Версія даної теми для друку

Автор: romko Oct 15 2005, 13:02

Запрошую всіх небайдужих до розвитку науки і боротьби зі смертельними хворобами приєднуватися до проекту http://en.wikipedia.org/wiki/Distributed_computing, що проводиться під егідою http://en.wikipedia.org/wiki/Stanford_University і носить назву http://en.wikipedia.org/wiki/Folding%40home. Суть проекту полягає в моделюванні http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_folding з метою виявлення можливих проблем згортання, які призводять до хвороб http://en.wikipedia.org/wiki/Alzheimer's_disease, Паркінсона, діабету типу II, http://en.wikipedia.org/wiki/Bovine_spongiform_encephalopathy, склерозу і деяких типів раку. Поглиблене розуміння цих процесів допоможе з'ясувати точну картину виникнення захворювання і розробити методи продидії.

Подібно до інших відомих проектів (SETI@Home, distributed.net, Finad-a-Drug), в Folding@Home приймають участь сотні тисяч власників персональних комп'ютерів, на яких виконуються невеличкі порції-завдання. Обчислення проводяться в фоновому режимі з мінімальним приоритетом, тому не заважають нормальній роботі з комп'ютером. Інтернет потрібен лише для отримання завдань і відправки результатів в автоматичному режимі без участі користувача. Типові завдання мають розмір порядка 100 КБ, а результати - до 1 МБ на один білок, при тому, що на обрахування одного білка в Folding@Home йде від 2 до 10 робочих днів. Вимоги до ПК - Duron/Celeron або вище, 10-20 МБ пам'яті для роботи.

Ведеться статистика для кожного учасника. Учасники можуть об'єднуватися в команди за країнами, містами чи спільними уподобаннями. Команда http://uk.wikipedia.org/wiki/Україна зараз (04.01.2006 13:00) посідає 388 місце з 42019: http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teampage&teamnum=2164 або http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=2164. Це не дуже престижне місце для країни, де сотні тисяч гігагерцових процесорів ганяє порожні цикли в офісах чи приватних помешканнях.

Тому ласкаво прошу на http://folding.stanford.edu/, викачуйте клієнтське програмне забезпечення, читайте інструкції тут або на сайті проекту і записуйтесь в команду 2164. Зробіть свій посильний внесок в подолання хвороб! Якщо є якісь питання, можете їх задавати і консультуватись з учасниками команди України в цьому форумі.

Автор: romko Oct 15 2005, 13:24

Навіщо задіювати сотні тисяч комп'ютерів, якщо пожна скористатись одним суперкомп'ютером і досягнути потрібного результату значно швидше?

Відповідь:

Сучасні http://en.wikipedia.org/wiki/Supercomputer складаються з сотень або тисяч http://en.wikipedia.org/wiki/Central_processing_unit, іноді ця кількість сягає 10000 процесорів (які окремо взяті часто повільніші від сучасних десктопних процесорів), поєднаних швидкісними з'єднаннями. Саме ці з'єднання роблять суперкомп'ютер єдиним комп'ютером, а не кластером з окремих комп'ютерів, і є чи не найдорожчими його компонентами.

Так от, специфіка обчислювальних алгоритмів, які використовуються Folding@Home в тому, що швидкісні з'єднання між процесорами не потрібні, а потрібна максимізація швидкості кожного процесора. Тому навіть якби в розпорядженні проекту був суперкомп'ютер з 1000 процесорів, то він би видавав результати не швидше, ніж 1000 окремих комп'ютерів з такими ж процесорами.

Але для отримання вагомих результатів в Folding@Home потрібні не тисячі процесорів, а сотні тисяч. Тому розрахунки, які проводять учасники проекту, неможливі будь-якими іншими засобами на даному етапі розвитку обчислювальної техніки, і ще довго не будуть можливі.

Для довідки, станом на 15.10.2005 активними є 182206 процесорів: http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=osstats. Це робить кластер, який формують учасники проекту, одним з найбільших в світі, здатним виконувати приблизно 175 http://en.wikipedia.org/wiki/TeraFlops.

Автор: romko Oct 15 2005, 14:45

Де можна дізнатись про результати роботи проекту і кому вони належать?

Відповідь:

На відміну від інших проектів http://en.wikipedia.org/wiki/Distributed_computing, http://folding.stanford.edu/ працює під егідою академічного установи, http://www.stanford.edu/group/pandegroup, яка входить до http://www.stanford.edu/dept/chemistry http://www.stanford.edu/. Pande Group є неприбутковою організацією, яка не продає дані, отримані в результаті обчислень, здійснюваних в рамках даного проекту, і не отримує за них гроші в якийсь інший спосіб.

Ці дані робляться доступними для інших дослідників на сайті проекту по мірі завершення обрахунку окремих симуляцій згортання білків. Аналіз симуляцій членами Pande Group публікується в наукових журналах і також робиться доступним на сайті проекту.

Автор: romko Oct 15 2005, 15:03

Що вже зроблено, які досягнення Folding@Home?

Відповідь:

Завершено симуляції процесу згортання кількох білків тривалістю 5-10 http://uk.wikipedia.org/wiki/Мікросекунда. Ці результати підтверджено лабораторними дослідами. Наукові праці, які докладно представляють результати, можна подивитись: http://folding.stanford.edu/papers.html. Багато з цих статей пройшли розгляд іншими науковцями і були опубліковані в провідних наукових журналах (Science, Nature, Nature Structural Biology). Кількість таких статей на даний момент перевищує кількість публікацій за результатами всіх інших проектів розподілених обчислень разом взятих.

Автор: romko Oct 15 2005, 15:40

Вимоги до комп'ютера для участі в Folding@Home

Будь-який персональний комп'ютер підходить для участі в проекті, але якщо він випущений більш, ніж 3-4 роки тому і його процесор має частоту менше 1 ГГц, то є імовірність, що він не встигатиме повертати завдання до встановленого крайнього терміну. В такому випадку можна налаштувати клієнтську програму приймати лише завдання, які не мають визначеного кінцевого терміну.

Таким чином, підходить будь-який процесор Pentium, Athlon, Duron, Sempron, Celeron, Power PC. Клієнтські програми існують для Windows, Linux, Mac OS. Також можуть приймати участь комп'ютери з FreeBSD або OpenBSD.

При роботі програма використовує типово 10-20 МБ пам'яті, в залежності від розміру білкової молекули і складності розрахунків. Є завдання, які потребують значно більше пам'яті, але їх отримують лише ті учасники, які спеціально цього захотіли.

При роботі клієнтської програми використовуються 100% ресурсів процесора, але оскільки пріоритет даного процесу є найнижчим можливим, то на нормальній роботі з комп'ютером це не позначається, і ніякого уповільнення реакції на натиснення клавіш чи чогось подібного не спостерігається. Проте можна і зменшити навантаження на процесор до іншого відсотку (задається в конфігурації), якщо, наприклад, процесор перегрівається або працює нестабільно з таким навантаженням.

Взагалі, машини, які працюють нестабільно при повному завантаженні процесора (причинами можуть бути надмірний розгон або неякісні компоненти, передусім пам'ять) краще до проекту не підключати, поки не будуть виправлені всі несправності і не буде доведена здатність роботи при повному навантаженні.

Ще однією обов'язковою умовою участі в проекті є використання комп'ютерів, які належать особисто Вам, або Ви маєте згоду власника на запуск програм Folding@Home на них. Це оговорено в ліцензійній угоді на програми Folding@Home. А так ці програми є безкоштовними, більше того, компоненти, які виконують безпосередні розрахунки, базуються на відкритому коді.

Автор: Red Panda THINKs Oct 15 2005, 21:07

Грунтовно. Переконливо. В мене навіть промайнула одна думка. :)
Якби був клієнт під Солярку, підключився би до вас.

Автор: romko Oct 16 2005, 16:43

Грунтовно. Переконливо. В мене навіть промайнула одна думка.
Якби був клієнт під Солярку, підключився би до вас.

Автор: Red Panda THINKs Oct 16 2005, 17:42

Дякую за інформацію. Я тут знайшов коментарі Панде щодо FAH/BOINC:

Автор: romko Oct 16 2005, 18:14

Компонети клієнтського програмного забезпечення Folding@Home

Клієнт http://folding.stanford.edu/ може бути реалізований у вигляді консольної програми (Windows, Linux, Mac OS X), графічного клієнта (Windows, Mac OS X) або http://opera.answers.com/screensaver (Windows, Mac OS X). Завантажити їх можна тут: http://folding.stanford.edu/download.html.

Графічний клієнт може згортатись в http://www.worldstart.com/tips/computer-terms/termsystemtray.htm, і при автоматичному старті він запускається у згорнутому стані. Графічний клієнт і скрінсейвер при роботі показують тривимірну динамічну модель молекули білка, який обраховується. Для відображення використовується OpenGL-ядро, і на це витрачається 3-5% ресурсів процесора.

http://opera.answers.com/topic/win32-console при роботі у http://www.microsoft.com/windows/ займає місце на панелі задач і не може бути згорнутим в трей. Під Windows 2000/XP консольний клієнт може запускатись як сервіс, щоб не займати місце в треї чи панелі задач і не залежати від авторизації користувача (запускається при старті системи). Якщо комп'ютер має кілька процесорів, або його єдиний процесор має кілька ядер, то можна запустити кілька консольних клієнтів для одночасного виконання кількох завдань. При цьому вони повинні бути встановлені в різні папки.

Всі клієнти є невеликими програмами (розмір інсталяції 300-500 КБ). Різниця між ними лежить лише в способі запуску і показу результатів. Отримання завдань і відправка результатів здійснюються ними однаково, а для виконання розрахункових завдань використовуються ядра. При отриманні завдання клієнт перевіряє, чи є в його каталозі потрібне для обрахунків цього завдання ядро, і якщо воно відсутнє або застаріле, то здійснюється завантаження з сервера. Ядра, як і завдання, передаються в стисненому вигляді, і розмір завантаження складає порядка 500-700 КБ. Цілісність завантажених даних підтверджується цифровим підписом.

В один каталог можна встановити і графічний, і консольний клієнт, і довільно переключатись між ними без втрати проміжних результатів обрахунку завдання. При цьому повинні виконуватись дві умови: версії клієнтів повинні бути сумісні (один клієнт не повинен бути набагато старший від іншого) і клієнти повинні запускатись по одному.

Автор: romko Nov 21 2005, 09:09

Конфігурація клієнта

Після встановлення клієнта на комп'ютер з допомогою програми інсталяції рекомендується відразу налаштувати його конфігурацію.

Можна це робити в діалоговому вікні графічного клієнта, можна запустити консольний клієнт з параметром "-config" в командному рядку і ввести відповіді на запити, можна відредагувати файл конфігурації "client.cfg" з допомогою текстового редактора. Останнє можна робити і під час роботи клієнта, тільки треба пам'ятати, що зміни вступлять в силу після перезапуску клієнта.

Можна комбінувати ці підходи: запустити графічний клієнт, зробити всі потрібні налаштування, натиснути ОК, дочекатись отримання ядра і успішного старту розрахунків. Потім завершити роботу графічного клієнта, запустити консольний, і надалі користуватись ним, вносячи при потребі зміни в конфігурацію ручною правкою файлу "client.cfg". Вручну можна змінювати будь-які параметри, окрім "proxy_passwd", який зберігається в закодованому вигляді, і може бути записаний тільки самою клієнтською програмою.

Якщо запустити консольний клієнт на комп'ютері, де ніколи не використовувались програми http://folding.stanford.edu/ і відсутні файли завдань і конфігурації, то він відразу запуститься в режимі конфігурування, після чого файл конфігурації буде створено і заповнено введеними значеннями.

Крім файлу конфігурації, http://www.microsoft.com/windows/-клієнти http://folding.stanford.edu/ зберігають деякі параметри в реєстрі. Єдиним значимим з них є "UserID" - унікальний ідентифікатор комп'ютера в проекті, за яким визначається, з якою машиною виконано завдання, і рахується, скільки машин використовує користувач.

Автор: romko Nov 21 2005, 09:16

Типи завдань

На даний момент завдання в проекті бувають 4 основних типів. Взнати тип завдання можна або за назвою ядра, яка показується у вікні клієнта, або в журналі його роботи, або за номером проекту на сторінці проектів: http://vspx27.stanford.edu/psummary.html. Там вказано розмір завдання в атомах, кількість днів на виконання (бажана і крайня), кількість балів, які будуть нараховані за виконання. З цієї ж сторінки можна перейти до детального опису проекту, де вказано, згортання якого білка досліджується і з якою метою.

Отже, типи завдань і ядер:
1. http://dasher.wustl.edu/tinker (докладніше - http://folding.stanford.edu/gromacs.html) - традиційне перевірене ядро, використовується в проекті тривалий час. Використовує моделі з неявним розчинником. Ядро написано досить давно, тому швидкісні оптимізації виконані на асемблері під традиційні арифметичні співпроцесори (x87). Внаслідок цього одні й ті ж Tinker-завдання виконуються значно швидше на процесорах AMD, ніж аналогічних за рейтингом Pentium 4 або Power PC. Вимоги до пам'яті цього ядра - мінімальні (порядка 10 МБ).

2. http://www.gromacs.org/ (докладніше - http://folding.stanford.edu/gromacs.html) - більш нове ядро, яке використовує моделі з явним розчинником. Протягом 2004-2005 стало основним ядром проекту, в якому обраховується більшість завдань, завдяки більшій ефективності. Має оптимізації під SSE/3D-Now/Altivec, яка вмикається автоматично при наявності підримки з боку операційної системи. Внаслідок цього швидкість виконання завдань мало залежить від архітектури процесора, а в основному від його тактової частоти, і, для завдань великого об'єму, від швидкості інтерфейсу "процесор-пам'ять", тобто перевага за Athlon 64. Вимоги до пам'яті - від 10-30 МБ для типових завдань до 100-200 МБ для великих завдань, які посилаються тільки тим, хто спеціально їх дозволив і має не менше 512 МБ ОЗП.

Ядро Gromacs має три варіації (різні бінарні файли): стандартний Gromacs, GBGromacs (використовує http://cmm.info.nih.gov/intro_simulation/node8.html), DGromacs (оптимізований під SSE2 для випадків, коли потрібна вища точність розрахунків).

3. http://amber.scripps.edu/ (докладніше - http://folding.stanford.edu/AMBER.html) - ще більш нове ядро, яке дозволяє виконувати розрахунки згортання в силових полях з поляризацією. Є досить ефективним, але оптимізацій під SSE/3D-Now не має, і оскільки застосовуються числа з плаваючою комою подвійної точності, то їх і не буде. Планується оптимізація під SSE2, яка повинна додати ~10% приріст швидкості. Не використовується Mac OS клієнтом.

4. http://www.cpmd.org/ (докладніше - http://folding.stanford.edu/QMD.html) - на відміну від інших ядер, QMD не використовує в обрахунках силових полів, а натомість атомні взаємодії обчислюються квантовим хімічним методом або шляхом розв'язання рівняння Шредингера. Вимоги до пам'яті для розрахунків - від 200 МБ і більше. Завдання цього типу не завантажуються на комп'ютери з менш, ніж 768 МБ ОЗП, і якщо користувач спеціально не дозволив їх (*).
Ядро оптимізовано під SSE2, але в зв'язку з тим, що для компіляції використовувався компілятор Intel, то підтримка SSE2 розпізнається лише на процесорах Pentium 4 та Xeon, і не розпізнається на процесорах Athlon 64 та Pentium M. Таким чином, на останніх розрахунки можуть тривати довше в порівнянні з аналогічними за рейтингом Pentium 4, і тому сервери проекту видають такі завдання тільки для процесорів Pentium 4.

На даний момент завдання, що виконуються ядром http://folding.stanford.edu/QMD.html, є найвигіднішими з точки зору кількості очок, які за них нараховуються. Машина, яка постійно обраховує http://folding.stanford.edu/QMD.html-блоки, здатна принести своєму господарю понад 400 очок в день. Такий стан обумовлений тим, що такі блоки потребують значних обчислювальних ресурсів, передусім швидкої пам'яті, і є експериментальними (протягом принаймні 2005 р.). Учасники, які їх добровільно отримують і обробляють, мають, за задумом http://www.stanford.edu/group/pandegroup, бути додатково винагороджені. Тому половина очок, нарахованих за кожен обрахований QMD-блок, є бонусними.

(*) Для отримання QMD-блоків потрібно виконати наступні умови:
1. Треба мати P4 з 768 МБ або більше пам"яті.
2. Виставити bigpackets=yes в секції settings файлу client.cfg.
3. Запускати клієнта з параметром -advmethods в командному рядку.

Автор: romko Nov 28 2005, 09:30

Параметри конфігурації клієнта

Загальні установки (секція http).

Ім'я користувача (параметр username). Ім'я, під яким користувач приймає участь в проекті.

Номер команди (параметр team). Номер команди, членом якої є користувач. Команда України має номер 2164.

Запитувати дозвіл на вихід в інтернет (параметр asknet). Установка в "Yes" означає, що клієнт буде видавати запит користувачеві кожен раз, коли йому буде потрібно отримати завдання, чи відправити результат.

Порядковий номер клієнта (параметр machineid). У випадку багатопроцесорної конфігурації, кожен запущений на ній клієнт Folding@Home повинен мати унікальний порядковий номер. Може мати значення від 1 до 8, отже допускається не більше 8 клієнтів на одній машині (під Linux це обмеження можна обійти).

Кількість виконаних завдань (параметр local). Кількість завдань, виконаних даним примірником клієнта Folding@Home. Рахуються лише 100%-завершені блоки. Зміна параметру ні на що не впливає.

Отримувати великі завдання (параметр bigpackets). Цей параметр означає згоду користувача на отримання великих, до 5 МБ і більше, завдань, які до того ж потребують великих об'ємів пам'яті для виконання. Установка цього параметра не означає, що такі завдання будуть отримані негайно, це лише рекомендація для сервера, який призначає завдання.

Установки HTTP-проксі (секція http).

Доступ через проксі (параметр active). Установка в "Yes" означає, що клієнт буде зв'язуватись з серверами проекту через проксі, використовуючи інші параметри секції.

IP-адреса і порт проксі-сервера (параметри host і port).

Використовувати установки IE (параметр usereg). Для доступу в інтернет використовуються установки проксі-сервера з конфігурації Internet Explorer'а. Установка в "Yes" означає, що подальше налаштування доступу в клієнті Folding@Home не потрібне.

Проксі потребує авторизації (параметр usepasswd). Установка в "Yes" означає, що для проксі буде використовуватись авторизація з використанням логіна і пароля.

Логін і пароль для проксі (параметри proxy_name і proxy_passwd).

Установки ядра (секція core).

Завантаження процесора (параметр cpuusage). При роботі клієнтської програми використовуються 100% ресурсів процесора, але можна і зменшити навантаження на процесор до іншого відсотку, якщо, наприклад, процесор перегрівається або працює нестабільно з максимальним навантаженням.

Пріоритет процесу (параметр priority). Системний пріоритет обчислювального ядра, яке запускається клієнтом Folding@Home. Значення "0" означає пріоритет "idle", тобто найнижчий, і встановлено по умовчанню. Установка значення більше 0 може дещо прискорити розрахунки, але ціною уповільнення виконання інших програм на даному комп'ютері і уповільнення його реакції на дії користувача.

Вимкнути асемблерні оптимізації (параметр disableassembly). Розрахункові ядра Folding@Home мають асемблерні оптимізації, використання яких прискорює обчислення за рахунок раціонального розподілу інструкцій між виконавчими блоками процесора, що дозволяє виконувати по кілька операцій за такт і зменшити простої процесора в очікуванні чергових порцій даних. Якщо конфігурація є не дуже стабільною, то результуюче навантаження є непосильним, і тому виникає потреба вимкнути оптимізації, щоб комп'ютер хоч і повільніше, але міг проводити розрахунки.

Інтервал між контрольними точками (параметр checkpoint). Час між примусовими збереженнями стану завдання.

Ігнорувати кінцеві дати (параметр ignoredeadlines). Установка в "Yes" означає, що робота над завданням продовжуватиметься навіть після його кінцевої дати. Має сенс лише для випадків, коли таймер комп'ютера збивався або переводився або не працює взагалі, бо якщо завдання дійсно прострочене, за нього не будуть нараховані очки.

Тип клієнта (секція clienttype).

Тип клієнта (параметр type).
Якщо комп'ютер випущений більш, ніж 3-4 роки тому і його процесор має частоту менше 1 ГГц, то є імовірність, що він не встигатиме повертати завдання до встановленого крайнього терміну. В такому випадку можна налаштувати клієнтську програму приймати лише завдання, які не мають визначеного кінцевого терміну, значення "2". Значення "1" говорить серверу, що потрібні завдання тільки з наявною кінцевою датою. Значення "0", а також відсутність цього параметру залишають рішення серверу.

Установки відображення (секція graphics).

Параметри цієї секції впливають на вміст вікна графічного клієнта, на швидкість оновлення зображень молекул в ньому і т.д. Їх установку найкраще проводити у вікні конфігурації графічного клієнта, де вони до того ж докладно і вичерпно пояснені.

Автор: Paul B.Atton Nov 28 2005, 18:52

Виникає ще одне питання: а як найпростіше перенести клієнта у разі зміни компа (коли стару машину забирають, а дають нову)?

Автор: -=Vzhik=- Nov 28 2005, 20:28

Сегодня такое сделал на консольном - откопировал полностью папку с клиентом, грохнул .cfg, запустил консоль, настроил... Все подхватилось и считается...

Автор: romko Nov 29 2005, 18:06

(Paul B.Atton @ Nov 28 2005, 07:52 PM)

Автор: Paul B.Atton Nov 30 2005, 19:38

(romko @ Nov 29 2005, 06:06 PM)

(romko @ Nov 29 2005, 06:06 PM)

P.S. В цій гілці я намагаюся писати розгорнуті розповіді про роботу ФАХ, для майбутнього сайту і/або FAQ'у. Тому, якщо можна, свої запитання про ФАХ кидати в окремі гілки форуму, щоб їх бачило більше людей, і щоб цю тему не перетворювати в балачку. Дякую

Автор: romko Nov 30 2005, 19:48

(Paul B.Atton @ Nov 30 2005, 08:38 PM)

(Paul B.Atton @ Nov 30 2005, 08:38 PM)

Згоден. Але, наприклад, твоя відповідь вийшла недостатньо розгорнутою, а в офіційному ФАКу я відповіді не знайшов. Що робити?
А за балачки не переживай. Якщо буде треба - почистимо.

Автор: nikelong Dec 1 2005, 01:06

может это чем-то поможет?

http://forum.vbios.com/showflat.php/Cat/0/Number/123539/page/0/fpart/7/vc/1

Автор: Paul B.Atton Dec 2 2005, 09:45

(romko @ Nov 30 2005, 07:48 PM)

(nikelong @ Dec 1 2005, 01:06 AM)

Автор: nikelong Dec 2 2005, 09:51

Ох, потрібен нам FAQ... Нормальний, щоб добре було читати. А не посилати одне одного з форума на форум.

ну может хоть эти сведенья РэдПанда разместит у нас на сайте?

Автор: Paul B.Atton Dec 2 2005, 10:46

(nikelong @ Dec 2 2005, 09:51 AM)

Автор: nikelong Dec 2 2005, 11:18

ну я имел ввиду fad.zone.com.ua
считаю его сайтом нашей команды в фад. Поскольку состав участников почти не изменится при переходе в ФАХ, то и его содержание будет с фахом связано
ЗЫ:а насколько болезнена процедура создания сайта fah.zone.com.ua ?
т.е. техническая, т.к. материалы для содержания уже есть (хотябы в этом форуме)?

Автор: Red Panda THINKs Dec 2 2005, 12:22

Обсуждение сайта переносим http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=255.

Автор: romko Dec 2 2005, 18:37

Контрольні точки, вибір оптимального інтервалу

Контрольні точки - це моменти в обрахунку завдання, коли відбувається збереження проміжних результатів на диск. Якщо після цього відбувається збій живлення, чи зупиняється клієнт, то при його повторному запуску розрахунок буде продовжений саме з контрольної точки. Контрольні точки бувають природні і примусові. Природні контрольні точки встановлюються авторами проекту в самому завданні, і збереження стану приїх досягненні відбувається автоматично. Більшість завдань умовно містять 100 або 400 http://ru.wikipedia.org/wiki/Фрейм, деякі завдання мають іншу кількість фреймів. Кількість фреймів і визначає кількість автоматичних проміжних збережень результатів. Кількість фреймів однакова для всіх завдань в межах одного проекту; її можна дізнатись на http://vspx27.stanford.edu/psummary.html.

Деякі завдання є дуже великими, або комп'ютер є дуже повільним. Тому інтервали між фреймами є великими, і збій в роботі комп'ютера призводить до втрати значної кількості часу. Щоб зменшити потенційні втрати в таких ситуаціях, клієнт Folding@Home може здійснювати запис проміжних результатів в примусових контрольних точках, які трапляються кожних N хвилин, незалежно від прогресу поточного фрейма. Більшість сучасних розрахункових ядер http://folding.stanford.edu/ (крім http://dasher.wustl.edu/tinker'а) підтримують запис в примусових контрольних точках.

Інтервал між контрольними точками встановлюється в конфігурації клієнта. Вибір оптимального значення інтервалу залежить від конфігурації комп'ютера і імовірності його зависання або раптового перезавантаження. На середніх за швидкодією (Sempron, Celeron, http://www.overclockers.ru/lab/15178.shtml Athlon i Pentium) краще встановити 5-10 хв., на повільних і швидких - ліпшим був би більшй час, 15-20 хв. Повільні і швидкі машини не даремно згруповані - і на тих, і на тих короткі контрольні інтервали є недоцільними, хоч і з різних причин. На повільних - тому що сам процес зберігання займає багато часу. На швидких - тому що природні контрольні точки (границі фреймів) і так трапляються досить часто, тому і потреба в примусових контрольних точках виникатиме тільки при обрахунку найбільш важких завдань.




Як клієнт відноситься до частих перезапусків?

Відповідь:

Дивлячись що мається на увазі під "частими" перезапусками. Раз на годину - це часто, 2 рази на добу - ні.
Я б не рекомендував часто перезапускати без потреби. Взагалі нічого страшного статись не повинно, але раз чи два за рік я втрачав наполовину розраховані завдання коли зупиняв клієнт відразу після запуску розрахункової фази. Та й не всі типи завдань можуть записуватись в довільних точках, тому при перезапуску може втрачатись робота за останні кілька хвилин, які минули з початку поточного http://en.wikipedia.org/wiki/Frame (для Tinker-завдань) або останньої контрольної точки.

Саме значна втрата часу при частих перезапусках є причиною низької популярності клієнта-скрінсейвера серед серйозних фолдерів.

Автор: Oasis Dec 3 2005, 14:31

Порядковий номер клієнта (параметр machineid). У випадку багатопроцесорної конфігурації, кожен запущений на ній клієнт Folding@Home повинен мати унікальний порядковий номер.

Поставил параметр = 4 , но что то после перезагрузки все равно висит 1 процес?
Я так понимаю остальные 3 просто недогрузлились, они после отправки досчитаной жабки загрузяться или еще что то можно сделать?

Автор: Red Panda THINKs Dec 3 2005, 20:44

К сожалению, поддержка многопроцессорных конфигураций в F@H реализована гораздо хуже, нежели в FaD. (Или, вернее будет сказать, никак не реализована?) Для того, чтобы запустить 4 процесса параллельно, необходимо создать 4 отдельных инсталляции клиента и сконфигурировать их с разными Machine ID.

Автор: Lyolik Dec 4 2005, 00:13

(Oasis @ Dec 3 2005, 02:31 PM)

Автор: nikelong Dec 5 2005, 02:50

Автор: romko Dec 9 2005, 17:21

За яким принципом нараховуються очки за виконані завдання?

Відповідь:

Кожен проект має визначену кількість очок, які нараховуються учасникам за успішне виконання його завдань. Кількість очок залежить від часу, який витрачається на обрахунки еталонною машиною. Еталонна машина має процесор Pentium 4 2.8ГГц з вимкненими SSE2, і виконує лише консольний Linux-клієнт Folding@Home. Після визначення часу виконання завдання, кількість очок, яка буде нараховуватись за нього, обчислюється за формулою:

Автор: romko Jan 5 2006, 14:02

Чому мені знову видано завдання, яке я вже обрахував?

Відповідь:

Таке питання часто задається новачками, комп'ютер яких щойно обрахував завдання pNNN, і знову почав обрахунок завдання pNNN. Такі ситуації цілком можливі, але вони не означають, що повторно рахується те саме завдання. Насправді, це різні завдання одного проекту, оскільки pNNN означає лише номер проекту, який в свою чергу може містити тисячі або десятки тисяч блоків-завдань. Щоб переконатись в тому, що це справді інше завдання, треба подивитись до протоколу (в файлі "FAHlog.txt") і звернути увагу на числа на зразок (Run 33, Clone 82, Gen 3) після "Project: NNN" в одному з рядків, що відповідають фазі початку розрахунків. Номери після "Run", "Clone", "Gen" будуть різними в кожному випадку.

Існують різні погляди на те, що саме означають ці "Run", "Clone" і "Gen". Але як заявив професор Панде в http://forum.folding-community.org/viewtopic.php?t=8796 на http://forum.folding-community.org/ проекту, значення цих параметрів може відрізнятись в залежності від проекту і типу розрахунків. Але в найбільш узагальненому вигляді можна уявити, що в межах одного проекту виконується кілька симуляцій згортання білків, і ці симуляції ієрархічно пов'язані одна з одною. Для одного "Run" (прогон) всі атоми симуляції мають однакові початкові координати, і в окремих "Clone" відрізняються лише швидкостями. "Gen" (покоління) відповідає різним відрізкам часу симуляції і тому, щоб перейти до наступного значення "Gen" для певного "Run" проект має завершити обрахунки всіх його клонів. Типово, одне покоління завдань симуляції відповідає 100-400 пікосекундам.

Автор: Rilian Mar 18 2006, 03:31

Вот что я на одном форуме запостил на вопрос "как принять участие..."
можете использовать этот пост

Автор: nikelong Apr 15 2006, 22:57

УДК 616.831:616:98

С.В. Авилов, С.В. Веревка, к.б.н.

ПРИКЛАДНЫЕ АСПЕКТЫ ПРИОНОВОЙ ПРОБЛЕМЫ. II. ТОКСИЧЕСКИЙ ЗАПУСК СПОНГИФОРМНЫХ ЭНЦЕФАЛОПАТИЙ
Институт биохимии им. А.В. Палладина НАН Украины, г. Киев

В бесконечном ряду научных, медицинских и социальных проблем, связанных с уникальным характером спонгиформных энцефалопатий, вопросы этиологии занимают особое место. Несмотря на интенсивные исследования, доказанного и общепринятого объяснения патогенного действия и самовоспроизводства лишенного нуклеиновых кислот переносчика заболевания не существует. Единственное отличие между нормальной (PrPC) и патогенной (PrPSc) формами прионового белка состоит в способе укладки полипептидной цепи, обусловившей ряд отличий их физико-химических свойств, в частности — устойчивости к действию протеолитических ферментов [1]. Совместная инкубация обеих форм приводит к заметному возрастанию протеиназоустойчивости нормального конформера, что легло в основу наиболее распространенного объяснения молекулярных механизмов прионового патогенеза как следствия способности патогенной формы прионового белка перестраивать по своему подобию нормальную клеточную форму [2, 3]. В то же время многочисленные попытки добиться увеличения инфекционного материала (прионового титра) в условиях in vitro оказались безуспешными [4, 5]. Индуцированное же b-структурированной матрицей агрегирование описано для самых разнообразных белков [6] и к формированию патогенной конформации прионового белка может не иметь никакого отношения.

Недоказанность ключевого положения чисто белковой гипотезы, равно как и необъясненность целого ряда свойств спонгиформных энцефалопатий, закономерно привели к возникновению альтернативных объяснений — вплоть до отрицания безнуклеиновой природы инфицирующего агента [7]. И это при том, что доказательство патогенной роли прионового белка может служить примером корректной и высокопрофессиональной проверки идущего вразрез с общепринятыми положениями факта [8].

С другой стороны, отказ от предположения о трансформации клеточной изоформы прионового белка в патогенную вовсе не означает отрицание чисто белковой гипотезы прионового патогенеза. Анализ многочисленных экспериментальных данных позволил обосновать предположение о клеточном характере прионового патогенеза, обусловленного превращением нервных клеток в относительно долгоживущие бридеры — размножители патогенных прионов вследствие прион-опосредованного повреждения шапероновой системы клетки и мембранного фолдинга новосинтезируемого белка в патогенную конформацию [9, 10]. Подобное предположение объясняет многие особенности спонгиформных энцефалопатий, превращая их из биохимической ереси во взаимообусловленную и закономерную последовательность нарушений хорошо известных клеточных процессов. Одно из следствий подобного механизма состоит в возможности безинфекционного запуска прионового патогенеза.

Как известно, протеолитические ферменты играют важную роль в регуляции не поддающегося даже приблизительному подсчету физиологических и патологических процессов. Чрезмерная и физиологически необоснованная активность протеиназ напрямую связана с тяжелейшими заболеваниями — воспалительные процессы, панкреатиты, нарушения в системе гемостаза, онкозаболевания и многие другие [11]. Это закономерно обусловило развитие целого направления терапевтических методов, основанных на ограничении чрезмерного протеолиза введением ингибиторов протеиназ — главным образом основного панкреатического ингибитора трипсина [12]. Однако в ряде случаев использование ингибиторов дает ограниченный эффект либо таковой вообще отсутствует. В силу структурного подобия участков активационных расщеплений белковых проформ и реактивных центров белковых ингибиторов эффективное подавление чрезмерного активационного действия протеиназ требует большого, недостижимого в условиях in vivo, избытка белкового ингибитора [13]. Неизбежно возникают проблемы, связанные с иммунной реакцией организма на чужеродный белок. С другой стороны, заманчивая идея использования низкомолекулярных синтетических ингибиторов протеиназ имеет принципиальное ограничение, связанное с цитотоксичностью легко проникающих сквозь клеточные мембраны и эффективно блокирующих внутриклеточные процессы этих соединений. В частности, из громадного и постоянно пополняемого списка синтетических ингибиторов трипсин-подобных протеиназ до уровня клинического внедрения доведен лишь Аргатробан [14] — смесь производных аргинина, отобранных не по максимальному ингибирующему действию, а по минимально приемлемым побочным эффектам, обусловленным главным образом цитотоксичностью [15].

Недавно появились новые данные, свидетельствующие о еще одной форме токсичности, вернее о существовании молекулярного механизма бесприонового запуска спонгиформных заболеваний. При исследовании антиметастатического действия группы низкомолекулярных ингибиторов тиоловых протеиназ достигнуто высокоизбирательное ингибирование протеасом нервных клеток, что как in vitro (на культуре нейробластомы), так и in vivo — привело к возникновению прион-опосредованного патогенеза [16, 17]. Подобный побочный эффект потенциального медикаментозного средства хорошо коррелирует с ранее высказанным предположением о повреждении шапероновой системы клетки и мембранном фолдинге новосинтезируемого клеточного белка как ключевых моментах спонгиформных энцефалопатий [10].

Основная функция протеасомного комплекса состоит в расщеплении денатурированных белков, своего рода уборке "клеточного мусора". Накопление последнего в сколько-нибудь значительных количествах неизбежно приводит к перегрузке клеточной системы фолдинга белков [18]. Как известно, формирование новосинтезируемого белка в функционально обусловленную конформацию представляет собой сложный внутри- и межмолекулярный процесс, опосредованный взаимодействием формирующейся белковой молекулы с шапероновыми белками клетки. Последние практически нейтральны по отношению к белкам, находящимся в нативной конформации, однако энергично взаимодействуют с денатурированными формами [19, 20]. Обусловленное ингибированием протеасом накопление денатурированных белков равносильно конкурентному ингибированию фолдинговой системы клетки, вследствие чего новосинтезируемый клеточный белок не может получить правильного структурирования. Иными словами, обнаруженный эффект представляет собой еще один способ нарушения фолдинга прионового белка с неизбежным запуском патогенеза. Показательно, что в случае исследований на культуре нейробластомы развитие патологического процесса не прерывалось восстановлением (до 70% от исходной) активности протеасом [16, 17]. Иными словами, единожды инициированный процесс протекает по своим, не зависящим от первопричины, законам.

Неизбежно возникает вопрос — является ли описанный механизм бесприонового запуска спонгиформных энцефалопатий единственным и насколько велика вероятность реализации подобных механизмов в составляющем нашу среду обитания техногенном окружении.

В предыдущей статье рассматривались прикладные аспекты прионовой проблемы — инфекционные свойства патогенного агента, его токсического действия и методы диагностики [21]. Обнаружение возможности бесприоновой инициации спонгиформных энцефалопатий создает новые проблемы и побуждает к более подробному изучению молекулярных механизмов прион-опосредованного патогенеза. Имеющиеся данные позволяют говорить о, по крайней мере, трех не исключающих друг друга видах повреждения клетки патогенной формой прионового белка. Для шапероновой системы клетки PrPSc представляет собой еще один вид денатурированного белка, чем, по-видимому, и объясняется формирование смешанных PrPSc-HSP70 агрегатов [22], равно как и токсичность отдельных фрагментов прионового белка [23]. Способность патогенной формы прионового белка к трансмембранному переносу внеклеточных протеиназ внутрь клетки может не только обусловливать повреждение белков клетки, в первую очередь компонентов системы фолдинга белков, но и вызывать физиологически неуместную активацию проформ внутриклеточных белков — проферментов, профакторов и т.п. Этим, по-видимому, и вызваны как прогрессирующая деградация и гибель нервных клеток, так и сопряженный с прионовым патогенезом астроцитоз [24].

С другой стороны, жизнедеятельность клетки сопряжена с постоянным обновлением ее клеточного состава, причем по времени жизни (и интенсивности биосинтеза) различные белки резко отличаются между собой. Прионовый белок относится к быстродеградируемым и интенсивно нарабатываемым [25], что неизбежно создает проблемы, связанные с его последующим структурированием. Подобно любой биологической системе, емкость фолдинговой системы клетки не беспредельна и по ее превышении новосинтезируемый белок не успевает получить законченного структурирования. Последующее взаимодействие недособранного белка с клеточной мембраной ведет к так называемому мембранному фолдингу и формированию патогенной формы прионового белка со всеми вытекающими отсюда последствиями. Именно это, по-видимому, и происходит в случае спонтанного заболевания трансгенных мышей, оверэкспрессирующий прионовый белок хомяка [26].

Рассмотренные варианты далеко не исчерпывают возможные пути нарушения фолдинга белков с последующим запуском спонгиформного заболевания. Как известно, большинство случаев болезни Крейцфельда-Якоба относится к спорадической форме, что в условиях многолетнего латентного периода заболевания может быть объяснено невозможностью отслеживания передачи инфекции [21]. Основной причиной недавнего всплеска интереса к проблеме спонгиформных энцефалопатий послужила беспрецедентная эпизоотия "коровьего бешенства" в Великобритании, вернее, связанная с ней возможность массового инфицирования населения алиментарным путем, однако никакой корреляции между динамикой развития эпизоотии и числом случаев так называемой новой версии болезни Крейтцфельда-Якоба не обнаружено [27]. Токсический запуск прионового патогенеза вызывает закономерный интерес к альтернативным первопричинам заболевания. Ранее рассматривался фактор риска, связанный с возможным инициированием прионового патогенеза прошедшими мембранный фолдинг белков — своего рода клеточным браком, сплошь и рядом сопровождающим активные продукты трансгенных технологий [28]. Столь же интересны возможные последствия нарушения внутриклеточных процессов фермент-связывающими белками с искусственно созданной способностью к прохождению сквозь клеточные мембраны (нечто подобное в настоящее время проходит клинические испытания [29]). Очевидно также и то, что традиционные методы исследования потенциальных терапевтических средств требуют существенного дополнения — дополнительной проверки в отношении возможности инициирования прионового патогенеза. С другой стороны, в высшей степени перспективным в отношении предотвращения как "обычной", так и прион-опосредованной токсичности является подход, который состоит во всемерном подавлении мембранотропности низкомолекулярных соединений, в частности, посредством ковалентной конъюгации с гидрофильными, высокомолекулярными и малоиммуногенными полимерами [30].

Приведенные соображения позволяют заключить, что любые факторы, нарушающие нормальную работу фолдинговой системы клетки, потенциально опасны в отношении возможности запуска прион-опосредованного патогенеза. В то же время рассмотрение последнего как взаимообусловленной последовательности нарушений известных клеточных процессов позволяет осознать связанный с нарушением клеточного фолдинга белков риск и своевременно предусмотреть возможные способы его предотвращения.

http://www.medved.kiev.ua/arhiv_mg/st_2003/03_4_6.htm

Автор: Rilian Apr 15 2006, 23:54

Nicelong... ничего не понял.. Но я рад что ученые над этим работают!!

Автор: ReMMeR Oct 25 2006, 10:38

Что такое фолдинг

В клетках за производство протеинов отвечают рибосомы, где белки собираются из отдельных аминокислот в соответствии с последовательностью, считываемой из ДНК.

Результатом работы такого биологического конвейера являются длинные молекулы — «заготовки» для протеинов. И хотя геном сегодня расшифрован, то есть, известна структура некоторого количества белков, в том числе — человека, даже в этом случае невозможно судить о его функциях. Последние проявляются только после того, как длинная цепочка аминокислот свернется и примет необходимую форму.

Примечательно, что из миллионов потенциально возможных пространственных комбинаций протеин принимает одну-единственную заранее известную форму. Этот процесс и называется фолдингом. Таким образом, в организме образуются готовые к работе гемоглобин, инсулин и другие необходимые для жизнедеятельности белки.

Процесс сворачивания может проходить в несколько стадий длительностью от нескольких секунд до нескольких минут. В последней — решающей — фазе протеин из «предварительного состояния» мгновенно принимает окончательную форму. Именно эта фаза продолжительностью несколько десятков микросекунд представляет собой сложнейшую проблему для моделирования.

Ситуация с принятием окончательной формы усугубляется тем, что процесс в значительной степени зависит от условий внешней среды, в том числе температуры. Одна молекула мгновенно, «естественным образом», сворачивается в природных условиях. Но моделирование этого, казалось бы, простого процесса может занимать годы непрерывной работы многих компьютеров.

В наше время ученые развернули активную деятельность в попытках понять, каким образом протеины выполняют фолдинг так быстро и так надежно.

Понимание этого процесса позволит не только с легкостью создавать усовершенствованные версии белков, существующих в природе, но и моделировать абсолютно новые структуры с новыми свойствами — синтетические «самосборные» протеины с запрограммированной функциональностью. Некоторые даже говорят о будущих «нанороботах», появление которых приведет к настоящей технологической революции, в том числе в медицине.

Автор: Viva(sv-ix.kiev.ua) Oct 29 2006, 11:26

Кілрой хоч якусь користь приніс для нас, хоча більше шкоди.

Автор: Monomax_Ukraine Dec 11 2006, 14:48

/Якби ще не ці паганські
p2124_lambda_5way_melt_4_10011
..........
дуже довго вони підраховуються./
А чому б не блокувати фаєрволом 160-ий сервер?

Автор: Rilian Jan 20 2007, 19:52

You could say that when your PC is folding a WU unrelated to cancer, it frees up someone else's PC to fold a cancer-related one

нашел такую фразу на http://forum.folding-community.org/fpost160035.html#160035... понравилось...

Автор: nikelong Jan 21 2007, 00:26

Переведи на русский, чтоб и мне понравилась...

Автор: Oleg82 Jan 21 2007, 01:21

Можна сказать что когда ваш компьютер считает WU не связаную с раком, то ето освобождает чейто компьютер считать связаную с раком.

мне не нравится..

Автор: Rilian Jan 21 2007, 12:28

это относится к тому, что если вам попалась "плохая" вю (например если очень хочется считать только ВЮ связанные с определенными заболеваниями) то все равно "нужная" ВЮ будет посчитана. Эта фраза прежде всего - обращение к "убийцам ВЮ"

Автор: Oleg82 Jan 21 2007, 15:47

aaaa.... я подумал что говорится про несвязаную вю из другого проэкта

Автор: Rilian Jan 28 2007, 01:57

Прочитал на странице своего юзера...

Overall rank (if points are combined) 36096 of 600605

Получается, в Проекте уже поучаствовало и продолжает участвовать 600000 Разных Людей !

Автор: nikelong Jan 28 2007, 02:31

с "поучаствовало" соглашусь. И то частично.
С "продолжает участвовать" вообще не соглашусь (!)
Думаю, реально активных учаснегов под 200К...

Автор: vladimirsaki Jul 26 2007, 23:33

Мне сегодня один человек очень емко ответил на ссылку на наш сайт, дословно
-Конечно по мере сил поучаствую, все под Богом ходим....
Мне кажеться, добавить нечего...

Автор: ivan1510 Sep 21 2007, 16:02

Х-м, наскільки мені здається участь у зовнішніх проектах не була основною метою f@h
Чи у стенфорда з'явились надмірні вільні потужності?

http://folding.typepad.com/news/2007/09/sampl-challenge.html

Автор: LinuxDrom Sep 21 2007, 20:12

(ivan1510 @ Sep 21 2007, 05:02 PM)

Х-м, наскільки мені здається участь у зовнішніх проектах не була основною метою f@h
Чи у стенфорда з'явились надмірні вільні потужності?

http://folding.typepad.com/news/2007/09/sampl-challenge.html

Автор: nikelong Sep 21 2007, 21:43

(ivan1510 @ Sep 21 2007, 05:02 PM)

Х-м, наскільки мені здається участь у зовнішніх проектах не була основною метою f@h
Чи у стенфорда з'явились надмірні вільні потужності?

http://folding.typepad.com/news/2007/09/sampl-challenge.html

Автор: ivan1510 Sep 22 2007, 13:15

Якщо в двох словах - OpenEYE проводить конкурс (challenge) по дослідженню молекул, які можуть бути використані як лікарства. Дослідження є сліпим (blind) - F@H проводить свої розрахунки (на основі власних технологій) щодо поставлених завдань, а в кінці звіряє результати з експериментальними від OpenEYE.
В принципі, тематика аналогічна, але все ж не залишає думка про надлишковість потужностей у Pande group

Автор: Олександр Nov 15 2007, 14:26

Привіт, а коли зазвичай ти маєш зявитися у списку юзерів на сервері? після початку розрахунків

Автор: Rilian Nov 15 2007, 14:36

(Олександр @ Nov 15 2007, 02:26 PM)

Автор: Bukmeker.com.ua Jul 25 2008, 23:44

Добрий вечір Панове!
Я тут вперше. (точніш колись загружав свій комп, але недовго)...Короче я тут подумав, все одно комп включен 20 годин на добу, мах загружаю на 5%, чому б ні...Вибачте якщо пишу не в цій темі, не знайшов іншої_) Короче у мене пару питань: Як дізнатися свій ранг, де дізнатись ранг команди? (у мене не дуже багато часу лазити по форумах, кому не лінь, можете написати мені відповідь на ці питання на ICQ: 4-610-58п'ять). Дякую!

Слухайте злопці, у мене така мисля, може й дурна, а ми тут випдково не вираховуемо поділ ланцюгової реакції для ядерного вибуху для ісламських терористів? :-)

Автор: Burzum Jul 26 2008, 11:39

Хм... випливла стара тема з цікавою назвою.

Автор: nikelong Jul 26 2008, 14:09

(Burzum @ Jul 26 2008, 12:39 PM)

Автор: Burzum Jul 26 2008, 14:30

гг, звичайно. шутка юмора. якби ти зараз написав про плюси проекту, я б нічого критичного у відповідь не писав.

Автор: Bukmeker.com.ua Jul 26 2008, 21:39

Дак мені хться скаже, де подивитись свій ранг?

Автор: (_KoDAk_) Jul 26 2008, 21:50

Bukmeker.com.ua,
http://folding.extremeoverclocking.com/user_summary.php?s=&u=363623

Автор: Bukmeker.com.ua Jul 26 2008, 22:04

спс, я тут ще знайшов... http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=userpage&username=Bukmeker.com.ua

Автор: nikelong Jul 26 2008, 22:46

Bukmeker.com.ua,
Кодак дал ссылку на "продвинутый" стат, а ты нашел -"официальный".
Оба имеют право на жизнь.

Автор: Rilian Sep 5 2009, 19:47

Парадокс Левинталя (англ.): Промежуток времени, за который протеиновая цепочка приходит к своему скрученному состоянию, на много порядков меньше, чем оно могло бы быть, если она просто перебирала все возможные конфигурации.

пс: у нас есть общая тема о ФАХ ? Не нашел )

Автор: Arbalet Sep 5 2009, 22:46

(Rilian @ Sep 5 2009, 20:47)

Автор: Rilian Sep 5 2009, 23:45

Если бы был единственный способ сворачивания, то проекта folding@home не понадобилось бы так как все всегда сворачивалось правильно

Автор: Arbalet Sep 6 2009, 00:01

Не соглашусь, конкретный белок является таковым только потому, что сворачивается в строго определенную пространственную структуру и единственно возможным для данного набора факторов образом. Если же он начнет сворачиваться во что-то другое, то это уже будет "неправильный" белок, который накапливаясь вызовет серьезное заболевание. А начнет неправильно сворачиваться белок только в случае изменения каких-то определяющих факторов внешней среды или свойств аминокислот в цепочке.

Автор: Rilian Sep 6 2009, 00:06

Логично. Получается, что главная причина неправильного сворачивания - либо среда либо то, что неправильно создало цепочку (кстати, как эти цепочки создаются, в 2 словах?)... Зачем тогда изучать сворачивание если, получается, оно уже предопределено?

Автор: Arbalet Sep 6 2009, 00:23

Вся загвоздка в том, что это самое сворачивание пляшет от огромного числа переменных, подбором которых и занимаются в ФАХ, помимо всего прочего, чтобы адекватно воспроизводить картину сворачивания в модельных экспериментах с различными белками. Ну и самое главное, точно знать, какие параметры наиболее сильно влияют на фолдинг и могут повернуть его в неблагоприятную сторону, это даст ключ к лечению болезней, вызываемых неправильными белками. А ваще я ну ни разу не специалист в этих делах - надо бы поймать какую-нить панду профессора и припереть к стенке с этими вопросами.

Автор: Arbalet Jun 7 2010, 21:39

Обстоятельнейшая статья о белках, фолдинге и etc: http://www.vechnayamolodost.ru/pages/novoevgerontolo/teplshokista13.html

Автор: Hogo Fogo Jul 30 2011, 21:11

Не могу найти на официальных ресурсах подтверждения того, что Folding@home используется для исследований диабета 2 типа.
Данная информация для меня является принципиальной, если кто-то укажет источник - заранее благодарен.

P.S. Википедия как источник категорически не подходит.

Автор: KING100N Jul 30 2011, 22:34

Hogo Fogo,
Напишу им на форум на этот счет
А если этим сейчас не занимаются, команда может потерять одного из лидеров?

Автор: Salmonella Jul 31 2011, 08:48

(Hogo Fogo @ Jul 30 2011, 21:11)

Автор: KING100N Jul 31 2011, 10:14

Hogo Fogo,
http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=66&t=19140

Автор: Hogo Fogo Jul 31 2011, 10:55

(KING100N @ Jul 30 2011, 23:34)

Автор: tyoma Jul 31 2011, 11:21

(KING100N @ Jul 31 2011, 11:14)

Автор: KING100N Jul 31 2011, 11:28

Автор: tyoma Jul 31 2011, 11:32

Спасиб

Автор: Hogo Fogo Aug 1 2011, 09:12

Спасибо.

P.S.
Вот нашел по номеру проекта:

Projects 2974-2975 study the hIAPP (human islet amyloid polypeptide, also called amylin) that is a misfolding peptide involved in Type II diabetes. Like other misfolding peptides, hIAPP is generally unstructured in water solution but adopts an alpha-helix structure when binds to the cellular membrane. Around 95% of patients with Type II diabetes exhibit large deposits of misfolded hIAPP (beta-sheet structure). Experiments show that hIAPP aggregation can induce apoptotic cell-death in insulin-producing beta cells, an effect that may be relevant to the development of type 2 diabetes. We aim to understand the pathway of hIAPP aggregation in order to design drugs to prevent it.

This project uses the GRO-A4 FAH core and is hosted by Folding@home server: folding3.ust.hk

This project is managed by Qin Qiao, Daniel-Adriano Silva and Prof. Xuhui Huang at the Hong Kong University of Science and Technology. The main goal of the Huang lab is to understand and manipulate fundamental biological processes associated with conformational changes by developing and applying novel computational tools which bridge the gap between experiments and simulations. Examples of our interested research areas include RNA folding, protein misfolding/aggregration, conformational changes in Transcription Elongation, and the development of Markov State Models for long timescale dynamics. We have set up a hub for Folding@Home in Asia.

http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/fahproject.overusingIPswillbebanned?p=2974

Автор: Hogo Fogo Mar 18 2012, 00:10

Хорошая тематическая статья на Хабре: http://habrahabr.ru/post/140150/

P.S. ссылка на вторую часть: http://habrahabr.ru/post/140154/

P.P.S. Понял далеко не всё...

Автор: Bel Jun 14 2012, 00:52

В пятницу 25 мая прошла первая научная конференция консорциума Folding@home. Цели были обсудить последние научные достижения, поделиться новыми методиками как лучше использовать FAH а также спланировать новые инфраструктурные улучшения FAH на следующий год. Некоторые важные новости с мероприятия будут размещены в блоге.

Пост доктора Грэга Боумана
Я представил 2 доклада на первой конференции Folding@home (оказавшейся потрясающим событием!). Первый доклад затрагивает новое в терапии белками. Давно известно, что протеин IL-2 может помогать стимулировать иммунный ответ, что, в теории, для людей с иммунодефицитными заболеваниями может быть чрезвычайно полезным. На практике, однако, лечение IL-2 часто приводит к серьёзным проблемам с сердцем. Для того, чтобы найти лучшее решение проблемы, коллеги из Стенфорда разработали вариант белка IL-2, который может стимулировать иммунный ответ без причинения каких-либо побочных эффектов. Однако, они не могли понять как он работает, так как оба белка имеют почти идентичные структуры! Используя Folding@home мы показали, что IL-2 является относительно гибким белком, тогда как вариант наших коллег заключен в жесткую структуру, готовую стимулировать иммунный ответ.

Во втором докладе говорится о некоторых разработанных мной новых методах, которые могут позволить нам предсказать подобное поведение, чтобы в следующий раз мы могли "нагрузить работой" экспериментаторов, а не ждать пока они принесут нам интересные задачи.

Пост доктора Майкла Шитса
Модуль молекулярного моделирования GROMACS с открытым исходным кодом стал одним из основных инструментов моделирования Folding@home на протяжении почти десятилетия. Я рассказал о новых инструментах, введенных в GROMACS 4.6, которые будут очень полезными для биомолекулярных исследований проводимых Folding@home. В частности, эти новые инструменты сделают намного более лёгким количественную оценку силы взаимодействия маленьких молекул с белками. Зная силу этих взаимодействий можно предсказывать насколько эффективными будут предложенные новые лекарства.

Пост доктора Питера Кассона
FahCon2012 оказалась захватывающей конференцией. Мы поделились нашей работой, относящейся как к новой методологии проведения вычислений, так и к нашей вычислительной и экспериментальной работе по гриппу. Нам также было приятно послушать о многих важных событиях других исследователей FAH.

Почему мы изучаем грипп? Во первых, только в США грипп убивает около 40 тыс. человек ежегодно, и много больше - по всему миру. В основном это дети моложе 2 и взрослые старше 60 лет, и у всех нас кто надеется жить после 60 и/или имеет детей это вызывает определенную озабоченность. Во вторых, грипп имеет богатый "послужной список", являясь причиной массовой гибели в глобальном масштабе, как например в 1918 г. Подобный вирус сегодня легко может убить около 60 млн человек, и мы хотели бы подготовиться. В третьих, грипп является важной модельной системой для понимания других вирусов, таких как ВИЧ, вирусов вызывающих рак (HPV-вирус папиломы человека), гепатита С, вирус герпеса человека 4-го типа. Это может показаться удивительным, но многие виды рака провоцируются вирусами, что является важным для профилактики.

Мы много работали на тему того, как грипп на начальном этапе проникает в клетки для размножения. Это важная терапевтическеая цель, это также критично для понимания почему вирусы типа H5N1 не стали эффективно передаваться между людьми. Некоторые новые исследования посвящены сворачиванию белка в мембране, что требуется для проникновения вируса. У нас есть несколько новых потрясающих результатов, которые мы сразу разместим в блоге, как только они будут опубликованы (в научном журнале).

Мы также представили новые разработки по программному пакету Copernicus. Группы Кассона, Линдала и Панде опубликовали в прошлом году статью по Copernicus на SC11 (International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis), и группы Кассон и Линдала продолжили дальнейшее его развитие. Copernicus, по сути, делает гораздо более прозрачным фоновое управление крупномасштабным моделированием, таким образом, исследователям FAH станет гораздо легче интегрировать новые методы. Также он работает на суперкомпьютерах и облачных платформах, так что мы можем использовать их в дополнение к FAH, и исследователи, не имеющие отношения к FAH, могут выполнять такие же вычисления, которые мы делаем с помощью FAH. Так как все эти изменения происходят на стороне сервера, рядовые кранчеры не увидят разницы, но мы рады новым возможностям, которые Copernicus сделает доступными.

Пост профессора Vincent Voelz (Темпльский университет)
Пептоиды

Одиним из увлекательных проектов, проводимых в настоящее время в voelzlab [входит в консорциум Folding@Home - прим.], является молекулярное моделирование синтетических полимеров - пептоидов. Пептоиды – это биомиметические молекулы, которые могут сворачиваться подобно белкам, но имеют отличающиеся структурные свойства. Установлено, что некоторые пептоиды могут сворачиваться в уникальные трехмерные структуры, но требуется основательное компьютерное моделирование, чтобы определить движущие силы фолдинга и для предсказания устойчивых пептоидных структур. Если мы сможем разработать инструменты для этого, пептоиды имеют потенциал стать удивительной платформой для дизайна функционализированных наноструктур, которые могут быть использованы для самого разнообразного применения, от биотерапевтики до наноматериалов.

Недавно мы показали, что современные методы силового поля [одни из многих методов установления пространственной структуры молекул - прим.] могут безошибочно сворачивать пептоиды (публикация) и сейчас мы работаем с экспериментаторами по «слепому» предсказанию структуры пептоидов (следите за результатами здесь в ближайшее время). Этим летом мы надеемся использовать Folding@Home для начала крупномасштабного моделирования многих последовательностей пептоидов чтобы лучше понять механизмы их фолдинга и принципы дизайна пептоидов. Мы рассчитываем на тесное сотрудничество с кранчерами и тестерами Folding@Home в продвижении этих проектов. Несомненно, вы часто будете видеть нас на этих форумах!

Пост профессора Chris Snow из блога FAH от 04 июня 2012
Доктор Snow, новый исследователь из колорадского университета, представил презентацию предстоящих исследований. Общая тема этих исследований - проектирование новых синтетических белков для применения в биоэнергетике и медицине. В частности, доктор Snow с коллегами использует компьютерное конструирование белков для создания новых ферментов (целлулаз) с целью более эффективного и экономичного производства биотоплива. Для продвижения этих расчетов группа доктора Snow разработала программу (SHARPEN), которая могла бы быть задействована в проекте Folding@Home. В докладе обсуждены технические проблемы разработки вычислительного ядра SHARPEN F@h. Примечательно, что используя существующую молекулярную механику, F@h все еще может содействовать решению упомянутых задач.

Пост профессора Xuhui Huang из блога FAH от 6 июня 2012
Я прекрасно провел время, участвуя в первой ежегодной конференции FAH и насладился приятной летней погодой Bay area. Мы провели множество дискуссий о недавних достижениях и будущих планах FAH как с технической, так и с научной стороны. Я с нетерпением ожидаю будущих конференций FAH.

Что касается меня, я сообщил последние результаты по двум проектам нашей лаборатории. Первый - это развитие нового алгоритма для автоматического построения Модели Состояния Маркова, используемой для изучения конформационной динамики multi-body систем ("многотельных" систем, см.: en.wiki или ru.wiki). Новый алгоритм имеет большой потенциал для того, чтобы помочь пролить свет на механизмы аггрегации множества неправильно свёрнутых белков с образованием олигомеров и в конечном счете фибрилл (волокон). В будущем мы планируем применить этот алгоритм для изучения белков "human islet amyloid polypeptide (hIAPP)", аггрегация которых может приводить к снижению количества работающих β-клеток у пациентов с диабетом второго типа.

Также я представил наши свежие результаты о применении Модели Состояния Маркова для объяснения молекулярных механизмов транскрипции (считывания) генов. Транскрипция - это первый шаг в чтении геномной ДНК. Регулирование транскрипции играет ключевую роль в клеточной дифференцировке и других фундаментальных процессах. Результаты нашего моделирования способны предоставить динамическую информацию о транскрипции, которая во многом недоступна для существующих экспериментальных методов.

По поводу Модели состояния Маркова, нарыл в блоге FAH объяснение самих докторов о том, что это такое:

Пост доктора Vijay Pande из блога FAH от 22 сентября 2007 г.
Как работает FAH: модель состояний Маркова

Этот пост может пролить мало света на техническую сторону проекта, но я хотел бы начать новую серию постов описывающих внутреннюю работу FAH. Сказать, что FAH является сложным проектом, будет во многом преуменьшением. На первый взгляд, FAH сильно похож на другие проекты распределенных вычислений: есть много жаб (WU), которые уходят на клиентские машины, считаются и отпарвляются назад. Однако, в Folding@home существует много отличий.

Одной из главных задач в FAH является то, что мы пытаемся использовать большое количество процессоров для ускорения расчетов, которые, как многие могли бы подумать, по сути являются последовательными, то есть, такими, которые могли бы быть выполнены только одним, очень-очень-очень быстрым процессором. Причиной этому является то, что мы изучаем изменение белков во времени, и тяжело параллельно вычислять шаг 23, если ты не закончил шаг 22 и т.п.

Однако, на протяжении ряда лет мы развиваем пути решения этой проблемы. В последние несколько лет мы добились значительного прогресса в методе называемом "Модели состояний Маркова", или сокращенно МСМ. МСМ в некотором смысле позволяют нам распараллелить эти, казалось бы, истинно последовательные задачи. Суть нашего подхода заключается в том, что мы строим кинетическую модель процесса, разделяя возможную динамику на серии состояний (соответствующих конформаций белка) и определяем соотношение между этими состояниями. Определение соотношения ("удельного веса", или "вероятности" каждого состояния - прим.) - это как раз то, что вычисляется в жабах FAH. Как только к нам поступают все эти данные, мы запускаем несколько более сложные методы (Bayesian Machine Learning methods) чтобы определить какие состояния являются приемлимыми и затем рассчитать соотношения между ними.

Мы достигли определенного успеха в методологии МСМ и соответствующие научные статьи присутствуют на нашем сайте. Также мы применили МСМ для изучения фолдинга белков, слияния липосом, аггрегацию пептида Abeta (моделирование болезни Альцгеймера). Мы очень рады открывшимся возможным применениям, продолжим улучшение нашей МСМ-методологии, и глубоко верим в обе области.

Конференция FAH-2012: Размышления о том, как далеко продвинулся FAH
Открывая конференцию FAHcon2012, я выступил с докладом о достижениях проекта Folding@home за последнее десятилетие. Я показал слайд с самого первого моего доклада о результатах Folding@home. Доклад был сделан в университете колумбии в августе 2000 года, тогда я говорил о нашей первой статье в журнале Science под названием "Скринсейверы всех стран, объединяйтесь!". В работе описывался фолдинг очень маленького белка (состоящего из 16 аминокислот) за очень мальнькое время (10 наносекунд), но все же было большим достижением для того времени.

Приятно видеть как далеко мы продвинулись. Оценить это можно исходя их того масштаба времени ("жизни" белка) и масштаба длины (белка), который мы можем моделировать для заболеваний вызванных фолдингом или неправильным фолдингом белка (как, например, Aß-агрегация при болезни Альцгеймера):

Масштабы времени: ускорение примерно в 1000 раз каждые 5 лет
год : масштаб времени
2000: от 1 до 10 наносекунд (белок Fs)
2005: от 1 до 10 микросекунд (villin, Aß-агрегация 4 цепочек)
2010: от 1 до 10 миллисекунд (NTL9, Lambda repressor)
2015: от 1 до 10 секунд?

Выход на микросекунды был в своё время грандиозным событием. Факт того, что сейчас мы можем моделировать десятки миллисекунд очень впечатляет, но я действительно в восторге, когда это позволяет нам искать пути решения очень сложных и важных проблем. Это также означает, что путём комбинации новых методов, алгоритмов и улучшений "железа" мы уже увеличили наши возможности в миллион раз всего за 10 лет (с 2000 по 2010). Мы с нетерпением и надеждой ждем, что они увеличатся в миллиард раз к 2015 году!

Масштаб длины белка: увеличение примерно в 2 раза каждые 5 лет
год : масштаб длины белка
2000: 16 аминокислот (белок Fs)
2005: 35 аминокислот (villin)
2010: 80 аминокислот (Lambda, ACBP)
2015: 160 аминокислот?

Важно отметить, что здесь указаны размеры для фолдинга белка. Для других задач, таких как конформационное изменение белка, мы уже работаем с гораздо бОльшими системами.

Я очень хочу увидеть что принесут нам следующие 5 лет!

*позаимствовано на forums.overclockers.ru

Автор: smilesvua Jun 14 2012, 06:41

Отлично мотивирует

Автор: Rilian Jun 14 2012, 10:46

Круто! Хочу считать фолдинг

Автор: Володимир Jun 14 2012, 10:54

Коли вже в мене до нього руки доберуться...
Стільки проектів, так мало часу

Автор: Arbalet Dec 11 2014, 22:08

Команда Виджая Панде из проекта выиграла один из двух грантов на свои исследования!
http://distributed.org.ua/forum/index.php?s=&showtopic=6454

Автор: vadik_ua Dec 12 2014, 12:13

(Arbalet @ Dec 11 2014, 22:08)

Команда Виджая Панде из проекта выиграла один из двух грантов на свои исследования!

Автор: Arbalet Feb 21 2015, 12:40

https://folding.stanford.edu/home/video-on-the-technical-details-of-fah/ часовое видео о проекте Folding @Home (на англ. языке): как работает, что сделали, перспективы и технические подробности. Эта запись была использована проф. Виджаем Панде при выступлении на NCSA в Университете Иллинойса в 2014 г.

Автор: Shummy Nov 13 2016, 00:09

Что-то жизнь тут совсем умерла

Автор: ale4316 Nov 13 2016, 18:06

Все ,к сожалению, на платформе Boinc процами меряются....

Автор: vadik_ua Nov 14 2016, 11:50

(Shummy @ Nov 13 2016, 00:09)

Автор: ale4316 Nov 14 2016, 14:50

Запустил на Андроиде, загружает процессор рывками с 0 до 50 %. За потраченое время на расчеты дают бейджики.

Автор: cadet-ua Nov 14 2016, 19:41

А шо писать?

Понемногу считаю на ноуте...