FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа Налаштування

[Rilian]

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.

График проекта


Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 41041

Projected Days Left - 128

Projected End Date - October 22, 2013

Experiment Completion - 64.09%

Projected WU remaining approximately 19,300,000

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 41504

Projected Days Left - 99

Projected End Date - September 29, 2013

Experiment Completion - 68.04%

осталось ВЮ із єксперімента 41: 17,150,000

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 41994

Projected Days Left - 76

Projected End Date - September 13, 2013

Experiment Completion - 72.22%

Projected WU remaining approximately 14,892,000

At the present rate we are chewing through about 4% of the experiment 41 per week.

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 42428

Projected Days Left - 61

Projected End Date - September 06, 2013

Experiment Completion - 75.92%

Projected WU remaining approximately 12,947,000

The pace is still accelerating with over 2,000,000 WU in the last seven days.


--

Интересно, какой будет новый эксперимент?

[Rilian]

график завершения эксперимента 41



когда синяя линия пересечется с зеленой, эксперимент завершен

[Rilian]

The status page has been updated.

Experiment 41: 69% Completed

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

прімерно осталось меньше 2 месяцев до окончанія єксперімента 41

[Rilian]

The FightAIDS@Home project adds new modeling tool

Summary
The FightAIDS@Home team is adding a new modeling tool to further advance the World Community Grid simulations. In future, project volunteers might notice one of two tools being used, depending on the specific work unit being processed.



The FightAIDS@Home project depends on the computational power of volunteers all over the globe, but until now, the calculations have all used the same molecular simulation tool, a program called AutoDock, developed at the Olson Lab of The Scripps Research Institute. AutoDock is a great tool and has provided years of dependable service. However, the researchers now need to perform certain types of simulations which are more effective on a different modeling program, also developed by Scripps and known as Vina. While Vina may be more accurate in certain 'positive control' experiments and performs significantly faster than AutoDock, AutoDock can be more accurate in certain cases. Each provides complimentary types of data that is helpful to the project's researchers.

The Scripps and World Community Grid teams have recently completed the technical integration necessary to make Vina “grid-enabled” so that it can be used for certain calculations within the FightAIDS@Home project. Therefore, new work units will be allocated to either AutoDock or Vina, depending on the nature of the work and what the researchers determine to be the most appropriate tool for such work.

For volunteers, nothing changes – the procedure for contributing run time to the project is exactly the same, and no decisions or modifications are necessary. The only difference you may notice is a new Vina screensaver, which will display when you are processing a Vina work unit:

[MAGADAN]

Вот получил сегодня странные задания
Их у меня только 2 , обратил на них внимание случаной из-за из короткого названия
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0674_ 1--
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0786_ 1--


И самое интересное что у них выполнение задания стоит по 46 минут
Щас запустил их на выполение посмотрим за который час посчитает

[Rilian]

MAGADAN, это то же самое что FAAH но на рассчетном ядре VINA

[MAGADAN]

Вот и посчиталось
Выхлоп конечно никакой но по мне пусть лучше пусть будет так


А интересно есть новости о том что они полностью переведут проект на это ядро VINA

[Rilian]

MAGADAN, выше про это как раз и написано. В зависимости от эксперимента или условий, иногда лучший результат дает Автодок, иногда Вина.

В итоге видно что их цель не тупо перебрать Н миллионов белков, а найти лучший результат.

Что очень обнадеживает и вселяет уверенность что проект на правильном пути!

[MAGADAN]

Всем привет
Ну теперь точно всем хватит заданий +1835 дней это же более 5 лет считать

[Rilian]

Hello,

The November 18, 2013, issue of the FAAH Newsletter has just been posted:



http://fightaidsathome.scripps.edu/

Enjoy!

Sincerely,

Dan
Research Associate, Dept. of Integrative Structural and Computational Biology
The Scripps Research Institute

[Rilian]

Project Update, March 19, 2014
Hello!

I have updated the status website, so there are updated completion percentages and experiment listings. Some time ago, I split the staus page so that scrolling is more tolerable.

Just to throw out a few numbers:
- Some rough calculations estimate that all AD Vina work on WCG (if all dockings were finished now) make up more than 95+% of all FAAH dockings.
- In the last two weeks, we have been receiving approximately 300 (Vina) batches a day, which equates to approximately 3 million dockings per day. (This may fluctuate, of course, but within the last 2 weeks definitely impressive.)

Thank you, Crunchers!

Dan

[Arbalet]

Обновили на своем официальном сайте данные по проводимым в рамках проекта FightAIDS@home экспериментам по декабрь 2014 г.