Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

 
Reply to this topicStart new topic
> В проекте Mapping Cancer Markers совершенствуют методологию исследования рака
Arbalet
Feb 13 2015, 20:34
Пост #1


Штандартенкранчер
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 2 764
З нами з: 16-August 05
Користувач №: 119
Стать: Чол
Парк машин:
FX-8320 + 1070Ti



В проекте Mapping Cancer Markers совершенствуют методологию исследования рака

Результаты первого этапа проекта «Картирование маркеров рака» (англ. Mapping Cancer Markers) помогают исследователям в определении маркеров рака легких, а также – в улучшении методологии исследований других видов рака. Для этого анализируются последовательности нуклеотидов фиксированной длины (куда входит от 5 до 25 биомаркеров) случайных генов больных раком легких. Этот длинный этап проекта почти завершен, исследователи вскоре готовы сконцентрироваться на более узком наборе генов, представляющих наибольший интерес. Гены-мишени будут выбраны в процессе объединения статистики первоначальных результатов с информацией о биологических путях развития раковых заболеваний.


На фото исследовательская группа проекта Mapping Cancer Markers, которая выражает огромную признательность участникам объединения World Community Grid, на базе которого реализован данный проект распределенных вычислений

Новая платформа для исследований

Ранее организаторы проекта Mapping Cancer Markers (далее – MCM) уже сообщали об использовании в исследованиях нового программного пакета от IBM – InfoSphere®, который представляет собой аналитическую платформу потоковой обработки данных World Community Grid в реальном масштабе времени. Данная потоковая система позволяет обрабатывать входящие данные более надежно и эффективно.

Потоковый процесс обработки данных больше подходит для MCM, чем традиционный способ обработки партий вычислительных задач, который применяется в распределенных вычислениях. Это связано с самой технологической сутью системы World Community Grid – огромного вычислительного ресурса, который постоянно потребляет рабочие задания (WU) и выдает результаты их вычислительной обработки. Такого рода поток данных лучше обрабатывать по мере поступления, чтобы избежать задержек и ограничений в хранении данных.

Применение новой платформы позволило исследователям сделать процесс проектирования новых рабочих заданий на основе частичных результатов более эффективным. Проект МСМ скоро сосредоточит внимание на интересующих генах, выявленных в рамках первого этапа широкого анализа генетических последовательностей. Для сужения фокуса будет применен итеративный подход, когда проектируются небольшие партии рабочих заданий (например, 100 тысяч единиц), которые раздаются с помощью World Community Grid на компьютеры участников, затем анализируются полученные результаты и с их учетом проектируется следующая партия заданий. Таким образом, система будет сходиться к искомым ответам. Из-за непрерывного характера работы проекта MCM, и того объема данных, который ежедневно генерируется, важно, чтобы система анализа достаточно быстро производила следующий набор рабочих заданий.

Сетевой анализ и интеграция

Одной из самых интересных (и важных) частей проекта является интеграция в систему анализа получаемых данных результатов других научных исследований. Это помогает правильно объяснять получаемые результаты, которые собираются в рамках MCM. Давно понятно, что ни один единичный маркер не может быть достаточным для идентификации многих форм рака, хотя в литературе и описаны тысячи значимых молекулярных показателей заболевания. Что еще важнее, множество комбинаций слабо коррелирующих с формой заболевания маркеров обеспечивают более пригодную для оценки информацию.


Итеративная стратегия поиска биомаркеров: пакет рабочих заданий обрабатывается аудиторией World Community Grid, результаты анализируются с помощью потоковой платформы, составляется список высокорезультативных генов, которые в сочетании с информацией, полученной с помощью аналитической биологической сети NAViGaTOR, используются для разработки новых рабочих заданий

Известно, что болезнь может быть более точно описана в терминах изменения сигнальных каскадов - проводящих путей. Путь – это как серия реакций («шагов»), которые вызывают определенный биохимический процесс. Например, можно рассматривать электрические и механические системы в автомобиле в виде набора взаимосвязанных путей. Эти системы очень важны для выполнения общей функции автомобиля. Однако, некоторые из них более важны, чем другие. Так и возникновение рака может не иметь ни одной катастрофической причины (как, например, отсутствие блока цилиндров в автомобиле), но может быть вызвано несколькими менее важными факторами, оказывающими сопоставимое влияние на систему (например, расшатавшиеся болты, удерживающие выхлопную систему автомобиля).

Во всем мире исследователи постоянно находят и публикуют данные о биологических путях и белковых взаимодействиях, связанных с ними. Исследователи MCM используют данную информацию в своей работе. Например, если первый этап исследований состоял в определении генов, как потенциальной цели, то теперь с помощью аналитической биологической сети NAViGaTOR и других внешних источников можно посмотреть в каких известных биологических путях участвует данный ген. Информация о выявленных путях собирается и уточняется с помощью повторной обработки в World Community Grid. Эти исследования совершенствуют поисковую методологию и приводят к схождению результатов на все более лучших решениях. В исходной статье перечисляются наиболее интересные работы в данном направлении.

Исследовательский коллектив ожидает постепенного и плавного перехода к новой стадии проекта MCM, без перерыва в снабжении участников новыми порциями рабочих заданий. Каких-либо изменений в программном коде или визуализации рабочего приложения также не планируется. Оба этапа исследований будут перекрываться во времени. Время выполнения рабочих заданий существенно не измениться, как и кредитное вознаграждение за них.

Подготовлено http://distributed.org.ua по материалам World Community Grid: Using one cancer to help defeat many: Mapping Cancer Markers makes progress


--------------------
(Show/Hide)


My asteroids: 1150 Achaia, 1643 Brown, 3286 Anatoliya

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 17:35

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.