Версія даної теми для друку

Натисніть сюди для перегляду даної теми у оригінальному форматі

Розподілені обчислення в Україні _ Docking@home _ Docking@home

Автор: nikelong Aug 9 2007, 21:42



Проект "Docking@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите http://boinc.berkeley.edu/download.php (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее http://docking.cis.udel.edu/community/team/members.php?teamid=105&sort_by=total_credit&offset=0 вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:
Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд).



Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation).

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en


http://www.polarseti.ru/page.php?23

http://distributed.ru/wiki/pro:docking

Автор: (_KoDAk_) Jun 29 2008, 10:33

для создания экаунта требуется пригласительный код (который хз где брать)

Автор: (_KoDAk_) Jun 30 2008, 18:52

1.gif yahoo.gif new_russian.gifтепер мы там есть new_russian.gif yahoo.gif 1.gif
но н этом хорошие новости закончились

Автор: nikelong Jul 16 2008, 12:29

http://docking.cis.udel.edu/server_status.php
Сервер статус.

Кодак, Results ready to send 77
может хапнешь себе пару штук, шоб небыло "ноль кредитов" по команде?

Автор: (_KoDAk_) Jul 16 2008, 21:47

еслиб мог добавить проект в менеджер я бы попробовал...((((

Автор: nikelong Oct 27 2008, 01:32

Тут задания выдаются?

А то на ваулте этот проджект добавлен, а нас нету в нем бо у команды ноль очков о_0
http://www.dc-vault.com/showteam.php?team=433

Автор: Death Oct 27 2008, 02:00

присоединился и скачал 5 заданий ))))

Автор: Некто Oct 27 2008, 08:08

joined

Автор: Tamagoch Oct 27 2008, 08:51

первыйнах! +13 очков dance.gif

Автор: (_KoDAk_) Oct 27 2008, 09:38

странно все это в я не могу добавить проект в менеджер
хотя могу зайти в проект под своим экаунтом (

кто нибудь выложите\отправте на мыло account_*******.xml

Автор: Некто Oct 27 2008, 16:04

за задания 10.13-10.18 очков

Автор: (_KoDAk_) Oct 27 2008, 23:19

мега респект

ReMMeR

за спасение
утопаюЩего

,-+-,/----\\\-------\\\--------\\\\---
\.-+-
/ /
P.S.:вот тока уних тоже х64*32 режиме пашет ((((

Автор: Некто Oct 28 2008, 07:54

мда... тут разве что с читерскими клиентами... очков очень мало дают даже по сравнению с АБЦ

Автор: Rilian Nov 1 2008, 20:49

Присоединился

Судя по ДЦ-Ваулту этот проект полезно вытягивать для того чтобы подняться еще выше (на 10 место)

ps: клиента под макось нет sad.gif

Автор: Rilian Nov 1 2008, 23:06

3.47 очка за 50 минут работы. Мало

Автор: (_KoDAk_) Nov 2 2008, 07:41

5,832.75 33.80 33.80
+ поправил шапку команды )

Автор: T0lsty Nov 4 2008, 10:00

Results ready to send: 0

Автор: (_KoDAk_) Nov 5 2008, 00:56

QUOTE(T0lsty @ Nov 4 2008, 10:00) *

Results ready to send: 0

ну єто может и клучшему

Автор: (_KoDAk_) Nov 5 2008, 09:09

November 04, 2008 15:38 UTC
We are having some problems with the work generation. The workunit distribution will start and stop frequently during the next couple of hours

November 03, 2008 13:38 UTC
Due to your great support crunching about 600 000 HIV workunits, today we start a new phase of Docking@Home with the distribution of Trypsin. We did extensive testing before submiting this new protein but we may have some problems due to the new files distributed.

в общем как всегда пару часов (превращаются в пару дней) отсутствия заданий )

Автор: (_KoDAk_) Nov 5 2008, 19:38

и появились новые задания ...

Автор: Rilian Jan 9 2009, 20:43

В понедельник 12 января будет обновлен софт на сервере, и сайт проекта не будет работать с 5 до 11 вечера по восточному тихоокеанскому времени (то есть я так понимаю у нас это с около полуночи 12 января до 10 утра 13 января)

QUOTE
We will upgrade the Web page next Monday January 12th and it may be down from 5 to 11 PM EST

Автор: Некто Jan 14 2009, 07:23

у них новый сайтег smile.gif

Автор: Rilian Jan 14 2009, 22:41

Почитал их сайт

Вобщем докинг это то же самое что розетта, тока для двух белков - рассчитывается их взаимодействие между собой

Автор: Rilian Jan 18 2009, 17:03

И, как бе, да, Docking работает на программе http://www.charmm.org/ (лучшая на сегодня система моделирования взаимодействия белков), которая также используется для рассчетов в проекте FightAIDS@home

то есть считая этот проект вы косвенно помогаете тестировать все проекты которые рассчитывают взаимодействия белков

Автор: Некто Jan 20 2009, 23:11

New protein
January 20, 2009 17:36 UTC

Tomorrow, Jan 21, we will start docking a new protein. P38alpha, also known as SAPK2a and MAPK14, is involved in the regulation of cellular stress responses as well as the control of proliferation and survival of many cell types. Several promising compounds that inhibit p38 alpha are being investigated as potential therapies for arthritic and inflammatory diseases, more info here. This protein seems to be more stable than Trypsin, and we can expect longer workunits. Please also expect minor problems during the transition phase. Thank you
Slow WUs Generator
January 20, 2009 01:41 UTC

The work-unit generator seems not able to keep up the pace with your requests for jobs. We are working on this issue and we will keep you posted.

Автор: Rilian Jan 27 2009, 19:07

Вот как примерно віглядит белок которій считается в проекте Docking@home

IPB Image

его можно крутить, приближать, отдалять итд look.gif

Автор: Rilian Feb 2 2009, 11:37

Dear rilian,

The Docking@Home team is pleased to release the third Docking@Home newsletter to our volunteers. You can download the newsletter at:

http://docking.cis.udel.edu/about/project/newsletters/newsletter_nr3.pdf

Enjoy the reading!

Michela rtfm.gif

Автор: Death Feb 6 2009, 22:20

в шапке такой же адрес как и для тестового проекта.
если это основной, то какой же тогда у теста????

Автор: Rilian Feb 7 2009, 10:18

нет у тестового свой адрес

Автор: Death Feb 7 2009, 13:45

http://docktest.cis.udel.edu/ это тест - аккаунті не создаются
http://docking.cis.udel.edu/ это основной - можно щитать.

препутал вечером с устатку....


Автор: (_KoDAk_) Feb 18 2009, 21:33

February 17, 2009 10:26 EST

This week we will resume some short tests with trypsin. We will test: 1c1r, 1c2d, 1c5t, and 1ce5. The model has been changed and the workunits should be more stable.

Автор: (_KoDAk_) Mar 15 2009, 12:04

March 13, 2009 18:42 EST

We are ready to distribute new computation with a new, more accurate model of the docking process. More about the new model can be http://docking.cis.udel.edu/community/forum/thread.php?id=411

QUOTE

Dear D@H Volunteers,

We are ready to submit new docking simulations with a new computation model (i.e., algorithm for the simulation of the docking process). This time we have improved the way we represent the effect of the solvent in the docking process. We know that ligands and proteins interact immersed in a solvent (water) and the solvent can affect the docking process.

This new model should be more accurate because the solvent representation and its effect on the docking process are more accurately represented. Unfortunately the model is also more time demanding. So for example, given a job comprising a protein and a ligand, in preliminary tests 40 docking attempts take approximately:

- 2.3 to 2.6 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz

- 3.0 to 3.5 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz

- 7.0 to 7.2 hrs - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz

We tested the model extensively in the past two weeks but, as usual, testing is never enough. Please help us to tune the new model and address any issue. The distribution will start next week.

The jobs will have the tag "mod0014" in the name. We will also post further news before to start distributing.

Thanks,

Michela


Новая модель в бОльшей степени учитывает влияние внешней среды (воды) при докинге 2 молекул. Также новый алгоритм требует бОльших вычислений, и это примерно составит

- 2.3 до 2.6 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz

- 3.0 до 3.5 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz

- 7.0 до 7.2 часов - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz

Разработчики просят обо всех ошибках и замечаниях сообщать на форуме. ВЮ с новой моделью называются mod0014_*

Автор: (_KoDAk_) Mar 18 2009, 01:06

вот ток а меня настораживает лимит в 72 результата вдень(
это даунизм какой-то

Автор: (_KoDAk_) Mar 21 2009, 23:36

ладно задания пошли толстые 140 минут на 3300Mhz квада
так что заданий на день хватает сголовой тепере
так что пока буду кочегарить

Автор: (_KoDAk_) Apr 19 2009, 19:48

50к рубеж взять

команда 215к
41 место

Автор: (_KoDAk_) May 1 2009, 19:21

Dear Volunteers,

There is a problem with the workunits currently distributed. Please abort ALL 1hpv workunits you might have received. Those workunits were sent with a corrupted input file which is preventing the timely execution of them.

We are really sorry for the inconvenience. Thank you for your understanding.


The Docking@Home Team

To opt out of future emails from Docking@Home, please edit your project preferences at http://docking.cis.udel.edu/prefs.php?subset=project

Автор: Arbalet Jun 24 2009, 18:37

В научной базе http://www.newswise.com/ опубликована http://www.newswise.com/articles/view/553414

Аннотация:
Знаете ли вы о том, что сегодня можно предоставить свободные вычислительные ресурсы своего компьютера для помощи ультрасовременному биомедицинскому научно-исследовательскому проекту, нацеленному на обнаружение лекарств от ВИЧ, болезни Паркинсона, артрита и рака молочной железы. Этим занимаются специалисты из Университета Делавэра в рамках проекта распределенных вычислений Docking@Home, который получил поддержку Национального научного фонда США. Более 6 тысяч добровольцев во всем мире с азартом участвуют в этом проекте, ускоряя научные вычислительные эксперименты, способные сделать прорыв в лечении тяжелых заболеваний.

Автор: (_KoDAk_) Jun 24 2009, 21:32

а что дает поддержка Национального научного фонда США ?

Автор: (_KoDAk_) Aug 8 2009, 09:39

обновились расчетные модули)

Автор: (_KoDAk_) Aug 26 2009, 23:17

D@H third phase
August 26, 2009 11:58 EST
Since we started tesing HIV1 we expect that the workunits will be shorter than our previous batch. We have also detected download errors in some machines, we are investigating if this issue has something to do with the new complexes or are more a BOINC-related issue.

D@H third phase
August 26, 2009 11:45 EST
Today D@H starts its 3rd phase of validation. This time we will dock HIV1 protease, Trypsin, and P38alpha proteins using ligands with very different initial conformations than those in the crystal complexes. With these experiments we expect to prove that by combining our prostprocessing with our sampling capabilities, D@H is able to find near-native structures even if the initial conditions are not favorable.

Автор: (_KoDAk_) Oct 20 2009, 02:01

D@H third phase: Trypsin
October 19, 2009 18:07 EST
We are starting the distribution of http://en.wikipedia.org/wiki/Trypsin complexes using initial configurations that are at least 5A away from the crystal structure. With this set of experiments we expect to prove that our preprocessing algorithm can find native-like docking structures despite the initial conditions of the docking.

Автор: pavlan Jan 27 2010, 21:05

нмогу зарегениться((

после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данныеexcl.gif! что за дела!?

Автор: Rilian Jan 27 2010, 23:53

QUOTE(pavlan @ Jan 27 2010, 21:05) *

нмогу зарегениться((

после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данныеexcl.gif! что за дела!?

попробуй через BOINC

там добавишь проект (URL) и выберешь "новый юзер"

А дальше оно само тебя зарегистрирует. Останется только зайти в аккаунт, вступить в команду Ukraine cool2.gif и настроить все под себя rilian.gif

Если выкидывает со страницы выбора никнейма, то попробуй в другом браузере. Может у тебя какие-то левые плагины стоят?

Автор: corsar83 Jan 28 2010, 11:52

Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. idontno.gif

Автор: Rilian Jan 28 2010, 12:32

QUOTE(corsar83 @ Jan 28 2010, 11:52) *

Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. idontno.gif

Привет. судя по статусу серверов там все ОК

http://docking.cis.udel.edu/status/

А что конкретно пишет BOINC? Можешь скопировать и вставить сюда текст из Messages?

Автор: corsar83 Jan 28 2010, 12:38

Сейчас не дома. Но что-то типа Internet is OK. Maybe temporarily server is down. return и через 1 час и более повторяет попытку с тем же успехом. Перезапускал проект несколько раз максимум доходил до 29% за неделю наверно.

Автор: Rilian Feb 3 2010, 00:43

2010-02-02: Tomorrow D@H will start crossdocking, it is a critical change but we expect we will move smoothly. Please be patient in the event of possible crashes

Завтра проект начнет кроссдокинг.

Что это такое?

QUOTE
The method termed "in situ cross-docking" combines separate docking grids joined into one larger grid


This week Docking@Home starts its crossdocking phase, we will perform docking of a given ligand with slightly different conformations of the receptor, then our postprocessing algorithm will select the best ligand conformation. This process simulates the flexibility of the protein resulting in more realistic simulations

Автор: roma4004 Apr 30 2010, 06:13

Может мне кто либо подсказать, как можно "убедить" моего "бионика" присоединится к команде Украины, где это вообще меняется? А то он просто считает по видимому очки просто мне считаются, а не команде...
---
А у мну сегодня ДЕНЬ РОЖДЕНИЯ!)

Автор: Death Apr 30 2010, 09:24

в проекте котором ты зарегистрирован заходишь в http://docking.cis.udel.edu/home.php.

там есть ссылка найти команду - находишь команду http://docking.cis.udel.edu/community/team/display.php?teamid=105 и жмёшь присоединиться (Join).

Автор: Rilian Apr 30 2010, 11:36

roma4004, поздравляем с днем рождения и приветствуем в команде Украины! drinks2.gif

Автор: Arbalet Apr 30 2010, 18:48

(Rilian @ Feb 3 2010, 01:43) *

Завтра проект начнет кроссдокинг.

Что это такое?

The method termed "in situ cross-docking" combines separate docking grids joined into one larger grid


This week Docking@Home starts its crossdocking phase, we will perform docking of a given ligand with slightly different conformations of the receptor, then our postprocessing algorithm will select the best ligand conformation. This process simulates the flexibility of the protein resulting in more realistic simulations


Пусть меня поправит Alien, но кроссдокинг - это более продвинутый метод молекулярного докинга (стыковки), когда биологическая мишень (белок) выступает не статичной молекулой, а целой группой почти (дьявол в деталях) идентичных молекул. (Типа различных вариантов одного и того же белка.) И вот на всех этих возможных комбинациях атомов в белке и проводится перебор малых молекул на предмет выяснения самых удачных вариантов взаимодействия. При этом перебор - умный, рационально использующий вычмощности.

Автор: roma4004 May 2 2010, 22:41

Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?

Автор: corsar83 May 3 2010, 08:34

Смотря какой процесор. У меня Pentium E6500, работает на 3,2Ггц и греется при полной загрузке двух ядер до температуры от 40 до 45 градусов на боксовом кулере в зависимости от температуры в комнате. На кваде конечно будет побольше, но думаю держать желательно ниже 60.

Автор: roma4004 May 3 2010, 14:07

ДАК) в том то и дело что моего зверька - Intel core quad q6600 температурка критическая у него в паспорте 69, а у меня ядра 72, 70, 68, 68 такие температуры в простое держит постоянно, а как под сто раскочегарится от 80 до 83 подымается, вот я призадумался как работает мой проц, уже когда скачал Бионик, подумал о температуре и качнул еще прогу Core Temp 0.99.5, просто очень уж я сильно сомневаюсь что прога неправильно показания снимает с датчиков на ядрах. Куллер мне еще при покупке поставили до сих пор (два года как) ни разу не перегревался. Все бы ничего да боязно его под 83℃ удерживать...может стоит приобрести охлаждение по прохладистей?)

Автор: corsar83 May 3 2010, 16:46

Это чото многовато мне кажется. Может радиатор на проце забился пылью, надо почистить. Или часто бывает нужно нанести новую термопасту на проц. Думаю поможет. Как вариант открыть корпус wink2.gif , но температура высоковата явно.

Автор: mzhelo May 3 2010, 18:01

roma4004, пылесос (обязательно) и термопасту (факультативно) Вам в помощь. Конечно же, температура очень высокая. Тем более, как я понял, процессор не разогнан. Когда в последний раз делали профилактику?

Автор: re_SET May 21 2010, 11:19

(roma4004 @ May 2 2010, 23:41) *

Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?


Вообще у меня глючить БОИНК и вылет заданий начинается после 72 градусов... а рабочая температура на разогнанных домашних DualCore в раене 60-68 градусов. А вообще Core2Duo без разгона довести до 60 гр. оч трудно. Если больше - надо действительно кулера смотреть... Естественно, корпус также желательно ставить так, чтоб воздухозаборники с левой стороны корпуса на стояли плотно к стене, я у многих такое замечал... однажды у одного чела в тумбочке закрытой комп обнаружил (аж шерсть на затылке поднялась smile.gif)...

Автор: Rilian May 21 2010, 11:50

QUOTE(roma4004 @ May 2 2010, 23:41) *

Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?

http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=2133

Автор: corsar83 Jun 25 2010, 19:43

Чото список в топ-20 в шапке не отображается blink.gif

Автор: Rilian Jun 26 2010, 15:45

QUOTE(corsar83 @ Jun 25 2010, 20:43) *

Чото список в топ-20 в шапке не отображается blink.gif

Исправил на топ-30

Автор: corsar83 Jul 1 2010, 10:43

Lentgh of cross-docking workunits
June 29, 2010 21:39 EST

The current workunits are cross-docking ligands with different protein conformations. Each workunit should last between 4 and 6 hours.


Текущие задания являются кросс-докинг лигандов с различными конформациями белка. Каждый из них должен считаться от 4 до 6 часов.

Автор: ReMMeR Jul 7 2010, 10:18

Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.

Автор: corsar83 Aug 14 2010, 12:09

Начали считать другой какой-то комплекс. По времени считает столько же, а начисляют не 138, а 102 очка. Зажлобились чото idontno.gif

Автор: corsar83 Aug 19 2010, 14:41

Чо за задания понеслись по 30 секунд и 102 бала. Глюк какойто чоли. blink.gif

Автор: corsar83 Oct 14 2010, 08:44

Best ligand structures displayed
October 13, 2010 4:09 EST

Now our feature showcasing the best ligand conformations per complex is operational again!! You can see the most recent best results from http://docking.cis.udel.edu/community/bestresults.php. Comunity->Best Results

Автор: corsar83 Oct 31 2010, 13:13

Maintenance work in server room
October 29, 2010 2:11 EST

During the first 2 weeks of November, there will be renovations in the server room where D@H is located, therefore we might experience some discontinuity in the job's production and validation. We will try to keep you informed before any major time down. Thanks for your patience!!

Автор: Rilian Mar 31 2011, 16:02

Want to read more about D@H results?
March 29, 2011 8:48 EST

Downlad http://gcl.cis.udel.edu/publications/conferences/010ACMBCB/10acmbcb_testrada.pdf to read more about results you help us to achive with D@H. Thanks!

Автор: Rilian Oct 3 2011, 07:57

2011-10-02: The cross-docking simulations of our set of HIV complexes is almost done. This will allow us to start the statical analysis ofthe data collected with your help while starting a new set of cross-docking for a new protein, the trypsin.

Автор: Rilian Nov 11 2011, 12:07

Nov 10, 2011 13:00 EST

The Docking@Home team is pleased to release the http://docking.cis.udel.edu/about/project/newsletters/newsletter_nr4.pdf to our volunteers. Enjoy the reading!

Автор: Bel Apr 8 2012, 20:36

Голландцы склепали дрим тим. Сливают по 2.5 млн/день. Вот только как можно было умудрится за месяц привлечь 300 с лишним активных кранчеров в этот проект? blink.gif Ботнетом балуются что ли..?
http://ru.boincstats.com/stats/user_stats.php?pr=docking&st=0∨=12&hosts=0&ti=46&co=&date=

Автор: niggativ86 Apr 8 2012, 21:43

(Bel @ Apr 8 2012, 21:36) *

Голландцы склепали дрим тим. Сливают по 2.5 млн/день. Вот только как можно было умудрится за месяц привлечь 300 с лишним активных кранчеров в этот проект? blink.gif Ботнетом балуются что ли..?
http://ru.boincstats.com/stats/user_stats.php?pr=docking&st=0∨=12&hosts=0&ti=46&co=&date=


Кажись с WCG перешли сюда no.gif

Автор: nikelong Apr 8 2012, 23:11

Bel,
Дык это ж Dutch Power Cows ! Это они и придумали "педали". Еще с динозаврских времен конца 90-х ...

Автор: D@rs Oct 16 2012, 11:29

Скажіть, будь ласка, в мене Boinc налаштований на кілька проектів. Останнім часом не рахує нічого, окрім Docking-гу. Але кожне завдання має обраховуватися приблизно по 2:30-2:40 години, а потім чарівним чином завдання розтягуються до 24-х годин. При цьому вже за період ~10 днів не нараховано жодного балу. (CPU: AMD Phenom II x4 970 (3.5 GHz), працює цілодобово)

Автор: Rilian Oct 16 2012, 11:39

D@rs, странно, http://docking.cis.udel.edu/community/results.php?hostid=121088&offset=20 я не вижу завершенных заданий у тебя

если хочешь включи team viewer, пришли мне в личку номер и пароль сессии, я посмотрю что творится

Автор: Bel Oct 16 2012, 19:21

D@rs, не хочу мешать выбирать проекты самостоятельно, тем более у нас каждый кранчит что хочет, но относительно Докинга могу сказать, что проект уже не вызывает доверия, как ранее. sad.gif Скоро уже будет год, как не обновлялась инфа по результатам проекта. Что сейчас моделируют, какие цели далее? Непонятно. Тем более для таких масштабов моделирования докинга белка, мощности проекта все равно очень мало. Нужно хотя бы раз в 10 больше, на временной отрезок как миниму год. Поэтому предлагаю перевести ресурсы на проект http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=890, который проверенный временем и фин. вливаниями IBM smile.gif, или http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=5227(недавно запустили, сам кранчу и агитирую за негоsmile.gif). Есть проекты еще Poem@home, Simap, Rosetta@Home которые тоже проверенные. koc.gif

Автор: Rilian Oct 16 2012, 20:05

Bel, почему не вызывает?

автодок используется в ОЧЕНЬ большом кол-ве проектов

Автор: Bel Oct 16 2012, 20:59

(Rilian @ Oct 16 2012, 21:05) *

Bel, почему не вызывает?

автодок используется в ОЧЕНЬ большом кол-ве проектов

К Autodock претензий нет smile.gif
К примеру уже 3 года раздел история проекта не ведется. http://docking.cis.udel.edu/about/project/history.php.
Значимых достижений пока не замечено. idontno.gif

Автор: Rilian Oct 16 2012, 21:02

ну докинг никогда насколько я помню не отличался скоростью постинга новостей ...... А вообще проект полезный! smile.gif

Автор: Rilian Oct 20 2012, 13:01

Abort 0% progress
October 11, 2012 13:11 EST

QUOTE
Due to the problem with the space in D@H some workunits were sent with an incomplete input file and are not progressing. Please abort workunits with 0% progress. We are so sorry for the inconvenience!!


Админ проекта сказал все задания которые не могут посчитаться - Аборт.

Автор: Bel Dec 15 2012, 09:49

Добро пожаловать в команду! welcomeani.gif
Хотелось бы узнать, как услышали о РВ?

Автор: Bel Dec 16 2012, 11:55

=) Кстати, пользуясь случаем, хочу сагитировать за проект http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=5227&st=30. Или WCG на выбор. koc.gif

Автор: Bel Dec 19 2012, 19:32

(Ламер @ Dec 18 2012, 23:30) *

Дякую за запрошення. Проте виникли сумніви щодо фундаментальності даних обчислювань.
Фармацептичний бізнес є 3-ий у рангу прибутковості в світі. Чи не занадто їм буде задля розрахунку дії нових препаратів використовувати волонтерські потужності?

Поправка. Сейчас "они" используют выч. мощности вообще для обнаружения "того"(лиганд белка, или определенной третичной структуры и т.д.) из чего в дальнейшем можно будет синтезировать препарат для лечения определенной заразы. Тестированием потенциальных препаратов, занимаются уже мед. организации и лаборатории, после определения нужных кандитатов. Как поведет себя препарат на испытаниях уже не зависит от кранчеров.
Теперь пример: Проект WCG за текущий год имел мощность приблизительно 300-350TFlops. Если откинуть полтора последние месяца, когда начали использоваться GPU в расчетах. Это учитывая что за это время досчиталось только несколько проектов - C4SW, HCMD! CFSW посчитали полностью с нуля, и HFCC постоянно подкидывают новые этапы, после успешно просчитанных) Если прикинуть с ценами на облачных ресурсах, то можно охуеть сколько понадобится бабла для аренды n-ого количества серверов общей мощностью хотя бы 300 Трфлоп, на 1 год. Один сервер на 32 ядра по США в среднем стоит 500$ в месяц. http://nkvd.pro/servers/usa/

Автор: Rilian Dec 22 2012, 10:51

Ламер, дело не в скидке и цене, а в существовании лекарств. Когда они тебе понадобятся ты бы предпочел чтобы они существовали, по любой цене, не так ли?

Автор: Rilian Dec 22 2012, 12:03

Ламер, щяс те лекарства дорогие. позже когда технология будет доступна всем (а это кстати одна из особенностей РВ - ты можешь самостоятельно изучать результаты и делать лекарства) они будут дешевыми и доступными

Уже сейчас можно по почте получить разные белки и образцы ДНК, 20 лет назад такое не снилось самым лучшим лабораториям smile.gif

Автор: vadik_ua Dec 5 2013, 11:34

Перестали приходити нові завдання:

05.12.2013 11:30:35 | Docking | update requested by user
05.12.2013 11:30:36 | Docking | Sending scheduler request: Requested by user.
05.12.2013 11:30:36 | Docking | Not requesting tasks: don't need
05.12.2013 11:30:39 | Docking | Scheduler request completed

blink.gif

Поки перейшов на WCG.

UPD: Станом на 6 грудня знову пішли завдання.

Автор: astronom2003 Apr 12 2014, 18:30

Случайно наткнулся на такое :
April 07, 2014 17:05 EST
With a heavy heart, we are announcing the retirement of the Docking@Home project. Unfortunately, we no longer have the resources to maintain the project. Starting on April 30, 2014 Docking@Home will no longer be distributing new jobs but will continue to collect results. On May 23, 2014 the server will stop accepting results as the project enters retirement. We hope that you can use this time to point your workers to new VC projects. (here is a link to active BOINC projects).

Over the past 9 years we’ve had 98,512 Volunteers contribute computing power from 264,535 hosts. We have granted a total of 5,422,290,917 credits, which means our volunteers contributed roughly 159,398,584 Hours (18,196 years!) of computation. Back in Jan we made all of the result data public and we will keep that interface active. Thank you to everyone that made Docking@home a success over the years. It’s been fun! Please join us on the forums to share your best and worst story from the project.

Over the past few months we’ve been working on bringing the ExSciTecH project to life. We hope that you will join us in our adventure on this new project. Feel free to stop by the ExSciTecH forums and say “Hi”!.

Thanks for your support over the years!
The Docking@Home Team

Скрепя сердце, сообщаем о прекращении проекта Docking@Home. К сожалению, у нас нет достаточно ресурсов, чтобы дальше поддерживать проект. Начиная с 30 апреля 2014 Docking@Home больше не будет выдавать новые задания, но будет продолжать принимать результаты. 23-го мая 2014 сервер перестанет принимать результаты, т.к. проект будет завершен.
Ну и дальше перечисляют сколько было за время существования проекта мемберов, хостов и т.д.
Вобщем скоро проект в "Retired Projects"
Кто чего ещё считает - досчитывайте. koc.gif

Автор: Arbalet Apr 12 2014, 22:59

(astronom2003 @ Apr 12 2014, 19:30) *

Ну и дальше перечисляют сколько было за время существования проекта мемберов, хостов и т.д.

А они там не написали, сколько полезных и перспективных лекарственных молекул нашли? Или развили какие-то новые способы докинга? Что полезного то добились?

Автор: vadik_ua Apr 14 2014, 09:59

(Arbalet @ Apr 12 2014, 23:59) *

А они там не написали, сколько полезных и перспективных лекарственных молекул нашли? Или развили какие-то новые способы докинга? Что полезного то добились?

Похоже, особых достижений нет. Но хоть выложили для скачивания всем желающим http://docking.gcl.cis.udel.edu/resultsDownload/, сгенерированных с помощью проекта.

Invision Power Board
© Invision Power Services