Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Simap, создаем базу данных сходств протеинов
Waldhausen
Mar 3 2006, 17:54
Пост #1


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 5
З нами з: 3-March 06
Користувач №: 188
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:
(Show/Hide)

IPB Image


02.02.2009
CODE
Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603


2.03.2009
CODE
140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE
http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
24 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(30 - 44)
Rilian
Feb 2 2009, 01:13
Пост #31


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



А я тока что зохвотил еще 6 ВЮ. Хватит на пол ночи.

Вобщем техника такова:
1) разрешить принимать задания тока СИМАПу
2) выставить кэш на 1 день
3) Раз в минуту нажимать Update в боинке на этом проекте


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 2 2009, 01:30
Пост #32


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Итак, зохвотилось еще 12 ВЮ. То есть кэш на день заполнил


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 2 2009, 22:25
Пост #33


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



[quote]Mon Feb 2 22:24:23 2009|boincsimap|Sending scheduler request: Requested by user. Requesting 0 seconds of work, reporting 24 completed tasks
Mon Feb 2 22:24:28 2009|boincsimap|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 3 2009, 00:43
Пост #34


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



а мне 10 свалилось.

как отдать кому-нить?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 3 2009, 01:16
Пост #35


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



там еще 300000 ВЮ на февраль. Лучше досчитай сам smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 3 2009, 11:00
Пост #36


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



та так и сделаю )))

RESULTS Approximate #
in database 358,840
unsent 9,577
in progress 172,290

мы на 140-м месте гдето.
так шо каждая ву важна!

судоку кончается, реверси кончается, 3х+1 кончился, огр кончится через 2 недели, праймгрид челенж прошёл, может в марте соберёмся и до сотни попробуем рвануть?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 3 2009, 23:14
Пост #37


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Ниче-так популярность у проекта. 500 тыщ ВЮ кранчится за день. И потом месяц отдыха


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Feb 28 2009, 02:56
Пост #38


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



February 27, 2009 New Workunits in the evening (UTC) of February 28th

New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 200.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in February, will start in the evening (UTC) of February 28th.


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 28 2009, 03:24
Пост #39


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



28.02.2009 3:16:42 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available)

пока нету.
блин страшно смотреть как 200000 ву перемалывают за неделю.

зато такие графики прикольные на фришниках.





ах, да.

мы на 140-м. я включился.....


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 28 2009, 09:57
Пост #40


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



готовимся к 1 марта! Надо нагребать ВУ побольше


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 1 2009, 00:41
Пост #41


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



ПОЯВИЛИСЬ ВЮ! НАЛЕТАЙ!

советую остановить прием ВЮ в других проектах, увеличит кэш на неск дней, дождаться пока вам перепадет много ВЮ (это может занять неск часов так как ВЮ мало а компов много - конкуренция). Потом верните кэш обратно и активируйте другие проекты

Sun Mar 1 00:40:52 2009|boincsimap|Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 1462039 smile.gif seconds of work, reporting 0 completed tasks
Sun Mar 1 00:40:57 2009|boincsimap|Scheduler request succeeded: got 10 new tasks
Sun Mar 1 00:40:59 2009|boincsimap|Started download of 9030101.011171
Sun Mar 1 00:40:59 2009|boincsimap|Started download of 9030101.011172


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 1 2009, 01:08
Пост #42


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



В этот раз снова будет 600000 ВЮ и по моим прогнозам они закончатся завтра днем

каждая ВЮ считается по 52 мин на core2duo 2.1GHz


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Mar 1 2009, 18:04
Пост #43


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



было 200к. уже кончились. ((
надеюсь хоть на 10 мест поднимемся...


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Mar 1 2009, 18:20
Пост #44


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



ура! дают вухи.

нагребайте ПОБОЛЬШЕ!! 140-е место это сакс. потом ещё месяц работу ждать....


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ReMMeR
Mar 1 2009, 23:37
Пост #45


Наношу пользу и причиняю добро
*********

Група: Team member
Повідомлень: 3 082
З нами з: 20-October 05
З: Quake arena
Користувач №: 135
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Хочу Симап ! smile.gif

Тольо такое выставил сразу пошло качать =)



--------------------
(Show/Hide)

# Open Door, So I Walk Inside ...
У меня
самая класная
табличка в подписи ^_^ !!!



echo 'tuk tuk' > /dev/buben










RC5-72:





OGR-25:














Boinc CPid :


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

24 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 26th July 2017 - 02:47

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.