Версія даної теми для друку

Автор: Arbalet Mar 11 2020, 19:03

Компания Folding@home объединяет исследователей по всему миру, которые работают над тем, чтобы лучше изучить коронавирус 2019-nCoV и ускорить научные усилия по разработке новых методов спасения людей. Установив предлагаемое программное обеспечение, каждый человек может пожертвовать неиспользованные вычислительные ресурсы своего компьютера консорциуму Folding@home, исследователи которого работают над улучшением понимания структур потенциальных мишеней для лекарств против 2019-nCoV, и помочь в разработке новых методов лечения.



Данные, которые пользователи таким образом помогут генерировать, будут быстро и открыто распространяться в рамках открытого научного сотрудничества нескольких лабораторий по всему миру, предоставляя исследователям новые инструменты для разработки жизненно важных лекарств.

2019-nCoV является близким родственником коронавируса SARS (SARS-CoV) и действует аналогичным образом. Для обоих коронавирусов первый этап заражения происходит в легких, когда белок на поверхности вируса связывается с белком-рецептором на клетке легкого. Этот вирусный белок называется шипом (отмечен красным цветом на изображении ниже), а рецептор – ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2).


Иллюстрация, созданная Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), показывает ультраструктурную морфологию коронавируса. Обратите внимание на шипы, расположенные на внешней поверхности вируса, которые придают ей вид короны, окружающей вирион.

Терапевтическое антитело представляет собой белок, который может блокировать связывание вирусного белка с рецептором и предотвратить заражение вирусом клетки легкого. Терапевтическое антитело уже было разработано для SARS-CoV, но для создания терапевтических антител или малых молекул против 2019-nCoV ученые должны лучше понять структуру белка вирусного шипа и механизм его связывания с рецептором ACE2, необходимым для проникновения вируса в клетки человека.

Белки все время движутся – они раскачиваются, складываются и разворачиваются, принимая различные формы. Поэтому необходимо изучить не одну форму вирусного шипа, а все возможные варианты с учетом колебания белка и складывания в альтернативные формы. Это позволит лучше понять, как шип взаимодействует с рецептором ACE2, и подобрать терапевтическое антитело. Уже существуют структуры вирусного шипа SARS-CoV, но они с низким разрешением, а формы шипа различаются у SARS-CoV и 2019-nCoV. У нас есть возможность оказать помощь в моделировании структуры белка-шипа 2019-nCoV и идентифицировать участки, на которые может быть нацелено терапевтическое антитело. Для этого нужно построить математические модели, но они требуют достаточной вычислительной мощности.

Каждый желающий может поучаствовать в работе, https://foldingathome.org/start-folding/ Folding@home и выбрав вкладку «Any Disease» (любое заболевание) – разработчики пока не сделали опцию для направления ресурсов конкретно на коронавирус, но обещают оповестить, когда реализуют эту функцию. Один белок 2019-nCoV, протеаза, кодируемая вирусной РНК, уже кристаллизован. И хотя интересующий белок-шип 2019-nCoV еще не расшифрован, можно использовать гомологичную структуру шипа SARS-CoV для идентификации мишеней терапевтических антител.

Аминат Аджиева, портал «Вечная молодость»http://vechnayamolodost.ru/</a> по материалам https://foldingathome.org/2020/02/27/foldinghome-takes-up-the-fight-against-covid-19-2019-ncov/.



Немножечко полезного FAQ от Cullorblind, чтобы повысить отдачу от железа:

Вижу в теме GTX 1070 на скринах , но с очень низким PPD как для GTX 1070, у которого PPD должен быть от 600к до 800к в зависимости от частоты чипа и задания.
Как будто не введён passkey, а если не введён - тогда не начисляется Quick Return Bonus, с которым PPD в зависимости от мощности железа и задания в 2-10 раз выше чем без passkey.

Поэтому, чтобы не профукивать PPD - и свой и команды - просьба в standalone-клиенте жамкнуть Configure, потом на вкладке Identity - на соответствующую ссылку для получения passkey на мыло, а потом из почты нужно скопипастить passkey в клиент в поля passkey и reenter.
Для новичков считающих с 0 заданий - после получения passkey и 10 посчитанных заданий PPD существенно вырастет, см. скрины.

Как установить небраузерный standalone-клиент:
https://forums.overclockers.ru/viewtopic.php?f=21&t=395883
https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/windows/



Последние дней 10 - сильная напряжёнка с генерацией новых заданий в связи с огромным наплывом и новых участников и переключением нескольких кластеров из майнинга, железо может простаивать до часа в попытках дождаться у серваков своей очереди на скачивание заданий.

Современные GPU имеют больше терафлопс и всегда приносят больший PPD на ватт по сравнению с CPU, условно 100 ватт на ничзкочастотном AMD 8 ядернике это 100к PPD, 100 ватт на GTX 1060 - это 500к PPD c passkey.
Поэтому оптимальные по энергоэффективности конфиги - срендне-малоядерный процессор от 3 ГГц и GPU на какой есть деньги, желательно Nvidia; AMD 5700 XТ считает только последнее 22 ядро, на Vega10 считает и 21 и 22 ядро, но на них чаще бывают ошибки с последними COVID-19 related проектами

Автор: Arbalet Mar 11 2020, 19:29

Эх, тряхнем стариной

Автор: Arbalet Mar 14 2020, 10:55

Начали раздавать задания в рамках коронавирусного проекта!



Проект 11752

КОРОНАВИРУСНЫЙ ПРОЕКТ

Домен связывания рецептора коронавируса SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) в комплексе с человеческим рецептором ACE2 (структура, альтернативная 11741)

Дальнейшее описание появится вскоре после того, как мы справимся с нагрузкой по выпуску этих проектов, спасибо за ваше терпение!

Этот проект находится в ведении Мемориального онкологического центра Sloan Kettering.

Автор: astronom2003 Mar 15 2020, 21:18

Arbalet, де стільки пропадав?

Автор: Vadimus Mar 15 2020, 22:12

После 10 лет перерыва снова здрасьте.

Я за это время почти всё забыл. Но смог вспомнить команду и свой логин. Я даже сейчас по статистике вхожу в 200 лучших в команде )

После такого перерыва прошу помочь советом. Есть где-то инструкция по актуальному клиенту для Windows? Он у меня не сразу захотел работать, полчаса простаивал, теперь завёлся. Но не полностью. Я выделил 3 ядра, фактически работает только 1. Как включить вычисления на GPU NVIDIA, пока совсем не разобрался. Подскажите, плиз.

Автор: ale4316 Mar 16 2020, 00:14

Для GPU просчета нужно Geforce не ниже 660 серии. А ядро и у меня грузит одно, из выделенных 3.

Автор: Arbalet Mar 16 2020, 00:49

Vadimus, у меня тоже не постоянно грузит GPU, там, видимо, от наличия заданий на серверах зависит. А вот все ядра ЦПУ пригружает исправно, но только зачастую не проектами по коронавирусу. Возможно, задания по коронавирусу разбирают с устрашающей скоростью. Самому интересно, как можно (и можно ли) настроить клиент на прием только коронавирусных заданий.

astronom2003, интерес к РВ снизился до минимума, особенно, когда когда вломили за электричество конские тарифы. Посчитывал себе легонько новые проекты в WCG для сбора ачивок. Но недавно обратил внимание на SETI@home, после прочтения новостей об их программе исследования галактических сигналов от астрофизических объектов. И опять облом - SETI прикрывают... Ну и тут коронавирус и в высшей степени своевременная реакция Стэнфорда по его исследованию в Folding@home. Не ожидал, что у них там все по прежнему весьма бодренько! Лучший способ вернуться в РВ

Автор: Vadimus Mar 16 2020, 09:12

(ale4316 @ Mar 16 2020, 01:14)

Автор: ale4316 Mar 16 2020, 09:30

Розета тоже начала давать задания короновируса, но и как фолдинг, выбрать чисто их , нет возможности.

Автор: re_SET Mar 19 2020, 02:43

Знов з вами. Підключився, але у F@H все глючить: від веб-контрола до статистики .. Якось навіть не цікаво

Автор: ale4316 Mar 19 2020, 09:30

Буду считать лишь конкретный проект вируса, а то это похоже на : копайте от сюда и туда, а я схожу узнаю где надо точно.

Автор: SpellChecker Mar 19 2020, 10:16

присоединился

(Show/Hide)

Автор: Arbalet Mar 19 2020, 12:47

Вчера считал целый день задание на ЦПУ, не связанное с ковид-19. На ГПУ вообще ничего не давали, поэтому считал SETI на видекарте. Но сегодня пригрузили коронавирусом и ЦПУ, и ГПУ. Может быть задания нарезали в достаточно количестве, а то наверняка желающих участвовать сейчас возросло многократно

Автор: ArsenEverlast Mar 20 2020, 20:44

https://forklog.com/coreweave-vydelila-6000-videokart-na-poisk-vaktsiny-ot-koronavirusa/

Автор: Arbalet Mar 21 2020, 18:33

(ArsenEverlast @ Mar 20 2020, 20:44)

Автор: rpisarev Mar 22 2020, 21:37

https://www.youtube.com/watch?v=KU4qOebhkfs

Автор: gladiator_maximus Mar 23 2020, 08:57

Не было бы счастья, да несчастье помогло.
Форум оживился, появился интерес к фолдингу.

И первыми майнерами были как раз кранчеры, которые по фану и начинали майнить биткоин.
Сейчас, когда майнинг на гпу приносит копейки, как раз в свете событий с коронавирусом вырос интерес к фолдингу, когда можно задейстовавать свои видеокарты для борьбы с болезнью.

Автор: Dromage Mar 23 2020, 12:36

Согласен.

Эпидемия - зло...
Но я очень рад видеть снова старые знакомые ники на форуме (новые, если что, - тоже рад)!
Не пропадайте и в годы благополучия.

Автор: re_SET Mar 23 2020, 19:41

(Dromage @ Mar 23 2020, 12:36)

Согласен.

Эпидемия - зло...
Но я очень рад видеть снова старые знакомые ники на форуме (новые, если что, - тоже рад)!
Не пропадайте и в годы благополучия.

Автор: dimus8210 Mar 25 2020, 14:58

https://itc.ua/news/belyj-dom-ibm-nasa-i-drugie-kompanii-obedinilis-dlya-borby-s-koronavirusom-s-pomoshhyu-superkompyuterov/


Белый дом, IBM, NASA и другие компании объединились для борьбы с коронавирусом с помощью суперкомпьютеров

Автор: Cullorblind Mar 25 2020, 19:21

Всем добрый вечер!

Вижу в теме GTX 1070 на скринах , но с очень низким PPD как для GTX 1070, у которого PPD должен быть от 600к до 800к в зависимости от частоты чипа и задания.
Как будто не введён passkey, а если не введён - тогда не начисляется Quick Return Bonus, с которым PPD в зависимости от мощности железа и задания в 2-10 раз выше чем без passkey.

Поэтому, чтобы не профукивать PPD - и свой и команды - просьба в standalone-клиенте жамкнуть Configure, потом на вкладке Identity - на соответствующую ссылку для получения passkey на мыло, а потом из почты нужно скопипастить passkey в клиент в поля passkey и reenter.
Для новичков считающих с 0 заданий - после получения passkey и 10 посчитанных заданий PPD существенно вырастет, см. скрины.

(чтобы сразу было видно новичкам - лучше скопипастить эту тему c passkey в верхний OП-пост, если есть F@H группа на Facebook - нужно закинуть и туда, меня в FB или прикрыли или ломанули)

Как установить небраузерный standalone-клиент:
https://forums.overclockers.ru/viewtopic.php?f=21&t=395883
https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/windows/

Последние дней 10 - сильная напряжёнка с генерацией новых заданий в связи с огромным наплывом и новых участников и переключением нескольких кластеров из майнинга, железо может простаивать до часа в попытках дождаться у серваков своей очереди на скачивание заданий.

Современные GPU имеют больше терафлопс и всегда приносят больший PPD на ватт по сравнению с CPU, условно 100 ватт на ничзкочастотном AMD 8 ядернике это 100к PPD, 100 ватт на GTX 1060 - это 500к PPD c passkey.
Поэтому оптимальные по энергоэффективности конфиги - срендне-малоядерный процессор от 3 ГГц и GPU на какой есть деньги, желательно Nvidia; AMD 5700 XТ считает только последнее 22 ядро, на Vega10 считает и 21 и 22 ядро, но на них чаще бывают ошибки с последними COVID-19 related проектами


Приєднані зображення

Автор: Arbalet Mar 25 2020, 22:18

Cullorblind, вот спасибо тебе, добрый человек! Уже получил по почте и ввел passkey, а полезную инструкцию добавил в шапку

Автор: gladiator_maximus Mar 26 2020, 07:42

Тоже решил пофолдить. Скромный вклад.
Вот только инфа о проекте не грузится, видно на скрине, через разные браузеры пробовал.

И очень долго можно ожидать заданий, тут же нет буфера.

Автор: Arbalet Mar 26 2020, 08:13

Хм, после ввода passkey у меня сбросилась статистика и я начал считать с 0 очков, хотя ни ник, ни номер команды не поменялись...

Автор: cadet-ua Mar 26 2020, 16:49

Сейчас их сервера перегружены желающими.

Задания могут не приходить несколько часов.

Автор: ArsenEverlast Mar 26 2020, 19:57

https://itc.ua/news/moshhnosti-seti-foldinghome-perevalila-za-1-exaflops-eto-na-poryadok-bolshe-chem-u-samogo-bystrogo-superkompyutera-v-mire/

Автор: fram Mar 27 2020, 09:51

никогда не любил фолдинг с их клиентом. Все через жопу.

Г Где мой старый аккаунт?

Автор: gladiator_maximus Mar 29 2020, 12:26

Посчитал несколько заданий. Последнее пару суток назад.
Посмотрел статистику, количество вьюшек всего на пару штук увеличилось, хотя их больше посчитано, очки не увеличились.
Это реджекты?
Тут нет нормальной статы как в боинке, чтобы увидеть какие задания валидны, какие нет?

Автор: ArsenEverlast Mar 29 2020, 19:14

переключайтеся із цього галімого проекту на GPUGRID, якраз зараз дофіга завдань є

Автор: dimus8210 Mar 29 2020, 19:51

(ArsenEverlast @ Mar 29 2020, 20:14)

Автор: rpisarev Apr 6 2020, 20:21

https://twitter.com/drGregBowman/status/1246106316864708608

Автор: Arbalet Apr 22 2020, 09:56

Второй день в F@h полно заданий по коронавирусу - считай - не хочу

Автор: omega.zp Apr 22 2020, 18:15

QUOTE(Arbalet @ Apr 22 2020, 10:56)

Второй день в F@h полно заданий по коронавирусу - считай - не хочу

Автор: Dmitro Dec 31 2020, 16:54

Затащите Technologov в команду 2164

Украина скатывается.

Автор: cadet-ua Mar 23 2021, 07:09

(Dmitro @ Dec 31 2020, 16:54)