Версія даної теми для друку

Натисніть сюди для перегляду даної теми у оригінальному форматі

Розподілені обчислення в Україні _ World Community Grid _ FightAIDS@home

Автор: Rilian Jun 18 2007, 16:31

IPB Image

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* http://fightaidsathome.scripps.edu/index.html
* http://fightaidsathome.scripps.edu/status

http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=890 thumbsup.gif

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

QUOTE
What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.


IPB Image

График проекта
IPB Image

Ссылки

http://habrahabr.ru/blogs/i_am_advertising/103774/

Автор: YuRi Jun 18 2007, 19:47

В первую очередь статистика обновится в твоем клиенте, как только будут начислены очки и он свяжется с сервером проекта.
Но очки будут начислены только тогда, когда задание посчитают еще несколько человек (для проверки). Если кто-то считает на медленной машине, то начисление очков может отсрочиться до дедлайна задания, а то и позже, если задание не будет посчитано вовремя и будет выдано новому клиенту.
Состояние задания можно посмотреть через страницу твоей учетной записи в проекте. Там есть ссылки "Pending credit" (неначисленные очки), "Computers on this account" (можно посмотреть, какие задания считались или считаются на каждой твоей машине и какова их судьба) и "Results" (полученные от тебя результаты).

Автор: Rilian Jun 19 2007, 22:57

Все ок, 1 задание засчиталось!

Автор: Abbath Jun 27 2007, 11:34

И тут несколько команд, непонятно какая основная blink.gif Есть просто UA - 23 юзера, есть UKRAINE - 53, UaTeam - 4, + команды одного человека UA Force и Ukrain biggrin.gif Что подскажете?

Автор: Rilian Jun 27 2007, 11:39

UKRAINE

еще есть


L'viv, Ukraine 30
BOINC@Ukraine 2
IBM Ukraine 7
National technical university of Ukraine "KPI" 2
Rootofme Ukraine 1
UKRAINE 53
Ukraine Lugansk Team 1
Ukraine Lviv Team 9
Ukraine United Team 2
Ukraine WCG Team 42
Ukraine_Overclockers_Te@m 1

Автор: Abbath Jun 27 2007, 11:58

Ага, уже вижу всю эту толпу )) Ну что ж, буду сейчас подключаться, только вот ник мой кто-то занял sad.gif

Автор: Rilian Jun 27 2007, 12:09

Abbath, можно добавить _UA ......

Я посчитал несколько заданий. На одну ВЮ уходит примерно 6 часов процессорного времени. Пока что полностью перешел на розетту

Автор: Abbath Jun 27 2007, 12:16

Да, ник немного подправим, не проблема. Сейчас главное придумать как грамотно разделить 3 проекта на 2 компа smile.gif


(Rilian @ Jun 27 2007, 01:09 PM) *

Пока что полностью перешел на розетту

Бросил фолдинг? Что ж так?

Автор: Rilian Jun 27 2007, 12:21

Были некоторые причины из-за неуспевания в дедлайн СМП. Переходить обратно на консоли смысла не было.. Пока посчитаю розетту smile.gif

в БОИНГе можно выставить процентное соотношение времени, выделяемому проекту. Например, если считаешь 2 проекта, то им можно поставить 50\50 (само переключается через каждые несколько часов) или другое отношение.

Также в БОИНГе можно выставить время выполнения клиента, например с 0 утра до 12, или как хочешь, чтобы разделить нагрузку

Автор: Abbath Jun 27 2007, 12:26

Ага, оч. удобный клиент придумали. Тоже считаю через BOINC розетту и вот этот проект сейчас подключу. Пока думаю пусть это крутится на рабочем селероне, всеравно в фолдинге с него толку мало.

Автор: Rilian Jun 28 2007, 13:34

Я в шоке... Команда UKRAINE на 876м месте!!

Общими усилиями надо подняться хотябы в первую сотню!!
За день на CoreDuo 1.83GHz можно сделать 1500 очков... Сейчас у команды всего 2000000...........

http://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=J8H4J4QPN1

к слову, команда Ukraine WCG Team на 409м месте

http://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=WB5RSMBR9N1

Надо связаться с их капитаном Alexei Bugai и объединить команды под общим именем UKRAINE

Автор: Rilian Jun 28 2007, 14:31



Для клиента проекта нужно установить клиент БОИНК

1. Качаем клиент БОИНК отсюда http://boinc.berkeley.edu/download.php (8.36 МБайт)
2. Устанавливаем БОИНК в папку C:\BOINC\ выбирая тип установки только для вашего юзера на компьютере (1-й радиобатон в списке)
3. Запускаем БОИНК Менеджер
4. В фаерволе разрешаем выполнять любые действия.

5. После того как он инициализируется, нажимаем Advanced View
6. Выбираем в Меню - Сервис - Добавить Проект
7. Вводим УРЛ проекта http://www.worldcommunitygrid.org/
8. Регистрируемся в проекте.

9. Заходим на http://www.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyMemberPage.do
10. вводим логин и пароль сверху
11. В настройках профиля default http://www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewProfiles.do указываем участвовать только в проекте FightAIDS@Home (там 4 проекта)
12. Там же в настройках http://www.worldcommunitygrid.org/ms/team/viewMyTeam.do жмем Join Team , ищем команду UKRAINE и присоединяемся к ней
13. Менеджер БОИНК рекомендуется повесить в автозагрузку при старте Windows

Вместе найдем лекарства от СПИДа и ВИЧ ! look.gif thumbsup.gif


Чтобы отдать максимум проекту, нужно разрешить клиенту выжимать все соки из машины:

Логинимся на сайт, заходим в Device Manager -> Device Profiles -> Profile Name (Default).

Ставим галочку на "Custom Profile" -> в разделе "Processor Usage" выставляем самое главное:

Use no more than: 100 % of processor time
Use no more than: 100 % of total memory

В "Disk and Memory Usage" выставляем:

Use no more than: сколько не жалко Gigabytes of disk space

Нажимаем "Save". В клиенте жмем "Update". Наслаждаемся графиком загрузки CPU в task manager smile.gif

Автор: Rilian Jun 29 2007, 15:17

опустились на 877е место

Автор: madwolfa Jun 29 2007, 19:10

Чтобы отдать максимум проекту, нужно разрешить клиенту выжимать все соки из машины:

Логинимся на сайт, заходим в Device Manager -> Device Profiles -> Profile Name (Default).

Ставим галочку на "Custom Profile" -> в разделе "Processor Usage" выставляем самое главное:

Use no more than: 100 % of processor time
Use no more than: 100 % of total memory

В "Disk and Memory Usage" выставляем:

Use no more than: сколько не жалко Gigabytes of disk space

Нажимаем "Save". В клиенте жмем "Update". Наслаждаемся графиком загрузки CPU в task manager smile.gif

Автор: Rilian Jun 30 2007, 10:50

За ночь поднялись на 5 позиция - 872 место!

Автор: Abbath Jul 2 2007, 21:12

Есть ли тут какой-нибудь кеш заданий? Тоесть возможнось закачать штук 20, а потом считать по очереди. А то сегодня оставил комп с двумя заданиями в процессе и одним в очереди. Прихожу - всё посчитано, отправлено, 1 новое загружено и всё, пауза. wacko.gif Часа 3 точно нифига не считал. Стартую - качает еще два и в итоге опять 2 в процессе и одно в очереди. Места на диске свободного гига 3, в настройках "Leave at least: 0.5 Gigabytes of disk space free" так что должно хватать.

Автор: Rilian Jul 2 2007, 21:24

Да, вроде есть. у меня все время в кэше лежит штук по 6 заданий. Зайди в настройки проекта и выставь время соединения с сервером максимальное.. Например у меня сейчас стоит 0.5 дней и с тех пор как я перешел с 0.1 кол-во заданий в кэше увеличилось

зы: УКРАИНА на 862м месте ! smile.gif

Автор: Abbath Jul 2 2007, 21:37

Оооо, то что надо, после обновления сразу пару заданий подгрузил. Спс за подсказку smile.gif Как раз мне 4-5 задания на полдня )

Автор: Rilian Jul 5 2007, 10:58

Команда Украины уже на 858 месте!

drinks2.gif prapor.gif

Автор: Abbath Jul 10 2007, 14:03

Уже 845-е! new_russian.gif biggrin.gif prapor.gif

Автор: Rilian Jul 14 2007, 10:01

833 место

Автор: Abbath Jul 15 2007, 15:52

Как-то быстро прыгнули - сегодня уже 825-е. smile.gif И у меня за день получилось больше 5000, подозрительно много )) Хотя всеравно пока сидим в ж... sad.gif

Автор: Abbath Jul 17 2007, 17:32

Шагаем широким шагом biggrin.gif 812-е место.

З.Ы. Давайте проведем рекламную кампанию по форумам что б побольше людей подключилось, drinks2.gif а то так к первой сотне долго будем идти...

Автор: Oleg82 Jul 19 2007, 08:04

а где вы смотрите передвижение команды? look.gif

adit: нашол, вы за два дня прыгнули на 530е место, а почему в стате показивает что вы поднялись за неделю на 19 мест ph34r2.gif

Автор: Rilian Jul 19 2007, 08:37

530 ?

Автор: Oleg82 Jul 19 2007, 09:10

народ от чего такая мутка что в статистике free-dc и боинк вы на 530м месте и у вас 23 участнега а оф сайте вас 62 и вы на 800м ? idontno.gif

Автор: nikelong Jul 19 2007, 09:17

Наверно потому что я в фридц забил не ту команду.

Люди, скиньте действительно ту ссылку по которой вы смотрите стат (!)

Автор: Oleg82 Jul 19 2007, 09:43

(nikelong @ Jul 19 2007, 03:17 AM) *

Наверно потому что я в фридц забил не ту команд


но http://www.boincstats.com/stats/user_stats.php?pr=wcg&st=0&ti=4576 статистика такая же как и http://stats.free-dc.org/new/teamstats.php?proj=bwcg&team=UKRAINE , и в обоих есть rilian и Abbath wacko.gif

Автор: Vlad_k Jul 19 2007, 10:15

Мне кажется разница заключается в том, что в Boinc показывается статистика всего проекта World Community Grid, а Fightaids является только одним из подроектов. Всего там 7 подпроектов: FightAIDS@Home, Human Proteome Folding 2, Beta Testing, Genome Comparison Completed, Help Defeat Cancer, Human Proteome Folding, Help Cure Muscular Dystrophy

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projectShortName=faah

Автор: Abbath Jul 19 2007, 23:00

(Vlad_k @ Jul 19 2007, 11:15 AM) *

в Boinc показывается статистика всего проекта World Community Grid, а Fightaids является только одним из подроектов. Всего там 7 подпроектов...

Да... похоже что так и есть. 6000 с чем-то кредитов, как у меня сейчас, это мои баллы в общем рейтинге с учётом того что я участвую только в одном из 7-ми проектов World Community Grid. В Fightaids у меня вообще загадочная цифра 40,721 smile.gif Как они внутри проекта начисляют баллы хз...
Статистику смотрю через клиент, так удобней- выбрал "My Grid", а он сам уже законнектится куда надо )) ну или можно за ней приглядывать тут:
http://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=J8H4J4QPN1
вот это как бы "основная" команда UA, почти официальная smile.gif

Автор: Rilian Jul 19 2007, 23:15

Случайно нашел что на сайте можно сразу проводить "соревнования" по разным типам, очки, ВЮ итд

Их могут, как я понял, создавать только капитаны команд.

http://www.worldcommunitygrid.org/team/challenge/viewTeamChallenge.do?challengeId=18

Может вызовем все другие Украинские команды на соревнование? smile.gif

Автор: Abbath Aug 2 2007, 10:27

А мы уже на 741-м месте! aristokrat.gif Далеко еще до первой сотни, но до НГ может и дойдем ))) подключайте побольше другов )) dk.gif

З.Ы. кстати по поводу избыточности проекта.. посмотрел сейчас у меня 10 результов в стадии Pending Validation, самый старый из них 07/26/2007 и так всегда зависает не больше 10вюшек примерно недельной давности в худшем случае, так что не всё так страшно smile.gif

Автор: x3mEn Aug 4 2007, 04:21

В мене так стається, що в трійках результатів майже завжди Claimed Credit більший серед інших результатів. Про що це може свідчити?
Ось, наприклад:

1. 8.93 48.5 / 48.0
2. 4.19 45.1 / 48.0
3. 3.69 50.5 / 48.0 <----- це мій результат
або ось:
1. 5.24 62.4 / 66.4
2. 5.86 76.8 / 66.4 <----- мій результат
3. 4.86 60.0 / 66.4

Тобто від часу обрахунку не залежить, але оцінка зароблених очок в мене виявляється вищою за інших.

Автор: Abbath Aug 8 2007, 21:50

Всё, нема больше заданий. sad.gif

No work is available for FightAIDS@Home
и так уже 3-й день. На замену предлагают Human Proteome Folding )) Пойду пока розетту посчитаю...

Автор: Tamagoch Aug 9 2007, 18:56

(Abbath @ Aug 8 2007, 10:50 PM) *
Всё, нема больше заданий. sad.gif
No work is available for FightAIDS@Home
и так уже 3-й день. На замену предлагают Human Proteome Folding )) Пойду пока розетту посчитаю...

то я заметил, что считал блоки с дедлайном менее суток, теперь видимо досчитал.... переходить на розетту что ли



нашел в чем дело - готовится новая версия расчетного ядра, которая будет использовать немного другой формат блоков, поэтому досчитываются старые, а новые какое-тов ремя выдаваться не будут, пока они там у себя все не поконвертируют.... обещают не более суток задержки в период до 15 августа, хотя это время, как видимо, уже наступило

The testing of the new AutoDock code is nearly complete. Meanwhile we will be finishing up certain batches of work units using the old code and then switch to the new code. The data formats used for the new code are slightly different so we need to run the old work units to completion before starting the new work units. Thus, there will be a short period of time during which FightAIDS@Home work units will not be sent out as we convert to the new code and new data. If your preferences are set to run only the FightAIDS@Home project, you may see that your agent is paused for some amount of time. We do not expect this to be much longer than one day, and perhaps just hours. This may happen at different times for the UD agents vs the BOINC agents and we expect it to happen some time the week of August 6 to 15, 2007. No action is required on the part of members. Forgive us for any inconvenience this might cause you and thank you for your patience and contribution.

Автор: Tamagoch Aug 10 2007, 19:00

FAAH снова в онлайне smile.gif

Автор: Abbath Oct 16 2007, 12:44

а мы уже на 498-м месте! smile.gif prapor.gif

Автор: Rilian Oct 16 2007, 12:50

Я кору дуба 2 подключил smile.gif

Правда под другим ником smile.gif

Автор: Abbath Oct 16 2007, 21:01

а я.... еще троих другов с работы которые о распределенных вычислениях слышат впервые smile.gif получилось ты подключил коре дуба 2, а я просто 3 дуба biggrin.gif читать сайт и форум они поленились, пришлось сказал что это оч. полезная прога необходимая для оптимизации работы компа ))

Автор: Rilian Oct 16 2007, 21:11

Да... использование ресурсов оптимизирует на все 100% smile.gif

Автор: x3mEn Oct 17 2007, 06:47

А в мене теж ювілей - 100 результатів в копилку команди!

Автор: scourge Dec 5 2007, 01:33

Шановні кранчери, доброго дня!

А чому в профілі найчисельнішої української команди "Ukraine" на WCG не виставлене поле "Країна"? Взагалі.
І тому в пошуку команд за країною вона не відображається взагалі ;-), а на першому місці відображається конкуруюча Ukraine WCG Team ;-) ?

(2 кранчери, 3 гетьмани ;-), навіть Львівських команд дві fool.gif )

Автор: nikelong Dec 5 2007, 01:48

Если чесно, с этим фидаидс такая каша шо ужжос!

Я вот пытался за какой-то командой закрепить "официальная от Украины", и понял что это безнадежная идея. Кто мне в этом поможет?

Автор: scourge Dec 5 2007, 02:19

Для начала нужно профиль заполнить.
А то некоторые вроде меня, которые считали-считали, а потом думают: "А не присоединиться ли мне куда-нить?", будут скорее всего присоединяться к самой многочисленной команде, а через поиск - это Ukraine WCG Team, кажется.

Я этот сайт нашел случайно через подпись "distibuted.org.ua" на форуме ОГО! от Укртелекома и ради любопытства кликнул :-), до этого я вообще не был в курсе, что какие-то команды распределенных вычислений у нас есть.
Зашел страницу FAAH, и оттуда на статистику команды попал.

Кстати, капитану Илье Царюку там через веб-интерфейс письмо нельзя отправить, ганьба! :-)

зы: а почему только FA@H? На WCG и другие достойные проэкты есть, например недавно запустили проэкт по анализу микрофотографий результатов кристаллизации белков (улучшение техник кристаллизации белков для того, чтобы их можно было подвергнуть рентген-структрурному анализу и определить 3D-структуру ихнюю), называется Help Conquer Cancer
Так он еще и графику красивую рисует, если в виде скринсейвера юзать.

Автор: Rilian Dec 5 2007, 02:19

Капитан RHAngel, 50177406 ?

Я написал ему в асю и попросил выставить страну

Автор: scourge Dec 5 2007, 04:34

Ник его на этом форуме не знаю
Ник на WCG - Ilya.Tsaryuk
Boinc team ID (Ukraine) = 4576

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewMemberInfo.do?userName=Ilya.Tsaryuk
http://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=J8H4J4QPN1

Автор: Tamagoch Mar 17 2008, 09:38

1000 результатов на однопроцессорной машине punk.gif

Автор: Abbath Apr 22 2008, 18:54

чё-то третий день нет заданий.. приходится Help Conquer Cancer считать )

Автор: Rilian Jun 18 2008, 13:22

Отаке тока что поймал... через 43 сек вычислений ВЮ отвалилась

репортилась со статусом "ошибка вычислений"


Автор: Tamagoch Aug 13 2008, 06:06

WCG переводит проект FAAH в режим однократного резервирования (single redundancy) - в конечном итоге это значит, что задания будут быстрее проходить валидацию, но также будут быстрее заканчиваться на сервере, поэтому желательно в своем профиле на сайте WCG сделать отметку:

Device Manager -> Device Profiles -> BOINC Device Profiles -> Имя профиля (Default, например) -> Включить опцию: If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project

это позволит получать задания от других проектов WCG, пока готовится новая очередь в этом

можно так же подключиться к другому проекту, который будет включаться на время отсутствия заданий для FAAH (тонкости настройки этого варианта еще сам изучаю blush2.gif )

Автор: drorion Aug 13 2008, 16:42

(Tamagoch @ Aug 13 2008, 07:06 AM) *

можно так же подключиться к другому проекту, который будет включаться на время отсутствия заданий для FAAH (тонкости настройки этого варианта еще сам изучаю blush2.gif )


Если получится - свисти.

Автор: Rilian Aug 14 2008, 11:26

На моей памяти ни разу задания для ФААХ не кончались.

А в ХЦЦ еще 160000000 заданий на очереди

Автор: Rilian Oct 24 2008, 12:41

Поподробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

Автор: Rilian Oct 27 2008, 14:26

QUOTE(cosmo_vk @ Oct 27 2008, 14:22) *

P.S. А давно в FightAIDS стал кворум 1, в начале лета было вроде 2?

Да, где-то летом оптимизировали. Тамагоч писал тремя сообщениями выше smile.gif.

Сейчас кворум держится на уровне 1.2 одного задания на компьютер (0.2 я так понимаю - учет ошибок)

Автор: cosmo_vk Oct 29 2008, 18:45

некоторые задания идут с кворумом 2:
Workunit Status

Project Name: FightAIDS@Home
Created: 25.10.08
Name: faah4534_002048_MC_xMut_md02220_00
Minimum Quorum: 2
Initial Replication: 2
А так скорость уже неплохую развил: больше 5000 в сутки выходит. smile.gif
Правда большую часть составляют задания FightAIDS@Home.

Автор: Rilian Dec 21 2008, 04:42

Добавил в шапку ссылку http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Автор: Rilian Dec 24 2008, 01:29

Видео посвященное Дню Борьбы со СПИДом и проекту FightAIDS@home


Watch a collection of voices across the globe talk about AIDS today – from researchers, to people who are HIV–positive, to the man on the street. Learn how your participation in World Community Grid's FightAIDS@Home project is helping scientists at Professor Arthur J. Olson's lab at the Scripps Research Institute to improve the lives of the 40 million people in the world today who are living with HIV. We have also put the video up on http://www.youtube.com/watch?v=PPc7gsZIk24 so you can easily embed it on your blog or social network page.

http://www.youtube.com/watch?v=PPc7gsZIk24

перевод гууглом:

Посмотрите подборку голосов со всего мира которые говорят о СПИДе сегодня - от исследователей для людей, которые являются ВИЧ-позитивными, к человеку на улице. Узнайте, как Ваше участие в мировом сообществе в проекте распределенных вычислений http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=911 поможет ученым в лаборатории профессора Артура Дж. Олсона на научно-исследовательском институте "Scripps Research Institute" улучшить жизни 40 миллионов человек в современном мире, которые живут с ВИЧ. Мы также залили видео на http://www.youtube.com/watch?v=PPc7gsZIk24, чтобы можно было легко вставить его на свой блог или страницу социальной сети.

Автор: Rilian Jan 13 2009, 21:09

С этого дня вю FightAIDS@home считаются по 6 часов (были по 8)

Автор: cosmo_vk Jan 14 2009, 09:45

так они ж по разному считаются.
У меня занимает от 4,5 до 7 часов на одну вушку.

Автор: Некто Jan 17 2009, 13:52

Members should start seeing the 6 hour work units as the first few batches have started sending out.

-Uplinger

Автор: Rilian Feb 11 2009, 23:38

QUOTE
The http://fightaidsathome.scripps.edu/status on the http://www.scripps.edu/e_index.html website was updated on 9 February 2009.

New experiments, numbered 25, 26 and 27 have been outlined. These will comprise WU batches faah5224-5709.
According to the updated info, we still have to crunch 49% of Experiment 22, which comprises WU batches faah4417-4622 and faah5018-5223, and which we're crunching now. The fact that we're currently running batches around faah5167 would suggest that we are more than 51% through this experiment, though.
Also outstanding are 5% of Experiment 23 and 2% of Experiment 21.


[quote]The http://fightaidsathome.scripps.edu/status на сайте http://www.scripps.edu/e_index.html был обновлен 9 февраля 2009.

Появилась информация о новых экспериментах, 25, 26 и 27, которые соответствуют будущим пачкам ВЮ faah5224-5709. Согласно обзору, все еще необходимо досчитать 49% эксперимента 22 (ВЮ faah4417-4622 и faah5018-5223). Сейчас сервер раздает ВЮ faah5167 поэтому можно предположить что 51% уже посчитан. Также осталось досчитать и перепроверить 5% эксперимента 23 и 2% эксперимента 21

Подробнее об экспериментах на английском: rtfm.gif

Experiment 27: 0% Completed

This experiment utilizes the same set of brand new crystal structures and new models of HIV protease that are being used in Experiments 25 and 26. See the description of Experiment 25 for the details about these new targets. In experiment 27, we are targeting the exo site on the sides of HIV protease.

This experiment incorporates a library of ligands that we have never used before. We recently downloaded and reformatted the "ChemBridge building blocks library" of ~ 12,000 models of compounds from "ZINC," (which stands for Zinc Is Not Commercial). See the paragraph below for a few details about ZINC. The library of "building blocks" from ChemBridge contains many small fragments that were derived from larger compounds. Using these small fragments, or building blocks, should help us cover a larger amount of structural diversity (i.e., of "chemical space") within each experiment. Thus, this library should help us find new hits in a more efficient way.

Kudos to ZINC! The virtual representations of the potential inhibitors that we use in all of these experiments are derived from the libraries of ligands that are freely distributed by "ZINC," (which stands for Zinc Is Not Commercial). ZINC is a free database provided by the Shoichet Laboratory in the Department of Pharmaceutical Chemistry at the University of California, San Francisco (UCSF). To learn more about ZINC, see Irwin, J. and Shoichet, B. J. Chem. Inf. Model. 2005; 45(1):177-82. We thank Dr. John Irwin and Prof. Brian Shoichet for creating and maintaining such a wonderfully useful and free site.

Experiment 26: 0% Completed

Similar to Experiment 25, this experiment also involves screening the NCI's "DTP library of moderately active compounds" against several brand new structures and new models of HIV protease. But in this experiment, we are docking the potential inhibitors against the active site, instead of the exo site. See the description of Experiment 25 for the details regarding the new structures and models that we are targeting.

Experiment 25: 0% Completed

This experiment involves screening the NCI's "DTP library of moderately active compounds" against the exo site of several brand new structures and new models of HIV-1b protease. (See the description of "Experiment 21" for more details about this DTP library.) This experiment targets the potential allosteric inhibitor site (i.e., the "exo site") on the sides of HIV protease. The new structures utilized in this experiment are based on brand new, currently unpublished x-ray crystallographic structures from our collaborator, Prof. David Stout.

The new models of HIV protease that are also included in this experiment were harvested from Molecular Dynamics simulations recently performed by Dr. Alex L. Perryman. We harvested the equilibrated structures from the beginnings of our new MD simulations on several different multi-drug-resistant mutants of HIV-1b protease (i.e., several different "super bugs" against which the current drugs no longer work well.) We also included models of HIV-1c protease ("1c" is the HIV subtype, or group of strains, that are most common in Asia) and HIV-2 protease ("HIV-2" is the predominant subtype in Africa). "HIV-1b" is the subtype of HIV most commonly found in the U.S. and in Europe. The current anti-AIDS drugs were all designed and optimized against HIV-1b, but the FightAIDS@Home project is devoted to trying to help all patients with HIV throughout the world.


-------------

от себя добавлю, что вообще информация о текущих статусах и результатах проекта обновляется почти каждый месяц, что свидетельствует о действительной важности этих экспериментов в попытках борьбы со СПИДом. Второй большой плюс - избыточность проекта составляет < 1.2, то есть практически проверяется каждая пятая ВЮ. Остальные ВЮ уникальны

Автор: nikelong Feb 13 2009, 15:57

http://www.boinc-af.org/content/view/580/287/

http://www.boinc-af.org/content/view/667/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Fightaidsathome

http://www.fightaidsathome.ru/pressa.htm

http://www.ibm.com/news/fr/fr/2005/11/cp1793.html

Автор: Rilian Sep 26 2009, 16:55

Получил изумрудную медаль за 1 год процессорного времени: IPB Image

Автор: tribal Sep 26 2009, 21:51

Rilian aristokrat.gif cool2.gif winner.gif ves001.gif

Автор: Abbath Sep 28 2009, 23:07

а.. вот оно что.. и у меня такая есть.. а я все думал куда дели золотую медаль, подсунув какую то муть зеленую )

Автор: Rilian Nov 4 2009, 09:41

03 Nov 2009 – FightAIDS@Home Project Update - Volume 8

http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAHvol8.pdf

Автор: Rilian Feb 9 2010, 03:19

Status update - http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Project Status, as of February 8, 2010

Experiment 31: 52% Completed

Experiment 31 involves screening the Otava library of approximately 335,000 "building blocks" against the "exo sites" on the side surfaces of HIV protease (i.e., the allosteric sites). This experiment will dock these fragments against the exo sites of 8 different targets, which include 5 carefully-selected snapshots from previous Molecular Dynamics simulations of the V82F/I84V multi-drug-resistant mutant "super bug." The other targets correspond to the two new fragment-bound crystal structures of HIV protease that were produced by our collaborator, Prof. C. David Stout at TSRI. We are targeting both sides of one of these two new targets, which is why we have "8 different targets." These two new structures from Prof. Stout were also targeted in Experiments 25-28 and 30.

This experiment involves faah8972 - faah11646.

These calculations began 12/07/2009.

Experiment 30: 100% Completed

Like Experiment 29, Experiment 30 also uses the "Asinex" library of over 360,000 different compounds in a virtual screen against HIV protease. But in this experiment, the Asinex compounds are being docked against the allosteric inhibitor site (that is, the "exo site" on the sides of HIV protease). In addition, this experiment targets two new fragment-bound crystal structures of protease that were produced by our collaborator, Prof. C. David Stout at TSRI. These two new structures from Prof. Stout were also targeted in Experiments 25-28.

This experiment involves faah8234 - faah8971.

These calculations began 10/05/2009 and ended 12/07/2009.


Experiment 29: 100% Completed

This experiment involves docking a huge library of compounds against the active site of six of our new models of HIV protease (which are a subset of the targets being used in Experiments 25-27). These six targets are the outputs of the equilibration phase of six different Molecular Dynamics simulations (hence the "mdEq" part of the work units' names). The six different types of HIV protease that we are docking compounds against in Exp. 29 include the "Model6Xapo," which is a drug-resistant "super bug" with 6 different mutations. Our collaborator, Prof. Dave Stout, figured out the structure of this 6X mutant. The "apo" part of the name indicates that this mutant protease molecule did not have a substrate or drug present when its structure was solved. This Model6Xapo has semi-open flaps (that is, the two double-arrows that point towards the center of the molecule and form a roof over the active site have opened up). We've been working with the IBM members of the FAAH team to update the graphics on your screen-savers. We've sent them new graphics to use, and they've already started testing them. Soon, you will be able to see exactly what we mean when we say "semi-open flaps."

Another new model that is being targeted in Exp. 29 is the wild type HIV protease from 1HHP.pdb. We consider this model to be interesting, because the flaps were fairly open, but then they closed again. But this time, they closed down in the opposite arrangement/they "switched handedness" (that is, the flap that is normally in the front is now in the back). Having this different conformation of the flaps might allow us to fish out new types of interesting compounds for subsequent examination in the "test tube."

We included models of a multi-drug-resistant "super bug" with mutations at V82F/I84V and another "super bug" with mutations at I62V/V82A/I84V/L90M.

We are targeting a model of the protease molecule from "HIV-1c," as well. HIV-1c is the subtype, or group of strains, that is most commonly found in Asia. We are also targeting a model of "HIV-2" protease with semi-open flaps. HIV2 is the group of strains that are most commonly found in Africa. The current anti-AIDS drugs were developed and optimized against "HIV-1b," which is the subtype most commonly found in Europe and the USA. But some of these anti-HIV protease drugs do not work as well against even the wild type strains that are found in other regions (let alone their "super bugs"). Since we are not controlled by the desire to make profit, we are devoting some of our research efforts to the groups of HIV strains that affect the often-neglected patients in Africa and Asia. In addition, studying these versions of HIV protease can also help us learn how to defeat the "super bugs" we find here in the USA.

This experiment is the first one in which we are using the "Asinex" library of over 360,000 different compounds in our virtual screens against HIV protease.

This experiment involves faah6022-faah8233.

These calculations began 4/23/2009 and ended 10/20/2009.

Experiment 28: 100% Completed

This experiment utilizes the same set of brand new crystal structures and new models of HIV protease that are being used in Experiments 25-27. See the description of Experiment 25 for the details about these new targets. In experiment 28, we are AutoDocking these compounds against the active site of different variants of HIV protease.

This experiment incorporates a library of ligands that we just started using: the ChemBridge building blocks library. The library of "building blocks" from ChemBridge contains many small fragments that were derived from larger compounds. Using these small fragments, or building blocks, should help us cover a larger amount of structural diversity (i.e., of "chemical space") within each experiment. Thus, this library should help us find new hits in a more efficient way.

This experiment involves faah5710-6021.

These calculations began 4/05/2009 and finished 4/24/2009.

Автор: Rilian Mar 8 2010, 18:43

Ученые выяснили, что вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), избегает уничтожения и выведения из организма человека, так как имеет возможность инфицировать клетки костного мозга.

Именно в них вирус "пережидает" воздействие лекарств, что может быть использовано для разработки новых методик лечения СПИДа, сообщается в статье исследователей, опубликованной в он-лайн выпуске журнала Nature Medicine.

Открытие ученых позволило впервые объяснить многолетние неудачи медиков, разрабатывающих лекарства для уничтожения и выведения вируса из организма человека.

Несмотря на большой прогресс в этой области, и разработку лекарств, после применения которых вирус в крови зараженного человека обнаружить не удается даже с помощью самых чувствительных методик, спустя некоторое время после прекращения употребления лекарства он снова оказывается в крови.

Подробнее на МЕМБРАНе - http://www.membrana.ru/lenta/?10175

Автор: Rilian Mar 17 2010, 23:04

Обновлен статус проекта (http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28717)!

Experiment 31: 77% Completed

Experiment 31 involves screening the Otava library of approximately 335,000 "building blocks" against the "exo sites" on the side surfaces of HIV protease (i.e., the allosteric sites). This experiment will dock these fragments against the exo sites of 8 different targets, which include 5 carefully-selected snapshots from previous Molecular Dynamics simulations of the V82F/I84V multi-drug-resistant mutant "super bug." The other targets correspond to the two new fragment-bound crystal structures of HIV protease that were produced by our collaborator, Prof. C. David Stout at TSRI. We are targeting both sides of one of these two new targets, which is why we have "8 different targets." These two new structures from Prof. Stout were also targeted in Experiments 25-28 and 30.

This experiment involves faah8972 - faah11646.

These calculations began 12/07/2009.

Автор: Rilian Mar 29 2010, 12:35

Обновлен статус проекта и описание следующего эксперимента

Project Status, as of March 16, 2010

Experiment 32: 0% Completed

Experiment 32 involves screening the Otava library of approximately 335,000 "building blocks" (i.e., fragments) against the active site of 7 different versions of HIV protease. All but one of these target conformations were generated by Dr. Alex L. Perryman's Molecular Dynamics (MD) simulations of 5 different variants of HIV protease. These 7 targets include 2 snapshots of the V82F/I84V mutant from ALP's 2004 paper in Protein Science. These 2 snapshots of a multi-drug-resistant "superbug" have semi-open conformations of the flaps, which makes these models good targets for the "eye site" that is located between the tip of a semi-open flap and the top of the wall of the active site. The 3rd target is the equilibration MD (EqMD) output for 1HSI.pdb, which is a semi-open conformation of HIV-2 protease. HIV-2 is the group of strains of HIV that are most common in Africa. We'll be targeting the "eye site" of 1HSI, as well. The 4th target is the EqMD output from 1MSN.pdb, which was created using a different crystal structure of the V82F/I84V superbug. This model has a closed conformation of the flaps, which means that we'll be targeting the floor of the active site. The 5th target also has a closed conformation of the flaps, but this EqMD output is from 2R5P.pdb, which is the wild type HIV-1c protease. HIV-1c is the group of strains of HIV that are most commonly found in Asia. The 6th target has semi-open flaps, and it is the EqMD output from 1TW7.pdb, which is a superbug with the mutations L10I/D25N/M36V/M46L/I54V/I62V/L63P/A71V/V82A/I84V/L90M. We'll be targeting the eye site of this superbug, too.

The 7th target is a crystal structure of the wild type HIV protease with 5-nitroindole bound in the eye site. This new crystal structure from Prof. C. David Stout's lab was presented in the Supporting Information for our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). This new research article of ours was recently discussed in a http://www.sciencedaily.com/releases/2010/02/100203172849.htm rtfm.gif and in a http://www.kpbs.org/news/2010/feb/04/discovery-may-lead-new-class-aids-drugs/ rtfm.gif . I deleted the 5-nitroindole fragment from this structure before generating the AutoDock input file for this target. We'll be screening new fragments against this crystal structure's eye site, as well.

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do is located at http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do. You can search the PDB using the 4 character codes listed above (i.e., before the .pdb suffix) to learn more about each of these targets.

This experiment involves faah11647 - faah13,984.

Автор: Rilian Mar 29 2010, 21:51

Hi Rickjb and fellow crunchers,

I always focus on keeping the queue full first, and then I take the time to update the experiment descriptions and % completion statistics on the Status page:
http://fightaidsathome.scripps.edu/status


Don't worry, we'll have no problems keeping the new jobs coming your way. I'm now preparing novel types of experiments, which will involve targeting our new dynamic models of HIV integrase. The new "eye candy" at the bottom of the Status page shows you a dynamic ensemble of our new models of the G140S/Q148H drug-resistant mutant of HIV integrase. It's one of the superbugs that we'll start screening against fairly soon. See: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20096702 for a description of these targets.

Experiment 33 will most likely be our first FAAH experiment devoted to the HIV integrase system. We'll be searching for totally new classes of integrase inhibitors, as a way of advancing the design of new drugs that should work against the drug-resistant mutants of HIV integrase that are already appearing in the clinics.

Thank you all very much for your help,
Alex L. Perryman, Ph.D.

Автор: Rilian Apr 2 2010, 00:18

Experiment 32 начался (подробнее смотреть выше)

Автор: Rilian Apr 9 2010, 22:49

к нам, кранчерам, это не относится, но если кто хочет получить файлы результатов докинга FightAIDS@home, обращайтесь:

QUOTE
Hi Everybody,

Throughout the last few years, we have been asked several times about whether we share these results, or whether we hide the data and keep it secret. As a result, a couple months ago we posted the details of our data sharing policy on the FAAH homepage and on the FAAH Status page:

http://fightaidsathome.scripps.edu/
and
http://fightaidsathome.scripps.edu/status

At the bottom of each of the above pages, you can find the following description (in larger font size than the rest of the text):

"Results of these FightAIDS@Home experiments are available to the public as raw, unprocessed AutoDock dlg files upon request. E-mail Dr. Alex L. Perryman at _______ for further information [follow the links above to find my address]. Please include the phrase "FAAH data" in the subject line of your e-mail. Since the amount of data is on the order of many terabytes, you will need to provide suitable media (such as external hard drives) for receiving a copy of these results."


I just wanted to let you all know that when someone actually asks for a copy of the results of particular FAAH experiments, we share the data.

Best wishes,
Alex L. Perryman, Ph.D.


Вот еще выложили какую-то новую картинку

PS--I also added some new eye candy to the bottom of the Status page. I created this image of our new models of the G140S/Q148H drug-resistant mutant of HIV integrase using the free software PMV (Python Molecular Viewer), which is created, developed, and distributed by the Olson lab at TSRI.

IPB Image
Image above of an ensemble of target conformations of the G140S/Q148H drug-resistant mutant of HIV integrase was created by Alex Perryman.

Автор: Rilian Apr 22 2010, 11:46

Experiment 32: 4% Completed

---

6e047365df22.gif

Experiment 33: 0% Completed

Experiment 33 is our first FightAIDS@Home experiment that targets the HIV integrase system. While we are busy analyzing and extending the previous experiments you helped us perform against HIV protease, FAAH will now start screening compounds against the http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20096702. An image of an ensemble of conformations (shapes) of the G140S/Q148H mutant is shown at the bottom of this page.

Experiment 33 involves screening the "Asinex library" of over 360,000 different fragments and slightly larger compounds against our new dynamic models of the E92Q/N155H drug-resistant mutant of HIV-1 integrase. We are trying to identify compounds that can attach to brand new binding sites on this mutant. Thus, we are both searching for new types of inhibitors and for new, non-active site regions to which inhibitors can bind. We are screening these compounds against 6 different snapshots of this mutant that had the most open conformations of the "140s loop" near the active site. This loop is known to be critical to the catalytic function of integrase. This 140s loop is located in the top, left corner of the image at the bottom of this page. Since the 140s loop likely has a closed conformation during catalysis, we are searching for fragments that can stabilize the open, likely inactive conformations of the 140s loop. In other words, we are searching for fragments that might act as allosteric inhibitors (flexibility wedges that alter the shapes and motions sampled by this very flexible loop). The best compounds from this virtual screen will be assessed in test tubes, in assays performed by our collaborator Dr. Ying-Chuan Lin in Prof. John Elder's lab at TSRI.


This experiment involves faah13,985 - faah16,198.

Автор: Rilian Apr 23 2010, 00:48

Alex L. Perryman о будущих исследованиях FAAH - англ, много букв

по поводу Prototype Foamy Virus integrase

CODE
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28346_lastpage,yes#277234


про HIV Vpu (viral protein U)
CODE
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,28717_lastpage,yes#277230


про banana lectin (лектин из бананов)
CODE
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,5510_lastpage,yes#277242

Автор: Rilian May 18 2010, 23:14

эксперимент 33 начался, а 32й уже посчитан на 27%

QUOTE
Greetings,

We will be starting experiment 33 soon. These batches start with 13985. At the request from the researchers we will be running these before finishing experiment 32. So you will see a jump from batch 12900 to 13984.

Thanks,
-Uplinger

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,29083_lastpage,yes

Автор: Rilian May 19 2010, 21:57

Yes, the rest of Experiment 32 will be postponed until Exp. 33 has finished. Since input files don't really have a shelf-life, we'll just resume Exp. 32 later. Since all the work units are conveniently numbered, this type of thing is easy to implement and keep track of.

We want to bump Exp. 33 to a higher priority in the FAAH queue, because we have not yet performed any virtual screens against our new models of HIV integrase. We have many new results against HIV protease that need to be evaluated in test tubes (which I'll discuss in the next volume of the FAAH Newsletter in June), and we have several more virtual screens against HIV protease that still need to be analyzed. Thus, while we're analyzing and testing the previous screens against HIV protease, we're going to start extending the scope of these FAAH experiments by performing this new type of screen against HIV integrase in Exp. 33. Performing these screens against HIV integrase is a huge milestone for FightAIDS@Home. We want to start searching for these potential new classes of integrase inhibitors as soon as possible.

Thank you all very much for your help,
Alex Perryman, Ph.D.

CODE
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,29083#280148

Автор: Rilian Jun 11 2010, 10:32

Experiment 32: 54% Completed

Experiment 33: 3% Completed

Experiment 33 is our first FightAIDS@Home experiment that targets the HIV integrase system. rtfm.gif thumbsup.gif ph34r2.gif

Автор: Rilian Aug 1 2010, 02:59

9 выпуск новостной рассылки

http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAH_vol9.pdf

QUOTE
Hi Everybody,

I just posted Volume 9 of the FightAIDS@Home Newsletter to:

http://fightaidsathome.scripps.edu


Cheers,
Alex L. Perryman, Ph.D.



Автор: corsar83 Aug 19 2010, 19:02

Project Status, as of August 18, 2010

Experiment 33: 76% Completed

Чуток осталось amo006.gif

Автор: corsar83 Sep 2 2010, 18:14

Хоть на сайте у них ещё не обновилось, но судя по заданиям exp33 наверно закончился. Идут задания с недоделаного 32го. awesome.png

Автор: Ukrkeeper Sep 2 2010, 20:02

shuffle.gif сделаю ка я себе бронзу тут smile.gif

Автор: corsar83 Sep 2 2010, 21:28

(Ukrkeeper @ Sep 2 2010, 21:02) *

shuffle.gif сделаю ка я себе бронзу тут smile.gif


Давай уже золото лучше koc.gif awesome.png

Автор: Rilian Sep 5 2010, 14:02

Хмм! А с каких пор в проекте кворум = 1 (то есть считается без избыточности) ? awesome.png punk.gif

Автор: Ukrkeeper Sep 6 2010, 09:15

бронза aristokrat.gif

Автор: Tamagoch Sep 6 2010, 18:37

(Rilian @ Sep 5 2010, 15:02) *
Хмм! А с каких пор в проекте кворум = 1 (то есть считается без избыточности) ? awesome.png punk.gif

да вроде об этом года три назад говорилось, а я потом забил на FAH и не помню чем кончилось... или началось smile.gif

Автор: Rilian Sep 8 2010, 12:16

ВИЧ 3D (добавил в шапку)

http://habrahabr.ru/blogs/i_am_advertising/103774/

Автор: Rilian Sep 21 2010, 21:21

Project Status, as of September 8, 2010

Experiment 33: 93% Completed. Experiment 33 is our first FightAIDS@Home experiment that targets the HIV integrase system.

Experiment 32: 54% Completed

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Автор: corsar83 Oct 12 2010, 10:08

Project Status, as of October 11, 2010

Experiment 32: 73% Completed

Experiment 33: 99% Completed

Experiment 34: 0% Completed

Experiment 34 is our second FightAIDS@Home experiment that targets the HIV integrase system

Experiment 34 is our second FightAIDS@Home experiment that targets the HIV integrase system. See the description and the link listed under Experiment 33.

Experiment 34 involves screening the "full National Cancer Institute's (NCI) library" of over 315,000 different compounds against our new dynamic models of the wild type, the G140S/Q148H drug-resistant mutant, and the E92Q/N155H drug-resistant mutant of HIV-1 integrase. We are trying to discover compounds that can bind to and inhibit the active site of the wild type and these two drug-resistant mutants. Since these models all have two magnesium ions in the active site, we are searching for compounds that can inhibit HIV integrase's "strand transfer reaction," which is what the fairly new drug raltegravir (Isentress) does.

We are screening the NCI library of compounds against 4 different snapshots (that is, conformations or 3-D shapes) of HIV integrase: a) the conformation of wild type HIV integrase against which raltegravir docked the best (in the results published in our paper in the Journal of Molecular Biology, March 26, 2010), b) the snapshot of the G140S/Q148H drug-resistant mutant against which raltegravir docked the best in our previous studies, c) the most representative (that is, the most frequently observed) conformation of the E92Q/N155H drug-resistant mutant (according to the results of the QR Factorization method in VMD), and d) the 2nd most representative conformation of the E92Q/N155H drug-resistant mutant of HIV integrase's catalytic core domain.

The best compounds from this virtual screen will be assessed in test tubes, in "strand transfer" assays being developed by our collaborator Dr. Ying-Chuan Lin in Prof. John Elder's lab at TSRI.

This experiment involves faah16,199 - faah17,146.

These calculations will begin in October of 2010.

Автор: Rilian Nov 18 2010, 14:05

Experiment 34: 15% Completed

Experiment 35: 0% Completed

Experiment 35 involves screening the full NCI library of ~ 316,000 compounds against the active site of 8 different versions of HIV protease. Thus, this experiment is similar to Exp. 32, but a different library of compounds is being screened, and one new target has been added. All but two of these target conformations were generated by Dr. Alex L. Perryman's Molecular Dynamics (MD) simulations of 5 different variants of HIV protease. These 8 targets include 2 snapshots of the V82F/I84V mutant from ALP's 2004 paper in Protein Science. These 2 snapshots of a multi-drug-resistant "superbug" have semi-open conformations of the flaps, which makes these models good targets for the "eye site" that is located between the tip of a semi-open flap and the top of the wall of the active site. The 3rd target is the equilibration MD (EqMD) output for 1HSI.pdb, which is a semi-open conformation of HIV-2 protease. HIV-2 is the group of strains of HIV that are most common in Africa. We'll be targeting the "eye site" of 1HSI, as well. The 4th target is the EqMD output from 1MSN.pdb, which was created using a different crystal structure of the V82F/I84V superbug. This model has a closed conformation of the flaps, which means that we'll be targeting the floor of the active site. The 5th target also has a closed conformation of the flaps, but this EqMD output is from 2R5P.pdb, which is the wild type HIV-1c protease. HIV-1c is the group of strains of HIV that are most commonly found in Asia. The 6th target has semi-open flaps, and it is the EqMD output from 1TW7.pdb, which is a superbug with the mutations L10I/D25N/M36V/M46L/I54V/I62V/L63P/A71V/V82A/I84V/L90M. We'll be targeting the eye site of this superbug, too.

The 7th target is a crystal structure of the wild type HIV protease with 5-nitroindole bound in the eye site. This new crystal structure from Prof. C. David Stout's lab was presented in the Supporting Information for our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). This new research article of ours was recently discussed in a press release on Science Daily and in a news story on KPBS-FM. This paper was recently listed as one of the "most read papers" from Chemical Biology and Drug Design this year! I deleted the 5-nitroindole fragment from this structure before generating the AutoDock input file for this target. We'll be screening new fragments against this crystal structure's eye site, as well.

The 8th target has never been used on FightAIDS@Home before. It is a brand new crystal structure from Assoc. Prof. C. David Stout's lab of the chimeric "FIV 6s98S" protease, which was developed by our collaborators Ying-Chuan Lin, Prof. Bruce E. Torbett, and Prof. John H. Elder. A paper on this new crystal structure of FIV 6s98S protease is currently being peer-reviewed. This protease enzyme is "chimeric," because it contains 5 residues from HIV protease that were substituted into the corresponding positions in FIV protease. The 6th residue was also substituted from HIV protease, but it changed into a different residue during serial passage experiments (i.e., during directed evolution studies performed with the presence of different HIV protease drugs). This 6s98S FIV protease has HIV-like drug sensitivity profiles and is a new model system for multi-drug-resistant HIV protease.


This experiment involves faah17,565 - faah20,092.

These calculations will begin in November or December of 2010.

Автор: Rilian Dec 10 2010, 23:49

Project Status, as of December 9, 2010

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Experiment 35: 0% Completed

Experiment 35 involves screening the full NCI library of ~ 316,000 compounds against the active site of 8 different versions of HIV protease. Thus, this experiment is similar to Exp. 32, but a different library of compounds is being screened, and one new target has been added. All but two of these target conformations were generated by Dr. Alex L. Perryman's Molecular Dynamics (MD) simulations of 5 different variants of HIV protease. These 8 targets include 2 snapshots of the V82F/I84V mutant from ALP's 2004 paper in Protein Science. These 2 snapshots of a multi-drug-resistant "superbug" have semi-open conformations of the flaps, which makes these models good targets for the "eye site" that is located between the tip of a semi-open flap and the top of the wall of the active site. The 3rd target is the equilibration MD (EqMD) output for 1HSI.pdb, which is a semi-open conformation of HIV-2 protease. HIV-2 is the group of strains of HIV that are most common in Africa. We'll be targeting the "eye site" of 1HSI, as well. The 4th target is the EqMD output from 1MSN.pdb, which was created using a different crystal structure of the V82F/I84V superbug. This model has a closed conformation of the flaps, which means that we'll be targeting the floor of the active site. The 5th target also has a closed conformation of the flaps, but this EqMD output is from 2R5P.pdb, which is the wild type HIV-1c protease. HIV-1c is the group of strains of HIV that are most commonly found in Asia. The 6th target has semi-open flaps, and it is the EqMD output from 1TW7.pdb, which is a superbug with the mutations L10I/D25N/M36V/M46L/I54V/I62V/L63P/A71V/V82A/I84V/L90M. We'll be targeting the eye site of this superbug, too.

The 7th target is a crystal structure of the wild type HIV protease with 5-nitroindole bound in the eye site. This new crystal structure from Prof. C. David Stout's lab was presented in the Supporting Information for our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). This new research article of ours was recently discussed in a press release on Science Daily and in a news story on KPBS-FM. This paper was recently listed as one of the "most read papers" from Chemical Biology and Drug Design this year! I deleted the 5-nitroindole fragment from this structure before generating the AutoDock input file for this target. We'll be screening new fragments against this crystal structure's eye site, as well.

The 8th target has never been used on FightAIDS@Home before. It is a brand new crystal structure from Assoc. Prof. C. David Stout's lab of the chimeric "FIV 6s98S" protease, which was developed by our collaborators Ying-Chuan Lin, Prof. Bruce E. Torbett, and Prof. John H. Elder. A paper on this new crystal structure of FIV 6s98S protease is currently being peer-reviewed. This protease enzyme is "chimeric," because it contains 5 residues from HIV protease that were substituted into the corresponding positions in FIV protease. The 6th residue was also substituted from HIV protease, but it changed into a different residue during serial passage experiments (i.e., during directed evolution studies performed with the presence of different HIV protease drugs). This 6s98S FIV protease has HIV-like drug sensitivity profiles and is a new model system for multi-drug-resistant HIV protease.


This experiment involves faah17,565 - faah20,092.

These calculations began 11/26/2010.

Experiment 34: 83% Completed

Автор: corsar83 Jan 21 2011, 10:45

Project Status, as of January 17, 2011

Experiment 35: 28% Completed
This experiment involves faah17,565 - faah20,092. These calculations began 11/26/2010.


Experiment 34: 100% Completed

Автор: corsar83 Feb 25 2011, 14:39

Project Status, as of February 11, 2011

Experiment 35: 46% Completed

Автор: corsar83 Mar 10 2011, 11:30

Project Status, as of March 9, 2011

Experiment 35: 63% Completed

Автор: corsar83 Apr 6 2011, 09:26

Project Status, as of April 5, 2011

Experiment 35: 86% Completed

Experiment 36: 0% Completed

This experiment involves faah20,093 - faah22,620. These calculations will begin soon.

Автор: Rilian Apr 7 2011, 08:52

Project Status, as of April 5, 2011

Experiment 36: 0% Completed

Experiment 36 involves screening the full NCI library of ~ 316,000 compounds against the two allosteric sites on the surface of HIV protease. This experiment is similar to Exp. 31, but a different library of compounds is being screened, and in this experiment we are only docking compounds against the two allosteric-fragment-bound crystal structures from our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010).

In addition, in this experiment we are investigating four slightly different docking protocols, to both advance the methods we use for drug discovery and to increase our probability of finding new "hits" against HIV protease. Since two different allosteric-fragment-induced structures are being used with four slightly different protocols, this experiment is composed of 8 parts, as follows:

1a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 1f1 allosteric site, the 4d9 allosteric site (in the non-induced conformation = a decoy site), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of generations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of generations as they explore the target).
1b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 4d9 allosteric site, the 1f1 allosteric site (in the non-induced conformation = a decoy site), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of generations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of generations as they explore the target).

2a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 1f1 allosteric site, the 4d9 allosteric site (in the non-induced conformation), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).
2b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 4d9 allosteric site, the 1f1 allosteric site (in the non-induced conformation), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).

3a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 1f1 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).
3b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 4d9 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).

4a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 1f1 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of generations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of generations as they explore the target).
4b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 4d9 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of generations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of generations as they explore the target).


This experiment involves faah20,093 - faah22,620.


Автор: Rilian May 11 2011, 17:53

В пятницу, 13 мая, на Михайловской площади состоится акция Имена, посвященная Всемирному дню памяти людей, умерших от СПИДа, сообщили Корреспондент.net в фонде Елены Пинчук АНТИСПИД.

Во время акции территория площади будет покрыта мемориальным полотном (квилтом), общей площадью больше 300 м², собственноручно созданным ВИЧ-инфицированными людьми из всех областей Украины. "На этом полотне будут вышиты тысячи имен украинцев, которые умерли от СПИДа. Этот квилт - символ скорби и большой трагедии последствий эпидемии СПИДа, которая забрала жизнь почти 21 000 украинцев", - сообщили в АНТИСПИД.

Всего акции, посвященные Всемирному дню памяти людей, умерших от СПИДа состоятся в 42 городах Украины. Каждый город представит свой квилт и вспомнит тех, чьи жизни унесла эпидемия ВИЧ/СПИДа.

В акции примут участие известные украинцы, среди которых: Лилия Подкопаева, Валид Арфуш, Игорь Слисаренко, Григорий Чапкис, Денис Силантьев, Маричка Падалко, Василий Бондарчук, Lilu, Ирена Карпа и другие.

В 11.30 начнется зачитывание имен людей, чьи жизни унесла эпидемия СПИДа. На протяжении часа известные украинцы без остановки будут зачитывать имена с трибуны на площади.

Ежегодно в каждое третье воскресенье мая отмечается Всемирный день памяти людей, умерших от СПИДа. За 24 года существования эпидемии ВИЧ / СПИДа в Украине почти 21 тысяча молодых украинцев умерла от этой болезни. Каждый день от СПИДа умирает восемь человек.

Международное движение Имена было основано в 1987 году в США. Активист Клив Джонс для того чтобы выразить боль утраты и возмущение бездействием властей, сшил полотно (квилт) в память о друге, который умер от СПИДа. Его скорбь была столь велика, что он ежедневно укрывался этим одеялом, которое напоминало ему о близком человеке. Сегодня эта инициатива распространилась по всему миру. Международный СПИД-мемориал квилт, насчитывающий 5683 секции памятных полотен, на которых можно увидеть 82 тысячи имен людей, умерших от СПИДа, стал главным символом движения Имена.

"Многоцветная мозаика Квилт лучше любых слов доказывает, что СПИД может коснуться каждого, в независимости от возраста, пола, национальности и образа жизни", - сообщили Корреспондент.net во Всеукраинской сети людней, живущих с ВИЧ.

Автор: Rilian May 12 2011, 10:38

Американские ученые из Орегонского института вакцинной и генной терапии создали экспериментальную вакцину, которая впервые дала возможность полностью очистить кровь подопытных обезьян от вируса, вызывающего заболевание, сходное со СПИДом, сообщает научный журнал Nature.

Создатели вакцины полагают, что испытания аналога этой вакцины с участием людей могут начаться через три года.

Ученые привили созданную ими вакцину 24 здоровым макакам-резусам, которых затем заразили вирусом иммунодефицита обезьян. Ученые считают, что именно от него произошел вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), вызывающий СПИД.

В результате действия вакцины у 13 обезьян размножение вируса было остановлено, так что даже самые чувствительные тесты не смогли обнаружить его в крови. У 12 обезьян защитный эффект сохранился спустя год после того, как они были привиты. "Мы считаем, что вакцина даст возможность держать вирус под полным контролем или вообще очиститься от него", - заявил руководитель исследования, профессор Луис Пикер.

Также ученый отметил, что следующим шагом станет испытания вакцины на людях. По его оценкам, испытания на людях можно будет начать через три года.

Основой новой вакцины стал широко распространенный вид вируса - цитомегаловирус. При помощи генной инженерии он был изменен таким образом, что стал вырабатывать так называемые Е-клетки памяти, которые побуждают иммунную систему уничтожать вирус иммунодефицита. Поскольку цитомегаловирус, попав в организм человека, остается в нем навсегда, действие вакцины, как надеются ученые, будет постоянным.

Автор: corsar83 May 16 2011, 09:58

Project Status, as of May 11, 2011

Experiment 35: 100% Completed

Experiment 36: 19% Completed

Автор: Rilian Jun 6 2011, 11:29

Президент Украины Виктор Янукович проигнорирует Генассамблею ООН по СПИДу, которая начинается 8 июня в Нью-Йорке, сообщает Deutsche Welle.

В этом году ООН выдвигает новую программы максимум для мировой общественности в борьбе со СПИДом: "Ноль новых случаев инфицирования ВИЧ, ноль смертей, связанных со СПИДом, и ноль дискриминации".

Эта амбициозная цель будет записана в новой декларации ООН, которую в Нью-Йорке планирует принять Генассамблея.
Однако, как отмечает издание, Украине еще далеко до таких показателей. В Украине 1% населения болеет СПИДом.

По данным международных организаций, ежедневно в Украине 87 человек инфицируется ВИЧ и около 50 умирает от заболеваний, вызванных ВИЧ. "33 страны мира, включая африканские, где эпидемия гораздо серьезнее, достигли того, чтобы новых случаев инфицирования стало на 25% меньше. Тем временем в Украине мы все еще наблюдает рост инфицирования", - констатирует координатор UNAIDS в Украине Ани Шакаришвили.

Автор: corsar83 Jun 11 2011, 18:11

Project Status, as of June 7, 2011
Experiment 36: 78% Completed
Experiment 37: 0% Completed


This experiment involves faah22,630 - faah25,671.

These calculations will begin soon.


Автор: Rilian Jul 15 2011, 18:22

Таблетки от СПИДа

Крупномасштабные клинические исследования в экваториальной Африке впервые http://ria.ru/science/20110714/401630674.html, что ежедневный прием определенных лекарств способен предотвратить заражение вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) при гетеросексуальных контактах.

Исследования проводились в Кении, Уганде и Ботсване Центром контроля и профилактики заболеваний США, а также университетом штата Вашингтон. В результате оказалось, что риск заражения ВИЧ значительно снижался при ежедневном приеме комбинации двух антиретровирусных препаратов - эмтрицитабина и тенофовира (FTC-TDF).

Вместе с тем ученые отмечают, что применение этого метода профилактики ВИЧ может выработать у вируса устойчивость к лекарствам, могут появиться вирусы-мутанты, которые найдут обходные пути. koc.gif

Автор: Rilian Jul 19 2011, 09:42

IPB Image
А.Д.Пыжова. Возникновение СПИДа.

Автор: corsar83 Jul 25 2011, 10:41

Project Status, as of July 21, 2011

Experiment 36: 100% Completed

Experiment 37: 12% Completed
This experiment involves faah22,630 - faah26,178.

Автор: corsar83 Aug 13 2011, 20:11

Project Status, as of August 10, 2011

Experiment 37: 23% Completed

Автор: Rilian Oct 25 2011, 07:58

новости!

QUOTE
Hi Everybody,

I just posted Volume 10 of the FightAIDS@Home Newsletter. See the top of:
http://fightaidsathome.scripps.edu

This volume presents some exciting news about promising new compounds we have discovered on FightAIDS@Home, and it contains plenty of eye candy that I created for you.


I also just updated the statistics on the Status page, see:
http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Thank you very much for your continued support,
Alex L. Perryman, Ph.D.


10 выпуск новостей - http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAHvol10.pdf -- содержит захватывающие новости о новых компонентах найденных в FightAIDS@home, а также графику!

Обновлена статистика

Project Status, as of October 21, 2011

Experiment 37: 64% Completed


Experiment 37 involves screening the newly-updated version of the Asinex library of 360,00 compounds. 507,000 different models are used to represent these 360,000 compounds (due to the need to represent different protonation states and different tautomers that some of these compounds can form in solution). These compounds are being screened against the active site and the "eye site" of 6 different crystal structures of HIV protease. When the flaps have a semi-open conformation, then we can target both the "eye site" and the floor of the active site. But when the flaps have a closed conformation, the "eye site" is no longer accessible (which means that we will only target the traditional active site, which is where the current HIV protease drugs bind).

The 1st target is the crystal structure of the wild type HIV protease with 5-nitroindole bound in the eye site. This new crystal structure from Prof. C. David Stout's lab was presented in the Supporting Information for our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). Since this crystallographic structure has semi-open flaps, we are screening these compounds against both the eye site and the active site of this target.

The 2nd target is the semi-open crystal structure of wild type HIV-1b protease from 1HHP.pdb. This crystal structure has been used in previous virtual screens that were performed by Prof. Heather Carlson's group, in which they did find a novel inhibitor of HIV protease activity. Thus, this particular crystal structure has already been proven to be useful for virtual screens that target the "eye site." The idea of targeting this eye site was first proposed by Prof. Heather Carlson's group. But in this experiment, we are screening different compounds against this crystal structure than the compounds that were used in previous screens against 1HHP.pdb.

The 3rd target has only been used in one previous FightAIDS@Home experiment (i.e., Experiment 35). It is a brand new crystal structure from Assoc. Prof. C. David Stout's lab of the chimeric "FIV 6s98S" protease, which was developed by our collaborators Ying-Chuan Lin, Prof. Bruce E. Torbett, and Prof. John H. Elder, and which has a closed conformation of the flaps. A paper on this new crystal structure of FIV 6s98S protease was recently accepted for publication in Acta Crystallographica and can be found at the above link. This protease enzyme is "chimeric," because it contains 5 residues from HIV protease that were substituted into the corresponding positions in FIV protease. The 6th residue was also substituted from HIV protease, but it changed into a different residue during serial passage experiments (i.e., during directed evolution studies). This 6s98S FIV protease has HIV-like drug sensitivity profiles and is a new model system for multi-drug-resistant HIV protease.

The 4th target is the crystal structure of wild type HIV-1b protease bound to the drug darunavir. This crystal structure from 2IEN.pdb has a closed conformation of the flaps. Whenever we target a crystal structure of HIV protease that has a compound bound to it, we delete that ligand before we prepare the model of the target for these docking studies (so that a new compound might be able to bind in its place).

The 5th target is the crystal structure of wild type HIV-1b protease bound to the compound TL-3 and to the allosteric fragment "4d9". This crystal structure, which has closed flaps, was also from the 2010 Chemical Biology & Drug Design paper cited above.

The 6th target is the crystal structure of the V82F/I84V multi-drug-resistant mutant (or "superbug") of HIV protease from 1MSN.pdb, which has closed flaps. The model of this target has one protonated aspartic acid 25 (i.e., one of the two catalytic residues), which should cause us to fish out slightly different types of ligands.

The 7th target is another version of the semi-open crystal structure of wild type HIV-1b protease from 1HHP.pdb. That is, this is the same molecule as the 2nd target in this experiment, but this time the model has one protonated aspartic acid 25.


This experiment involves faah22,630 - faah26,178.

These calculations began 5/12/2011.

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,31918

Автор: Rilian Nov 2 2011, 13:53

FightAIDS@Home Project Update - Volume 10

http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAHvol10.pdf

Автор: Rilian Dec 1 2011, 11:36

Сегодня, 1 декабря отмечается Всемирный день борьбы со СПИдом.

предлагаю посчитать дополнительно 1 день этот проект

Автор: Rilian Dec 1 2011, 13:37

смотрим вебкаст в 22 часа по киеву

Dear rilian,

World AIDS Day was created over 20 years ago to help raise awareness about HIV/AIDS, and the millions of people suffering with this deadly disease.

On this World AIDS Day, December 1, 2011, you're invited to participate in a live webcast to hear an overview and update on World Community Grid's FightAIDS@Home project. The event will be hosted by Dr. Alex Perryman from The Scripps Research Institute.

Since 2005, World Community Grid has had the great opportunity to support the pioneering research underway at The Scripps Research Institute to advance the discovery of drugs which have the potential to inhibit HIV, the virus that causes AIDS.

This is the "FightAIDS@Home" project that many of you run every day on your laptops and PCs for World Community Grid, helping us make progress with the search for drugs that can disable a key step in HIV's life cycle.

The webcast will take place on December 1, 2011, starting promptly at 3:00PM Eastern Time (USA), which is 20:00 Coordinated Universal Time. Please join a few minutes early so that you're sure not to miss anything.

Participants can listen to Dr. Perryman while viewing an on-screen presentation. Time permitting, you will be able to ask questions via a text chat interface and Dr. Perryman will try to answer them.

Access to the webcast is via this link: https://apps.lotuslive.com/meetings/join?id=0327108

You can check if your computer is ready for the webcast at this link: https://www.conferenceservers.com/browser?brand=LLENGAGE_EN-US

And whether or not you can join the webcast, make sure your laptop, PC or Mac is running World Community Grid, and let your friends know this easy way to participate in helping humanity!


Thank you,


The World Community Grid Team

Автор: Rilian Dec 28 2011, 23:11

Project Status, as of December 12, 2011

Experiment 39: 0% Completed

Experiment 39 involves screening the Enamine library of 2,345,014 compounds against the newly-discovered allosteric binding site on HIV-1 integrase. This new allosteric binding site (which we are also targeting in Experiment 38) was discovered by Professor John J. Deadman's group, and it was described in "Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design," by D.I. Rhodes, T.S. Peat, J.J. Deadman, et al., published in the journal Antiviral Chemistry and Chemotherapy, 21: 155-168 (2011). The new crystal structure from this paper that contains the atomically-detailed, 3-D data on this new allosteric site is called "3NF6.pdb". We are screening compounds against this allosteric site to try to discover new, larger, more potent allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. It is hoped that these new allosteric inhibitors of integrase will be effective at disabling the current drug-resistant mutant superbugs of HIV integrase. For more information about this new allosteric site, see Volume 10 of the FightAIDS@Home newsletter or our recent World AIDS Day webinar (both are linked at the top of the homepage for this site).

In Experiment 39, we are screening these 2.3 million compounds against the new allosteric site on HIV-1 integrase using two slightly different docking approaches: in the first half of these calculations, we are using the smaller dimensions of the "grid box" (the region that the compounds are allowed to explore during the docking calculations) that produced the best results in the "positive control" docking calculations that reproduced the known binding mode of this new allosteric fragment (see the figures in Volume 10 of the FAAH Newsletter, page 8). In the second half of these calculations, we are using a larger grid box, to try to find even larger allosteric inhibitors that can bind strongly with both the allosteric site and other sub-pockets that are adjacent to it.


This experiment involves faah26,811 - faah31,500.

These calculations have not yet begun.


Experiment 38: 31% Completed

Experiment 38 involves screening the full NCI library of 316,179 compounds against the newly-discovered allosteric binding site on HIV-1 integrase. This new allosteric binding site was discovered by Professor John J. Deadman's group, and it was described in "Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design," by D.I. Rhodes, T.S. Peat, J.J. Deadman, et al., published in the journal Antiviral Chemistry and Chemotherapy, 21: 155-168 (2011). The new crystal structure from this paper that contains the atomically-detailed, 3-D data on this new allosteric site is called "3NF6.pdb". We are screening compounds against this allosteric site to try to discover new, larger, more potent allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. It is hoped that these new allosteric inhibitors of integrase will be effective at disabling the current drug-resistant mutant superbugs of HIV integrase. For more information about this new allosteric site, see Volume 10 of the FightAIDS@Home newsletter (pages 7-8) or our recent World AIDS Day webinar (both are linked at the top of the homepage for this site).


This experiment involves faah26,179 - faah26,810.

These calculations began 12/06/2011.


Experiment 37: 99% Completed

Experiment 37 involves screening the newly-updated version of the Asinex library of 360,00 compounds. 507,000 different models are used to represent these 360,000 compounds (due to the need to represent different protonation states and different tautomers that some of these compounds can form in solution). These compounds are being screened against the active site and the "eye site" of 6 different crystal structures of HIV protease. When the flaps have a semi-open conformation, then we can target both the "eye site" and the floor of the active site. But when the flaps have a closed conformation, the "eye site" is no longer accessible (which means that we will only target the traditional active site, which is where the current HIV protease drugs bind).

The 1st target is the crystal structure of the wild type HIV protease with 5-nitroindole bound in the eye site. This new crystal structure from Prof. C. David Stout's lab was presented in the Supporting Information for our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). Since this crystallographic structure has semi-open flaps, we are screening these compounds against both the eye site and the active site of this target.

The 2nd target is the semi-open crystal structure of wild type HIV-1b protease from 1HHP.pdb. This crystal structure has been used in previous virtual screens that were performed by Prof. Heather Carlson's group, in which they did find a novel inhibitor of HIV protease activity. Thus, this particular crystal structure has already been proven to be useful for virtual screens that target the "eye site." The idea of targeting this eye site was first proposed by Prof. Heather Carlson's group. But in this experiment, we are screening different compounds against this crystal structure than the compounds that were used in previous screens against 1HHP.pdb.

The 3rd target has only been used in one previous FightAIDS@Home experiment (i.e., Experiment 35). It is a brand new crystal structure from Assoc. Prof. C. David Stout's lab of the chimeric "FIV 6s98S" protease, which was developed by our collaborators Ying-Chuan Lin, Prof. Bruce E. Torbett, and Prof. John H. Elder, and which has a closed conformation of the flaps. A paper on this new crystal structure of FIV 6s98S protease was recently accepted for publication in Acta Crystallographica and can be found at the above link. This protease enzyme is "chimeric," because it contains 5 residues from HIV protease that were substituted into the corresponding positions in FIV protease. The 6th residue was also substituted from HIV protease, but it changed into a different residue during serial passage experiments (i.e., during directed evolution studies). This 6s98S FIV protease has HIV-like drug sensitivity profiles and is a new model system for multi-drug-resistant HIV protease.

The 4th target is the crystal structure of wild type HIV-1b protease bound to the drug darunavir. This crystal structure from 2IEN.pdb has a closed conformation of the flaps. Whenever we target a crystal structure of HIV protease that has a compound bound to it, we delete that ligand before we prepare the model of the target for these docking studies (so that a new compound might be able to bind in its place).

The 5th target is the crystal structure of wild type HIV-1b protease bound to the compound TL-3 and to the allosteric fragment "4d9". This crystal structure, which has closed flaps, was also from the 2010 Chemical Biology & Drug Design paper cited above.

The 6th target is the crystal structure of the V82F/I84V multi-drug-resistant mutant (or "superbug") of HIV protease from 1MSN.pdb, which has closed flaps. The model of this target has one protonated aspartic acid 25 (i.e., one of the two catalytic residues), which should cause us to fish out slightly different types of ligands.

The 7th target is another version of the semi-open crystal structure of wild type HIV-1b protease from 1HHP.pdb. That is, this is the same molecule as the 2nd target in this experiment, but this time the model has one protonated aspartic acid 25.


This experiment involves faah22,630 - faah26,178.

These calculations began 5/12/2011.

Автор: Brodyaga Feb 25 2012, 10:32

Ученые предложили новую стратегию борьбы со СПИДом

Вирусу иммунодефицита человека удаётся ускользать от создателей вакцин вот уже 30 лет, в частности благодаря невероятной способности к мутациям, позволяющей ему с лёгкостью обходить любые заранее созданные препятствия.

Но вот, кажется, учёным из Массачусетского технологического института и Института Рейгона (оба — США) удалось найти многообещающую стратегию для дизайна будущей вакцины, которая использует математический подход, успешно апробированный для решения проблем квантовой физики, а также при анализе флуктуаций цен на рынке ценных бумаг. (Уж не FightAIDS@home ли?)

Используя теорию случайных матриц, команда исследователей искала эволюционные ограничения в так называемом Gag-протеиновом сегменте HIV, который образует протеиновую оболочку вируса. Нужно было найти коллективно эволюционирующие группы аминокислот с высоким уровнем негативных корреляций (и низким числом положительных, позволяющих вирусу выжить), когда многочисленные мутации уничтожают вирус. И такие комбинации были обнаружены в регионе, который сами исследователи назвали Gag-сектор 3. Он вовлечён в стабилизацию протеиновой оболочки вируса, поэтому множественные мутации в этом месте чреваты для структуры вируса коллапсом.

Интересно, что, когда исследователи изучали случаи СПИД-инфицированных людей, чьи тела от природы способны отражать атаки вируса, они обнаружили, что иммунные системы таких пациентов проводили атаки преимущественно по Gag-сегменту 3.

Сейчас авторы пытаются отыскать и другие подобные регионы в структуре вируса за пределами Gag-сектора, а также разрабатывают элементы активных компонентов будущей вакцины, которая научит иммунную систему мгновенно реагировать на присутствие протеинов Gag-сектора 3 и немедленно атаковать его нужным образом.

http://podrobnosti.ua/technologies/2012/02/25/822537.html

Автор: tribal Feb 25 2012, 13:31

вот это уже интереснее... лишь бы эти исследования не зашли в тупик как и все предыдущие гениальные идеи по борьбе с вирусом

Автор: corsar83 Mar 13 2012, 11:42

Experiment 39: 80% Completed

Experiment 39 involves screening the Enamine library of 2,345,014 compounds against the newly-discovered allosteric binding site on HIV-1 integrase. This new allosteric binding site (which we are also targeting in Experiment 38) was discovered by Professor John J. Deadman's group, and it was described in "Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design," by D.I. Rhodes, T.S. Peat, J.J. Deadman, et al., published in the journal Antiviral Chemistry and Chemotherapy, 21: 155-168 (2011). The new crystal structure from this paper that contains the atomically-detailed, 3-D data on this new allosteric site is called "3NF6.pdb". We are screening compounds against this allosteric site to try to discover new, larger, more potent allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. It is hoped that these new allosteric inhibitors of integrase will be effective at disabling the current drug-resistant mutant superbugs of HIV integrase. For more information about this new allosteric site, see Volume 10 of the FightAIDS@Home newsletter or our recent World AIDS Day webinar (both are linked at the top of the homepage for this site).

In Experiment 39, we are screening these 2.3 million compounds against the new allosteric site on HIV-1 integrase using two slightly different docking approaches: in the first half of these calculations, we are using the smaller dimensions of the "grid box" (the region that the compounds are allowed to explore during the docking calculations) that produced the best results in the "positive control" docking calculations that reproduced the known binding mode of this new allosteric fragment (see the figures in Volume 10 of the FAAH Newsletter, page 8). In the second half of these calculations, we are using a larger grid box, to try to find even larger allosteric inhibitors that can bind strongly with both the allosteric site and other sub-pockets that are adjacent to it.


This experiment involves faah26,811 - faah31,500.

These calculations began (that is, the results started arriving at TSRI) on 12/17/2011.

Experiment 40: 0% Completed

Experiment 40 involves screening the ChemBridge library of 1,013,483 models of compounds against the newly-discovered allosteric binding site on HIV-1 integrase. This new allosteric binding site (which we are also targeting in Experiments 38 and 39) was discovered by Professor John J. Deadman's group, and it was described in "Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design," by D.I. Rhodes, T.S. Peat, J.J. Deadman, et al., published in the journal Antiviral Chemistry and Chemotherapy, 21: 155-168 (2011). The new crystal structure from this paper that contains the atomically-detailed, 3-D data on this new allosteric site is called "3NF6.pdb". We are screening compounds against this allosteric site to try to discover new, larger, more potent allosteric inhibitors of HIV-1 integrase. It is hoped that these new allosteric inhibitors of integrase will be effective at disabling the current drug-resistant mutant superbugs of HIV integrase. For more information about this new allosteric site, see Volume 10 of the FightAIDS@Home newsletter or our recent World AIDS Day webinar (both are linked at the top of the homepage for this site).

Similar to Experiment 39, in Experiment 40 we are screening one million compounds against the new allosteric site on HIV-1 integrase using two slightly different docking approaches: in the first half of these calculations, we are using the smaller dimensions of the "grid box" (the region that the compounds are allowed to explore during the docking calculations) that produced the best results in the "positive control" docking calculations that reproduced the known binding mode of this new allosteric fragment (see the figures in Volume 10 of the FAAH Newsletter, page 8). In the second half of these calculations, we are using a larger grid box, to try to find even larger allosteric inhibitors that can bind strongly with both the allosteric site and other sub-pockets that are adjacent to it.


This experiment involves faah31,501 - faah33,528.

These calculations have not yet begun.

Автор: Brodyaga Mar 17 2012, 12:40

Мне кажется или действительно кворум у заданий вместо 1 стал 2?

Автор: Rilian Apr 16 2012, 21:14

Как и в других проектах, админы ВЦГ изменили размер задания чтобы он занимал в среднем 6 часов рассчетов

QUOTE
For future work units, we have decreased the average run time from 9 hours to 6 hours for this project. This will allow users with slower computers or computers which are available less time to have a better chance of completing work units for this project. It will take about 10 days for the existing longer work units to be sent out, so the new shorter work units won't be seen until after this time.

Seippel


по поводу экспериментов, обновлений пока нет http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Автор: Rilian May 2 2012, 00:27

Project Status, as of April 23, 2012

Experiment 40: 50% completed

Experiment 39: 99% Completed

Автор: Rilian May 11 2012, 09:56

Коллегия американских экспертов в области здравоохранения впервые одобрила использование лекарственного препарата для профилактики заражения ВИЧ.

Коллегия американских экспертов в области здравоохранения впервые одобрила использование лекарственного препарата для профилактики заражения ВИЧ.

Медики рекомендовали Управлению по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (FDA) санкционировать ежедневный прием лекарства Truvada людьми, входящими в группы риска по заражению ВИЧ/СПИДом.

FDA как федеральная правительственная структура законодательно не обязана прислушиваться к советам экспертной коллегии, однако обычно следует ее рекомендациям.

Аналитики говорят о начале новой эры в борьбе со СПИДом.

Ранее FDA уже одобрила применение Truvada при назначении комплексной терапии для людей, зараженных ВИЧ, и его прописывают наряду с существующими антиретровирусными препаратами.

Исследования, проведенные в 2010 году, показали, что этот препарат, производимый в Калифорнии компанией Gilead Sciences, существенно снижал риск заболеваемости ВИЧ среди мужчин-гомосексуалистов, также здоровых гетеросексуальных партнеров зараженных людей - на 44-73%.

Эксперты Совета по использованию антивирусных препаратов (ADAC), консультирующие FDA по вопросам применения новых лекарственных средств, приняли решение рекомендовать прием Truvada людям, входящим в группу наибольшего риска, - мужчинам, не являющимся носителями ВИЧ и имеющим при этом многочисленные сексуальные контакты с различными партнерами мужского пола.

"За" проголосовали 19 членов совета, "против" высказались трое.

Большинством голосов также было принято решение рекомендовать применение Truvada здоровым половым партнерам людей, являющихся носителями ВИЧ, а также людям, входящим в другие группы риска и имеющим шансы заразиться ВИЧ посредством сексуального контакта.

Голосованию предшествовало 11-часовое обсуждение и продолжительная общественная дискуссия.

Некоторые медики выразили опасение, что новое лекарство может спровоцировать людей на более опасное сексуальное поведение или привести к появлению штамма вируса, устойчивому к лекарственным препаратам.

Однако большинство экспертов приветствовали решение совета.

Заседание американского Управления по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов по этому вопросу назначено на 15 июня.

Автор: corsar83 May 18 2012, 09:26

Project Status, as of May 14, 2012
Experiment 41: 0% Completed

Experiment 41 involves screening the Enamine library of 2.345 million compounds against the two allosteric sites on the surface of HIV protease. This experiment is similar to Exp. 36, but a different, much larger library of compounds is being screened, and some new targets are being included. The first part of this experiment involves docking compounds against the two allosteric-fragment-bound crystal structures presented in our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). Three other, brand new crystal structures from Dave Stout's lab that involve allosteric fragments bound to these two sites on the surface of HIV protease are also being used as targets. Two of these new targets are presented in a new research manuscript from the Stout lab that is currently being peer-reviewed. When this paper is accepted, we will describe these targets in more detail and provide a link to this new paper.


This is by far the largest experiment we have submitted to FightAIDS@Home; it involves faah33,529 - faah45,250.

The results of these calculations have not yet begun to arrive at TSRI, but your computers should start crunching on them soon.

Experiment 40: 95% Completed

Автор: Rilian May 21 2012, 08:13

corsar83, спасибо за новости

очень радует что в ФААХе появляются новые интересные эксперименты и они публикуются в журналах! Собственно, это ж наша цель - дать шанс ученым делать фундаментальные открытия

Автор: Dromage May 22 2012, 07:04

bq.gif

Автор: Bel Jun 3 2012, 21:33

Новость за 28 мая 2012:
Right now WU from batch 33,889 are being sent out.

Based on the turnaround time time that we have averaged this week, we should be able to get to the last batch (45,250) in about 710 days , which is around May 8, 2014.

***** 3 W.C.G. issues that will be affecting how quickly this experiment gets done are:

1. Helf Fight Childhood Cancer (HFCC) has about 70 days to go to finish. Once it is over some crunching power should free up to help FAAH.

2. Computing for Clean Water (C4CW) has about 129 days to go to finish. Once it is over some crunching power should free up to help FAAH.

3. Projects Say No to Schistosoma (SN2S) and Computing for Sustainable Water (CFSW) are currently on MEDIUM Feeder Priority . Once that priority goes to Normal, then it will reduce the free cruching popwer that FAAH benefits from.
------------------------------------------------
В общем готова к выдаче новая партия заданий для кранчеров. В этот раз ориентировочное время расчетов займет 710 дней IR.gif Планируется привлечь мощности с таких проектов как HFCC(закончится через 70 дней), C4CW(закончится через 129 дней). Проектам SN2S и CFSW будет понижен приоритет к "нормальному".

Автор: Rilian Jun 3 2012, 21:44

Bel, проектам понижается приоритет если сервера ученых не могут обрабатывать "нормальное" кол-во результатов - из-за ФАХа никто никаким другим проектам не понижает приоритеты - в ГРИДе все равноправны.

это не новость, а размышление участника с оф форума

Автор: Rilian Jun 24 2012, 22:10

Right now WU from batch 34,207 are being sent out.

Based on the turnaround-time that we have averaged over the last 4 weeks, we should be able to get to the last batch (45,250) in about 660 days, which is around April 5, 2014 .

*** There are 4 issues on the Grid right now that will affect the speed of our project in the very near future. Some projects are ending soon, and some projects are not operating at full speed. ***

# 1 - Say No to Schistosoma (SN2S) is currently on HoLD status in the work unit Feeder.
# 2 - Computing for Sustainable Water (CFSW) is currenty on MEDIUM status in the work unit Feeder.
# 3 - About 62 days left to the finish of Help Fight Childhood Cancer (HFCC) http://i137.photobucket.com/albums/q210/Sekerob/WCGYearsPi1Project.png .
# 4 - About 98 days left to the finish of Computing for Clean Water (C4CW) http://i137.photobucket.com/albums/q210/Sekerob/WCGYearsPi1Project.png .

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,33167

Автор: Rilian Jul 27 2012, 10:49

Hi Everybody,

I just updated the % completion statistics for the FightAIDS@Home experiments. See:

http://fightaidsathome.scripps.edu/status



Thank you, herflick, for keeping track of these estimates and for sharing them with us. https://secure.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,33167


Best wishes,
Alex L. Perryman, Ph.D.

Experiment 41: 8% Completed

Автор: Rilian Jul 29 2012, 16:49

As of the July 23rd update on the http://fightaidsathome.scripps.edu/status - Project 40 is officialy 100% complete. All results are back at Scripps Institute from WCG.

Автор: Bel Aug 25 2012, 09:59

Среднее время выполнения всех заданий увеличилось на 20%!

Автор: Rilian Sep 2 2012, 20:29

WEEKLY UPDATE - experiment 41 - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,500

Days Left - 599

End Date - April 24, 2014

Автор: Rilian Sep 9 2012, 17:18

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,598

Days Left - 591

End Date - April 22, 2014

Автор: Sonechko Sep 16 2012, 23:10

458 дні до Сапфіру... Якось туговато процес іде, завдання 6-12 год рахуються, з такими темпами 23 дні прийдеться пиляти цей проект... crazy_pilot.gif

Автор: Rilian Sep 18 2012, 17:47

Project Status, as of September 17, 2012

Experiment 41: 16% Completed


http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Автор: Rilian Sep 19 2012, 11:12

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,690

Days Left - 591

End Date - May 8, 2014

Автор: Rilian Sep 23 2012, 20:14

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,776

Days Left - 600

End Date - May 16, 2014

Автор: rpisarev Sep 23 2012, 20:47

Интересно.

Автор: Rilian Sep 30 2012, 22:29

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,863 (всего их 45,250)

Days Left - 614

End Date - June 6, 2014

Автор: Sonechko Oct 7 2012, 23:40

2 роки Done, навіть трошки раніше запланованого, так що далі по проектам піду з усякими маляріями і шейстомами боротись) bq.gif

Автор: Rilian Oct 8 2012, 12:53

Sonechko, поздравляю! smile.gif думаю те проекты которые ты указал закончатся не скоро, поэтому есть простор для маневра

добавь себе картинку в подпись

IPB Image

CODE
[img]http://www.seti-germany.de/wcg/badge_Manunia_0.png[/img]

Автор: Rilian Oct 12 2012, 17:56

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,963

Days Left - 620

End Date - June 19, 2014

Автор: Sonechko Oct 12 2012, 18:28

Да бачу без мене лише час збільшується...)

Автор: Rilian Oct 14 2012, 16:39

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,060

Days Left - 642

End Date - July 18, 2014

Автор: Rilian Oct 22 2012, 18:53

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,176

Days Left - 655

End Date - August 7, 2014

*** The project did speed up over the last 2 weeks by about 10% to 15%, however this change will be reflected over time in my projections as they are based on an 8 week running average in order to smooth out any wild flucuations ***

Автор: Sonechko Oct 22 2012, 21:07

Я не вкурив щось, вони складність збільшують, завдань докидають, чи чого час лише росте? О_о

Мож я започаткував течію валити з цього проекту, але мені можна, 2 роки done new_russian.gif

Автор: Rilian Oct 22 2012, 23:06

Sonechko, потому что кол-во компов в гриде величина непостоянная

Автор: Rilian Oct 29 2012, 13:31

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,281

Days Left - 643

End Date - August 2, 2014

Автор: Rilian Nov 5 2012, 15:42

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,383

Days Left - 633

End Date - July 30, 2014

Автор: rpisarev Nov 5 2012, 16:49

Хе, мои два спида тоже в копилку :-)

Автор: Rilian Nov 5 2012, 16:53

QUOTE(rpisarev @ Nov 5 2012, 16:49) *

Хе, мои два спида тоже в копилку :-)

drinks.gif drinks2.gif

Автор: Rilian Nov 12 2012, 15:01

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,502

Days Left - 603

End Date - July 7, 2014

Автор: Rilian Nov 19 2012, 13:59

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,615

Days Left - 576

End Date - June 17, 2014

Автор: Rilian Nov 25 2012, 22:43

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,740

Days Left - 543

End Date - May 22, 2014

Автор: rpisarev Nov 26 2012, 14:41

Т.е. 22 мая 2014 года будет побежден СПИД? smile.gif

Автор: mysterix Nov 26 2012, 15:23

конечно)

Автор: Death Nov 26 2012, 16:35

QUOTE
Т.е. 22 мая 2014 года будет побежден СПИД?


22.05.2014 судоку дощитают ))))))

а уж спид потом на освободившихся мощностях )))

Автор: Rilian Nov 29 2012, 00:49

Project Status, as of November 26, 2012

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Experiment 41: 25% Completed

Experiment 41 involves screening the Enamine library of 2.345 million compounds against the two allosteric sites on the surface of HIV protease. This experiment is similar to Exp. 36, but a different, much larger library of compounds is being screened, and some new targets are being included. The first part of this experiment involves docking compounds against the two allosteric-fragment-bound crystal structures presented in our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). Three other, brand new crystal structures from Dave Stout's lab that involve allosteric fragments bound to these two sites on the surface of HIV protease are also being used as targets. Two of these new targets are presented in a new research manuscript from the Stout lab that is currently being peer-reviewed. When this paper is accepted, we will describe these targets in more detail and provide a link to this new paper.


This is by far the largest experiment we have submitted to FightAIDS@Home; it involves faah33,529 - faah45,253.

The results of these calculations started arriving at TSRI on 5/15/2012.

Автор: Rilian Dec 4 2012, 00:03

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,852

Days Left - 529

End Date - May 15, 2014

также, видео от ученых проекта

Webcast and Question & Answer session replay - featuring Lead World Community Grid Scientist Viktors Berstis and Dr. Alex Perryman:

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=213



This webcast commemorated World AIDS Day 2012 and gave World Community Grid members an opportunity to hear about the cutting-edge research being done with the FightAIDS@Home project. During the webcast, Dr. Perryman outlined the exciting discoveries that he and other members of Dr. Art Olson’s computational research lab have recently made in collaboration with other research teams at Scripps and around the world. They have run simulations that identified several chemical compounds that can “dock” with allosteric sites on the HIV protease molecule and may help to inhibit its function. These compounds could form the basis of therapeutic drugs to combat HIV “superbug” strains, and at the very least they suggest compelling new avenues for further research.

And the FightAIDS@Home research will continue, thanks to the World Community Grid volunteers. The computing power supplied by the members is absolutely critical to support this research and enable these advances in HIV treatment.

As always, thank you for your support of World Community Grid research projects and please stay tuned for future webcasts!
koc.gif

Автор: Rilian Dec 16 2012, 19:06

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 36,970

Days Left - 510

End Date - May 3, 2014

Автор: Rilian Dec 16 2012, 20:34

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,095

Days Left - 497

End Date - April 27, 2014

Автор: Rilian Dec 24 2012, 09:47

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,223

Days Left - 477

End Date - April 14, 2014

Автор: Rilian Dec 31 2012, 01:06

December 30, 2012 update

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,351

Days Left - 457

End Date - April 1, 2014

Project Completion - 32.61 %

Автор: Rilian Jan 7 2013, 12:25

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,483

Days Left - 443

End Date - March 25, 2014

Project Completion - 33.73 %

Автор: Rilian Jan 13 2013, 18:09

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,613

Days Left - 429

End Date - March 18, 2014

Experiment 41 Completion - 34.84 %

Автор: Rilian Jan 20 2013, 22:43

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,750

Days Left - 416

End Date - March 12, 2014

Experiment 41 Completion - 36.01 %

Автор: Rilian Jan 28 2013, 01:03

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,879

Days Left - 402

End Date - March 5, 2014
koc.gif
Experiment Completion - 37.11 %

Автор: Rilian Feb 3 2013, 21:10

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 37,998

Days Left - 395

End Date - March 5, 2014

Experiment Completion - 38.12 %

Автор: Rilian Feb 8 2013, 12:17

Hi Everybody,

I just posted Volume 11 of the FightAIDS@Home Newsletter to:

IPB Image

http://fightaidsathome.scripps.edu/

http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAHvol11.pdf

This volume contains some of the same material that I presented in the last World AIDS Day Webinar , but I included more details and background information in the Newsletter.



Thank you all very much for your interest and your continued support,
Alex L. Perryman, Ph.D.
koc.gif

Автор: Rilian Feb 9 2013, 14:28

QUOTE
Although I have processed and measured the results for Experiments 31 to 40, I have not yet had a chance to filter them and visually inspect the top-ranked compounds. After discovering these promising hits in Experiment 30, I've been focusing on hit-to-lead development (that is, trying to use the structures of these hits to guide the process of making larger, more potent compounds). I've also been spending a lot of time on the GO Fight Against Malaria project: preparing targets, performing and analyzing positive control studies, submitting experiments, and processing their results. I've also visually inspected and ordered new candidate compounds against two different classes of targets from the GO Fight Against Malaria project: PfSUB1 and InhA from Mycobacterium tuberculosis (which is very similar to ENR from malaria). I only need to prepare a few more classes of targets against malaria, and then I'll have more time to devote to analyzing the results of the other FightAIDS@Home experiments.

I will visually inspect and order compounds from FightAIDS@Home experiments 31 to 40, but it will take time.


Thank you very much for your interest and your support,
Alex L. Perryman, Ph.D.

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,34694


QUOTE
Hi branjo,

Thank you very much!

I just wish the faculty search committees appreciated my unconventional, ambitious strategies half as much as you all. In the past couple years, I've applied for around 150 different Assistant Professor positions at universities throughout the U.S. (and a few in Canada and Europe, and one in Taiwan). But I've had no luck yet. If I can get a faculty position, then I'll be able to seamlessly continue and extend this research for many more years, and I'll be able to bring more personnel and other resources on board, as well. Please wish me luck on this front, too. wink.gif It's still a tough job market for almost everyone, and that includes me.

Best wishes,
Alex L. Perryman, Ph.D.



Автор: Rilian Feb 15 2013, 16:45

В 2012 году в Украине от СПИДа умерли почти четыре тысячи человек

Автор: Rilian Feb 16 2013, 17:58

9-недельный Онлайн Курс по изучению СПИДа

https://www.coursera.org/course/aids

Автор: Rilian Feb 17 2013, 14:51

20 или 21 февраля 2013 на 10 часов приостановится выдача заданий проекта всвязи с обновлением версии AutoDock

QUOTE
Temporary stoppage of the FAAH project (February 20th or 21st)
In order to switch FAAH to the new version of the science application (AutoDock), the FAAH project will temporarily be stopped. Since the switch needs to occur at a particular batch number, the exact time the outage will start can only be estimated. The current estimate is that the outage will happen on February 20th or 21st (this estimate will continue to be updated as the date approaches). The length of the outage is estimated to be less than 10 hours.

Seippel

Автор: Rilian Feb 17 2013, 19:23

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,150

Days Left - 429

End Date - April 22, 2014

Experiment Completion - 39.42 %

Автор: Rilian Feb 24 2013, 18:55

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,260

Days Left - 431

End Date - April 1, 2014

Experiment Completion - 40.36 %

Автор: Rilian Mar 3 2013, 19:12

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,362

Days Left - 439

End Date - April 16, 2014

Experiment Completion - 41.23 %

Автор: Rilian Mar 4 2013, 09:07

Ученые в США сообщают, что им, судя по всему, удалось вылечить маленькую девочку, рожденную с вирусом ВИЧ,

http://korrespondent.net/tech/health/1515840 koc.gif

Автор: mysterix Mar 4 2013, 17:10

опачки, нежданчик!

Автор: Brodyaga Mar 4 2013, 19:11

QUOTE(Rilian @ Mar 4 2013, 09:07) *

Ученые в США сообщают, что им, судя по всему, удалось вылечить маленькую девочку, рожденную с вирусом ВИЧ,

http://korrespondent.net/tech/health/1515840 koc.gif

Хорошо бы. Правда непонятно почему стандартная программа лечения помогла только ей, я так понимаю что тот же курс назначают всем.

Автор: Bel Mar 9 2013, 10:51

http://www.supercomputers.ru/index.php?option=com_k2&view=item&id=434:%D1%81%D0%BA%D0%B8%D1%84%D1%8B-%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%82%D0%B8%D0%B2-%D1%81%D0%BF%D0%B8%D0%B4%D0%B0&Itemid=34

Автор: Rilian Mar 10 2013, 18:41

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,440

Days Left - 461

End Date - June 14, 2014

Experiment Completion - 41.90 %

Автор: Rilian Mar 17 2013, 15:45

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,571

Days Left - 456

End Date - June 16, 2014

Experiment Completion - 43.02%

Автор: Rilian Mar 26 2013, 00:10

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,713

Days Left - 439

End Date - June 6, 2014

Experiment Completion - 44.23 %

*** Above update is based on information from 3/24/2013 ***

Автор: Rilian Mar 31 2013, 21:45

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,844

Days Left - 424

End Date - May 29, 2014

Experiment Completion - 45.35 %

Автор: Rilian Apr 9 2013, 20:31

Украина - один из лидеров по количеству больных ВИЧ-СПИД в Европе, но большинство людей с ВИЧ не имеет доступа к лекарственным препаратам, которые позволили бы им вести нормальную жизнь.

http://korrespondent.net/tech/health/1541071 koc.gif koc.gif koc.gif

Автор: Rilian Apr 10 2013, 19:10

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 38,912

Projected Days Left - 358

Projected End Date - March 22, 2014

Experiment Completion - 45.93 %

Автор: Rilian Apr 15 2013, 16:47

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 39,103

Projected Days Left - 327

Projected End Date - Feb 19, 2014

Experiment Completion - 47.55 %

Автор: Rilian May 5 2013, 08:39

April 28, 2013 update
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 39,421

Projected Days Left - 284

Projected End Date - Feb 5, 2014

Experiment Completion - 50.27 %

Автор: Rilian May 5 2013, 17:02

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 39,602

Projected Days Left - 272

Projected End Date - February 1, 2014

Experiment Completion - 51.81 %

Автор: Rilian May 12 2013, 19:52

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 39,825

Projected Days Left - 242

Projected End Date - January 9, 2014

Experiment Completion - 53.72%

Автор: Rilian May 20 2013, 08:20

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 40,056

Projected Days Left - 217

Projected End Date - December 22, 2013

Experiment Completion - 55.69%

Автор: Rilian May 25 2013, 09:53

я почитал внимательнее описание текущего эксперимента номер 41 -- http://fightaidsathome.scripps.edu/status

QUOTE
Experiment 41 involves screening the Enamine library of 2.345 million compounds against the two allosteric sites on the surface of HIV protease. This experiment is similar to Exp. 36, but a different, much larger library of compounds is being screened, and some new targets are being included. The first part of this experiment involves docking compounds against the two allosteric-fragment-bound crystal structures presented in our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). Three other, brand new crystal structures from Dave Stout's lab that involve allosteric fragments bound to these two sites on the surface of HIV protease are also being used as targets. Two of these new targets are presented in a new research manuscript from the Stout lab that is currently being peer-reviewed. When this paper is accepted, we will describe these targets in more detail and provide a link to this new paper.


Alien может меня поправить, но как я понял, https://www.linkedin.com/in/alexlperryman, главный ученый FAAH и GFAM, открыл новый способ рассчитывать ингибиторы к белкам, используя только опеределенную часть белка. То есть с помощью рентгеновской кристаллографии они определяют 3Д структуру части белка, оцифровывают ее, и используют докинг, перебирая все возможные синтетические белки, чтобы проверить их влияние на исходный белок, участвующий в образовании определенных болезней (ВИЧ, малярия).

В тексте также пишется что помимо 2 своих частей белков ВИЧ, Алекс использует 3 новых структуры из лаборатории Dave Stout -- http://www.scripps.edu/stout/Stout%20Website/stout_publications.html

Я зашел на их сайт, и у этой лаборатории за 5 месяцев этого года (2013) уже сделано 9 публикаций!

Вобщем, можно сказать что FAAH находится на самом передовом фронте биоинформатических исследований, и очень важно их поддерживать в данный момент! koc.gif

Автор: Rilian May 26 2013, 19:14

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 40,247

Projected Days Left - 200

Projected End Date - December 12, 2013

Experiment Completion - 57.32%

Автор: Alien May 26 2013, 19:46

QUOTE(Rilian @ May 25 2013, 10:53) *

Alien может меня поправить, но как я понял, https://www.linkedin.com/in/alexlperryman, главный ученый FAAH и GFAM, открыл новый способ рассчитывать ингибиторы к белкам, используя только опеределенную часть белка. То есть с помощью рентгеновской кристаллографии они определяют 3Д структуру части белка, оцифровывают ее, и используют докинг, перебирая все возможные синтетические белки, чтобы проверить их влияние на исходный белок, участвующий в образовании определенных болезней (ВИЧ, малярия).

Я не вчитывался, но там идея должна быть такой.
Получаем координаты белка, а если его какой-то части нет - домоделировать.
Далее оптимизировать структуру, а потом если известен активный сайт подбирать к нему лиганды.
Судя по всему, они ищут несколько сайтов на белке, что интересно.
Вижу в его статье 2011 года они используют МД, что есть правильно, т.к. структура полученная после кристаллизации не есть конформационно нативной, в отличии от полученной методом ЯМР.

То есть, результаты полученные после докинга на часть кристалла не есть информативными и являются малоперспективными без дальнейшего изучения комплекса методам МД. Они могут иметь малую корреляцию с экспериментом, а успешность подбора может и не достигать 0.1 %.
Подобранный успешный лиганд может еще негативно влиять на один из остальных 99.99% белков из-за чего он не будет внедрен в практику лечения.

Вывод: необходимо обращать внимание на работы, которые используют современные подходы к изучению проблемы. Это комбинированные методы докинг->МД->ММ\КМ. Докинг на статическую структуру да и еще рентген мало что даст на практике.

У нас тоже проводили изучения на вич протеазе - http://librar.org.ua/sections_load.php?s=biological_sciences&id=303 (можно скачать автореферат).

Автор: Rilian May 26 2013, 19:49

Спасибо. Значит все хорошо!

Алиен, просьба, пройдись по всем активным проектам и выскажи свое мнение как ученого об их методах вычислений и пользе науке!

Автор: Alien May 26 2013, 19:56

постараюсь в четверг\пятницу проглянуть.

Автор: Rilian May 29 2013, 10:12

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 40,250

Projected Days Left - 187

Projected End Date - December 1, 2013

Experiment Completion - 57.34%

Projected WU remaining approximately 23,000,000

Cheers

Автор: Rilian May 31 2013, 22:42

http://www.3dnews.ru/news/646022 koc.gif

Автор: Rilian Jun 9 2013, 16:54

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 40,665

Projected Days Left - 156

Projected End Date - November 11, 2013

Experiment Completion - 60.88%

Автор: Rilian Jun 13 2013, 23:19

Новая информация о проекте

We also started collaborating with many other prominent experts on HIV, as part of a newly-created Center called the "HIVE". See: http://fightaidsathome.scripps.edu/ and http://hive.scripps.edu/ . In fact, we will soon expand the FightAIDS@Home project and start targeting three different allosteric sites on HIV reverse transcriptase that were recently discovered and three different allosteric sites of HIV integrase that were also recently discovered. In addition, we will soon add the ability to perform docking calculations with the software "AutoDock Vina" on FightAIDS@Home, which will enable us to increase the speed and scale of our virtual screens against these three drug targets from HIV/AIDS by several orders of magnitude.

Вкратце, создан новый центр по изучению ВИЧ

А также, проект будет проводить эксперименты на 6 недавно открытых точках ВИЧ
excl.gif

IPB Image

Мы на самом остром краю исследований! koc.gif koc.gif koc.gif

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,35239_offset,0#424099

Автор: Rilian Jun 17 2013, 13:15

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 41041

Projected Days Left - 128

Projected End Date - October 22, 2013

Experiment Completion - 64.09%

Projected WU remaining approximately 19,300,000

Автор: Rilian Jun 23 2013, 18:22

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 41504

Projected Days Left - 99

Projected End Date - September 29, 2013

Experiment Completion - 68.04%

осталось ВЮ із єксперімента 41: 17,150,000

Автор: Rilian Jul 2 2013, 09:42

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 41994

Projected Days Left - 76

Projected End Date - September 13, 2013

Experiment Completion - 72.22%

Projected WU remaining approximately 14,892,000

At the present rate we are chewing through about 4% of the experiment 41 per week.

Автор: Rilian Jul 8 2013, 12:24

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 42428

Projected Days Left - 61

Projected End Date - September 06, 2013

Experiment Completion - 75.92%

Projected WU remaining approximately 12,947,000

The pace is still accelerating with over 2,000,000 WU in the last seven days.


--

Интересно, какой будет новый эксперимент?

Автор: Rilian Jul 10 2013, 10:17

график завершения эксперимента 41

IPB Image

когда синяя линия пересечется с зеленой, эксперимент завершен smile.gif

Автор: Rilian Jul 15 2013, 08:15

The status page has been updated.

Experiment 41: 69% Completed

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

прімерно осталось меньше 2 месяцев до окончанія єксперімента 41

Автор: Rilian Jul 19 2013, 02:33

The FightAIDS@Home project adds new modeling tool

Summary
The FightAIDS@Home team is adding a new modeling tool to further advance the World Community Grid simulations. In future, project volunteers might notice one of two tools being used, depending on the specific work unit being processed.



The FightAIDS@Home project depends on the computational power of volunteers all over the globe, but until now, the calculations have all used the same molecular simulation tool, a program called AutoDock, developed at the Olson Lab of The Scripps Research Institute. AutoDock is a great tool and has provided years of dependable service. However, the researchers now need to perform certain types of simulations which are more effective on a different modeling program, also developed by Scripps and known as Vina. While Vina may be more accurate in certain 'positive control' experiments and performs significantly faster than AutoDock, AutoDock can be more accurate in certain cases. Each provides complimentary types of data that is helpful to the project's researchers.

The Scripps and World Community Grid teams have recently completed the technical integration necessary to make Vina “grid-enabled” so that it can be used for certain calculations within the FightAIDS@Home project. Therefore, new work units will be allocated to either AutoDock or Vina, depending on the nature of the work and what the researchers determine to be the most appropriate tool for such work.

For volunteers, nothing changes – the procedure for contributing run time to the project is exactly the same, and no decisions or modifications are necessary. The only difference you may notice is a new Vina screensaver, which will display when you are processing a Vina work unit:

IPB Image

Автор: MAGADAN Jul 19 2013, 09:29

Вот получил сегодня странные задания
Их у меня только 2 , обратил на них внимание случаной из-за из короткого названия
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0674_ 1--
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0786_ 1--
Приєднане зображення

И самое интересное что у них выполнение задания стоит по 46 минут smile.gif
Щас запустил их на выполение посмотрим за который час посчитает

Автор: Rilian Jul 19 2013, 09:48

MAGADAN, это то же самое что FAAH но на рассчетном ядре VINA

Автор: MAGADAN Jul 19 2013, 11:21

Вот и посчиталось smile.gif
Выхлоп конечно никакой но по мне пусть лучше пусть будет так punk.gif
Приєднане зображення

А интересно есть новости о том что они полностью переведут проект на это ядро VINA

Автор: Rilian Jul 19 2013, 14:12

MAGADAN, выше про это как раз и написано. В зависимости от эксперимента или условий, иногда лучший результат дает Автодок, иногда Вина.

В итоге видно что их цель не тупо перебрать Н миллионов белков, а найти лучший результат.

Что очень обнадеживает и вселяет уверенность что проект на правильном пути!

Автор: MAGADAN Jul 22 2013, 16:27

Всем привет
Ну теперь точно всем хватит заданий +1835 дней это же более 5 лет считать smile.gif 6e047365df22.gif

Автор: Rilian Nov 19 2013, 17:46

Hello,

The November 18, 2013, issue of the FAAH Newsletter has just been posted:

http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAHvol12.pdf

http://fightaidsathome.scripps.edu/ awesome.png

Enjoy!

Sincerely,

Dan
Research Associate, Dept. of Integrative Structural and Computational Biology
The Scripps Research Institute

Автор: Rilian Mar 20 2014, 15:50

Project Update, March 19, 2014
Hello!

I have updated the status website, so there are updated completion percentages and experiment listings. Some time ago, I split the staus page so that scrolling is more tolerable.

Just to throw out a few numbers:
- Some rough calculations estimate that all AD Vina work on WCG (if all dockings were finished now) make up more than 95+% of all FAAH dockings.
- In the last two weeks, we have been receiving approximately 300 (Vina) batches a day, which equates to approximately 3 million dockings per day. (This may fluctuate, of course, but within the last 2 weeks definitely impressive.)

Thank you, Crunchers!

Dan

Автор: Arbalet Jan 30 2015, 18:03

Обновили на своем http://fightaidsathome.scripps.edu/status/ данные по проводимым в рамках проекта FightAIDS@home экспериментам по декабрь 2014 г.

Автор: Arbalet Feb 26 2015, 19:05

https://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=6487. Из важного - почти закончили все необходимые вычисления, теперь концентрируются на обработке и анализе полученных результатов. bq.gif

Автор: e_alesha Oct 1 2015, 08:02

FightAIDS@Home - Phase 2

https://secure.worldcommunitygrid.org/research/fahb/overview.do

Стартовала 2 фаза.

Автор: Rilian Oct 2 2015, 08:35

Ого, вот єто поворот!

https://secure.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projectShortName=fahb

Я даже не знаю стоит ли делать отдельний топик под 2 фазу ?

Автор: Tamagoch Oct 2 2015, 16:07

вторая фаза, как и в других подпроектах, идет отдельно и у нас на форуме тоже.... думаю, есть смысл оформлять, тем более, что характер заданий совсем другой - похоже, это уже AVX-ориентированное приложение, на моем "старичке" задания по 16 часов идут, вместо 40-60 минут в первой фазе под Vina

Автор: Rilian Oct 3 2015, 11:09

ок, я оформлю новий топик

Автор: Vzik Jul 12 2016, 09:32

http://www.bagnet.org/news/health/300031

В Австралии медики объявили, что на зеленом континенте СПИД больше не является проблемой национального здравоохранения.

Дело в том, что если в 1990 годах в Австралии от СПИДа умирали каждый год порядка 1000 граждан, то сегодня даже подобная статистика не ведется.

Это связано с тем, что на сегодняшний день СПИД превратился в хроническое контролируемое заболевание, сообщает The Australian.

По словам руководителя программы профилактики СПИДа Университета Кирби профессора медицины Эндрю Гралича, сегодня, если люди заражаются СПИДом, они проходят курс лечения и "расстаются со СПИДом".

Профессор подчеркнул, что сегодня СПИД – уже не смертельный приговор.

Ученые считают, что огромную помощь в борьбе со СПИДом оказала вакцинация, которая начала проводиться в середине 1990-х годов антиретровирусным препаратом.

В результате, это позволило оградить ВИЧ-инфицированных людей от последней формы заболевания - СПИДа.

Автор: Rilian Jul 15 2016, 21:27

ого, крутая новость!

Автор: mr11 Dec 7 2016, 14:04

Знову з'явились завдання. Десь по 200.000 в день. Хоча у мене все одно ловить лише Mapping Cancer Markers.

Автор: Dromage Dec 7 2016, 15:16

З учорашнього вечора по нинішній час мені нападало вже більше 200 завдань. Вчора розрахунки тривали по 4-8 хвилин. Сьогодні - вже приблизно по годині.

Invision Power Board
© Invision Power Services