Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Waldhausen |
Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол |
Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap http://distributed.ru/wiki/pro:simap |
Rilian |
Mar 1 2009, 23:58
Пост
#46
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
У меня в кэше 60 штук = 50 часов
Эти ВЮ в 2 раза дольше считаются чем прошлые, поэтому по новому прогнозу они закончатся завтра вечером. Следующие будут не раньше апреля -------------------- |
Rilian |
Mar 2 2009, 12:33
Пост
#47
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
нагреб в кэш на 5 компах 300 ВЮ
это примерно 6000 очков -------------------- |
Некто |
Mar 2 2009, 12:47
Пост
#48
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 767 З нами з: 16-May 08 З: Київ Користувач №: 745 Стать: Чол Парк машин: Q6600 @ 2600 MHz |
у мну в кэше 120 заданий
-------------------- |
Rilian |
Mar 2 2009, 13:19
Пост
#49
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Rilian |
Mar 3 2009, 00:56
Пост
#50
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Осталось 50000 заданий и 100000 ВЮ. По прогнозам их разберут до 12 часов утра
-------------------- |
Death |
Mar 3 2009, 01:06
Пост
#51
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 429 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
в кеше 17 штук по полтора часа.
поставил кеш 10 дней - нифига. 03.03.2009 1:03:40 boincsimap Message from server: No work sent 03.03.2009 1:03:40 boincsimap Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 88.9% of time, computation enabled 99.9% of that ХЗ Некто, за сколько задание кранчится? -------------------- |
Rilian |
Mar 3 2009, 01:11
Пост
#52
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
На core2duo 2.1 Ghz кранчится за час +- пара минут
На core2duo 2.66Ghz@2.85Ghz кранчится за 45 минут ПС: осталось 75000 ВЮ. Думаю до утра разберут ... Слудующая пачка в апреле -------------------- |
Rilian |
Mar 3 2009, 13:29
Пост
#53
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Осталось очень мало ВЮ. Запасайте в кэш!
ПС: команда вышла на 138 место! -------------------- |
Rilian |
Mar 3 2009, 21:10
Пост
#54
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Итак, запущены все блоки ВЮ, что видно на странице batch monitor
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php каждая ВЮ высылается 2 раза, итого в сумме будет 1030000 ВЮ, в среднем на 55 минут рассчетов. Уже отправлено ( http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php ) 630000 ВЮ, осталось 400000 штук. 13000 активных компов посчитают (или скачают) это примерно за 30 часов, то есть до середины 5 марта -------------------- |
Death |
Mar 4 2009, 11:25
Пост
#55
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 429 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
да, что-то медленно поднимаемся (((
-------------------- |
Rilian |
Mar 4 2009, 23:12
Пост
#56
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Rilian |
Mar 4 2009, 23:46
Пост
#57
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
ВЮ отбираютс со скоростью 1000 в 20 минут.
Осталось около 190000 -------------------- |
Death |
Mar 4 2009, 23:58
Пост
#58
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 429 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
04.03.2009 23:43:05 boincsimap Requesting new tasks
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Scheduler request completed: got 0 new tasks 04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: No work sent 04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: (reached per-CPU limit of 30 tasks) 04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available) -------------------- |
Rilian |
Mar 5 2009, 00:00
Пост
#59
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Да, лимит 30 ВЮ на ядро, а также 200 ВЮ в день на комп
-------------------- |
Rilian |
Mar 5 2009, 10:15
Пост
#60
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 389 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 19th April 2024 - 04:38 |