Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> FightMalaria@Home
nikelong
Jul 28 2011, 17:21
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол




----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте: FightMalaria@Home
Цель:
Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов.

К сведению:
Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений.

Возможности:
Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения.
Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов.

Проблема:
Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная.

Решение:
Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам.

Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home

Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора.

Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363).

Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований:
- что белок делает (биохимия)?
- на что это похоже (кристаллография рентгена)?
- мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)?
- или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)?

Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех.

Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается...


Промежуточные результаты

(Show/Hide)

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds. (2 Oct 2012)
-
This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial. (30 Nov 2012)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
4 Сторінки V « < 2 3 4  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(45 - 53)
tiss
Jan 9 2013, 20:43
Пост #46


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 662
З нами з: 28-February 09
Користувач №: 952
Стать: Чол
Free-DC_CPID



у мну выхлоп где-то тыщ 20 в день. больше вряд ли выжму


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tiss
Jan 10 2013, 10:31
Пост #47


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 662
З нами з: 28-February 09
Користувач №: 952
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Чёт у них пломалось

10.01.2013 10:31:26 | fightmalaria@home | update requested by user
10.01.2013 10:31:30 | fightmalaria@home | Fetching scheduler list
10.01.2013 10:31:45 | fightmalaria@home | Master file download succeeded
10.01.2013 10:31:50 | fightmalaria@home | Sending scheduler request: Requested by user.
10.01.2013 10:31:50 | fightmalaria@home | Reporting 600 completed tasks, requesting new tasks for CPU

Куча заданий вывалилась с ошибкой. До этого была одна ошибка на 10 тыщ заданий


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Jan 20 2013, 23:43
Пост #48


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Новая команда в проекте - CHARITY TEAM CONTEST.
http://boinc.ucd.ie/fmah/forum_thread.php?id=69
http://boincstats.com/ru/stats/136/user/list/0/0/229/0
Аж приятно смотреть на эту вакханалию =) Заданий выгребли кучу, готовых к отправке штут 50 крутится в среднем каждую секунду. Боюсь на ночь остнусь на сухпайке. koc.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tiss
Jan 25 2013, 16:46
Пост #49


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 662
З нами з: 28-February 09
Користувач №: 952
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! koc.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Jan 25 2013, 17:18
Пост #50


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



(tiss @ Jan 25 2013, 16:46) *

Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! koc.gif

Тисс, переключайся на вцг или симап. Все задания выгребли CHARITY TEAM CONTEST, которые собрали тучу кранчеров под свое знамя. А сервер пока не такой мощный, что б генерить на такое кол-во народу достаточно заданий. koc.gif
Уже день 5-ый на симапе сижу, а с малярии штук 10 за день только выхватываю...
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tiss
Jan 25 2013, 20:10
Пост #51


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 662
З нами з: 28-February 09
Користувач №: 952
Стать: Чол
Free-DC_CPID



QUOTE(Bel @ Jan 25 2013, 17:18) *

QUOTE(tiss @ Jan 25 2013, 16:46) *

Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! koc.gif

Тисс, переключайся на вцг или симап. Все задания выгребли CHARITY TEAM CONTEST, которые собрали тучу кранчеров под свое знамя. А сервер пока не такой мощный, что б генерить на такое кол-во народу достаточно заданий. koc.gif
Уже день 5-ый на симапе сижу, а с малярии штук 10 за день только выхватываю...


Ша! Я уже в топ 100 вошел. В процессе (2120) тасков

Лучшие участники
18 tiss 12,624 318,801 Ukraine 2 Jan 2013 | 20:34:32 UTC


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Jan 26 2013, 15:51
Пост #52


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



За неделю кпд поднялся с 300,000 до 530,000 обрабатываемых заданий в день! koc.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Feb 3 2013, 15:28
Пост #53


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



CHARITY TEAM CONTEST 2013 by Project FightMalaria@Home is finished now.
Жаль, что всего на две недели... зато есть куча вью. Налетай!
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Bel
Mar 13 2013, 15:35
Пост #54


Мега ранчер
********

Група: Moderators
Повідомлень: 1 301
З нами з: 3-September 10
Користувач №: 1 476
Стать: Чол



Hi Guys,
We've decided to change the planned experiments. We now have the results required for paper 1 and are close to finishing the results for paper 2. Unfortunately we are lagging behind fmah with the actual analysis of results as there is a phenomenal amount of data.

We are currently docking some high quality protein models against the MMV dataset. After that we will be docking molecules from chembl assays. We haven't fully decided what we will be docking after that. We have a few choices but we need to prioritize the most important ones. I'll keep you posted.
Thanks for your help!
Kevin
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

4 Сторінки V « < 2 3 4
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 21st September 2017 - 15:55

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.