Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Drug Search for Leishmaniasis, поиск лекарств от Лейшманиоза
Rilian
Aug 31 2011, 21:51
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера





Проект "Drug Search for Leishmaniasis"

Проект запущен 31 Августа 2011

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gif



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 28.02.2005 Капитан - rilian
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:

Mission
The mission of Drug Search for Leishmaniasis is to identify potential molecule candidates that could possibly be developed into treatments for Leishmaniasis. The extensive computing power of World Community Grid will be used to perform computer simulations of the interactions between millions of chemical compounds and certain target proteins. This will help find the most promising compounds that may lead to effective treatments for the disease.

Significance
Leishmaniasis is one of the most neglected tropical diseases in the world. Each year this disease infects more than two million people in 97 countries. To date, there are no available vaccines to prevent the disease, in spite of multiple research efforts. Leishmaniasis is caused by a protozoan parasite (genus Leishmania) transmitted between human and animal hosts by female sand flies. One form of the disease, the "visceral" form caused by Leishmania infantum in America, mainly affects children, who can die if adequate treatment is not provided promptly. Existing control measures rely upon drug therapy, insect control and education in the affected communities. However, the number of human cases continues to increase in tropical countries such as Bangladesh, India, Sudan, Ethiopia, Brazil, Colombia, Peru and many others.

The classical treatments for all forms of Leishmaniasis can cause severe side effects, including death. Furthermore, drug resistant parasites are causing major problems in many endemic countries. For these reasons, there is an urgent need for new, safe and inexpensive anti-Leishmania drug compounds.

Approach
A software program called VINA from The Scripps Research Institute in La Jolla, California, will be used to perform the virtual chemistry experiments. These virtual experiments will search to find which of millions of drug compounds might be able to disable particular proteins, essential for the parasite's survival. Screening for the best potential drug compounds is an early step in the process of developing effective treatments for the disease. With enough computing power, this screening can be done much more quickly than using conventional laboratory experiments. However, existing computer facilities available to the researchers would require approximately 120 years to perform the screening. The power of World Community Grid can reduce the time required to less than one year. Information about the best candidate compounds will be published by the scientists, and this information will be available in the public domain for other scientists to build upon with their research. Further laboratory work using the best candidates identified by this project could lead to the development of better drugs to fight Leishmaniasis.

About the Project

Leishmaniasis is a tropical disease caused by a parasite transmitted by specific insects. Infections of this disease have been increasing - with over two million people affected last year. Existing treatments can have severe side effects, including death. Currently, pharmaceutical companies have not been investing in extensive research to combat this disease. Therefore, the researchers at the University of Antioquia in Medellín, Colombia, are running a project on World Community Grid to search for chemical compounds which may lead to new drugs for treating this disease.

Leishmaniasis is caused by a single celled protozoan parasite. The genus of this protozoan is Leishmania. It is transmitted between human and animal hosts via the female sand fly. In the Americas, the genus of the sand fly is Lutzomyia and elsewhere it is Phlebotomus. The insect injects humans or other animals with promastigotes, the infective stage of the parasite. Once injected into the skin, the promastigote infects immune system cells such as macrophages and other mononuclear phagocytic cells. Within these cells, the promastigote transforms into the tissue stage of the parasite, known as amastigote, which multiplies inside the cell by simple division, moving on to infect other phagocytic mononuclear cells. Various factors of the parasite and host determine which form of the diseases appears in the host. The insects become infected by sucking infected cells of the host during a blood meal. In the insect´s gut, the cells rupture releasing amastigotes, which are transformed back into promastigotes. They multiply and develop in the insect's gut. After several days, depending on the species, the parasites migrate to the mouthparts of the insect, where they are ready again to be transmitted to a host, during the next blood meal.

The disease has three clinical forms:
* cutaneous - affecting the surface skin consisting mostly of ulcerated lesions, warty lesions or spots.
* mucocutaneous - affecting mucous membranes, particularly from the nose, laryngeal and pharynx.
* visceral - affecting bone marrow or internal organs, such as the liver, spleen and lymph nodes. Symptoms can include anemia, clotting problems, weight loss, enlarging of the spleen, liver and lymph nodes.

The classical treatments for all forms of Leishmaniasis are certain compounds of pentavalent antimony (e.g. sodium stibogluconate and meglumine antimoniate). These compounds can have severe side effects, including death. Furthermore, drug resistant parasites are causing major problems in many endemic countries. Several additional drugs such as Pentamidine and Amphotericin B have been used with variable success, but these drugs also have serious side effects and are expensive and difficult to administer, limiting their use as drugs of choice. More recently, Miltefosine (an oral drug) has been used with variable success in Central and South America against cutaneous Leishmaniasis and for visceral Leishmaniasis in India. A phase IV trial of this drug in India has shown an increase in the relapse rate, indicating that drug resistance may develop quickly. The visceral form mainly affects children, who can die if adequate treatment is not provided promptly.

The complete genomes of several Leishmania species have been decoded and are providing information about proteins and processes essential for the survival of the parasite. Certain Leishmania proteins have been identified as targets using information about the genomes and through prior laboratory experiments and computational work. If drugs can be developed to disable these proteins, they may prove to be an effective treatment for the disease. The first step in drug development is to find chemical compounds which attach to the target protein in a manner that disables the protein's function, thus preventing the progression of the disease. To accelerate the search for potential drugs against Leishmaniasis, the computing power of World Community Grid will be used to screen millions of potential chemical compounds as possible drug treatment candidates. Instead of performing expensive and time-consuming laboratory experiments, simulations of these millions of experiments will be performed using the software running on World Community Grid's member computers.

A software program called VINA from The Scripps Research Institute in La Jolla, California, will be used to perform the virtual chemistry experiments, more precisely known as molecular dockings. Molecular docking is the process of determining how well two chemical compounds (molecules) bind together. One of the molecules is designated as the target, in this case one of several proteins, essential for the parasite's survival. The other compound is from a collection of millions of compounds from various drug data bases, cataloging known compounds and their exact atomic structure. The docking experiments position the two compounds in all possible orientations and then compute the binding energy, which tells how well they stick together. If a compound binds to the target protein, it may be useful in disabling the function of that protein and thus reducing parasite multiplication and the progress of the disease.

The VINA calculations will be used to identify the most promising chemical compounds that may inhibit these proteins. The computer computations involved are very intensive and would take about 120 years to test the 12 million compounds against 70 Leishmania proteins, if using machines normally available to the researchers. World Community Grid will be able to reduce the time required to less than one year. Information about the best candidate compounds will be published by the scientists, and this information will be available in the public domain for other scientists to build upon with their research. Further laboratory work using the best candidates identified by the VINA computations could lead to the development of better drugs to fight Leishmaniasis.

Наименования рабочих заданий и их количество (обновлено 31 августа 2011)

Work unit numbering is in this format:
DSFL_TTTTTTTT_BBBBBBB_WWWW
T=Target
B=Batch
W=Work unit number

Сейчас кол-во целей (target) 5353, и в каждой 58 пачек (batch). В каждой пачке примерно 1000 заданий, с кворумом 2
Учитывая что время задания в среднем 6 часов, получаем 5353*58*1000*2*6= 3,725,688,000 часов = 425000 процессорных лет orly.gif censoree.gif
Добавляя 6% на разные ошибки и таймауты, получается ~450000 процессорных лет, или 450000/345 = 1300 WCG дней (если бы считался только этот проект) suicide.gif

Команда

Stan Watowich, The University of Texas Medical Branch (Galveston, Texas, USA) -- помошник, координатор DDDT2
Carlos Muskus, PECET, University of Antioquia, Medellín, Colombia
Andres Florez, PECET, University of Antioquia, Medellín, Colombia
Rodrigo Ochoa, PECET, University of Antioquia, Medellín, Colombia

Ссылки по теме:Как происходят рассчеты: программа подбирает структуру поглощающей поверхности и подвергает ее воздействию освещения. Поверхность выделяет электроэнергию и нагревается. Программа измеряет эти параметры со временем

Видео о проекте (скачать link.gif )


Как выглядит графический клиент:


График работы проекта


Це повідомлення відредагував nikelong: Mar 17 2012, 22:34
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
4 Сторінки V « < 2 3 4  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(45 - 54)
Dromage
Jun 18 2013, 15:50
Пост #46


Мега ранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 102
З нами з: 6-March 12
З: Кривий Ріг
Користувач №: 2 942
Стать: Чол
Парк машин:
домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970



Ну посчитай сам:

(356*2-193)/6=86,5 реальных суток


--------------------


(Show/Hide)


Паралельний світ: https://s.bbgam.com/?152127
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
MAGADAN
Aug 6 2013, 14:23
Пост #47


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 274
З нами з: 20-January 12
Користувач №: 2 890
Стать: Чол
Парк машин:
Парк из ОДНОГО ПиСиБотА Разбежалась ферма :(



Усё aristokrat.gif COMPLETE



--------------------

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Я видел такое, что вам людям и не снилось!
Атакующие корабли,пылающие над Орионом!
Лучи СИ , разрезающие мрак у ворот Тангейзера!
Все эти мгновения затеряются во времени,как слёзы в дожде!
Пришло врёмя умирать!


Мне жаль небосвод этот синий,
Жаль землю и жизни осколки,
Мне страшно,что сытые свиньи,
Страшней,чем голодные волки.

История МОИХ побед :
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Aug 6 2013, 15:06
Пост #48


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Dear WCG members.

For us it is a pleasure to let you know that the computational process of the DSFL project has ended. We want to thanks all people for helping us to develop the project providing computational time and effort, and to the WCG team for the professional support to carry out this task. As I have mentioned before, without your help this project had been impossible to conduct in Colombia and probable in many countries all over the world.

Beside the initial 53 Leishmania proteins, we added a few more proteins that will be analyzed along with the first batch.

But I am sure one of your probable question is: and now what is next?:

There are several steps we have to travel through, and these are:

1. To identify the best ranked compounds in term of the docking score. Autodock Vina rank protein-compound interaction based in the energy of interaction and assign a score. The results of the project were organized in a large database built in MySQL language by Rodrigo Ochoa, one of the PECET team. The amount of information we already have in our NAS is about 6 terabytes, so it is not an easy task to look into such amount of data, which are the best candidates. In order to identify the best candidates, a script was created and it is currently running. We hope at the end this year or before, to have the complete list of potential anti-leishmanial compounds or molecules.

2. Depending on the number of potential compounds predicted with promising score, we have probably to filter them based on several parameters, like costs, administration route (oral, injected, topic), toxicity, human use approval for other diseases, etc.

3. Those filtered compounds will be evaluated in in vitro assays and those passing the in vitro phase will be tested in vivo.

4. Finally those passing in vitro and in vivo tests, will be evaluated in human clinical trials.


How long can it take??.

Probably years, To get an effective and safe drug, is not an easy task, but we hope to get one among the 600.000 you tested in your computers. We will let you know if we get any.

Best wishes and thanks again.


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Oct 19 2013, 14:12
Пост #49


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



End of the Drug Search for Leishmaniasis Phase 1

Summary
A big thank-you from the research team as the Drug Search for Leishmaniasis project analyzes the results from grid computations.

A successful collaboration
For the past two years, World Community Grid members have been helping a research team from the University of Antioquia in Medellí­n, Colombia, simulate chemical compounds to see which ones might bind to key proteins in the Leishmania parasite. This is a crucial first step in developing a better treatment for this neglected tropical disease, which affects millions of people each year but gets very little research attention.

Thanks to the computing power you provided, the chemical binding simulations were completed earlier this year. The researchers have already started combing through the 7 TB of raw data provided by World Community Grid volunteers, to determine which of the potential molecules might become the basis for practical treatments. As Dr. Carlos Muskus explained in his recent forum posts, the analysis of the raw data has already revealed several promising compounds, and the next step is to complete the analysis phase and secure funding for in-vitro testing. Therefore, we can officially close Phase 1 of the Drug Search for Leishmaniasis project on World Community Grid.

The researchers send their thanks to the over 120,000 World Community Grid members who participated in this project. Together, you donated over 37,000 years of computing time and carried out almost 60 million calculations for this project. With your help, the researchers were able to analyze their original proteins, add several new proteins to the list of targets, and still cut the required completion time by more than 100-fold. Depending on the results of their work over the next several months, a second phase of the project may be started next year.

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us...o?articleId=326


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Dec 9 2014, 19:34
Пост #50


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Обработка результатов проекта Drug Search for Leishmaniasis в самом разгаре

Автор: Доктор Карлос Мускус Лопес (Carlos Muskus López), координатор проекта Drug Search for Leishmaniasis из Программы по изучению и борьбе с тропическими болезнями (PECET), Университет Антиохии (University of Antioquia)

Активная фаза проекта распределенных вычислений «Поиск лекарства от лейшманиоза» (Drug Search for Leishmaniasis, DSFL) под эгидой World Community Grid закончилась год назад, и с тех пор команда проекта обрабатывала полученные результаты, ранжировала и выбирала соединения, которые имеют наибольший потенциал оказаться кандидатами на эффективное лекарство от этой тяжелой тропической болезни.


Слева направо: Карлос Мускус Лопес из PECET; Фабио Кастелланос, менеджер IBM; Иван Велес, директор PECET

На данный момент обработано примерно 96% полученных данных, остальное должно быть завершено в ближайшие 2-3 недели. Исследователи практически завершили статью по итогам этой фазы работы, которая должна быть представлена в международных научных журналах до конца года. Для этого необходимо дождаться полных результатов обработки и фильтрации данных.

В прошлом году предварительные результаты проекта DSFL уже были представлены на различных местных, национальных и международных научных мероприятиях, в том числе на WorldLeish5 в Бразилии, Международном конгрессе паразитологии в Мехико и на XII-м Международном конгрессе по микробиологии в Картахене (Колумбия). Команда проекта DSFL также помогает с организацией III-го конгресса Колумбии по вычислительной биологии и биоинформатике, который состоится в сентябре 2015 г. в Медельине. Это будет прекрасная возможность представить результаты проекта DSFL в развернутом формате и способствовать дальнейшему продвижению World Community Grid в научной среде.

Планируется второй этап проекта, который будет ориентирован на исследования взаимодействия между лигандом (потенциальной лекарственной молекулой) и рецептором (ключевыми белками-целями, критичными для развития лейшманиоза). Сила этого взаимодействия может быть определена с помощью программы Метод анализа распределения энергии (Binding Energy Distribution Analysis Method, BEDAM) или другой аналогичной программы.

Волонтеры World Community Grid помогли в обработке в общей сложности 4 Тб данных, состоящих из более 1,5 миллиардов записей, которые хранят информацию об энергии взаимодействия между множеством белков лейшманиоза и библиотекой из 600 тысяч химических соединений. Воспоследовавшая перекомпиляция результатов расчетов была необходима для фильтрации и отбора наиболее релевантных данных. Полученная база данных была построена с информацией о целевых показателях математических моделей белков, полученной в ходе молекулярно-динамического моделирования их взаимодействия с молекулами лигандов, с оценкой энергии взаимодействия между участвующими молекулами. Целью этого первого этапа было ранжирование и отбор лучших кандидатов на основе мета-анализов, которые могли бы определить наиболее подходящие лиганды для последующих экспериментальных подтверждений.

Исследователи идентифицировали несколько критичных для лейшманиоза белков, которые и были широко изучены в качестве потенциальных молекулярных мишеней. Некоторые из них продемонстрировали в ходе имитационных расчетов высокие свободные энергии взаимодействия (ок. -13 ккал/моль) с перспективными лигандами (см. оригинальную статью). Предварительные результаты показывают, что возможно найдены потенциально эффективные кандидатные лекарственные соединения от лейшманиоза, которые могут быть улучшены в ходе дополнительных вычислительных и экспериментальных подтверждений.

Исследователи готовятся ко второй стадии проекта, которая включает в себя дополнительный фильтр отбора с использованием улучшенного ПО для молекулярно-динамического моделирования, чтобы избежать ложных срабатываний и, следовательно, обнаружить кандидатные соединения с более высокими шансами на дальнейшее превращение в лекарственные препараты. Задача минимум стоит в подтверждении, по крайней мере, одной эффективной лекарственной молекулы, способной бороться с лейшманиозом без серьезных побочных эффектов для организма.

Теперь, когда почти закончен анализ результатов моделирования потенциальных соединений, должен состояться переход к реальному тестированию для подтверждения прогнозных оценок. Это требует больших финансовых затрат на лабораторные исследования и материалы. К сожалению, исследователи столкнулись с трудностями обеспечения финансирования этих работ, несмотря на многочисленные заявки в международные научные фонды. На сегодняшний день они не увенчались успехом, поэтому от идеи провести тестирование всех перспективных соединений пришлось отказаться. Однако, главное колумбийское агентство по финансированию научных разработок (Colombian funding agency – Colciencias) утвердило выделение средств для тестирования от 10 до 20 соединений. Десять из наиболее перспективных соединений уже приобретены и проходят испытания в нашей лаборатории. Лучшие из них пройдут испытания на животных перед клинической фазой испытаний на людях.

Доктор Карлос Лопес от лица коллектива проекта DSFL выражает особую благодарность команде объединения World Community Grid за оказываемую помощь, а также всем участникам распределенных вычислений, которые предоставили свои вычислительные ресурсы для проекта. До новых встреч!

28 ноября 2014

Подготовлено distributed.org.ua по материалам World Community Grid: Finding new solutions for a neglected tropical disease


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Dec 9 2014, 20:50
Пост #51


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



От лица себя любимого, и (я надеюсь команда не против) всех кранчеров нашей дружной команды хочу выразить благодарность нашему кранчеру ("Арбалет") за хорошо проведенную работу по поиску и переводу статьи выше rtfm.gif . Спасибо Тебе большое, друже! koc.gif


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Dec 9 2014, 20:56
Пост #52


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



re_SET drinks.gif
Да как-то сам не ожидал от себя такой прыти - в руках все горит, как в старые-добрые времена smile.gif koc.gif
Будем надеяться, что исследователи из проекта DSFL доведут работу до конца и все-таки получат новое лекарство от этой вредной болячки!


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

4 Сторінки V « < 2 3 4
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 21:34

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.