FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа Налаштування

[Rilian]

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.

График проекта


Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49

[scourge]

Ник его на этом форуме не знаю
Ник на WCG - Ilya.Tsaryuk
Boinc team ID (Ukraine) = 4576

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/vie...me=Ilya.Tsaryuk
http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...amId=J8H4J4QPN1

[Tamagoch]

1000 результатов на однопроцессорной машине

[Abbath]

чё-то третий день нет заданий.. приходится Help Conquer Cancer считать )

[Rilian]

Отаке тока что поймал... через 43 сек вычислений ВЮ отвалилась

репортилась со статусом "ошибка вычислений"

[Tamagoch]

WCG переводит проект FAAH в режим однократного резервирования (single redundancy) - в конечном итоге это значит, что задания будут быстрее проходить валидацию, но также будут быстрее заканчиваться на сервере, поэтому желательно в своем профиле на сайте WCG сделать отметку:

Device Manager -> Device Profiles -> BOINC Device Profiles -> Имя профиля (Default, например) -> Включить опцию: If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project

это позволит получать задания от других проектов WCG, пока готовится новая очередь в этом

можно так же подключиться к другому проекту, который будет включаться на время отсутствия заданий для FAAH (тонкости настройки этого варианта еще сам изучаю )

[drorion]

можно так же подключиться к другому проекту, который будет включаться на время отсутствия заданий для FAAH (тонкости настройки этого варианта еще сам изучаю )

Если получится - свисти.

[Rilian]

На моей памяти ни разу задания для ФААХ не кончались.

А в ХЦЦ еще 160000000 заданий на очереди

[Rilian]

Поподробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

[Rilian]

P.S. А давно в FightAIDS стал кворум 1, в начале лета было вроде 2?

Да, где-то летом оптимизировали. Тамагоч писал тремя сообщениями выше .

Сейчас кворум держится на уровне 1.2 одного задания на компьютер (0.2 я так понимаю - учет ошибок)

[cosmo_vk]

некоторые задания идут с кворумом 2:
Workunit Status

Project Name: FightAIDS@Home
Created: 25.10.08
Name: faah4534_002048_MC_xMut_md02220_00
Minimum Quorum: 2
Initial Replication: 2
А так скорость уже неплохую развил: больше 5000 в сутки выходит.
Правда большую часть составляют задания FightAIDS@Home.

[Rilian]

Добавил в шапку ссылку Прогресс и статус исследований на официальном сайте

[Rilian]

Видео посвященное Дню Борьбы со СПИДом и проекту FightAIDS@home


Watch a collection of voices across the globe talk about AIDS today – from researchers, to people who are HIV–positive, to the man on the street. Learn how your participation in World Community Grid's FightAIDS@Home project is helping scientists at Professor Arthur J. Olson's lab at the Scripps Research Institute to improve the lives of the 40 million people in the world today who are living with HIV. We have also put the video up on YouTube so you can easily embed it on your blog or social network page.

http://www.youtube.com/watch?v=PPc7gsZIk24

перевод гууглом:

Посмотрите подборку голосов со всего мира которые говорят о СПИДе сегодня - от исследователей для людей, которые являются ВИЧ-позитивными, к человеку на улице. Узнайте, как Ваше участие в мировом сообществе в проекте распределенных вычислений FightAIDS@home поможет ученым в лаборатории профессора Артура Дж. Олсона на научно-исследовательском институте "Scripps Research Institute" улучшить жизни 40 миллионов человек в современном мире, которые живут с ВИЧ. Мы также залили видео на YouTube, чтобы можно было легко вставить его на свой блог или страницу социальной сети.

[Rilian]

С этого дня вю FightAIDS@home считаются по 6 часов (были по 8)

[cosmo_vk]

так они ж по разному считаются.
У меня занимает от 4,5 до 7 часов на одну вушку.

[Некто]

Members should start seeing the 6 hour work units as the first few batches have started sending out.

-Uplinger