Версія даної теми для друку

Автор: Rilian Jan 2 2009, 16:26

Fiocruz Genome Comparison
(Launched November 21, 2006 - завершен July 21, 2007)





World Community Grid и Oswaldo Cruz Institute, Fiocruz, сравнивали геномную информацию чтобы улучшить качество и понимание биологических данных, а также наше понимание биологических систем, хост-патогенов и взаимодействия частей генома. Эта информация может сыграть главную роль в процессе разработки лучших лекарств и вакцин, а также более точной диагностики.

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projectShortName=fcg1
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/listthreads?forum=201
http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/archives/fgc/viewFgcPart.do

Автор: nikelong Feb 14 2009, 19:51

http://www.dp.by/wiki/Projects/Genomecomparison

Автор: Rilian Jun 2 2010, 10:35

The Genome Comparison project which included the comparative analysis of the genomes of more than 300 organisms has resulted in a unique database, and the research community and the researchers at Fiocruz are grateful for the processing time donated to the Genome Comparison project. We thank you!

We have now published a paper describing the database of results http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/full/26/5/705 . The database itself can be accessed at http://www.proteinworlddb.org , and is providing valuable information to scientists around the world who are studying genes and their evolution, and how they relate to life and disease processes, offering precious clues about the predicted function of genes, and the evolution of metabolic pathways. Several of such pathways, and also many hypothetical proteins are being studied for the first time. As such, the database should accelerate research of all kinds and hopefully lead to benefits to mankind in the process.

Thank you to World Community Grid and its members for making this possible!

Dr. Wim Degrave

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=29145?thread=29145

Автор: Rilian Aug 1 2010, 02:54

Крейг Вентер, известный шутник от генной инженерии, миллионер и делец, патентующий искусственную жизнь за два года до её непосредственного создания, десять лет назад стоял за тем, что должно было стать самым большим триумфом биологии за всю историю — расшифровкой генома человека.

Позавчера в откровенном интервью (eng) журналу "Шпигель" Крейг рассказал, почему мы до сих пор не живём в чудесном мире голубоглазых атлетов, гарцующих на розовых единорогах. Избранные фрагменты — в комментариях в беглом переводе.

http://dirty.ru/comments/284525/

Шпигель: На проект "геном человека" возлагали не только надежды, он также вызывал опасения. Вы понимаете, о чём я говорю?

Вентер: Да. Существуют две группы людей: люди, которые хотят узнать что–то новое и те, кто предпочитает жить как страус, спрятавший голову в песок, ничего не знающий. Страх [перед расшифровкой генома] исходит из безосновательной веры в то, что люди, имеющие на руках последовательность ДНК, знают совершенно всё о жизни, которую та кодирует. Эта чушь получила распространение с подачи тех же генетиков, что опасались коммерциализации генома. Со времён открытия первых генетических дефектов — болезни Хантингтона, н–р, все думали, что если ты знаешь свой геном, то ты знаешь, когда умрёшь и от чего. Это полная ерунда.

Шпигель: Получается, значимость генома не так уж велика?

Вентер: Так и есть. Могу сказать на основании собственного опыта. Я выложил свой собственный геном в интернет. Бытовало мнение, что это самое страшное, что только можно придумать. И что случилось? Ничего.

[…]

Шпигель: Расшифровка вашего собственного генома пока что выявила лишь то, что ваша ушная сера склонна к повышенной влажности.

Вентер: О чём я и говорю. А что ещё я узнал из своего генома? Крайне мало. Мы даже не можем быть уверены, глядя на мой геном, какого цвета мои глаза. Это ли не грустно? Все ожидали чуда с ответами "да/нет" в геноме. "Да, у вас будет рак". "Нет, у вас не будет рака". Но всё на самом деле совершенно не так.

Шпигель: Получается, проект "геном человека" в своём сегодняшнем виде несёт в себе не так уж много пользы для медицины?

Вентер: Он бесполезен чуть более, чем полностью.

Шпигель: Ну по крайней мере он предоставил нам какие–то новые знания?

Вентер: Определённо. Одиннадцать лет назад мы даже не знали, сколько генов у человека. Многие предсказывали число в районе 100.000, а некоторые ожидали и 300.000. Мы нажили себе много врагов, объявив, что, судя по всему, генов значительно меньше — вероятно, ближе к 40,000. А затем мы обнаружили, что их вообще половина от этого числа. Я был тогда в Стокгольме на 200–й годовщине Каролинского института. Первый доклад был о том, сколько новых достижений ознаменовала собой расшифровка генома. Затем я вышел и сказал, что этот [XX] век войдёт в историю тем, сколь мало, а совсем не много, было сделано в данной области.

[…]

Вентер: Мы всегда смотрели на единичные гены [как казалось тогда — ответственные за ту или иную болезнь], потому что это было всё, что у нас было. Люди, потерявшие ключи ночью, ищут их под фонарём. Почему? Потому что именно там можно хоть что–то увидеть.

Шпигель: А ключи на самом деле где–то во тьме?

Вентер: Именно. Почему люди рассчитывали, что генов так много? Потому что они думали, что будет один ген на каждую особенность строения человека. И если вы хотите исцелить жадность, вам нужно изменить ген жадности, так? Или ген зависти, который, пожалуй, гораздо опаснее. Но обнаружилось, что мы устроены куда сложнее. Если хотите знать, почему у кого–то Альцгеймер или рак, недостаточно посмотреть на один ген. Нужно видеть всю картину. Это всё равно что вы хотите повидать Валенсию, а всё, что у вас есть — вот этот стол. Вы можете заметить небольшую ржавчину, но это не скажет вам о Валенсии ничего, кроме того, что, возможно, воздух несколько солоноват. Вот, где мы находимся с геномом. Мы не знаем ничего.

[…]

[чтобы не заканчивать на печальной ноте, отмечу, что Вентер в данный момент работает над поиском минимального набора компонентов, необходимых для жизнедеятельности клетки, с надеждами на дальнейшую конструкцию полезных для человека бактерий (например, вырабатывающих всё то, что мы сейчас получаем из нефти)]

Автор: Rilian Jul 15 2011, 23:23

Представлен инструмент для масштабного редактирования генома

Исследователи из США и Южной Кореи разработали технологию автоматизированного и при этом широкомасштабного изменения всего наследственного кода живой клетки. Новация должна помочь в конструировании организмов с заданными свойствами.

Придуманная специалистами Массачусетского технологического института, Гарварда, Стэнфорда и ряда других университетов технология позволяет заменять сразу по всему геному заранее выбранный кодон (трёхбуквенное слово кода, то есть триплет нуклеотидных оснований). Подобным образом вы можете при помощи текстового редактора автоматически заменить в большим тексте все встречающиеся слова «да» на «может быть», или всех «лис» на «ежей».

В генетическом словаре живых организмов насчитывается всего 64 кодона, из которых 61 кодируют определённую аминокислоту (в составе какого-нибудь белка), а три являются управляющими, так называемыми стоп-кодонами, дающими команду на прекращение синтеза. Замена кодонов может служить инструментом управления геномом.

Именно такую операцию провернули авторы технологии для проверки её работоспособности. Они взяли бактерии (кишечную палочку) и поменяли в них стоп-кодоны TAG на другой стоп-кодон TAA.

Для выполнения «трюка» учёные совместили две технологии — мультиплексный автоматизированный инжиниринг генома (MAGE) и конъюгативную сборку генома (CAGE).

За мудрёными названиями стоит следущее. Для начала генетики создали 32 штамма кишечной палочки, в каждом из которых с помощью процесса MAGE заменили 10 кодонов TAG на TAA. Далее авторы новации создали среду, в которой бактерии обменивались генетическим материалом, причём из полученных микробов отбирались те, в которых число заменённых кодонов оказывалось удвоенным (технология CAGE).

Так получилось 16 штаммов с 20 новыми кодонами. Следующие уже выполненные шаги — 8 штаммов с 40 и 4 штамма с 80 заменёнными кодонами. (Подробности — в статье в статье в Science.)

Теперь учёным нужно сделать ещё пару шагов, чтобы провести тотальную замену всех кодонов TAG во всём геноме кишечной палочки, а их там 314 штук.

Дальше открывается новое поле для деятельности. Поскольку в проектируемом финальном штамме кодонов TAG не останется вовсе, клеткам больше не потребуется механизм, читающий данный кодон. Потому генетики могут переключить его на что-то другое, скажем, синтез новой аминокислоты для сборки нового белка.

Так можно будет произвольно выводить бактерии с необычными свойствами. Причём все правки генома идут на живых бактериях, и в ходе всех циклов замены учёные проверяют, что бактерии остаются в порядке и даже сохраняют способность к размножению.

Кроме того, техника полной замены одного из кодонов позволит биологам создать штаммы бактерий, устойчивые к тому или иному вирусу. В некоторых отраслях, где выращивают бактерии (с целью синтеза лекарств или биотоплива), вирусы губят до 20% культур. Между тем вирус не сможет заразить бактерию, если у неё генетический код окажется написанным на «другом диалекте».

Аналогичные правки генома могли бы предотвратить распространение генетически изменённых бактерий в естественной среде и передачу перепроектированного наследственного кода бактериям вне стен лабораторий, полагают исследователи.

http://www.membrana.ru/particle/16434

Автор: Rilian Mar 1 2012, 13:35

Генетики установили, что ледяной человек Отци был родственником современных жителей Сардинии.

Статья исследователей появилась в журнале Nature Communications.

Высохшая мумия, получившая прозвище Отци, была обнаружена в Альпах на границе Италии и Австрии в 1991 году.

Благодаря уникальным условиям, останки древнего европейца прекрасно сохранились. В 2008 году ученые закончили расшифровку митохондриальной ДНК Отци, а в октябре на конгрессе по изучению мумий в Италии международная группа ученых сообщила, что им удалось расшифровать 98 процентов уже обычной ДНК.

Теперь эта работа была доведена до конца - исследователи не только расшифровали 100 процентов ДНК, но и провели сравнительный анализ генного кода Отци с кодом ныне живущих людей. В результате, например, ученые установили, что у древнего европейца были карие глаза, он был родственником современных жителей Сардинии, у него была гиполактазия (непереносимость лактозы) и предрасположенность к сердечным заболеваниям.

Кроме этого ученые говорят, что во время секвенирования генома из некоторых образцов были получены последовательности, которые соответствуют примерно 60 процентам генома Borrelia burgdorferi - переносчика болезни Лайма. Таким образом, авторы работы говорят, что это у Отци было первое заражение подобным заболеванием из известных на настоящий момент.

В настоящее время Отци - одна из самых хорошо изученных мумий. Так, например, ученые установили, что он, скорее всего, был скотоводом, его убили стрелой, а за несколько часов до смерти он ел мясо козла. Кроме того, при жизни он страдал от атеросклероза и кариеса.

Расшифровку генома ледяного человека Отци http://korrespondent.net/tech/science/1276350-rasshifrovan-genom-ledyanogo-cheloveka-kotoryj-zhil-pyat-tysyach-let-nazad учеными в прошлом году.

Автор: Rilian Jul 22 2012, 14:51

http://medportal.ru/mednovosti/news/2012/07/20/sperm/

Автор: Rilian Jul 22 2012, 23:00

То, о чем шептались по углам генетики с момента внедрения методов полногеномного секвенирования, наконец-то свершилось - разработан способ неинвазивного определения последовательности генома зародыша по крови матери. Отдельные намеки и новости проскакивали еще месяц назад, но вот работа опубликована.
Давно известно, что в крови беременной женщины плавают кусочки ДНК плода, их пытались приспособить для разных целей - и определение пола и резус-фактора плода, и попытки диагностики наследственных заболеваний, и даже установление отцовства, но всё это мелочи по сравнению с перспективами, которые открывает новый метод, который из этого минимального количества ДНК вытаскивает столько полезного содержания.
Теперь будут не нужны опасные инвазивные процедуры, стресс женщины, опасения за будущего ребенка - на самых ранних сроках по нескольким миллилитрам венозной крови врачи будут получать всю информацию о геноме плода (англ./рус.) http://imbg.livejournal.com/275629.html

Кстати, для оценки времени внедрения новых технологий небольшая справка: первая статья о применении измерения концентрации ионов водорода в проточной ячейке для целей определения нуклеотидной последовательности ДНК опубликована в 1992 году японцами. Первые коммерческие приборы на основе этой технологии (секвенатор Ion Torrent) появились пару лет назад. Первые клинические применения появляются только сейчас.

Автор: Death Jul 23 2012, 16:22

вот ещё бы даунов принудительно абортировали
и носителей гена агрессивности - 1%

Автор: Rilian Jul 25 2012, 20:32

http://genomics.xprize.org/

Учреждёна премия Genomics X Prize в 10 миллионов долларов, которую получит научная группа, внесшая наибольший вклад в расшифровку генетического материала долгожителей с целью изучения генетического механизма старения.

Доктор Джонатан Ротберг, генетик, предприниматель и первый зарегистрированный участник конкурса, заявил:
Сто человек дадут вам намек на то, что определяет долголетие. Тысяча расшифрованных геномов подтвердят ваши догадки, а десять тысяч позволят вам сказать – вот эти гены причастны к сердечным и раковым заболеваниям.

Немаловажно и то, что все материалы, представленные на конкурс будут немедленно опубликованы в открытом доступе.

http://www.bbc.co.uk/russian/science/2012/07/120724_xprize_longevity_research.shtml

Автор: Rilian Sep 13 2012, 22:12

http://dirty.ru/comments/359913/

Автор: Rilian Dec 12 2012, 11:38

В гастрольной команде Мадонны есть специальная группа, задача которой — не допустить кражу ДНК певицы. После того как Мадонна выходит из гримёрки, эти работники тщательно вычищают все волосы, частички кожи и капельки её слюны, и только после этого разрешают доступ в комнату других людей.

Автор: nikelong Dec 12 2012, 12:08

Я такое слышал про президентов некоторых "сверхдержав". Вопрос: ЗАЧЕМ это делается? о_0

Автор: Rilian Dec 12 2012, 12:20

Чтобы не разработали персональный яд

Автор: Sonechko Dec 12 2012, 15:13

Теж бачив цю серію Fringe?)

Автор: Rilian Jan 18 2013, 20:31

16 Jan 2013
Paper published about the database of results from the Genome Comparison project

“Design and Implementation of ProteinWorldDB”

Lay Person Abstract:

The paper describes the design of and future enhancements to the ProteinWorldDB data base, containing the results of the Genome Comparison project run on World Community Grid. The paper was presented at the 7th Brazilian Symposium on Bioinformatics at Campo Grande, Brazil, August 15-17, 2012.

Technical Abstract:

This work involves the comparison of protein information in a genomic scale. The main goal is to improve the quality and interpretation of biological data, besides our understanding of biological systems and their interactions. Stringent comparisons were obtained after the application of the Smith-Waterman algorithm in a pair wise manner to all predicted proteins encoded in both completely sequenced and unfinished genomes available in the public database RefSeq. Comparisons were run through a computational grid and the complete result reaches a volume of over 900 GB. Consequently, the database system design is a critical step in order to store and manage the information from comparisons’ results. This paper describes database conceptual design issues for the creation of a database that represents a data set of protein sequence cross-comparisons. We show that our conceptual schema and its relational mapping enables users to extract relevant information, from simple to complex queries integrating distinct data sources.

Access to Paper:
http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-31927-3_13

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=267