Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap

[Rilian]

Пошла последняя пачка заданий!

Осталось 56000 ВЮ! Запасайте кэши



Команда уже на 134 месте! За 5 дней поднялись на 6 позиций.

[Death]

щас раздаются одни ххмеры. на 2 часа с копейками.

[Rilian]

зато за них дают по 29 очков

осталось 22000 ВЮ на сервере

[Rilian]

Осталось 12000 ВЮ. Через 2 часа закончатся

БТВ, мы уже на 132 месте!

[Некто]

щас раздаются одни ххмеры. на 2 часа с копейками.

на 45 минут :-P

[Rilian]

ВЮ закончились, считаем кэши...

Между тем команда поднялась на 129 место! Спасибо Nekto за мегасливы!

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top...edit&offset=120

Думаю на кэшах есть шанс вытянуть примерно 126 место!

[Rilian]

Уже 127 место!

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top...edit&offset=120

У меня в кэше еще на пару тысяч очков

[Death]

у меня 15 заданий. двое суток. мож ещё что свалится.....

[Rilian]

Ого, у нас уже 123 место!

[Rilian]

Начинают появляться ВЮ которые высылаются заново из-за дедлайна!

[Rilian]

122 место!

в апреле надо постараться и зайти в топ-100. Это риальне!

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top...edit&offset=120

[Rilian]

налетай, разбирай.

Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 260.000 new sequences from public databases imported in March 2009.
After these calculations are finished, next workunits are expected around May 1st.


есть 260000 заданий, что составляет 520000 ВЮ HMMER

[Death]

31.03.2009 19:57:18 boincsimap Sending scheduler request: Requested by user.
31.03.2009 19:57:18 boincsimap Requesting new tasks
31.03.2009 19:57:24 boincsimap Scheduler request completed: got 0 new tasks
31.03.2009 19:57:24 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available)


Work and Results
WORKUNITS Approximate #
in database 9,831
with canonical result 14
waiting for validation 0
waiting for assimilation 0
waiting for deletion 0
RESULTS Approximate #
in database 19,727
unsent 0
in progress 19,024
waiting for deletion 0
deleted 30
valid 28
Oldest Unsent Result no results left

[Rilian]

я уже 1 посчитал

[(_KoDAk_)]

ну утро покажет