Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Docking@home, Изучаем механизм взаемодействия лиганда с белком
nikelong
Aug 9 2007, 21:42
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол





Проект "Docking@home"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:
Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд).



Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation).

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en


http://www.polarseti.ru/page.php?23

http://distributed.ru/wiki/pro:docking

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 19:59
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
6 Сторінки V « < 2 3 4 5 6 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(45 - 59)
corsar83
Jan 28 2010, 12:38
Пост #46


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Сейчас не дома. Но что-то типа Internet is OK. Maybe temporarily server is down. return и через 1 час и более повторяет попытку с тем же успехом. Перезапускал проект несколько раз максимум доходил до 29% за неделю наверно.


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 3 2010, 00:43
Пост #47


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



2010-02-02: Tomorrow D@H will start crossdocking, it is a critical change but we expect we will move smoothly. Please be patient in the event of possible crashes

Завтра проект начнет кроссдокинг.

Что это такое?

QUOTE
The method termed "in situ cross-docking" combines separate docking grids joined into one larger grid


This week Docking@Home starts its crossdocking phase, we will perform docking of a given ligand with slightly different conformations of the receptor, then our postprocessing algorithm will select the best ligand conformation. This process simulates the flexibility of the protein resulting in more realistic simulations


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
roma4004
Apr 30 2010, 06:13
Пост #48


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 3
З нами з: 30-April 10
Користувач №: 1 383
Стать: Чол
Парк машин:
4x2.6Гц I.Core quad, 2Gb RAM, 1Gb GPU



Может мне кто либо подсказать, как можно "убедить" моего "бионика" присоединится к команде Украины, где это вообще меняется? А то он просто считает по видимому очки просто мне считаются, а не команде...
---
А у мну сегодня ДЕНЬ РОЖДЕНИЯ!)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Apr 30 2010, 09:24
Пост #49


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



в проекте котором ты зарегистрирован заходишь в свой аккаунт.

там есть ссылка найти команду - находишь команду Ukraine и жмёшь присоединиться (Join).


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Apr 30 2010, 11:36
Пост #50


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



roma4004, поздравляем с днем рождения и приветствуем в команде Украины! drinks2.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Arbalet
Apr 30 2010, 18:48
Пост #51


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



(Rilian @ Feb 3 2010, 01:43) *

Завтра проект начнет кроссдокинг.

Что это такое?

The method termed "in situ cross-docking" combines separate docking grids joined into one larger grid


This week Docking@Home starts its crossdocking phase, we will perform docking of a given ligand with slightly different conformations of the receptor, then our postprocessing algorithm will select the best ligand conformation. This process simulates the flexibility of the protein resulting in more realistic simulations


Пусть меня поправит Alien, но кроссдокинг - это более продвинутый метод молекулярного докинга (стыковки), когда биологическая мишень (белок) выступает не статичной молекулой, а целой группой почти (дьявол в деталях) идентичных молекул. (Типа различных вариантов одного и того же белка.) И вот на всех этих возможных комбинациях атомов в белке и проводится перебор малых молекул на предмет выяснения самых удачных вариантов взаимодействия. При этом перебор - умный, рационально использующий вычмощности.


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
roma4004
May 2 2010, 22:41
Пост #52


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 3
З нами з: 30-April 10
Користувач №: 1 383
Стать: Чол
Парк машин:
4x2.6Гц I.Core quad, 2Gb RAM, 1Gb GPU



Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
May 3 2010, 08:34
Пост #53


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Смотря какой процесор. У меня Pentium E6500, работает на 3,2Ггц и греется при полной загрузке двух ядер до температуры от 40 до 45 градусов на боксовом кулере в зависимости от температуры в комнате. На кваде конечно будет побольше, но думаю держать желательно ниже 60.


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
roma4004
May 3 2010, 14:07
Пост #54


Так, я створив профіль!


Група: New Members
Повідомлень: 3
З нами з: 30-April 10
Користувач №: 1 383
Стать: Чол
Парк машин:
4x2.6Гц I.Core quad, 2Gb RAM, 1Gb GPU



ДАК) в том то и дело что моего зверька - Intel core quad q6600 температурка критическая у него в паспорте 69, а у меня ядра 72, 70, 68, 68 такие температуры в простое держит постоянно, а как под сто раскочегарится от 80 до 83 подымается, вот я призадумался как работает мой проц, уже когда скачал Бионик, подумал о температуре и качнул еще прогу Core Temp 0.99.5, просто очень уж я сильно сомневаюсь что прога неправильно показания снимает с датчиков на ядрах. Куллер мне еще при покупке поставили до сих пор (два года как) ни разу не перегревался. Все бы ничего да боязно его под 83℃ удерживать...может стоит приобрести охлаждение по прохладистей?)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
May 3 2010, 16:46
Пост #55


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Это чото многовато мне кажется. Может радиатор на проце забился пылью, надо почистить. Или часто бывает нужно нанести новую термопасту на проц. Думаю поможет. Как вариант открыть корпус wink2.gif , но температура высоковата явно.


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
mzhelo
May 3 2010, 18:01
Пост #56


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 284
З нами з: 15-April 09
З: Днепропетровск
Користувач №: 997
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz



roma4004, пылесос (обязательно) и термопасту (факультативно) Вам в помощь. Конечно же, температура очень высокая. Тем более, как я понял, процессор не разогнан. Когда в последний раз делали профилактику?


--------------------

(Show/Hide)


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
May 21 2010, 11:19
Пост #57


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(roma4004 @ May 2 2010, 23:41) *

Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?


Вообще у меня глючить БОИНК и вылет заданий начинается после 72 градусов... а рабочая температура на разогнанных домашних DualCore в раене 60-68 градусов. А вообще Core2Duo без разгона довести до 60 гр. оч трудно. Если больше - надо действительно кулера смотреть... Естественно, корпус также желательно ставить так, чтоб воздухозаборники с левой стороны корпуса на стояли плотно к стене, я у многих такое замечал... однажды у одного чела в тумбочке закрытой комп обнаружил (аж шерсть на затылке поднялась smile.gif)...


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
May 21 2010, 11:50
Пост #58


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(roma4004 @ May 2 2010, 23:41) *

Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?

http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=2133


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Jun 25 2010, 19:43
Пост #59


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Чото список в топ-20 в шапке не отображается blink.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 26 2010, 15:45
Пост #60


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(corsar83 @ Jun 25 2010, 20:43) *

Чото список в топ-20 в шапке не отображается blink.gif

Исправил на топ-30


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

6 Сторінки V « < 2 3 4 5 6 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th March 2024 - 01:20

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.