Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap

[Rilian]

У меня в кэше 60 штук = 50 часов

Эти ВЮ в 2 раза дольше считаются чем прошлые, поэтому по новому прогнозу они закончатся завтра вечером. Следующие будут не раньше апреля

[Rilian]

нагреб в кэш на 5 компах 300 ВЮ

это примерно 6000 очков

[Некто]

у мну в кэше 120 заданий

[Rilian]

Мы поднялись аж на 139 место!

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top...edit&offset=120

[Rilian]

Осталось 50000 заданий и 100000 ВЮ. По прогнозам их разберут до 12 часов утра

[Death]

в кеше 17 штук по полтора часа.

поставил кеш 10 дней - нифига.

03.03.2009 1:03:40 boincsimap Message from server: No work sent
03.03.2009 1:03:40 boincsimap Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 88.9% of time, computation enabled 99.9% of that

ХЗ

Некто, за сколько задание кранчится?

[Rilian]

На core2duo 2.1 Ghz кранчится за час +- пара минут

На core2duo 2.66Ghz@2.85Ghz кранчится за 45 минут

ПС: осталось 75000 ВЮ. Думаю до утра разберут ... Слудующая пачка в апреле

[Rilian]

Осталось очень мало ВЮ. Запасайте в кэш!

ПС: команда вышла на 138 место!

[Rilian]

Итак, запущены все блоки ВЮ, что видно на странице batch monitor

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php

каждая ВЮ высылается 2 раза, итого в сумме будет 1030000 ВЮ, в среднем на 55 минут рассчетов. Уже отправлено ( http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php ) 630000 ВЮ, осталось 400000 штук. 13000 активных компов посчитают (или скачают) это примерно за 30 часов, то есть до середины 5 марта

[Death]

да, что-то медленно поднимаемся (((

[Rilian]

Тем временем мы вышли на 136 место!

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top...edit&offset=120

[Rilian]

ВЮ отбираютс со скоростью 1000 в 20 минут.

Осталось около 190000

[Death]

04.03.2009 23:43:05 boincsimap Requesting new tasks
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Scheduler request completed: got 0 new tasks
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: No work sent
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: (reached per-CPU limit of 30 tasks)
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available)

[Rilian]

Да, лимит 30 ВЮ на ядро, а также 200 ВЮ в день на комп

[Rilian]

Осталось 105000 ВЮ (идет 8я тысяча заданий с кворумом 2 из 7й пачки)

Команда уже на 135 месте!