Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак)
Rilian
Mar 8 2009, 00:08
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image
IPB Image

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gifWorld Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

IPB Image
Скриншот графического клиента


Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"
IPB Image
* "Розовые семена"
IPB Image
* "Упражнения по радио"
IPB Image

График производительности проекта:
IPB Image

Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
20 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(30 - 44)
Tamagoch
Mar 20 2009, 22:18
Пост #31


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 744
З нами з: 27-September 03
З: Бровари
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою



сейчас пересчитываю HFCC_t1_00021013_TrkB_0000 (предыдущий хост прервал вычисления, вушку дали мне shuffle.gif )
очень быстро набралось 3%, потом начались перескоки до 2.9%, снова набиралось 3.1 и снова 2.9
уже минуты 4-5 так прыгает - или действительно кривое задание, или расчетный движок сам себе добавляет вычислений по результатам предыдущих итераций


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 20 2009, 23:23
Пост #32


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Так как избыточность нулевая, в начале ВЮ происходит определение скорости компьютера. Возможно процентные прыжки из-за этого


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 22 2009, 14:33
Пост #33


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



получил золотую медальку в проекте за 90 процессорных дней! IPB Image


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 24 2009, 00:55
Пост #34


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



из 9000000 ВЮ 290000 уже посчитаны за 157 процессорных лет


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 24 2009, 01:19
Пост #35


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Поздравляем Вжика с бронзовой медалью в проекте!

IPB Image
dk.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 26 2009, 01:07
Пост #36


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Пришла рассылка от WCG

QUOTE
rilian - You Can Help End Childhood Cancer

Alert to all members of World Community Grid - your donated computer cycle time may now help find a cure for childhood cancers! There is a group of cancers that are particularly loathsome because they normally only strike young children. Neuroblastoma is one of these cancers, arising in children under the age of two and resulting in a less than 40% survival rate.

While scientists have uncovered the three proteins that enable this cancer to grow, they now need to search the three million drug candidates for a treatment. And your computer can help us complete this search in the next year.

If you are currently contributing and want to check to see if you are contributing to this project, click here. If you are no longer contributing but would like to contribute to this project, please click here.

The cause of neuroblastoma is unknown, but most physicians believe that it is an accidental cell growth that occurs during normal development of the sympathetic ganglia and adrenal glands. It occurs most often during the first two years of a child's life, and has a high risk for disease relapse with survival rates of less than 40 percent.

The rapid advancement of genetic research at Chiba Cancer Center Research Institute holds great promise for treating neuroblastoma. The new Help Fight Childhood Cancer project will use the idle computational power from your computer to identify which of the three million potential drug candidates can inhibit growth of three particular proteins believed to prevent successful treatment via conventional approaches, such as chemotherapy.

"Our promising research will be further advanced by the free computing power we will use from World Community Grid," said Dr. Akira Nakagawara, the principal investigator at the Chiba Cancer Center Research Institute. "It would take us about 100 years using our own computing resources to make progress, but with access to one of the world's largest virtual supercomputers, we estimate to complete this project in two years, and begin laboratory trials."

Dr. Nakagawara recently earned the Princess Takamatsu Cancer Research Fund Prize 2008 for his neuroblastoma research. In his work, he discovered that one protein, TrkB, is expressed at high levels in aggressive neuroblastomas and enhances the tumor cell's growth. World Community Grid will conduct complex chemistry simulations to determine which drug candidates bond to TrkB, as well as the proteins ALK and SCxx, so that those can be tested further in the laboratory. All results will be made available to the general scientific community to advance the field of cancer biology and drug discovery.

For more information about the Help Fight Childhood Cancer Project and other projects running on World Community Grid, please click here.

We sincerely appreciate your wonderful support!


Вот основная информация (выделена в тексте курсивом):

Быстрое развитие генетических исследований в Институте Исследования Рака в Чиба дает многообещающие надежды на лечение нейробластомы. Новый проект "Помоги Бороться с Детским Раком" будет использовать лишние компьютерные ресурсы чтобы определить какие из трех миллионов лекарственных кандидатов смогут блокировать три определенных белка, которые, уверены ученые, затрудняют успешное лечение традиционными способами, такими как химиотерапия.

Доктор Акира Накагавара, главный исследователь из Института Рака в Чиба, заявляет, что на доступных его лаборатории вычислительных мощностях им бы понадобилось около 100 лет чтобы добиться хоть какого-то прогресса, но используя мощности одного из самых крупных виртуальных суперкомпьютеров, каким является World Community Grid, они оценили время на рассчеты примерно в 2 года, чтобы начать лабораторные исследования на полученных результатах рассчетов.

Доктор Накагавара недавно получил "приз принцессы Такамацу за исследования рака" (Princess Takamatsu Cancer Research Fund Prize 2008) за его исследования нейробластомы. В его работе, было обнаружено что в быстро развивающихся нейробластомах повышено содержание белка TrkB и оно вызывает рост клеток опухоли. Используя программный комплекс Autodock и компьютерную сеть World Community Grid, будут проведены комплексные химические симуляции чтобы определить какие молекулы способны блокировать белок TrkB, а также белки ALK и SCxx, чтобы позже протестировать эти молекулы в лаборатории. Все полученные результаты будут открыты для общего доступа для дальнейших исследований в биологии рака и открытий лекарств против рака.


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tribal
Mar 26 2009, 12:45
Пост #37


Kранчер из глубинки
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 933
З нами з: 16-October 08
З: Горловка
Користувач №: 845
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
AMD Athlon II X4 635@3.3GHz/ GF250GTS



Rilian,
мне тож такое пришло вчера, но у миня пока старые задания досчитываются, его пока не считаю


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
EKONOMIST
Mar 29 2009, 09:24
Пост #38


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 87
З нами з: 12-January 09
Користувач №: 902
Стать: Чол
Парк машин:
Дабл-дуб e5200 8800GTS (g80) Два дуба e4600 9600GSO (g92) Atom n450



А сколько это чудо траффика кушает? С мобилы реально отправить\загрузить (либо то и другое)?
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sirchyk
Mar 29 2009, 16:29
Пост #39


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 41
З нами з: 3-August 08
З: м. Івано-Франківськ
Користувач №: 791
Стать: Чол



(EKONOMIST @ Mar 29 2009, 09:24) *

А сколько это чудо траффика кушает? С мобилы реально отправить\загрузить (либо то и другое)?

Найбільше трафіку іде на перше завантаження, коли качаються основні файли, а потім з кожним юнітом десь до половини мегабайту вхідного і вихідного трафіку (зараз дорахується юніт і скажу точну цифру). Цей проект ІМХО використовує найменше трафіку з активних зараз проектів WCG (наприклад вчорашній результат Clean Energy зайняв десь 8 мегабайт). З мобіли відправити реально, сам вже 2 роки користуюся мобільним інтернетом, спочатку був Life, а тепер Інтертелеком.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Apr 1 2009, 23:01
Пост #40


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Проект Help Fight Childhood Cancer объявляется проектом месяца (апрель 2009) и предлагается для интенсивных рассчетов кранчерам команды Ukraine в течение 30 дней! Целью данной "педали" является достижение 100 места в общем рейтинге команд (на данный момент у нас 106 место).
На днях будет открыто голосование по проекту месяца Май 2009. HFCC в списке для голосования повторно не появится


Посмотреть прогресс команды можно тут:

April 2009 Points Race - официальная статистика

Статистика Polar SETI


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
r140140
Apr 2 2009, 12:33
Пост #41


Трохи обжився
**

Група: Trusted Members
Повідомлень: 21
З нами з: 31-March 09
Користувач №: 977
Стать: Чол



А у меня уже вот столько натикало... Это вообще нормальный расклад или нет? И есть вообще какой-то рейтинг кранчеров по данной теме нашей команды?

(Show/Hide)

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Apr 2 2009, 12:53
Пост #42


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(r140140 @ Apr 2 2009, 13:33) *

А у меня уже вот столько натикало... Это вообще нормальный расклад или нет? И есть вообще какой-то рейтинг кранчеров по данной теме нашей команды?



круто!

конечно. в шапке есть ссылка на официальный рейтинг.

а в топике про World Community Grid вообще есть ссылки на разные статистичсеские сайты

Официальный рестинг и большинство сайтов обновляются раз в 12 - 24 часа, а статистика PolarSETI раз в полчаса

Кстати, у тебя выбран проект Fight AIDS @home (который подбирает молекулы против вируса СПИДа). Если ты хочешь считать Help Fight Childhood Cancer, то надо выбрать его на странице твоих проектов: https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyProjects.do



--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
r140140
Apr 2 2009, 14:18
Пост #43


Трохи обжився
**

Група: Trusted Members
Повідомлень: 21
З нами з: 31-March 09
Користувач №: 977
Стать: Чол



Participate in All Projects
Help Fight Childhood Cancer
FightAIDS@Home
Human Proteome Folding - Phase 2
Discovering Dengue Drugs - Together
Help Conquer Cancer
Nutritious Rice for the World
The Clean Energy Project

у меня везде стоят галочки, а если я хочу считать Help Fight Childhood Cancer, то надо только там оставить галочку а со всех остальных убрать и потом сохранить?
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Apr 2 2009, 14:22
Пост #44


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Да. пока проект считается на пониженном приоритете (относительно других проектов WCG). Поэтому его ВЮ могут не выдаваться участникам у которых выбраны более приоритетные (для WCG) проекты


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Algon
Apr 7 2009, 23:10
Пост #45


Ambulance
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 899
З нами з: 11-November 08
З: Бердянск, СИЗО ГУВД :)
Користувач №: 862
Стать: Чол
Парк машин:
QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420.



Подключился к проекту месяца.
~30 часов, 3 хоста, результат - аж 143.6 очка. Если бы сразу засчитали pending то получилось бы 400-500. idontno.gif
150 очков в сутки для C2D 2,8GHz это нормально?


--------------------
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

20 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th March 2024 - 10:06

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.