение, поэтому группа ядерных рассматривается как монофилетический таксон наивысшего ранга. Согласно наиболее распространённым гипотезам, эукариоты появились 1,5—2 млрд лет назад. Важную роль в эволюции эукариот сыграл симбиогенез — симбиоз между эукариотической клеткой, видимо, уже имевшей ядро и способной к фагоцитозу, и проглоченными этой клеткой бактериями — предшественниками митохондрий и хлоропластов.

Автор: Rilian Mar 7 2010, 01:59

Оптимизировали сервер и приоритеты подпроектов

QUOTE
2010-02-21: We have tweaked a bit server-side on the application priorities such that CMC WUs will go out preferentially compared to CMS WUs. This should help to avoid displacing CMC WUs that are already in progress by CMS WUs which have much shorter deadlines. Moreover, it should help those of you running many machines that differ in OS to make sure all systems are being served without having to disable the one or the other application manually anymore (as e.g. CMS on Linux x64). Additionally, it should reduce the need for setting up complex profiles for individual machines. Please note that CMC WU completion always is of major importance to us since this process represents the bottle neck for all of our current downstream analyses. Also, due to the floods of rather short WUs our server is having a hard time on the MySQL side. In response to this, we have altered the scheme by which work is fed into the RNA World system such that in the future the run time distribution can be controlled much better. At present, the server has some sort of a protection setting that simply reduces the server responsiveness if too many clients ask for communication in a very short period of time. At your end it might therefore look as if no work was there or as if the server is down. But be assured, both should not be the case, so just keep on crunching. koc.gif
Michael.

Автор: Rilian Mar 8 2010, 22:54

Варнинг, ВЮ идут реально жирные, в требованиях от 950МБ памяти на ВЮ, но они могут сами увеличиваться до 2.8 Гиг (и это все на 1 ядро!)

замечено на заданиях с типами horse (лошадки), human (хумансы) и cattle (крупный рогатый скот)

Автор: Rilian Mar 9 2010, 15:29

3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: No work sent
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 1907.35 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.


Автор: Rilian Mar 10 2010, 01:11

В RNA World щяс идет пачка очень требовательных к памяти заданий проекта CMSearch, причем в них нету чекпоинтов (сохраняться нельзя). Замечены экземпляры до 7ГБ!

IPB Image

Проблема с памятью http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10738, админы занимаются, дальнейшее тестирование в данный момент пока не нужно, поэтому рекомендую временно отключить проект на машинах с памятью меньше 4ГБ во избежание потери очков. На машинах с 2ГБ ВЮ вылетают довольно часто

Автор: Rilian Mar 10 2010, 03:22

QUOTE(Rilian @ Mar 10 2010, 01:11) *

В RNA World щяс идет пачка очень требовательных к памяти заданий проекта CMSearch, причем в них нету чекпоинтов (сохраняться нельзя). Замечены экземпляры до 7ГБ!

Собственно, на сервере уже предприняты меры по недопущению машин с малым кол-вом памяти к рассчетам.

QUOTE
3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: No work sent
3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: cmsearch needs 953.67 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.
3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: cmsearch needs 1907.35 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.
3/10/2010 2:50:40 AM RNA World Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.

Автор: Rilian Mar 10 2010, 13:07

Координатор проекта рассказывает о себе, о проекте, о том как устроена их работа итд. Довольно интересно

Just a few things for clarification (I always try to take comments serious although, sadly, sometimes people make it really very hard by the style they do communicate). RNA World is a bioinformatics project, so we do not need a lab at all. A few computers and a good webserver is sufficient. Still, as you can see from our cooperation partner list, we do clearly have the capabilities of performing lab experiments to validate our computational results. In fact, I work in an RNA lab every day with more than 10 years of practical experience in a diverse set of scientific fields. And yes, we do outsource server hosting to professionals while we keep server administration in house. This, to our experience, is the best and most economic way to do it. And we do indeed have at least some experience since we operate in DC for more than 10 years now. First we "only" participated in DC projects. Then we started the Yoyo@home project to help scientists not too firm with BOINC to acquire more volunteer support for their projects. We achieved that by wrapping a set of clients of non-BOINC projects we liked into the BOINC infrastructure and, apart from your crediting concerns, I think we did a nice job (and Yoyo is the driving force here). This scenario allowed us to gain a lot of practical experience over many years in this "business" (yeah, I hate that word in this context); also in terms of user requirements and support. And now, we are implementing our own scientific project in which we use established software plus own software developments to put into practice our own research ideas. You can say that we have evolved from a DC community to DC project developers. So, what is bad about that?

Finally, concerning myself (since you addressed this issue), maybe you have overlooked that I am not a Ph.D. student; I am holding a doc degree in natural sciences (Dr. rer. nat., chemistry) for quite some time now and I am the principal investigator at Rechenkraft.net you were seemingly looking for (and yes, I do not get paid for doing that like nobody at Rechenkraft.net gets paid for anything; it is just our spare-time interest but that has lasted in a sustained manner over a decade). That said, I would like to say that - as we witness in DC every day - volunteers can contribute significant efforts towards achieving meaningful scientific results. Hence, I do not give much on degrees (although from your writing it appeared to me that it seems important to you). Rather, a nice style of cooperative working together is what I have in mind where everybody can input small ideas. That, taken together, will ultimately give a nice overall picture. I believe, DC is not at all about competition as always claimed. If you look a bit beyond competition in terms of who has the fastest machine, you will find that a bigger goal is achieved COOPERATIVELY. And that, to date, to my opinion, is the most powerful principle in nature - not competition. But maybe let us better keep that aside for now. So to say as a philosophical side remark...

Michael.

пост: http://www.free-dc.org/forum/showpost.php?p=142234&postcount=38
весь топик: http://www.free-dc.org/forum/showthread.php?p=142234

Автор: Rilian Mar 12 2010, 11:57

QUOTE
I think we found a solution for the RAM issue. But this might take some time to implement.

Michael.


QUOTE
Я думаю мы нашли решение проблемы с нехваткой оперативной памяти при рассчетах. Но это займет некоторое время, чтобы реализовать

Миша

Автор: Rilian Mar 12 2010, 19:40

IPB Image

Автор: Buck Mar 13 2010, 11:12

clap_1.gif clap_1.gif clap_1.gif

Автор: Rilian Mar 14 2010, 20:10

3/14/2010 7:57:47 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.

swoon.gif huh1.gif

геномы у млекопитающих беспощадны к оперативке sarcastic.gif

Автор: tiss Mar 14 2010, 20:41

(Rilian @ Mar 14 2010, 20:10) *

3/14/2010 7:57:47 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.

swoon.gif huh1.gif

геномы у млекопитающих беспощадны к оперативке sarcastic.gif


ппц. они там не охренели??? fool.gif

Автор: Rilian Mar 14 2010, 20:51

tiss, если на компе есть свободная оперативка, то почему бы и нет? если нет оперативки - не считайте

если данные такие большие, и задача не распараллеливается (на данный момент), то что делать?

Автор: tiss Mar 14 2010, 21:13

(Rilian @ Mar 14 2010, 20:51) *

tiss, если на компе есть свободная оперативка, то почему бы и нет? если нет оперативки - не считайте

если данные такие большие, и задача не распараллеливается (на данный момент), то что делать?


Память есть. Но если запущу, то тогда не смогу в даймсе отжигать.

Автор: Rilian Mar 14 2010, 21:18

Ну, я говорю в общем случае (если память есть, бла бла ...)

RNA находится в стадии beta-тестирования, поэтому особой срочности в ресурсах нет

Автор: Rilian Mar 17 2010, 03:28

QUOTE
We have a solution in place, which will be active for the next wu batch which is generated when the number of unsent wus goes below 1000.
But I think this will be only the first step in tweaking and tuning the RAM stuff.
yoyo
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?p=116941


через несколько дней, когда кол-во неотправленных ВЮ снизится до 1000 (сейчас их - 2500), админы RNA обновят сервер и приложения чтобы временно исправить проблемы с очень большой прожорливостью ВЮ (по отношению к памяти) thumbsup.gif

Пока что, если у вас есть 3ГБ памяти на ядро, ваши компы могут помочь ускорить наступление этого счастливого момента для обычных кранчеров shuffle.gif

Автор: YuRi Mar 17 2010, 21:16

(Rilian @ Mar 17 2010, 03:28) *
админы RNA обновят сервер и приложения чтобы временно исправить проблемы

Перевод доставил. sarcastic.gif

"Краткость - с. т." ©

Автор: Rilian Mar 18 2010, 02:48

Теперь на каждой ВЮ написано сколько она будет примерно считаться на "стандартном" 2.6ГГц компьютере

IPB Image

IPB Image

Пример можно посмотреть тут: http://www.rnaworld.de/rnaworld/workunit.php?wuid=511684

---
YuRi, не хот. копипастить 100499 сообщ. с нашего и оф форума

Автор: Peret Mar 18 2010, 11:50

А чекпоинты они так и не прикрутили? А то помоему вю на полторы недели без ЧП уже перебор...

Автор: Rilian Mar 18 2010, 11:59

QUOTE(Peret @ Mar 18 2010, 11:50) *

А чекпоинты они так и не прикрутили? А то помоему вю на полторы недели без ЧП уже перебор...

обещают позже. под линуксом все работает, под виндовс - нет

Автор: Rilian Mar 20 2010, 15:19

Сегодня появились задания с небольшими требованиями к оперативке. У меня пара компов с 2ГБ памяти уже успели посчитать штук 30 ВЮ за полдня

Автор: Death Mar 20 2010, 23:27

20.03.2010 23:27:26 RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 863.25 MB is available for use.

Автор: Rilian Apr 4 2010, 02:23

6e047365df22.gif Есть немного ВЮ, не требовательных к памяти

http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php

Автор: Rilian Apr 4 2010, 14:44

Обновлены http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en

Добавлен проект T-box

* The T-box leader is part of the 5' end of a number of mRNAs and represents an RNA element that serves a regulatory function in controlling protein production by interacting with non-charged tRNAs.

In this project, the RNA World supercomputer is utilized to identify T-box elements throughout the kingdom of life.

Автор: Rilian Apr 4 2010, 23:35

Снова есть ВЮ для компов с малым кол-вом памяти

Автор: Rilian Apr 5 2010, 22:33

QUOTE
2010-04-05:
You may have noticed that I am a bit less responsive during the past two weeks concerning user support. This in fact has good reason since I am currently travelling around in India to meet our cooperation partners and discuss a set of very interesting projects I have planned from long hand since quite some time now. The outcome is this: While we are currently working on resolving the RAM issue with the large eukaryotic work units, as of today, I have replaced the remaining WUs of this batch by a novel, highly exciting project dealing with tuberculosis that is actually based on our very promising results obtained for the Lin64 CMC WU series we completed successfully a few weeks ago. I have meanwhile tested these Lin64 CMC results and they seem perfect as all testings could be completed to my full satisfaction.If all works as expected, you can expect the first WUs of the tuberculosis type to pour in on your machines by tomorrow or maybe even tonight. We just have to finish up the latest large WU batch that has been processed and fed in by the server. For a few more details on that project, just take a look at our constantly improving scientific objectives page.
Michael.


В RNA World добавлен новый подпроект который занимается изучением туберкулеза. ВЮ будут сегодня вечером или завтра.

Автор: Rilian Apr 6 2010, 00:30

Для большей эффективности рассчетов, установите http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=2322 и добавьте в его список "cmsearch"

Автор: Rilian Apr 6 2010, 22:40

http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en завершена. Можно переводить

Автор: Rilian Apr 7 2010, 14:35

The first set of WUs dealing with our tuberculosis project is now ready for processing. These WUs should have quite heterogeneous run times of up to a maxmum of 10 hrs (on an Intel i7 020 Quad-Core CPU) and should be devoid of RAM or traffic problems. I hope that even those that had problems with our last set of huge CMS WUs will consider participating again since I believe this is a very interesting research project.
During my travels in India I arranged for cooperation with scientific labs that have a S3 security license which is actually the second highest security status known. So, we will grow and analyze even the virulent Mycobacterium tuberculosis strains to validate our computational results. 8)

Michael.

Автор: Rilian Apr 8 2010, 20:48

Есть несколько тысяч туберкулезных ВЮ! ВЮ будут доступны примерно несколько дней (админы говорят что очень много в очереди)

http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10826

Автор: Rilian Apr 9 2010, 22:53

http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10832, что скоро будут бейджики разных биологических подпроектов!

Кстати, туберкулез кранчится хорошо. 1 час на ВЮ на 2.0ГГц, и занимает 20МБ памяти

Автор: re_SET Apr 10 2010, 00:51

Присойдинился!! ))

Автор: Rilian Apr 10 2010, 00:59

QUOTE(re_SET @ Apr 10 2010, 01:51) *

Присойдинился!! ))

Приветствуем в команде!

Кстати, по ходу сейчас RNA World - самый калорийный из биоинформатических проектов. Спортсменам на заметку

25 очков в час с ядра 2.1ГГц

Автор: corsar83 Apr 10 2010, 07:42

Я вот тоже присоединился недавно. Но у меня чото не считается или это оно так и должно считатся no.gif Приложение cmsearch 0.13, задания Myctu начинает и сразу заканчивает и пишет ошибка вычисления. Ничо не пойму blink.gif



аа, уже ясно. жаль

10.04.2010 8:43:27|RNA World|Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 3223.42 MB is available for use.
10.04.2010 8:43:27|RNA World|Message from server: (there was work but it was committed to other platforms)

Автор: Death Apr 10 2010, 10:00

в настройках боинка поставь 100 процентов памяти во время работы

upd by rilian: на машине всего 3.5ГБ, так что тут надо ставить сразу 125%

Автор: Rilian Apr 10 2010, 10:14

Corsar83, а зайти хоть раз в результат ВЮ и посмотреть что за ошибка?

http://www.rnaworld.de/rnaworld/results.php?hostid=3290

<core_client_version>6.10.24</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
CreateProcess() failed - Отказано в доступе. (0x5)
</message>
]]>


Все там с памятью нормально, задания на 20МБ появляются каждые несколько часов. У меня нет компа больше чем с 2ГБ памяти и я уже насчитал 10к в проекте

Автор: corsar83 Apr 10 2010, 12:15

А чего оно выдаёт это сообщение, не нравится версия клиента?? Что сделать чтоб заработало?

Автор: Rilian Apr 10 2010, 12:23

QUOTE(corsar83 @ Apr 10 2010, 13:15) *

А чего оно выдаёт это сообщение CreateProcess failed, не нравится версия клиента?? Что сделать чтоб заработало?


http://boincfaq.mundayweb.com/index.php?language=1&view=448

1) обнови боинк до последней рекомендуемой версии для своей ОС.
2) проверь чтобы антивирус не трогал папку боинка и папку с данными проектов
3) проверь чтобы boinc.exe, boincmgr.exe были разрешены в фаерволе (если нет в списке - разреши принудительно smile.gif)

Автор: corsar83 Apr 10 2010, 14:03

таки каспер блокировал, заработало cool2.gif . Посчитало за 3 минуты 33 секунды blink.gif Интеренсая графика у них через флеш плеер.

А еще вопрос чего оно не берёт задания под
10.04.2010 14:26:02|RNA World|Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.
Это какой тип компьютера ему нужен

Автор: Rilian Apr 10 2010, 14:11

QUOTE(corsar83 @ Apr 10 2010, 15:03) *

таки каспер блокировал, заработало cool2.gif .

надо сразу разбираться, если любой из проектов выдает ошибки на всех ВЮ ...

QUOTE(corsar83 @ Apr 10 2010, 15:03) *

А еще вопрос чего оно не берёт задания под
10.04.2010 14:26:02|RNA World|Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.
Это какой тип компьютера ему нужен

Для CMCalibrate нужен Linux 64-bit

Там очень большие задания, часов на 120. Из одной посчитанной ВЮ cmcalibrate получаются данные для тысячи ВЮ cmsearch

Автор: Rilian Apr 11 2010, 20:16

State #
Results ready to send 13,302
Results in progress 29,872

Автор: Rilian Apr 11 2010, 22:15

Вышли на 40 место в мире. По ППД - на 25м

http://boincstats.com/stats/team_graph.php?pr=rnaworld&id=671

Автор: Rilian Apr 14 2010, 00:38

Команда набрала 50000 очков

В клубе 10000 уже 3 человека: Remmer, Vzhik, Rilian

-------------

по поводу начисления очков. Кворум - 2 таска на ВЮ. Берется меньший claimed credit, и умножается на 2. Довольно калорийно smile.gif

Автор: Rilian Apr 16 2010, 13:54

еще 50 тысяч туберкулезных ВЮ! koc.gif

Database/file status
State #
Results ready to send 50,485
Results in progress 29,334

----

re_SET, приветствуем в клубе 10к smile.gif

Автор: illidan Apr 16 2010, 21:33

Я и тут уже! happy.gif
А где , собственно , выкладываются результаты проекта?

Автор: Rilian Apr 16 2010, 22:04

QUOTE(illidan @ Apr 16 2010, 22:33) *

Я и тут уже! happy.gif
А где , собственно , выкладываются результаты проекта?

RNA запущен в прошлом декабре. До сих пор считаем первую пачку заданий.

Результаты будут позже. Пока можешь почитать "научные цели проекта" (ссылка в шапке)

Кстати, народ! Мы (в кол-ве 15 кранчеров) на 11 месте в мире по мощности в этом месяце! Подключайтесь!

Автор: illidan Apr 16 2010, 22:06

Подключится - то хорошо , да вот свободных работ на сервере нет happy.gif
P.S. А на русском нет?У меня с английским научным не очень ph34r2.gif

Автор: Rilian Apr 16 2010, 22:12

Задания есть, тока что парочку скачал

Как-нибудь переведем научные цели. Если кратко - составляется "карта" РНК разных организмов, и в этой базе ищутся совпадения.

Автор: illidan Apr 16 2010, 22:15

Ага.Спасибо =)
Кстати , только что посмотрел , Наша команда уже на десятом месте! winner.gif
Хм , странно.Почему-то новые задания не скачиваются.
В BOINC'e есть кнопочка обновления?(я таковой не нашел)

Автор: Rilian Apr 16 2010, 22:20

10 место по скорости smile.gif

http://www.rnaworld.de/rnaworld/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=20 мы на 30 месте

Автор: illidan Apr 16 2010, 22:21

Еще прорвемся=)

Автор: Rilian Apr 16 2010, 22:23

Кнопка "Обновить" проект - первая сверху слева

IPB Image

Задания могут не скачиваться если у тебя уже заполнен кэш (в том числе - заданиями других проектов)

кэш выставляется в Preferences -> Network -> Work buffer size - значение в днях

если комп 24/7 онлайн, то рекомендую кэш поставить на 0.1 или меньше

Автор: illidan Apr 16 2010, 22:24

Спасибо=)
Не , кеш у меня не заполнен.Только сейчас заметил обновление=)
И по SETI мне уже выдали 22 очка!Мой первый заработок=)

Автор: corsar83 Apr 17 2010, 10:10

Маленькие задания такие по 40-50 секунд. Качаются сегодня чото по одному токо. Кеш вроде и не заполнен blink.gif
Может чото в насторйках проекта поменять?
Computer is connected to the Internet about every
(Leave blank or 0 if always connected.
BOINC will try to maintain at least this much work.) 0 days

Maintain enough work for an additional 0.25 days

Автор: illidan Apr 17 2010, 13:26

Эт у них сейчас еще бета , и мне кажется , они просто проверяют работу .У меня тоже самое.

Автор: Rilian Apr 17 2010, 14:29

Results ready to send 107,631

но клиент заданий не получает

думаю скоро исправят. там несколько активных админов

Автор: Death Apr 17 2010, 15:13

17.04.2010 12:53:22 RNA World Message from server: cmsearch needs 343.07MB more disk space. You currently have 610.60 MB available and it needs 953.67 MB.

Автор: Rilian Apr 17 2010, 15:33

IPB Image

Автор: Rilian Apr 17 2010, 16:52

Набрал несколько десятков заданий в кэш

Автор: Rilian Apr 17 2010, 21:15

QUOTE
We are working on a solution to split cmsearch runs into chunks, we actually have come quite far even :-)

A splitter already existed for a few days and I just sent Michael a first attempt of a program that recombines the partial results into a complete one.

If this works, we will not have results running several days anymore and hopefully it will reduce the RAM requirements significant.

The combined time of all sub-results required for one complete result will increase a bit as the algorithm needs minor redundancies - but I guess that's a lot better than loosing so much time through crashed results.

-- Ananas


Разработали решение, кторое позволит разделять большие ВЮ приложения CMSearch на несколько маленьких ВЮ. Длина ВЮ уменьшится, но, что более важно, существенно снизится потребление памяти!

http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10717&start=12

Автор: corsar83 Apr 18 2010, 09:47

Это хорошо. Но большинство заданий и так очень маленькие до 1минуты, по 1-2 часа попадаются редко, а больше вобще не видел (наверно для линуха есть). Куда их ещё меньше делать blink.gif При таких размерах и скорости расчёта комп простаивает, не успевает загружать. Короче это хорошо есть будет есть мало RAMa, но было бы не плохо ещё пообъединять эти мелкие задания. Хотяб до 30 минут расчёта rilian.gif

Автор: Rilian Apr 18 2010, 14:06

в подпроекте MucTu ВЮ идут на 1-2 часа

в Muc Tu -p идут на 15 часов

в Muc - на пару минут

Автор: Rilian Apr 19 2010, 10:51

Database/file status
State #
Results ready to send - 6,532

biggrin.gif

Автор: Rilian Apr 22 2010, 11:14

Есть ВЮ проекта GA

Автор: corsar83 Apr 23 2010, 10:20

Столько заданий уже. Пора выходить из беты и народ набиратьsmile.gif

Автор: Rilian Apr 23 2010, 21:13

Есть 16-часовые ВЮ cms_GA[ECOLI-lin64s]

за каждую дают over9000 9001 очков

Автор: Rilian Apr 26 2010, 12:15

2010-04-26: As you may have seen, in parallel to the tuberculosis project, we have also initiated the systematic genome annotation analyses (GA projects) in order to globally map the presence of non-coding RNAs.
Michael.

Как вы уже видели, параллельно с проектом по изучению туберкулеза, мы также начали систематические анализы аннотаций генома (genome annotation analyses) чтобы выявить глобальное распределение не-кодирующих РНК.

Автор: Rilian Apr 27 2010, 01:06

http://www.rnaworld.de/rnaworld/team_display.php?teamid=671 набрали 100000 очков

опустились на http://www.rnaworld.de/rnaworld/top_teams.php?sort_by=expavg_credit по ППД

и поднялись на http://www.rnaworld.de/rnaworld/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=20 по очкам

Автор: Rilian Apr 28 2010, 09:03

Выдача ВЮ временно приостановлена

в проекте попадаются очень маленькие ВЮ (на 1-2 минуты) и их очень много. Чтобы не нагружать сеть частыми запросами, они будут считать такие ВЮ у себя на сервере, и сейчас переделывают инфраструктуру под это.

2010-04-28: ...due to improvements we are currently working on to process the tiny WUs on the server in the future. The background of this is that batches of very short WUs cause severe server stress regarding the number of connections and MySQL requests despite our good server hardware specifications. Since these small WUs will re-occurr in future projects as well, we need to do something about this. At present, we have implemented a server response delay which is causing many machines to sit idle exclusively once these small WU batches enter the system. These are usually consisting of plasmids or phages with very short DNA sequences and are consequently processed within just a few minutes - sometimes even shorter depending on your hardware - and therefore the server contact frequencies are massively increased. We could solve the issue by just adding a couple of additional servers as put into practice by some of the bigger other DC projects. Unfortunately, our current project budget does not allow for such a solution, so we decided to process these small WUs on one or two of the server cores in the future.
Michael.


Автор: Death Apr 28 2010, 10:41

мускул дохнет на 5-10 запросах в секунду.
разнесли бы базы по рейдам, фигли.

или назначили бы в боинке раздавать такие ву тачкам с самыми слабыми процами.

Автор: Rilian Apr 28 2010, 10:50

Death, там на сайте кнопочка Donation есть, можешь профинансировать новый сервер.

Проблема с маленькими ВЮ заключается в том что по ВЮ трудно точно предсказать сколько она будет считаться

Автор: Rilian Apr 28 2010, 16:14

думаю для Украины тоже актуально:

IPB Image

Группа ученых под руководством Нималана Аринаминпати (Nimalan Arinaminpathy) из Оксфордского университета (Oxford University), Великобритания, провела исследование, в результате которого пришла к выводу, что из-за кризиса странам Балтии угрожает эпидемия туберкулеза, сообщает Reuters. В особенной опасности, по мнению ученых, находится Латвия.

Туберкулез является одной из трех основных болезней, связанных с бедностью. Другими двумя являются http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=911 и http://distributed.org.ua/forum/index.php?showforum=85. Ученые создали модель, базируясь на экономических данных и данных о заболеваниях туберкулезом, и на основании этой модели предсказали увеличение количества туберкулезных больных в Латвии, Эстонии и Литве в ближайшие годы.

Если говорить о деталях исследования, то было изучено влияние ситуации 1990-х годов, после развала Советского Союза, на рост заболеваемости инфекционными болезнями. Эпидемиологи обнаружили, что между этими явлениями есть связь. Отсюда они выводят вероятность того, что после нынешнего финансового кризиса история может повториться. Как заметил доктор Аринаминпати, основной причиной увеличения количества заболеваний туберкулезом стало значительное уменьшение средств, тратящихся на здравоохранение.

http://www.vokrugsveta.ru/news/8986/

Автор: Rilian Apr 28 2010, 23:42

Cейчас пошли ВЮ на 1-2 часа

Автор: Rilian Apr 28 2010, 23:47

btw

I'm currently improving the wu-generator to run short workunits localy. Therefore the wu-generator is currently stopped.
yoyo


Автор: Salmonella Jun 15 2010, 03:39

Всем привет! Я из конкурирующей организации, сильно не колотите. У вас тут ветка хорошая. Решил писнуть эссе о том чего считаем тодэй. Интересно же, в конце концов, стало. smile.gif
Agrobacterium vitis, Agrobacterium tumefaciens- возбудители "бактериального рака" растений и оппортунистических инфекций у человека, Второй используется в генной инженерии для трансформации растений (привет, ГМО), Agrobacterium radiobacter K84 - пестицид, контролирует рост второго как ни странно;
Anaeromyxobacter dehalogenans - может переводить растворимые соли урана в нерастворимую форму, снижая тем самым риск радиационного заражения почвенных вод;
Acinetobacter baumannii - устойчивый ко всем антибиотикам злой бактер: http://www.antibiotic.ru/index.php?article=1307;
Acidovorax citrulli - бактериальная пятнистость плодов растений;
Acidithiobacillus ferrooxidans - экстремальный ацидофил (способны выживать и размножаться при понижении pH раствора вплоть до 2), способны выдерживать высокие концентрации тяжёлых металлов и окислять металлическое и двухвалентное железо и выщелачивать тяжёлые металлы из руд;
Acholeplasma laidlawii - живучая микоплазма, возбудитель болезней растений, животных, человека, клетки A.laidlawii способны переносить высокие концентрации тетрациклина, сохраняя при этом свою жизнеспособность, и даже могут делиться при критических концентрациях антибиотика.
Aggregatibacter actinomycetemcomitans - капнофил, один из возбудителей периодонтита (Atopobium parvulum туда же). И куча других экстремофилов и археев (тысячи их smile.gif );
Aeromonas salmonicida, Aliivibrio salmonicida - возбудители серьёзных бактер. инфекций промысловых рыб.
Actinosynnema mirum - продуцент нокардициновых антибиотиков;
Azotobacter vinelandii - кладезь ферментов (фунгициды, полисахарид для вытеснении нефти из истощенных скважин) и большая радость для геномики. http://www.azotobacter.org/
Azoarcus - просто интересная бактерия; smile.gif
Acaryochloris marina - "инфракрасная бактерия" - http://www.izvestia.ru/news/news162757 (снова привет ГМО smile.gif );
Anaplasma phagocytophilum - возбудитель гранулоцитарного анаплазмоза (эрлихиоза) http://encephalitis.ru/index.php?newsid=122.;
Actinobacillus succinogenes - продуцент янтарной кислоты (химическое производство токсично и взрывоопасно, для пищевой промышленности и медицины её получают из природ. янтаря, на её основе, например, изготавливаются биодеградируемые полимеры и пр.). Биосинтез рулит. smile.gif
Arthrobacter chlorophenolicus А6 - интересна для биоремедиации т.к. перерабатывает такую дрянь как дву-замещенные фенолы - 4-хлорфенол и 4-нитрофенол (диоксины) и способна к выживанию в суровых условиях, таких, как низкие температуры и отсутствия питания в почве.
Arcobacter butzleri - патогенная для человека палочка, обнаружена их взаимосвязь с хроническими заболеваниями кишечника с последующим развитием злок. новообразований, прежде всего кишечной лимфомы.
Arthrobacter aurescens - используется для биосинтеза, например, никотиновой кислоты и ее амида (витамин РР или Вб);
Anaplasma marginale - возб. анаплазмоза крупного и мелкого рогатого скота;
Actinobacillus pleuropneumoniae serovar-3,7 - возбудители болезней ВДП свинок. smile.gif
Вот такие задания идут сейчас. smile.gif

Автор: re_SET Jun 15 2010, 07:11

Привет! smile.gif За инфу спасибо. Народ хоть знать будет, что считает.

Автор: Salmonella Jun 18 2010, 11:04

RNA World conference presentation
Today I would like to inform you that we will present the RNA World distributed computing project at the RNA 2010 conference of the RNA Society held next week in Seattle/USA. Thanks a lot for your valuable contributions which ultimately made this presentation possible and hopefully will allow us to make new contacts to many RNA researchers in order to establish additional cooperation projects. Please also note that this will be the second official presentation of the RNA World project within eight months, so we are quite happy about that and will now prepare to publish our first scientific results in a peer-reviewed journal. Michael. 17 Jun 2010 22:45:26 UTC

Сегодня я хотел бы сообщить вам, что мы представляем проект распределенных вычислений на RNA 2010 http://depts.washington.edu/rna2010/ конференции RNA Society http://www.rnasociety.org/ состоится на следующей неделе в Сиэтле / США. Большое спасибо за Ваш ценный вклад которых в конечном итоге сделал эту презентацию возможной, и мы надеемся, позволит нам сделать новые контакты со многими исследователями РНК в целях создания дополнительных проектов сотрудничества. Пожалуйста, обратите внимание, что это будет вторая официальная презентация проекта RNA World в течение восьми месяцев, так что мы очень рады, что и сейчас готовятся к публикации наши первые научные результаты в специальном журнале.
Как-то так, примерно. smile.gif

Автор: Rilian Jun 26 2010, 16:39

2010-06-25: Just a short note on the latest developments: I am currently experiencing remarkable interest in our project at the RNA conference in Seattle. It seems that quite a number of people is interested in cooperating with us in the future. Some of these people do have full trancriptome sequences available that would help us to validate our computational results on a lab experimental basis. So, I think these are really exciting news.

Michael.

Автор: Salmonella Jun 28 2010, 03:11

Решил перевести страничку "Описание проекта". Вот что получилось. smile.gif Не хуже чем у драгдискавери, как считаете? cool2.gif
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Projectdescription/ru

Автор: nikelong Jun 28 2010, 21:26

Salmonella,
Отличная работа! Но...может быть вскользь - но упомянуть наш сайт или линк на эту тему на той странице?

Чтобы людей из Украины соорентировать...

Автор: Salmonella Jul 1 2010, 05:17

(nikelong @ Jun 28 2010, 21:26) *

Salmonella,
Отличная работа! Но...может быть вскользь - но упомянуть наш сайт или линк на эту тему на той странице?

Чтобы людей из Украины соорентировать...

Даже не знаю. Это надо с yoyo говорить. idontno.gif Но, вероятно, нет. Можно, наверное, и на Украинский перевести и там указать. Они же сказали, что хотели бы перевести описание проекта на максимальное кол-во языков. Уже появился польский, итальянский. http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=53
Поляки и на отдельной странице дополнительно сделали, например. http://www.boincatpoland.org/wiki/RNAWorld

Автор: ReMMeR Jul 7 2010, 10:13

Реквестирую в шапку инструкцию как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт distributed.org.ua (если это возможно).

П.с в этом проекте компндный аккаунт не на том кросс-проджект ай-ди, что в остальных.

Автор: Rilian Aug 16 2010, 02:25

As announced, the second Rfam 10.0-based CMCALIBRATE WU set has been uploaded to the server and will be processed as soon as the current WU archive generation (CMSEARCH) has completed.

Автор: nikelong Sep 13 2010, 09:21

Бактерии открыли окно в прошлое
16.03.2009


Некоторые бактерии умеют плавать, видоизменяться и переносить вирусы – и все эти способности исправно работают, несмотря на отсутствие у этих микроорганизмов ДНК. Исследование такого вида одноклеточных существ дает ученым возможность узнать, как выглядели первые представители органической жизни на Земле.

Теория о том, что при своем зарождении организмы не имели ДНК, находит множественные подтверждения в ходе различных исследований. Для обозначения подобных форм существования в лексиконе ученых давно появился термин «РНК-мир».

Микробиологи из Йельского университета изучили, как бактерии обретают свои необычные свойства, и это знание позволит заглянуть в далекое прошлое и представить себе ранние формы жизни. Оказалось, что одноклеточные могут активизировать свои навыки при помощи РНК, которые принято считать побочным набором кислот, интерпретирующим команды ДНК и создающим протеины.

Конечно, протеины исключительно важны для функционирования любого организма, однако функции РНК тем не ограничиваются. Эти кислоты также играют неожиданно большую роль во всех проявлениях клеточной активности.

Исследования американских ученых наглядно продемонстрировали, что не всегда для работы фундаментальных способностей клеток нужны протеины. Руководитель проекта профессор Рональд Брикер уверен, что подобный внутриклеточный механизм был свойственен и обитателям древнего мира.

Версия для печати
Шрифт
Послать другу
Главным результатом работы Брикера и его подопечных стало описание процесса переключения молекул РНК, известных под названием цикличный дигуанилейт (di-GMP). Эти крошечные компоненты РНК отвечают за включение и выключение работы тех или иных генов, и именно их деятельностью обусловлены умения бактерий плавать, застывать на месте и объединяться с другими одноклеточными в симбиотичный организм – биофильм.

Цикличные дигуанилейты состоят всего из двух мельчайших компонентов РНК – нуклеотидов, однако способны запускать огромную (по клеточным меркам) структуру – рибопереключатель. Этот элемент РНК обычно занимается тем, что, получив инструкции от ДНК, определяет – какие гены включить. В случае бактерий, когда нет источника команд, рибопереключатель становится объектом манипуляций дигуанилейтов.

Полученные результаты исследования помогут ученым узнать больше о структуре клеток и об их функционировании. Кроме того, на основании полученных данных, возможно, получится воссоздать картину зарождения органической жизни на Земле.

Сам Брикер сравнил свои открытия с поисками Эльдорадо. «Мы представляли, что где-то в этих джунглях находится затерянный РНК-город. И мы просто пошли в нужном направлении и нашли его», - говорит ученый.

http://www.pravda.ru/science/eureka/discoveries/16-03-2009/304760-rnaworld-0/

Автор: nikelong Sep 19 2010, 08:43

2010-09-19: After the RNA World project presentation at the RNA 2010 conference in June in Seattle/USA and a seminar talk given at the Massachusetts Institute of Technology in Cambridge/USA on 9th of September, the RNA World project team currently presents the RNA World distributed supercomputer project outline and some of the acquired results at the 126th conference of the Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Г„rzte e. V. (GDNГ„) in Dresden/Germany (Twitter tweets).

Michael.
http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=65

Автор: corsar83 Oct 14 2010, 11:24

New binaries for Windows machines
As of today, new binaries for CMSEARCH have been released for Windows 32/64 bit systems. These should solve a bug which was identified with a very demanding subset of WUs. Our tests have shown that this bug should no longer occur. New binaries for Linux machines will be released soon as well. We are currently testing some additional speed improvements for Linux using the Intel compiler.[indent]

New binaries for Linux
In the meantime we have also replaced the Linux CMSEARCH x32/64 binaries. In a few days, we intend to again change all binaries to add another approx. 10% performance improvement by usage of the Intel C++ Compiler (yes, AMD CPUs will profit the same way as Intel CPUs do). Michael. 9 Oct 2010 16:33:44 UTC · Комментарий

Автор: tiss Nov 4 2010, 10:25

Ваще офигели cms_GA[e30-50MB_Lin64s]_Oryzias-latipes-(Japanese-medaka)_DG000017.lin.EMBL_RF00640_MIR167_1_1284912637_49484
Completed and validated Runtime 378,386.23 Granted credit 2,294.95

ППц 4 суток считать хрень какую-то...

Автор: Rilian Nov 4 2010, 11:43

tiss, 22 очка в час, довольно неплохо...

Автор: Rilian Mar 17 2011, 19:36

RNA World: Reorganization of the CMSEARCH application

2011-03-14: We are currently working on reorganizing the CMSEARCH application into two variants of which one will run a combined package of many very small WUs while the other runs the rest (the default CMSEARCH) WUs. With this we intend to achieve three goals. First, the combination of many tiny WUs into one package tremendously reduces the client-server communication load: a big relieve for our server which will make it significantly more stable even during team challenges and races. Second, the packaged WUs will write a checkpoint after each completed sub-WU. Third, because the users will be allowed to opt in or out for each of these two CMSEARCH variants there will be much more flexibility at the user's end to control maximum CMSEARCH runtimes

Автор: Salmonella Jun 9 2011, 06:47

Начался "вирусный" прожект.
http://docs.google.com/viewer?a=v&q=cache:OQlSnRMXNdQJ:www.oncology.tomsk.ru/nii/journal/2003/4/information/soj_2003_4_28-35PDF.pdf+%D0%9E%D0%BD%D0%BA%D0%BE%D0%BB%D0%B8%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B5+%D0%B2%D0%B8%D1%80%D1%83%D1%81%D1%8B+%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B2%D0%BE%D0%B2%D0%B8%D1%80%D1%83%D1%81&hl=ru&gl=ru&pid=bl&srcid=ADGEEShHQhjU- YILgL_22ZPts5BaUd8jbo3GNkyh6QbD0og1hzsN3IjDidUzYykWFCI0BJ5SlvsPzGjFi3DbfXKPQz2q2kSto7IGvtZtbCxMOaw5d
9hzd0_5y6QCOOIYOPKJ1FtOc6Im&sig=AHIEtbQTU8SA-s5LfHXN9N1zGH2GNCiQEw в расчётах (Парвовирусы и др.).
Заданий немного.

Автор: Rilian Sep 17 2011, 21:45

Помогите команде Украины стать обратно на 9 место в DC-Vault -- в RNA мы на 48 месте о_О!

http://dc-vault.com/showteam.php?team=433

Автор: Salmonella Sep 18 2011, 09:56

У них сейчас только "жирные" задания. Маленькие закончились.

Автор: DarkWater Oct 7 2011, 14:15

Ребята, привет!
Присоеденился и к этим исследованиям.
Может подскажете, где отдельно можно скачать ядра:
cmsearch_0.04_windows_x86_64.zip
graphics_0.01_windows_intelx86.zip
cms_GA-p[e1-5MB_Lin64f]_10_Candida-albicans-WO-1_CH672349.lin.EMBL_RF00667_mir-33_1317829100_37691-in.zip

Понимаю, что возможно глупо, но новичек, и еще не разобрался где что искать.
Помогите!

Автор: Володимир Oct 7 2011, 15:15

Їх же БОЇНК сам вантажить з проекту , коли ти перший раз вантажиш відповідне завдання - і так у всіх проектах.

Лише іноді проекти дають можливість їх вручну качати.

А так - можливо тільки хтось із тутешніх може перешле.

А цікаво - яка різниця між BOINC сам своїм ходом все качає і ти качаєш вручну? Одні й ті самі файли того ж розміру - навіщо вигадувати геморой?...

EDIT: Коротше вручну майже ніколи ніхто не качає застосунки/пріложенія/applications - боінк сам їх качає.
Іноді просто якийсь тип завдань проект не видає (бо не приготували і т.п.)
Часто проект сам вирішує які завдання тобі висилати а які ні - в залежності від машини (пам’ять, процесор і т.д.)
От коли таке-то завдання тобі приходить - то разом із ним приходить оте "ядро" - ну застосунок/пріложеніє/application - все це на автоматі.

Якшо ти хочеш вручну вибрати які завдання ти хочеш рахувати а які ні - то зайди на свою сторінку налаштувань проекту - http://www.rnaworld.de/rnaworld/prefs.php?subset=project - а там постав галочку тільки навпроти тих, які подобаються.
І якшо не хочеш більше ніяких інших то не забудь забрати галочку навпроти "If no work for selected applications is available, accept work from other applications?"

А вже в боінку у себе натисни "Оновити"/Update на цьому проекті (у закладці "Проекти"/Projects) - і якшо такі завдання є - вони тобі повинні піти - разом із всім шо треба.

Хіба шо ти якось так встановив, шо у програми БОІНК нема якихось дозволів - то можливо це і треба справити - шоб ти не мучився вручну все це качати, бо так не повинно бути.

Автор: x3mEn Oct 7 2011, 15:39

Володимир, ймовірно у DarkWater з якихось релігійних причин заборонено качати exe на рівні проксі.

Автор: Володимир Oct 7 2011, 15:49

(x3mEn @ Oct 7 2011, 21:39) *

Володимир, ймовірно у DarkWater з якихось релігійних причин заборонено качати exe на рівні проксі.


Ну якшо це дійсно так, то тоді внатурі всі ці застосунки йому можемо надати тільки ми.

Нажаль у мене все на Мак та Лінукс sad.gif

Автор: DarkWater Oct 10 2011, 08:37

(Володимир @ Oct 7 2011, 16:49) *

(x3mEn @ Oct 7 2011, 21:39) *

Володимир, ймовірно у DarkWater з якихось релігійних причин заборонено качати exe на рівні проксі.


Ну якшо це дійсно так, то тоді внатурі всі ці застосунки йому можемо надати тільки ми.

Нажаль у мене все на Мак та Лінукс sad.gif


Нажаль ви все вірно сказали. у мене релігійна прокся на інших користувачів. Тому цей проект зможу рахувати лише на одній машині. sad.gif

Автор: Death Oct 10 2011, 09:51

если тебе нужны эти файлы и ты уже присоединён к проекту - сделай поиско по своему компу по имени этого файла. если ты считаешь проект, то эти файлы у тебя точно есть.

Автор: DarkWater Oct 10 2011, 10:33

(Death @ Oct 10 2011, 10:51) *

если тебе нужны эти файлы и ты уже присоединён к проекту - сделай поиско по своему компу по имени этого файла. если ты считаешь проект, то эти файлы у тебя точно есть.

Спаибо. я то их откопал. Теперь не проходят задания. На проксе стоит ограниченеи по максимальному размеру входящего файла. А там некоторые задания по 15 Мб. Вот и режутся.
А доступа к проксе - нет. sad.gif

Автор: Rilian Oct 10 2011, 11:36

QUOTE(DarkWater @ Oct 10 2011, 09:37) *

Нажаль ви все вірно сказали. у мене релігійна прокся на інших користувачів. Тому цей проект зможу рахувати лише на одній машині. sad.gif

поставь на тот комп CCPROXY - ищи у нас на сайте -- и на ее IP заверни настройки прокси во всех остальных БОИНКах на других машинах

Автор: DarkWater Oct 10 2011, 17:09

(Rilian @ Oct 10 2011, 12:36) *

(DarkWater @ Oct 10 2011, 09:37) *

Нажаль ви все вірно сказали. у мене релігійна прокся на інших користувачів. Тому цей проект зможу рахувати лише на одній машині. sad.gif

поставь на тот комп CCPROXY - ищи у нас на сайте -- и на ее IP заверни настройки прокси во всех остальных БОИНКах на других машинах


Спасибо. Помогло. Пашет.

Автор: Rilian Oct 10 2011, 17:20

QUOTE(DarkWater @ Oct 10 2011, 18:09) *

QUOTE(Rilian @ Oct 10 2011, 12:36) *

QUOTE(DarkWater @ Oct 10 2011, 09:37) *

Нажаль ви все вірно сказали. у мене релігійна прокся на інших користувачів. Тому цей проект зможу рахувати лише на одній машині. sad.gif

поставь на тот комп CCPROXY - ищи у нас на сайте -- и на ее IP заверни настройки прокси во всех остальных БОИНКах на других машинах


Спасибо. Помогло. Пашет.

круто!

сколько компов добавилось в нашу армию? smile.gif

Автор: nikelong Oct 10 2011, 17:35

Штуки три. Но все - квады! wink.gif

Автор: DarkWater Oct 11 2011, 13:42

(nikelong @ Oct 10 2011, 18:35) *

Штуки три. Но все - квады! wink.gif


Найк, не сдавай, smile.gif

Автор: Rilian Oct 14 2011, 19:52

Добавил памяти до 8 гиг

полезно для этого проекта smile.gif

Автор: Rilian Nov 30 2011, 16:32

2011-11-28: The RNA World team would like to thank Ton van Born for the generous donation of valuable server hardware. Among the three donated machines is a dual Opteron board equipped with two Dual-Core AMD Opteron processors (Opteron 2218 @ 2.6GHz), 32 GB of RAM, 8 TB HDs in a RAID6 array, 2x GigaBit network adapters and a dual power supply. This equipment will certainly help us to overcome a number of performance issues we experienced in the past. Thanks a lot Ton! cool2.gif

Автор: Володимир Apr 7 2012, 12:15

Привіт. До початку челленджу праймґрід вирішив порахувати РНК, оце тепер продовжую.
Але почала ставатися якась фігня.
і5-2500, 8Ґіґ пам'яті
Лінукс Убунту Онеірік 64біт (всі бібліотеки вроді останні - окрім glibc 2.4 - ніяк не знайду)
БОЇНК 6.12.34

тепер фігня - на деяких завданнях (будь-яких як впопад) майже під кінец обрахунків випадає у помилку (compute error),

це стається одночасно коли їхні процеси (cmsearch) раптово випригують із гілки боїнк (тобто стають окремо від ієрархії боінк) - і погинають плодитися як холєра і забивати всі процесорні ресурси....

- після того всі наступні РНК завдання на самому початку випадають.

Спочатку я вбивав все, перезавантажував проект (скидав наново) і перецевочкував боінк.

Але в останній раз побачив шо достатньо одразу зупинити обробку РНК завдань, а потім просто повбивати всі процеси cmsearch які якогось чорта повискакували з гілки/ієрархії процесів боінк, і все знов пішло.

Вроді рішення є - але не пасти ж мені цю фігню постійно.

Коротше хтось знає шо це таке та як лікувати??
Шукав у них на форумі є нічого толкового не зобачив (окрім десь шось сказали про бібліотеку glibc вер. 2.4 - яку чомусь не знайти у репозиторії пакунків під мою версію лінуксу)

Якшо є рішення, то буду дуже вдячним. А нє,- то буду пасти

Автор: Death Apr 7 2012, 14:57

а апт-гет апгрейд не помогает?

мне кажется ті ещё долго будешь искать глибц 2.4

Current Status

The current stable version of GLIBC is 2.15. See the NEWS file in the glibc sources for more information.

Latest News

2012-03-21: GLIBC 2.15 released.

Автор: Володимир Apr 7 2012, 15:43

пля - якого фіга тоді на РНК ворлд форумі дали версію 2.4 ??? може помилилися.
Я якраз перевіряв, у мене якраз 2.15 (вчора обновив)

Коротше дякую за інфу, буду розбиратися.

Автор: Rilian Apr 16 2012, 17:16

2012-04-13: RNA World - Results, presentations, publications summary section updated

We just updated our http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Project_results,_presentations_and_publications/en on the project website to give a more complete overview of the project achievements so far.

Автор: Plumbum Apr 23 2012, 09:05

Коллеги, подскажите пожалуйста: после приостановки задачи попытка продолжить обработку приводит к пересчету почти с начала - это нормальная ситуация? Промежуточные результаты получается не сохраняются?

Автор: Rilian Apr 23 2012, 10:23

QUOTE(Plumbum @ Apr 23 2012, 10:05) *

Коллеги, подскажите пожалуйста: после приостановки задачи попытка продолжить обработку приводит к пересчету почти с начала - это нормальная ситуация? Промежуточные результаты получается не сохраняются?

приветствуем в команде!

я не знаю как сейчас но раньше чекпоинтов не было

у тебя вынужденная остановка для выключения компа? если да - наверное нужно будет попробовать другой проект чтобы не переводить зря ресурсы

если нет - в BOINC в настройках поставь галку Leave applications in memory while suspended, и тогда приложение при остановке будет висеть в памяти

Автор: Plumbum Apr 23 2012, 10:49

Приветствую и я команду!:)

Да - действительно - помогло. Спасибо за оперативный ответsmile.gif

Расчеты произвожу на буке - соответственно, его иногда приходится выключать. А задания достаточно ресурсоемкие - 100 часов - это приличноsmile.gif

Автор: Володимир Apr 23 2012, 18:13

Рахую цей проект зараз, але окрім DarkWater мене і ше декількох з наших майже ніхто не рахує. Нас тут доганяють та переганяють по чорному sad.gif

Автор: Plumbum Apr 24 2012, 23:42

Задачи слишком объемные - после двух задач на 8 часов мне шлют задачи на 30 часов минимум... Может зажрались?smile.gif

Автор: Asket Jul 12 2013, 00:46

190:54:30. 190 часов! Хорошо, если в месяц уложится. Хотел возмутиться, но вижу это нормально) А как открючить скринсейвер этого приложения, и обратно вернуть boinc?

Автор: Asket Jul 14 2013, 01:49

Парни, как отключить эту штуку? седьмая винда.

(Show/Hide)


А можно определить, какому животному принадлежит РНК?

Автор: nikelong Jul 14 2013, 10:22

Asket, а что собственно нада "отключить"?

Автор: Asket Jul 14 2013, 20:13

Постоянно запускается флеш плеер с моделью РНК. Отключил заставки и скринсейверы, но ему все нипочем.
ps эти задания, это нечто. Одно 320 часов, другое 240, а отправить нужно до 03.08 blink.gif

Автор: Rilian Jul 14 2013, 20:29

Asket, а в операционной системе можно выключить ?

Автор: nikelong Jul 15 2013, 09:00

Asket, чисто мои догадки:

а) возможно у тебя обычный вид боинк-клиента. Переключись в "расширеный режим".
б) возможно на сайте в панели управления проектом есть опции по выводу графики. Ну там например "использовать 5% ЦПУ для графики....", или шото подобное. Попробуй 0 поставить.

Автор: Asket Jul 17 2013, 02:47

Спасибо за ответы.
Rilian, да, на семерке это : правая кнопка мышки на раб. столе-> персонализация -> (справа снизу ) заставка. Но отключается вся заставка - логотип boink с названиями запущенных проектов, процентажем и сама графическая модель РНК (будь она неладна). (хотя, перед твоим сообщением я пробовал отключить таким же способом и ничего не вышло, заставка отключилась только после перезагрузки, или после того как слетело задание, не знаю что было причиной, а что следствием idontno.gif ). Хочу отключить только визуализацию РНК, как было до того, когда я начал считать RNA World.


nikelong, а) я в расширенном режиме - ничего для отключения графики не нашел.
б) действительно, на сайте было "20% ЦПУ для графики...". Как-то не додумался, что можно еще и в профиле настраивать, а не только в клиенте boinc. Сбросил на 0, сохранил, но пока результатов нет. Возможно, необходимо какое - то время? vis.gif

Автор: LSA Oct 2 2013, 16:31

Йо!
application cmsearch XXL (long) 1.0.2
Старт 17 Aug 2013, 15:44:18 UTC
Фініш 2 Oct 2013, 13:55:33 UTC
квад 9450@3.2G
Credit 98,989.81

Автор: Death Jan 9 2015, 00:28

Computing status
Work #
Tasks ready to send 2
Tasks in progress 172
Workunits waiting for validation 0
Workunits waiting for assimilation 0
Workunits waiting for file deletion 0
Tasks waiting for file deletion 2
Transitioner backlog (hours) 0

Автор: Arbalet Mar 12 2015, 00:48

Сервер http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=117 мигрировал в конечный пункт назначения. Скоро поделятся информацией о новой лаборатории RNA World.
25 марта собираются искусственно обесточить оборудование, чтобы проверить аварийные системы питания, поэтому сервер RNA World может быть временно недоступен.




Автор: ander Feb 6 2016, 15:28

Цікаве відео, яке показує яку цінність має вивчення структури RNA для науки

http://ga.video.cdn.pbs.org/videos/nova-labs/e916e6a4-6cc0-4493-b4e7-b774532403a3/127242/hd-mezzanine-16x9/rna_enigma_final_bug-16x9-mp4-baseline.mp4

Invision Power Board
© Invision Power Services