Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> GPUGRID.net силами NVIDIA, биомолекулярное моделирование силами видеокарт NVIDIA
Некто
Jul 18 2008, 06:40
Пост #1


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 767
З нами з: 16-May 08
З: Київ
Користувач №: 745
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 @ 2600 MHz





Проект "Gpugrid.net"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 21.08.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
0. Настоятельно рекомендуем ЗАГРУЗИТЬ последнюю версию драйверов для Вашей видеокарты .(не устанавливайте 29*.** серию драйверов, в них есть ошибка, которая приводит к краху задания)
1. Очень важно на Vista нужно отключить 'protected mode' в процессе установки клиента BOINC.
VERY IMPORTANT, on Vista is required that you disable 'protected mode' from the advanced tab during installation of BOINC!
если уже стоит 6.3.23 удаляем и устанавливаем его заново (не забываем отключить "protected mode") (задания и проекты останутся нетронутыми).
новые версии вних галочка "protected mode" по умолчанию не стоит )
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://www.gpugrid.net
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
(Show/Hide)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте:
Проект использует видеокарты NVIDIA для биомолекулярного моделирования и оптимизирован для работы на графических процессорах с поддержкой CUDA .

Видео как присоединится у проекту

Видеокарты ДОЛЖНЫ потдерживать Cuda 2.0 и выше.

Всем владельцам карт, уровня 560GTX и выше, настоятельно рекомендуем в вашей учетной записи поставить галочки ТОЛЬКО на против бета заданий и очень долгих заданий для топовых карт 8-12 часов, это даст Вам возможность нарастить ППД в 2 раза. среднее время расчета 8-24 часа

Рекомендуемые карты по соотношению цена-производительность 560Ti (448 cores), 470GTX, 570GTX среднее время расчета 4-12 часов(в зависимости от задания)

Видеокарты уровня 450GTS и ниже использовать нецелесообразно, не будете по дедлайну успевать и бонус за 24 часа не получите. (имеются в виду задания серии Long 8-12 hours)

Не используйте драйвера под видеокарту 29*-серии, у них проблема, когда монитор уходит в режим сна,задание вылетает. Последняя стабильная версия 301. whql

Всім, всім, всімexcl.gif Обновіть драйвера до самої останньої версії. Разом з підтримкоу КУДИ 4,2 отримаєте приріст у ППД від 20 до 60%

Під даний проект бажано в проца одне ядро, або поток лишати вільним, оскільки досить сильно скаче крива навантаження на карту.

ППД карт уровня:

CUDA 3.1

560GTX ~ 65.000
570GTX ~ 150.000
480GTX ~ 150.000


CUDA 4.2

570GTX - 170.000-200.000
680GTX - 450,000-500.000




Ссылки по теме:Ps3grid.net

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)




https://twitter.com/gpugrid

Це повідомлення відредагував vitalidze1: Jul 5 2012, 15:59
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
43 Сторінки V « < 39 40 41 42 43 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(600 - 614)
vitalidze1
Jun 27 2012, 19:26
Пост #601


ЮЗЕР
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 382
З нами з: 17-May 09
З: Вінниця
Користувач №: 1 029
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
~15-20 компліхтерів.



Панове, ГПУГРІД з новим аплікейшеном 4,2 пропонує маєже таке саме ППД, як і праймгрід, налітайте, допоможіть побороти смертельні недугиexcl.gif!


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
vitalidze1
Jun 29 2012, 08:04
Пост #602


ЮЗЕР
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 382
З нами з: 17-May 09
З: Вінниця
Користувач №: 1 029
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
~15-20 компліхтерів.



Як показав вчорашный день, ППД просто сказочний, Прайм відпочиває і нервово курить у сторонці.


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Jun 29 2012, 09:09
Пост #603


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Там уже очень мало народу осталось - 53 человека. Видяхи(подходящие) только у двоих.
ЗЫ: 3 проекта в которых у нас лучший ППД среди других в команде - медицинские! drinks2.gif koc.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
vitalidze1
Jun 29 2012, 23:05
Пост #604


ЮЗЕР
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 382
З нами з: 17-May 09
З: Вінниця
Користувач №: 1 029
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
~15-20 компліхтерів.



Тимчасово сервер, на ряду із 4.2 видає 3.1. Проблема покищо не вирішена. Чекаємо, що там сенсеї придумають


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Jul 2 2012, 23:51
Пост #605


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Dear crunchers,

My time has come. Now that I got my PhD I must move on. I am leaving the lab and therefore GPUGRID.net as scientist although I'll be following it closely from wherever I am.

It's been a pleasure to work with you all and I hope you still keep your volunteering spirit for the years to come. You're really the fuel of the scientific project behind.

Thank you very much.

All the best,
Dr. Ignasi Buch

gpugrid.net
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Jul 25 2012, 22:30
Пост #606


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



News : Finding the best receptors

Hi guys!

I've just sent 500 WU to acemdbeta with 5250 credits each for the first phase of the simulations. This equilibration step can only be done in the beta queue, so this is not a test, but already the real simulation.
Once all this WU are finished I will be able to prolong all them in the long queue, giving a total batch of 3500 WU with around 50000 credits each, likely in the next two days.
The new system have already been in gpugrid: it is the domain SH2 but focusing on the interaction with fragment(s) and not with polypeptides as before.

I will keep you updated once I send the second part!


thank you wink.gif
Noelia


24 Jul 2012
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Oct 2 2012, 22:51
Пост #607


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Пополнение в команде!
-kambala
-lotuseater24

welcomeani.gif koc.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Yuriy V
Nov 26 2012, 12:23
Пост #608


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 181
З нами з: 21-November 10
Користувач №: 1 545
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Як прийдеться



Після майже дворічної перерви повернувся до проекту.
Десь з місяць точно буду кранчити його.


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Dec 5 2012, 13:24
Пост #609


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



http://www.imim.es/news/view.php?ID=159

Прорыв в симуляции развития вируса СПИДа - впервые симулировано на компьютере

Crucial step in AIDS virus maturation simulated for first time

Using computational techniques, researchers have shown how a protein responsible for the maturation of the virus releases itself to initiate infection

IPB Image
HIV proteasa cutting the poly-protein chain. Source: IMIM


Bioinformaticians at IMIM (Hospital del Mar Medical Research Institute) and UPF (Pompeu Fabra University) have used molecular simulation techniques to explain a specific step in the maturation of the HIV virions, i.e., how newly formed inert virus particles become infectious, which is essential in understanding how the virus replicates. These results, which have been published in the latest edition of PNAS, could be crucial to the design of future antiretrovirals.

HIV virions mature and become infectious as a result of the action of a protein called HIV protease. This protein acts like a pair of scissors, cutting the long chain of connected proteins that form HIV into individual proteins that will form the infectious structure of new virions. According to the researchers of the IMIM-UPF computational biophysics group, “One of the most intriguing aspects of the whole HIV maturation process is how free HIV protease, i.e. the ‘scissors protein,’ appears for the first time, since it is also initially part of the long poly-protein chains that make up new HIV virions."

Using ACEMD a software for molecular simulations and a technology known as GPUGRID.net, Gianni De Fabritiis’ group has demonstrated that the first “scissors proteins” can cut themselves out from within the middle of these poly-protein chains. They do this by binding one of their connected ends (the N-terminus) to their own active site and then cutting the chemical bond that connects them to the rest of the chain. This is the initial step of the whole HIV maturation process. If the HIV protease can be stopped during the maturation process, it will prevent viral particles, or virions, from reaching maturity and, therefore, from becoming infectious.

This work was performed using GPUGRID.net, a voluntary distributed computing platform that harnesses the processing power of thousands of NVIDIA GPU accelerators from household computers made available by the public for research purposes. It’s akin to accessing a virtual supercomputer. One of the benefits of GPU acceleration is that it provides computing power that is around 10 times higher than that generated by computers based on CPUs alone. It reduces research costs accordingly by providing a level computational power that previously was only available on dedicated, multi-million dollar supercomputers.

Researchers use this computing power to process large numbers of data and generate highly complex molecular simulations. In this specific case, thousands of computer simulations have been carried out, each for hundreds of nanoseconds (billionths of a second) for a total of almost a millisecond.

According to researchers, this discovery in the HIV maturation process provides an alternative approach in the design of future pharmaceutical products based on the use of these new molecular mechanisms. For now, this work provides a greater understanding of a crucial step in the life cycle of HIV, a virus that directly attacks and weakens the human immune system, making it vulnerable to a wide range of infections, and which affects millions of people around the world.

Reference:

“Kinetic characterization of the critical step in HIV-1 protease maturation”. S Kashif Sadiq, Frank Noe and Gianni De Fabritiis. PNAS. DOI:10.1073/pnas.1210983109. http://www.pnas.org/content/early/2012/11/...a2-c68194eff067

Follow GPUGRID.net at: http://facebook.com/gpugrid


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Feb 5 2013, 21:08
Пост #610


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Взяли рубеж в 1Petaflop!!! super.gif drinks2.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 11 2013, 15:36
Пост #611


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Новые фото и видео проекта

http://www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=3305

http://www.facebook.com/gpugrid


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
LSA
Mar 14 2013, 07:37
Пост #612


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 630
З нами з: 7-October 07
З: Kyiv
Користувач №: 596
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482



dance.gif


--------------------
(Show/Hide)


GF100 GF114
+++++,++++

<a href="http://allprojectstats.com/showuser.php?id=1333992"><img src="http://allprojectstats.com/s1333992m0a.png" border=0>
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gecko
Nov 30 2013, 22:05
Пост #613


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 75
З нами з: 20-February 09
Користувач №: 942
Стать: Чол
Парк машин:
TripleCore AMD Athlon II X3 425 NVIDIA GeForce GTX 650 Ti BOOST



может глупый вопрос но..
как понять
Всім, всім, всімexcl.gif Обновіть драйвера до самої останньої версії. Разом з підтримкоу КУДИ 4,2 отримаєте приріст у ППД від 20 до 60%

разве последняя версия не 3,5 ?
http://ru.wikipedia.org/wiki/CUDA


--------------------
Я-часть той силы, что вечно хочет зла и вечно совершает благо (Гёте)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Skyman
Dec 1 2013, 00:31
Пост #614


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 869
З нами з: 9-January 07
З: Одеса
Користувач №: 387
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Небагато всякого заліза



Последняя версия вроде CUDA 5.5 https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit


--------------------
We find that we live on an insignificant planet of a humdrum star lost in a galaxy tucked away in some forgotten corner of a universe...

Бейджики:
(Show/Hide)


Стат:
(Show/Hide)


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gecko
Dec 1 2013, 03:47
Пост #615


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 75
З нами з: 20-February 09
Користувач №: 942
Стать: Чол
Парк машин:
TripleCore AMD Athlon II X3 425 NVIDIA GeForce GTX 650 Ti BOOST



(Skyman @ Dec 1 2013, 00:31) *

Последняя версия вроде CUDA 5.5 https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit

это страничка CUDA Toolkit
это версия ПО, значит о нем шла речь в шапке?


--------------------
Я-часть той силы, что вечно хочет зла и вечно совершает благо (Гёте)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

43 Сторінки V « < 39 40 41 42 43 >
Reply to this topicStart new topic
3 Користувачів переглядають дану тему (3 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th March 2024 - 01:27

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.