Версія даної теми для друку

Автор: e_alesha Nov 8 2013, 18:41

Mapping Cancer Markers (MCM, Картирование маркеров рака)



Старт проекта: 8 ноября 2013.

Организаторы проекта: Торонтский университет (University of Toronto), факультет компьютерных наук, http://www.cs.utoronto.ca/~juris/contact.htm, в сотрудничестве с http://www.theprincessmargaret.ca/en/Pages/Default.aspx. Техническую поддержку оказывает Исследовательский центр наук о жизни IBM (IBM Life Sciences Discovery Centre) на базе объединения World Community Grid.

Официальный сайт проекта: http://www.cs.utoronto.ca/~juris/MCM.htm

Цели и задачи проекта Mapping Cancer Markers

Различные формы рака – одна из главных причин смертности в мире. Современные методы лечения обеспечивают пятилетнюю выживаемость (это считается критерием излечения) лишь менее чем половине пациентов. Некоторые формы рака (например, головного мозга или поджелудочной железы) до сих пор остаются на 100% смертельными – врачи могут только на несколько лет или месяцев продлить мучения больных. Выживаемость больных раком легких лишь в последние годы увеличилась до 16%. Общее количество больных в 31 ведущей стране мира оценивается в 19 млн. человек.

Причины возникновения рака – это не только канцерогены в окружающей среде и общеизвестные вредные привычки, но и нарушения работы генов. Многие из них и тем более процессы их взаимодействия еще не выявлены. Развитие рака является многоступенчатым процессом, который приводит к неконтролируемому росту клеток опухоли, а затем – к их распространению (метастазированию) в другие органы организма. Этот процесс сопровождается усилением активности онкогенов, новыми мутациями, прекращением, подавлением или активизацией кодируемых генами белков.

Злокачественные изменения в клетках могут быть обнаружены с помощью так называемых мАркеров – определенных участков ДНК и связанных с ними специфических белков. Комбинации этих маркеров связаны с характерными типами рака. По наличию тех или иных маркеров в организме человека можно определить его предрасположенность к определенной форме рака, развитие и протекание выявленного заболевания, а также результаты проведенной терапии, что позволяет значительно улучшить качество лечения.

Например, годы исследований рака молочной железы и простаты позволили обнаружить маркеры, которые позволяют диагностировать рак на ранних стадиях, выявлять пациентов с высоким риском заболевания, прогнозировать реакцию организма на лечение. Известны маркеры и для некоторых других видов рака, но еще больше их предстоит открыть, так как рак очень неоднороден.

Авторы проекта Mapping Cancer Markers (MCM) надеются с помощью участников World Community Grid обнаружить и картировать клинически полезные онкомаркеры, связанные с раком молочной железы, яичников, простаты, поджелудочной железы, легких и других органов. Для этого потребуется обработка проб здоровых и пораженных раком образцов тканей тысяч пациентов, а также тестирование астрономического числа комбинаций маркеров. При этом методом простого перебора комбинаций выполнить такую задачу не представляется возможным – на это не хватит никаких вычислительных ресурсов. Вместо этого исследователи применяют специальные эвристические методы уменьшения пространства поиска полезных маркеров, которые позволят произвести всеобъемлющее картирование в разумные сроки с помощью вычислительных мощностей World Community Grid.

http://www.cs.utoronto.ca/~juris/publications.htm

Связанные с проектом публикации на сайте:
http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=6484

Слово организаторам МСМ:


Требования проекта к ОС и железу: Windows, Linux, Mac; ок. 400 Мб оперативной памяти и 500 Мб свободного места на диске.

Текущая версия расчетного клиента: 7.24

Скриншот графической оболочки клиента Mapping Cancer Markers


Бейджики проекта:

Автор: Rilian Nov 8 2013, 18:49

шапку оформлю позже

вот ссылка на описание проекта http://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

выберите проект в вашем профиле https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyProjects.do

либо в вашем девайс-профиле https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewProfiles.do

Автор: Arbalet Nov 8 2013, 19:37

Ура! С меня хороший перевод инфы о проекте - уже занимаюсь.

Автор: tiss Nov 8 2013, 19:48

Урра! Врубил переключение на новый проект!

Автор: Alexis Kravtchenko Nov 8 2013, 20:34

Уже и бейджики доступны:

Автор: Arbalet Nov 8 2013, 20:35

Понеслась за новыми бейджами!

Автор: Brodyaga Nov 8 2013, 23:32

Ну наконец-то!

Автор: re_SET Nov 9 2013, 00:17

Подрубаюсь! С меня два года расчетов!

Автор: MAGADAN Nov 9 2013, 13:22

УРЯ
Я тоже в деле
Да и кто в курсе насколько там заданий хватит ?
Чё то смотрю всего 36 дней , это что шутка такая

Автор: tiss Nov 9 2013, 15:24

На момент перехода получилось ппд 10 дней за сутки, продолжаем разгон!

Автор: tiss Nov 10 2013, 08:55

Первый беджик пошёл

Автор: Rilian Nov 10 2013, 17:20

Почитал я инфу про проект. Задача - довольно масштабная, но очень важная.

Собирают различные маркеры на различных этапах развития различных видов рака. В том числе маркеры у здоровых людей, которые теоретически впоследствии могут заболеть

Это поможет прогнозировать заболевание, и также покажет статистику различных видов лечения на больших масштабах.

Поэтому в данный момент переключаю свой мини-ГРИД сюда на все время работы проекта

Автор: Rilian Nov 11 2013, 09:55

Silver

Автор: tiss Nov 11 2013, 13:25

Аналогично.

Кстати рильян - сонечко я уже обошёл. Ты следующий

Автор: Sonechko Nov 11 2013, 14:35

Та це я піддався щоб ти не розчулмвся бува що тебе обійшли так швидко) Але бійся - ви з Ріляном на черзі

Автор: Rilian Nov 11 2013, 14:38

Я пока только разгоняюсь, и в одном моем "дата-центре" отключили инет за неуплату ...

Автор: tiss Nov 11 2013, 17:35

Шо ж день сегодня?

Бе-бе-бе!

last month last week last day Rank Username
1 1 2 7 tiss
1 1 1 8 rilian
0 0 1 9 Sonechko


Остаётся открытым вопрос успею ли я обойти нетфила до получения сапфира или нет?

Автор: Rilian Nov 12 2013, 00:49

Да Сонечко только ленивый на этой неделе не обгонял

http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=56&sort=total

Автор: omega.zp Nov 12 2013, 23:27

Заинтересовал проект. Тем более местный)
Вроде парочку тазиков присобачил, завтра-послезавтра еще один, ну и на челлендж еще один.
Я так понимаю чтоб участвовать в челлендже, просто можно считать этот проект, без заморочек?
Толку от меня наверно мало будет, ну хоть так

Автор: tiss Nov 13 2013, 07:13

Автор: Rilian Nov 13 2013, 10:04

у меня пока что

Автор: tiss Nov 13 2013, 12:09

У тебя чёт с сигнатурой в подписис - не отображает данные проект

Автор: omega.zp Nov 13 2013, 14:38

Чего то у меня задания на одном компе зависли, и не уходят. Пишет что на сервере диск аут оф спейс И новые не идут...

Ага, понял. С офф форума:

Temporary pause for the Mapping Cancer Markers project

We launched the Mapping Cancer Markers project this week and accelerated the first batch so that we could check the results sooner for any anomalies. Unfortunately, we found a limitation with the default random number generator being used for the project. The increased volume of results revealed some duplication of computation due to this. That is, the results computed are valid and correct, but in some cases they are duplicated instead of exploring new regions of the search space. For this reason, we are temporarily pausing the project and making some code changes to improve the random number generator usage. We will run a brief beta test for this change and if all looks good, will soon (in a few days) resume the project at full speed. The nature of research is that it often contains unexpected surprises and this is just one of them. Members will receive the normal credits for the work already performed. Thank you for your contributions and support of the project and more importantly thank you for your patience with this.

Автор: Rilian Nov 14 2013, 13:14

Блин, я поздно заметил что уже 2 дня нет тасков с этого проекта.... В итоге у меня считались СИМАП и Розетта

Добавил FAAH чтобы сохранить скорость для челенджа

http://www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewBoincProfileConfiguration.do?name=Default

Автор: Arbalet Nov 14 2013, 18:27

А мну прозорливо запасся подкожным жирком вюшками по самое нимагу и теперь спокойно схомячивает запас, лениво глядя на братьев-хомяков, активно бороздщих пустое фермерское поле в поисках вкусняшек от МСМ.

Автор: omega.zp Nov 14 2013, 23:04

Убрал галочку с Фааха ибо пришло сие:

Начался обещанный бета тест, задания с 24х часовым дедлайном.

Автор: Rilian Nov 19 2013, 02:22

Пошли новые задания

Автор: omega.zp Nov 19 2013, 03:51

Да ну на Не успел себе ничего урвать, вьюшки как пирожки разгребают))) Штамповать не успевают)

Автор: Rilian Nov 23 2013, 15:23

Насобирал ВЮшек на рубиновый бейдж

Автор: MAGADAN Nov 24 2013, 07:22

Я вот тоже теперь могу официально похвастаться новым бейджиком

Автор: tiss Nov 24 2013, 08:25

<tiss промолчал>

Автор: Brodyaga Nov 26 2013, 17:39

Ух, задания пошли - у меня сутки на одно задание уходит.

Автор: Rilian Nov 27 2013, 09:27

<-

у меня на задание MCM1_0000217_1479 ушло 38 часов

Автор: Dromage Nov 27 2013, 10:10

Вот и я обзавелся "бронзой"

Автор: Brodyaga Nov 29 2013, 11:44

В тему:

Генетики из Лаборатории Колд Спрингс Харбор нашли специфический для лейкемии отрезок ДНК - так называемый усиливающий элемент. Он позволяет раковым клеткам крови размножиться и вызывать острую миелоидную лейкемию, сообщает Zee News.

Данный тип рака не поддается лечению у 70% пациентов. Но специалисты считают, что им удастся создать лекарства от этого заболевания. На самом деле, одна версия препарата, тормозящая рост раковых клеток, уже проходит клинические испытания.

Онкоген - Myc - приказывает клеткам производить белки, связанные с неконтролируемым ростом - отличительной чертой рака. Усиливающий элемент, о котором идет речь, контролирует онкоген Myc именно в клетках лейкемии. Но, в отличие от прочих ДНК регуляторов генов, этот элемент находится в отдалении от гена Myc.

Автор: Rilian Nov 29 2013, 14:01

Хорошая новость

--

Мне еще 260 дней до сапфира. Думаю накранчу их за 6 дней

Автор: tiss Nov 29 2013, 15:45

Вот у меня самое длинное задание, но это Ксеон который считает сразу 12 заданий на 24-х ядрах
MCM1_ 0000212_ 3534_ 0-- ares Pending Validation 22/11/13 15:39:54 25/11/13 19:14:11 13.37 / 13.37 264.1 / 0.0

А вот самое короткое. Это и5-3330 на 4-х ядрах два задания одновременно считаются
MCM1_ 0000086_ 8140_ 0-- PristupaOA Pending Validation 27/11/13 14:49:23 28/11/13 08:47:54 1.50 / 1.51 67.2 / 0.0

Автор: Rilian Dec 5 2013, 11:31

Автор: tiss Dec 5 2013, 13:12

Хунта тоже, но Штирлиц успел раньше!

Автор: Rilian Dec 5 2013, 15:16

Давай кто первей дойдет до 10 лет ?

Автор: tiss Dec 5 2013, 15:59

Ты выиграл

Автор: MAGADAN Dec 9 2013, 10:46

Я вас всё равно догоню

Автор: Dromage Dec 20 2013, 11:55

Автор: Rilian Dec 22 2013, 16:11

http://www.dailytechinfo.org/medic/5468-yuzhnokoreyskie-uchenye-sozdali-pervyh-v-mire-nanorobotov-dlya-borby-s-rakovymi-zabolevaniyami.html

Автор: Arbalet Jan 2 2014, 14:21

В последнее время какие-то постоянные проблемы с отправкой заданий

Автор: Arbalet Jan 4 2014, 01:07

Че за дела такие? На одной из машин упорно не хотят отправляться посчитанные задания. Клиент пишет такое:

Автор: Rilian Jan 4 2014, 01:17

Arbalet, я думаю дата на компьютерах неправильная. будущее или прошлое, не помню

Автор: Arbalet Jan 4 2014, 10:32

С датой и временем все ОК. Что еще может быть не так? Не хочется, чтобы пропали несколько суток счета...

Автор: Rilian Jan 4 2014, 13:48

Все-таки перепроверь. Что у тебя выставлено правильно время, дата, тайм зона, итд. Твой комп живет в будущем или прошлом. Это "известная проблема" в ВЦГ, и у них строгие настройки приема данных с клиентов

Также проверь что антивирусы ничему не мешают. Касперский может быть стоит ?

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/search?key=Peer+certificate

Автор: Arbalet Jan 6 2014, 23:32

Короче, закончилось все тем, что тупо удалил все задания, тем более, что стали наступать дедлайны у вюшек... Пичалька!
И дело не во времени - у меня на компе все ОК и постоянно синхронизируется по сети.

Автор: Rilian Jan 8 2014, 00:20

Arbalet, а ты почитал оф форум? антивирусы есть?

я кроме времени больше проблем с сертификатами не встречал.....

Автор: Rilian Feb 1 2014, 01:59

Jan 10, 2014

Hello World Community Grid members,

As currently planned, over the course of the project, MCM will proceed in four phases, analyzing a different cancer dataset in each phase. The first (and current) phase is focused on lung cancer. So far, MCM work units have explored the space of lung cancer signatures that are composed of 10-20 genetic markers at a time.

We estimate about 350,000,000 work units in total for the project (counting redundancy) -- about 80,000,000 to 100,000,000 work units per cancer.

We are delighted by the incredible response to this project. Thank you all for making this project possible with your enthusiasm and your donated CPU cycles.

Christian A. Cumbaa
Research Associate
Ontario Cancer Institute / University Health Network


http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36146

Автор: Rilian Feb 16 2014, 12:52

Насчитал тут уже 11 процессорных лет!

Автор: Rilian Mar 25 2014, 12:44

по этому проекту - оценено кол-во работы в 350М воркюнитов (с двойной избыточностью) -- http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36146

на сегодня посчитано 65,916,036 результатов, то есть 18% -- http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projectShortName=mcm1

в день считается скажем так 470000 результатов, итого осталось (350000000-65916036)/477000= 595 дней

Автор: vadik_ua Jun 5 2014, 14:45

Похоже, скоро можно будет кранчить проект на GPU:

Больше разнообразной информации в отчете за май: http://www.cs.utoronto.ca/~juris/MCM-Update-MAY-2014.pdf

Автор: vadik_ua Jul 15 2014, 11:09

"https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=369" проекту від 10 липня.

Автор: vadik_ua Oct 3 2014, 17:13

Стаття про проект в одній з найбільших канадських газет http://www.thestar.com/news/insight/2014/09/21/global_pc_network_gives_researchers_supercomputer_power.html.

Автор: Arbalet Feb 13 2015, 21:02

Поделились промежуточными результатами исследований - http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=6484 их статью с сайта WCG.
Молодцы - трудятся, совершенствуют инструментарий, ботаники 80-го левела!

Автор: vadik_ua Feb 16 2015, 11:34

Arbalet, спасибо за перевод, а то на англицком не все было понятно

Судя по http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36119_offset,180#483880 расчетов, к осени должны закончить

Автор: Arbalet Feb 17 2015, 14:01

Да мне и на русском не все понятно Посмотрим, что у них в итоге получится - цели амбициозные...

Автор: Rilian Mar 1 2015, 14:50

Новости проекта http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=419

Автор: Arbalet Mar 1 2015, 15:16

Дык это, перевел уже давно - http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=419

Автор: Rilian Sep 5 2015, 15:29

апдейт

One step closer to identifying lung cancer biomarkers

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=443

Автор: Liderr1 Oct 20 2015, 11:05

Вот хотел спросить.
04.03.2015 в 19:48 было 73%
26.09.2015 было 93%
Статус выполнения проекта.
Сейчас, сегодня, тоже 73% Что это такое??

Автор: vadik_ua Oct 20 2015, 12:44

Добавили еще заданий, соответственно, изменился прогрессбар. Было 300,000,000 стало 530,000,000.

Вот http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36119_offset,450#505589 народ следит за прогрессом.

Автор: Liderr1 Oct 20 2015, 16:18

Cпасибо, я подозревал что здесь что-то не то)

Автор: Rilian Oct 25 2015, 12:44

я уже насчитал 71 год

Автор: wlad Oct 25 2015, 15:35

Сколько же Вам сейчас?

Автор: Rilian Oct 29 2015, 23:52

wlad, в 2.x раза меньше)

Автор: Rilian Jan 9 2016, 22:59

Hello all,

In this latest Mapping Cancer Markers project update, the researchers discuss the upcoming transition to analyzing ovarian cancer, as well as many other details. Please take the time to check it out!

Thank you,
ErikaT

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=457

Автор: Liderr1 Mar 12 2018, 23:14

ну шо, все заглохло?

Автор: Vzik Mar 14 2018, 18:55

Наразі отримую завдання, все лишається в силі.

Автор: Rilian Apr 18 2024, 22:47

Research update from the MCM team (March 2024)

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=809

We continue to characterise lung cancer biomarkers identified in the MCM1 project. This update focuses on HSD17B11, a gene associated with lung cancer survival. HSD17B11 is a protein coding gene, relatively ubiquitously expressed across organs and tissues. It is a short-chain alcohol dehydrogenase that metabolises secondary alcohols and ketones.