Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Poem@home, Моделирование структуры белка
nikelong
Dec 25 2007, 18:59
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол





Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"
(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков



Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"


(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."



Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."


Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.


(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."


Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
23 Сторінки V « < 21 22 23  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(330 - 342)
DonDrakon
Nov 27 2014, 10:27
Пост #331


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 14
З нами з: 7-August 13
Користувач №: 3 279
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Закінчились завдання і для CPU і для GPU.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Dec 15 2014, 14:58
Пост #332


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 656
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
Расово верная продукция AMD & ATI: FX-8320 + Phenom II X6 1090T + HD5870 + HD5770



Открытое тестирование нового GPU-клиента

Организаторы проекта POEM@Home c радостью объявили о начале тестирование новой версии GPU-клиента на их тестовом сервере. Появление нового клиента стало возможным благодаря Владимиру Танковичу, одному из участников проекта, который и предложил свою помощь в улучшении эффективности кода клиента, написанного с помощью OpenCL. В результате производительность GPU-клиента с новым силовым полем выросла в разы, если судить по результатам прогонов на небольшом тестовом GPU-кластере.



Улучшенное силовое поле в новом клиенте обеспечивает намного более точное описание атомных взаимодействий в белках, а также - между белком и растворителем вокруг него. Кроме того, новые вычислительные алгоритмы показывают гораздо лучшую эффективность. Так, клиент на видеокарте AMD Radeon R290X выдает в 13 раз большую производительность, чем на процессоре AMD Opteron 6380. Не менее важным новшеством является использование новых алгоритмов Монте-Карло для параллельных вычислений.

С помощью этих новых инструментов исследователи собираются сместить исследовательский акцент проекта POEM@Home с вопроса "В какие структуры сворачиваются белки?» на вопрос "Как белки сворачиваются в эти структуры?". В фокусе внимания исследователей не только процесс сворачивания белков в нативные структуры для выполнения заложенных в них функций, но и временные интервалы этих процессов. Кроме того, нативные структуры должны быть достаточно стабильными, но также обеспечивать необходимую гибкость, чтобы белок мог выполнять свою функцию. Этим аспектам и будут посвящены будущие исследования организаторов проекта, в том числе с помощью нового GPU-приложения.

Новое силовое поле GCN, оптимизированное для архитектуры графических процессоров AMD, также неплохо работает на оборудовании NVIDIA Maxwell. Старая версия аппаратного обеспечения OpenCL 1.1 для NVIDIA и AMD также поддерживается, но менее эффективна по сравнению с новой версией. Хотя владельцы старых видеокарт также могут присоединиться к тестированию нового GPU-клиента, им рекомендуется все же рассмотреть вопрос об участии в других BOINC-проектах, где эта помощь будет более востребована. Другие производители GPU, например Intel, не поддерживаются.

Тестирование нового GPU-клиента будет развернуто в ограниченном виде на специально выделенном тестовом сервере. Для «отлова» ускользнувших от внимания на этапе внутреннего тестирования технических ошибок будет также задействована помощь участников проекта – владельцев самых разнообразных видеокарт. Чем шире будет диапазон вовлеченных в тестирование поддерживаемых видеокарт, тем более устойчивым выйдет в итоге готовый к штатному использованию программный клиент.

Чтобы присоединиться к тестированию нового GPU-клиента в вашем BOINC-менеджере нужно добавить тестовый проект по данному URL - http://int-boinctest.int.kit.edu/poem/
Тестовый сервер не указан в перечне официально поддерживаемых проектов BOINC.

Следует обратить внимание, что:
- результаты работы на тестовом сервере не будет использоваться для научных публикаций;
- кредиты за тестовые задания не будут начисляться в статистике BOINC;
- тестовый сервер приложений может привести к сбою системы, так что не забудьте сохранить все важные данные заранее;
- наилучшим будет выполнить несколько тестовых заданий на вашей видеокарте и сразу же закончить участие в тестировании.

Подготовлено по материалам офсайта POEM@Home


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
vadik_ua
Dec 16 2014, 11:47
Пост #333


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 147
З нами з: 20-September 13
Користувач №: 3 308
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
i5-3570k@4.5GHz / Radeon 7950@1100



Даешь OpenCL в массы cool2.gif

Карта за $400 на ровне с опертронами за $13.000 worthy.gif



--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Dec 21 2014, 20:51
Пост #334


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



http://int-boinctest.int.kit.edu/poem/team...y.php?teamid=39


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Dec 21 2014, 21:06
Пост #335


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



Не удалось создать учётную запись
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
CrazyBigCat
Dec 21 2014, 21:14
Пост #336


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 431
З нами з: 15-February 13
Користувач №: 3 172
Стать: Чол
Парк машин:
2 x Intel Xeon E5-2670 @ 2,6 GHz GeForce GTX 560Ti 1024MB GDDR5 Linux Mint; Intel Core i3-3240 GeForce GT 640 2048MB GDDR3 Darwin 14.0.0; MINIX Neo X7 Quad-Core ARM Cortex-A9 @ 1,6 GHz Android 4.2.2; UGOOS UT1 Quad-Core ARM Cortex-A9 @ 1,6 GHz Android 4.2.2; SAMSUNG Galaxy Tab 2 Dual-Core ARM Cortex-A9 @ 1,2 GHz Android 4.4.4



(vadik_ua @ Dec 16 2014, 11:47) *

Даешь OpenCL в массы cool2.gif

Карта за $400 на ровне с опертронами за $13.000 worthy.gif

По ПОПУГАЯМ - согласен. Но по конечным результатам, не всегда - F@H в пример... основные результаты процессорные, ГПУ - черновые расчеты...


--------------------




User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Jan 23 2015, 18:23
Пост #337


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 656
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
Расово верная продукция AMD & ATI: FX-8320 + Phenom II X6 1090T + HD5870 + HD5770



Ура, запустили новый ГПУ-клиент! ves001.gif

Релиз POEM ++ 2.17 OpenCL

В проекте POEM@Home штатно запустили новое GPU-приложение для видеокарт ATI, для которого недавно создавали даже целый тестовый проект. Благодарят за неоценимую помощь Владимира Танковича.

Одновременно с релизом, запущен обсчет трех новых типов задач под новый GPU-клиент. Также обновили ЦПУ-приложение.

Те, кто пользовался конфигом под несколько потоков на видеокартах ATI, могут столкнуться с проблемами, которые сейчас решаются. Пока рекомендуют считать одним потоком, если задания валятся с ошибками.

link.gif


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Jan 23 2015, 18:48
Пост #338


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 343
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
і7 4790, 16Gb озу, GTX 1060 3Gb, Ubuntu 16.04 64bit (linux 4.8) Athlon II X3(4 core) 450, 8Gb, Radeon R9 280X, Ubuntu 14.04 64bit (linux 3.13)



Завдань для відеокарт на сервері 18619 crazyfire.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Apr 28 2015, 22:39
Пост #339


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 656
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
Расово верная продукция AMD & ATI: FX-8320 + Phenom II X6 1090T + HD5870 + HD5770



Увеличили кредиты для ГПУ-заданий 1vii и 2f21, т.к. время просчета заданий возросло в связи с изменениями конформационных связей в моделируемой системе.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
vadik_ua
Apr 29 2015, 14:05
Пост #340


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 147
З нами з: 20-September 13
Користувач №: 3 308
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
i5-3570k@4.5GHz / Radeon 7950@1100



(Arbalet @ Apr 28 2015, 22:39) *

Увеличили кредиты для ГПУ-заданий 1vii и 2f21, т.к. время просчета заданий возросло в связи с изменениями конформационных связей в моделируемой системе.


А я сидів думав, чому завдання раніше рахувалися за 30 хвилин, тепер 1,5 години. Вот оно шо, Михалыч rilian.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
fram
Jul 10 2015, 08:18
Пост #341


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 328
З нами з: 17-March 10
З: Харьков
Користувач №: 1 349
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
fx8370+ R9 290X, atom n455, i3+gf525m, Athlon64 x2+gt220



ffuuuuu.png


Особенно занятно получилось, когда оказалось, что OpenCL приложения POEM@HOME рассчитывают не структуру белка, а какие-то структуры для лучшей работы OLED экранов, например. Хоть признались, в конце концов. Это касается только части старых заданий группы gpucrystal. В них рассчитывалась конфигурация органических молекул (в частности, полициклических ароматических углеводородов).




В догонку swoon.gif




--------------------
Жить, конечно, хорошо....а хорошо жить - еще лучше
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
vadik_ua
Oct 6 2016, 09:29
Пост #342


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 147
З нами з: 20-September 13
Користувач №: 3 308
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
i5-3570k@4.5GHz / Radeon 7950@1100



Судячи з повідомлення на сайті проекту, він добігає кінця. Дораховуються фінальні завдання, протягом 2-х місяців буде зупинений сервак. Сайт і форум обіцяють підтримувати ще деякий час. Переходжу зі своєю відеокартою на folding@home koc.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Oct 6 2016, 10:18
Пост #343


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 343
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
і7 4790, 16Gb озу, GTX 1060 3Gb, Ubuntu 16.04 64bit (linux 4.8) Athlon II X3(4 core) 450, 8Gb, Radeon R9 280X, Ubuntu 14.04 64bit (linux 3.13)



(vadik_ua @ Oct 6 2016, 10:29) *

Судячи з повідомлення на сайті проекту, він добігає кінця. Дораховуються фінальні завдання, протягом 2-х місяців буде зупинений сервак. Сайт і форум обіцяють підтримувати ще деякий час. Переходжу зі своєю відеокартою на folding@home koc.gif


Судячи з написаного у проекта достатньо своїх потужностей завдяки оптимізації кода що зробив Володимир Танкович worthy.gif
Код їх додатка SIMONA відкритий і доступний для використання всіма охочими worthy.gif
Можемо тільки побажати проекту POEM без HOME подальших успіхів і за їх рекомендацією підтримати інші проекти РВ koc.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

23 Сторінки V « < 21 22 23
Reply to this topicStart new topic
2 Користувачів переглядають дану тему (2 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 22nd October 2017 - 00:55

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.