Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Rosetta@home, проектирование новых белков
Dimych
May 29 2007, 12:12
Пост #1


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 2
З нами з: 29-May 07
Користувач №: 522
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст
CODE
<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

IPB Image



Марка по теме проекта:

IPB Image

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
18 Сторінки V « < 15 16 17 18 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(240 - 254)
Asket
May 10 2014, 11:12
Пост #241


Трохи обжився
**

Група: Trusted Members
Повідомлень: 27
З нами з: 25-June 13
Користувач №: 3 256
Стать: bot



Rilian, понял, спасибо.


--------------------
(Show/Hide)

http://stats.free-dc.org/cpidtagb.php?cpid=1f6fcf1f3056eccb9083507e255a7bc2&theme=6&cols=1
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Jan 9 2015, 17:31
Пост #242


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Изложили краткие результаты эксперимента CASP11, считают его успешным, благодарят участников за неоценимую помощь в исследованиях и поздравляют с Новым Годом.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Mar 24 2015, 23:25
Пост #243


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Поделились видео с выступлением Дэвида Бейкера (руководитель проекта) на съезде Американской ассоциации содействия развитию науки (American Association for the Advancement of Science - AAAS), где он рассказывает об исследованиях в своей лаборатории и в проекте.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Sep 8 2016, 00:27
Пост #244


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



А вы вообще в курсе, что в Rosetta@home достигли больших результатов в проектировании белковых структур? Говорят чуть ли не о революции в фолдинге белков! Обложка журнала Science во весь разворот посвящена этому событию swoon.gif Надо переводом заняться


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Sep 14 2016, 23:31
Пост #245


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Не в курсе) Присылай ссылки на любом языке!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
langolierra
Nov 3 2016, 12:01
Пост #246


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 4
З нами з: 4-October 07
Користувач №: 588
Стать: Чол



Пишуть, що программа достатньо точно обчислює лише малі білки у яких менше 100 амінокислот в ланцюжку. З більшими не все так просто і засновник, наскільки я зрозумів, сумнівається чи взагалі можливо . http://www.sciencemag.org/news/2016/07/pro...s-and-materials


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
gladiator_maximus
Mar 23 2020, 08:37
Пост #247


Все буде Україна!
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 036
З нами з: 29-January 10
З: 47°52'N,35°03'E
Користувач №: 1 284
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
ЦП-AMD FX 8300 3.6 GHz, ГП-Radeon RX 480 4 Gb; ОЗУ- DDR3 24 GB (1600MHz); SSD Iridium 256 Gb; HDD- Toshiba 2Tb+4Tb; / Intel® Xeon® CPU E5-2640 2.80GHz/16Gb DDR3 1333/RX 480 8 Gb/SSD 120 Gb



Роль Розетты в борьбе с коронавирусом

Вот эта статья


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ale4316
Mar 26 2020, 11:25
Пост #248


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 327
З нами з: 30-September 15
З: Ромни
Користувач №: 3 554
Стать: Чол
Парк машин:
AMD 486 dx4 100



Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Mar 26 2020, 13:55
Пост #249


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 707
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04



(ale4316 @ Mar 26 2020, 11:25) *

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.


не звернув увагу що мізків жере 1.5Гб, в результаті повісило систему наглухо вижравши всі 16Гб при 16 потоках, довелось виставити 50% цп. на 2-х xeon 2680 боюсь запускати бо озу 12Гб, будуть ядра простоювати. треба розкошелитись хоча б на 32Гб, блін sad.gif


--------------------
Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Mar 26 2020, 14:20
Пост #250


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



(ale4316 @ Mar 26 2020, 11:25) *

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.

Переключаю ЦПУ на Розетку, все равно F@h какие-то левые проекты в основном гонит на проце.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
5erg
Mar 28 2020, 09:21
Пост #251


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 11
З нами з: 1-June 12
З: Киев
Користувач №: 3 037
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
2*XEON E5-2660, Phenom II X6 1090T, Phenom II X3, 2xPhenom II X6 1075T.



(dimus8210 @ Mar 26 2020, 14:55) *

(ale4316 @ Mar 26 2020, 11:25) *

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.


не звернув увагу що мізків жере 1.5Гб, в результаті повісило систему наглухо вижравши всі 16Гб при 16 потоках, довелось виставити 50% цп. на 2-х xeon 2680 боюсь запускати бо озу 12Гб, будуть ядра простоювати. треба розкошелитись хоча б на 32Гб, блін sad.gif


Давай я с оперативкой помогу? drop_table_password в телеге
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Apr 3 2020, 13:40
Пост #252


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



Розетта здорового человека:
(Show/Hide)

Приєднане зображення


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
gladiator_maximus
Apr 3 2020, 13:55
Пост #253


Все буде Україна!
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 036
З нами з: 29-January 10
З: 47°52'N,35°03'E
Користувач №: 1 284
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
ЦП-AMD FX 8300 3.6 GHz, ГП-Radeon RX 480 4 Gb; ОЗУ- DDR3 24 GB (1600MHz); SSD Iridium 256 Gb; HDD- Toshiba 2Tb+4Tb; / Intel® Xeon® CPU E5-2640 2.80GHz/16Gb DDR3 1333/RX 480 8 Gb/SSD 120 Gb





В связи с недавней вспышкой COVID-19 R@h использовался для прогнозирования структуры белков, важных для заболевания, а также для производства новых стабильных мини-белков, которые можно использовать в качестве потенциальной терапии и диагностики, таких как показанный выше, который связан с частью белка шипа COVID-19.

Чтобы помочь нашим исследованиям, мы рады объявить о новом обновлении приложения, и благодаря помощи сообщества разработчиков Arm, включая Рекса Сент-Джона, Дмитрия Москальчука, Дэвида Тишлера, Ллойда Уоттса и Сахаджарупа, мы рады также включить платформу Linux-ARM. В этом обновлении мы продолжим делать белковые связующие для COVID-19 и связанных с ними задания с использованием новейшего источника Rosetta.

Спасибо волонтерам R@h за постоянную поддержку этого проекта. Часы вашего процессора используются не только для точного моделирования структур важных белков, но и для разработки новых. Давайте объединимся и сразимся с COVID-19!



Основным способом взаимодействия белков друг с другом является прилипание друг к другу. Как вы могли видеть из графического приложения R@h, белки бывают разных форм и размеров. По этой причине большинство белков не прилипают случайным образом друг к другу, а скорее прилипают очень специфично к горстке других белков. Например, вирусный спайковый белок COVID-19 прилипает к человеческому белку ACE2, благодаря которому вирус попадает в клетку.

IPD усердно работает над улучшением способности создавать такие связывающие взаимодействия. Этот процесс начинается с создания набора каркасных белков, которые не имеют иной цели, кроме точного сворачивания в атомную структуру. Эти строительные леса затем закрепляются на целевом белке, представляющем интерес, и их поверхности предназначены для идеального дополнения цели. Наконец, проекты оцениваются, фильтруются и тестируются на связывание в лаборатории.

Теперь мы будем использовать R@h, чтобы выполнить этап проектирования поверхности. Стыковка и фильтрация выполняются быстро, но на самом деле разработка белка происходит медленно. Мы будем использовать огромное количество вычислительной мощности, доступной на R@h, для выборки каждой аминокислоты в каждой позиции на границе раздела. Затем мы выберем лучшие комбинации аминокислот с использованием имитации отжига и Монте-Карло. Выборка является ключевой для этого процесса, и поэтому мы обращаемся к R@h.

Итак, присоединяйтесь к нам в ближайшие недели, когда мы создадим связующие вещества для COVID-19 и родственных белков. Мы все еще будем делать предсказание структуры и проектирование скаффолдов, поскольку они также крайне важны для белковой науки. Но обратите внимание на случаи разработки интерфейса, потому что кто-то может разрабатывать следующее лекарство от COVID-19.

И, надеюсь, вы останетесь, как только пандемия закончится. Мы можем создавать такие связующие только потому, что много лет работали над этой проблемой. Впрочем, впереди еще долгий путь. Совершенствование науки требует времени и вычислений, поэтому мы надеемся, что вы присоединитесь к нам в этой увлекательной поездке.

- Брайан Ковентри

link.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Apr 7 2020, 21:40
Пост #254


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 707
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04



вже деякі завдання з'їдають по 2.3Гб оп


--------------------
Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Dmitro
Apr 24 2020, 21:45
Пост #255


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 39
З нами з: 28-October 08
З: Харьков
Користувач №: 857
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Были всякие Годзилы в команде, но и Титаны заглядывают.

Лям в сутки

https://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_use...p?userid=191322
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_mem...y=expavg_credit

Це повідомлення відредагував Dmitro: Apr 24 2020, 21:59


--------------------
F@H e5440/8GB/2x1063+p106-090
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

18 Сторінки V « < 15 16 17 18 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th March 2024 - 07:34

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.