Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> FightMalaria@Home
nikelong
Jul 28 2011, 17:21
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол




----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте: FightMalaria@Home
Цель:
Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов.

К сведению:
Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений.

Возможности:
Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения.
Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов.

Проблема:
Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная.

Решение:
Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам.

Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home

Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора.

Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363).

Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований:
- что белок делает (биохимия)?
- на что это похоже (кристаллография рентгена)?
- мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)?
- или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)?

Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех.

Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается...


Промежуточные результаты

(Show/Hide)

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds. (2 Oct 2012)
-
This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial. (30 Nov 2012)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
4 Сторінки V < 1 2 3 4 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Bel
Jul 28 2012, 11:13
Пост #16


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Test experiment A is finished!
"We have the first set of 144000 data points to sift through from our 'control' experiment. The system seems to be working well. The next batch of 1.2 million docking calculations is in the queue and ready to go. "
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jul 28 2012, 15:59
Пост #17


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Computation for task vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0 finished
Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Starting task vina_20373_1343480244.719091-1127-PFB0660w_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0 using vina version 200 in slot 1
Sat Jul 28 16:54:42 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:43 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:43 2012 | fightmalaria@home | Started upload of vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0_0
Sat Jul 28 16:54:44 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:45 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:46 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:46 2012 | fightmalaria@home | Finished upload of vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0_0
Sat Jul 28 16:54:47 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:48 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:49 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:50 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jul 29 2012, 01:40
Пост #18


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



в десьять раз больше ву.

и даунлоад лежит


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jul 30 2012, 13:02
Пост #19


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Валидатор выключен


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Aug 13 2012, 17:22
Пост #20


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Server down
The BOINC server will be down for maintenance for a while. We're installing new apps for all OSs, and new shorter work units.
------------
Отакої. sad.gif
Кстати, малярия у всех нормально работает или с глюками? У меня к примеру выдает ошибки на 7-8 секунде расчета.
Надеюсь после этого апдейта заработает как надо.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Aug 18 2012, 10:27
Пост #21


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Hi everyone,
We're still having problems with the server. However, the good news is research IT have agreed to provide us with two far better servers. We hope to move the project to these over the weekend but it will likely be Wednesday before we are back up and running. We will not be sending new workunits until then.
Thanks for you patience,
Kevin
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Aug 20 2012, 11:44
Пост #22


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



(rpisarev @ Aug 20 2012, 08:08) *

Bel - какие есть предложения? smile.gif

Да нет. Я просто узнавалsmile.gif Здесь каждый считает что хочет)
Я к примеру буду переходить на FightMalaria@Home когда проект заработает уже стабильно. Считать нужно будет немного меньше чем в WCG-GFAM, ну и по идеи проект должен будет дать уже результат, судя по описанию принципов работы проекта на офф-сайте. ИМХО. Не агитирую. smile.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Aug 20 2012, 12:33
Пост #23


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Bel, откуда информация что этот проект будет успешнее WCG GFAM ?

2) прдлагаю тебе оформить шапку проекта в fm@h


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Aug 20 2012, 15:22
Пост #24


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



(Rilian @ Aug 20 2012, 13:33) *

Bel, откуда информация что этот проект будет успешнее WCG GFAM ?

2) прдлагаю тебе оформить шапку проекта в fm@h

Почти оформил. Потом еще переведу новость о различиях между GFAM и FightMalaria.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
LSA
Aug 22 2012, 10:11
Пост #25


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 626
З нами з: 7-October 07
З: Kyiv
Користувач №: 596
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482



В мене на калькуляторах XP SP2 (x32) були глюки Error while computing.
Встановив FrameWork 3.5 - запрацювало.


--------------------
(Show/Hide)


GF100 GF114
+++++,++++

<a href="http://allprojectstats.com/showuser.php?id=1333992"><img src="http://allprojectstats.com/s1333992m0a.png" border=0>
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Aug 25 2012, 10:16
Пост #26


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Сервер уже работает, обновление прошло успешно. Админы подготовили 1.5 млн заданий к отправке. Время на выполнение около минуты, глюки исправили. В течении следующей недели еще немного оптимизируют проект. Можно кранчить! koc.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Aug 27 2012, 19:21
Пост #27


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Еще одна новость: показатель процента завершения проекта прикручен не будет, как к примеру в SIMAP. Но админы будут сообщать о завершении этапов, которых насчитывается 30. К всему этому, будут опубликованы новости о результатах этапов - какие задачи считаются, хиты и т.д.
ЗЫ: LSA, на чем малярию кранчиш, а то смотрю газу не плохо поддал? smile.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
LSA
Aug 27 2012, 19:37
Пост #28


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 626
З нами з: 7-October 07
З: Kyiv
Користувач №: 596
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482



QA90 інженерник. 8 ядер + HT


--------------------
(Show/Hide)


GF100 GF114
+++++,++++

<a href="http://allprojectstats.com/showuser.php?id=1333992"><img src="http://allprojectstats.com/s1333992m0a.png" border=0>
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Sep 17 2012, 17:10
Пост #29


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Сегодня команда поднялась на 20 место! Впереди еще 8 команд, которые можем спокойно сейчас обходить. Лучший ппд по 50тыс. у Team Musketeers и SETI.Germany. У нас пока 7-8к. в день и кранчат только 3 человека. Собственно предложение: так как проект только запустили и у конкурентов не так много человек в команде, может залупиться и вытянуть команду на 1 место?! Хоть в одном проекте будем первые! smile.gif К примеру как TSC! Russia в Rosetta@Home.
Понимаю, что формат суперкомпьютера может кому поднадоел, но если сделать рывок - можно спокойно догнать 2 лидеров проекта. Тем более на поддержание ппд на уровне топов на данный момент, нужно человек 10-15.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Sep 17 2012, 21:12
Пост #30


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(Bel @ Sep 17 2012, 18:10) *

Сегодня команда поднялась на 20 место! Впереди еще 8 команд, которые можем спокойно сейчас обходить. Лучший ппд по 50тыс. у Team Musketeers и SETI.Germany. У нас пока 7-8к. в день и кранчат только 3 человека. Собственно предложение: так как проект только запустили и у конкурентов не так много человек в команде, может залупиться и вытянуть команду на 1 место?! Хоть в одном проекте будем первые! smile.gif К примеру как TSC! Russia в Rosetta@Home.
Понимаю, что формат суперкомпьютера может кому поднадоел, но если сделать рывок - можно спокойно догнать 2 лидеров проекта. Тем более на поддержание ппд на уровне топов на данный момент, нужно человек 10-15.

ну проголосуем через полмесяца.

я лично с малярией борюсь в ВЦГ. там более надежно в плане того что результаты будут изучены и выложены куда следует


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

4 Сторінки V < 1 2 3 4 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 20th November 2017 - 05:51

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.