Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Simap, создаем базу данных сходств протеинов
Waldhausen
Mar 3 2006, 17:54
Пост #1


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 5
З нами з: 3-March 06
Користувач №: 188
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:
(Show/Hide)

IPB Image


02.02.2009
CODE
Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603


2.03.2009
CODE
140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE
http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
24 Сторінки V « < 21 22 23 24 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(330 - 344)
Death
Jun 7 2014, 19:22
Пост #331


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
17 Nordlichter 40,636,491 29 73 54,147.66
15 boinc.at 47,151,683 28 73 142,689.78
11 Ars Technica 65,412,406 38 63 452,833.19
14 BOINC Synergy 53,478,891 94 8 2,044,222.19


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
Jun 15 2014, 22:49
Пост #332


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 388
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



3200 не вистачило навздогнати BOINC@Poland. Але все одно, ми молодці!


--------------------
(Show/Hide)






Folding@Home

Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Oct 19 2014, 13:07
Пост #333


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php

приготовлена пачка заданий Oct 2014. Размер 100,000,000 TFPOPS, то есть примерно ее хватит на 100 дней

судя по тому что СИМАП BOINC хотели закрить в конце 2014го, то єто последние задания проекта

спешите посчитать их и внести свой вклад в биоинформатику drinks2.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Oct 28 2014, 13:14
Пост #334


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



До конца проекта 45 дней http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Oct 29 2014, 01:19
Пост #335


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



чекпоинт

Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
17 Nordlichter 43,198,765 5,249 44,701 32.96
15 boinc.at 48,356,791 10,019 39,931 166.07
16 Team Norway 45,899,870 42,377 7,574 551.18
12 Ars Technica 67,033,946 20,069 29,882 846.96
14 BOINC Synergy 57,239,064 35,128 14,823 1,046.62
8 Rechenkraft.net 94,778,058 45,878 4,073 13,026.53

9 9 TSC! Russia 276,012 94,102 340,827 320,876 325,581 2,221,359 9,258,749 339,759 4 92,266,171
10 10 BOINC@Poland 64,445 20,262 102,677 103,934 89,717 613,121 2,630,365 98,143 8 83,473,273
11 11 Czech National Team 54,996 19,751 70,197 72,874 73,096 492,898 2,182,316 76,875 11 80,537,483
12 12 Ars Technica 19,515 5,883 22,516 19,630 20,069 148,142 388,938 16,673 33 67,033,946
13 13 BOINC.Italy 76,335 26,611 104,286 97,715 63,997 476,750 1,927,024 73,394 12 59,624,164
14 14 BOINC Synergy 28,485 8,900 38,911 32,242 35,128 233,909 989,954 35,086 23 57,239,064
15 15 boinc.at 9,286 2,622 12,714 12,152 10,019 70,854 270,803 10,215 49 48,356,791
16 16 Team Norway 29,721 11,426 51,589 38,105 42,377 280,181 1,180,539 41,612 19 45,899,870
17 17 Nordlichter 8,025 1,830 9,065 9,259 5,249 39,106 585,463 14,309 39 43,198,765
18 18 Ukraine 36,941 12,838 45,007 50,258 49,950 330,293 1,363,271 50,050 15 41,725,321
19 19 University of Illinois at Urbana-Champaign 19 0 0 42 14 118 250 14 507 41,254,202

надо попедалить )


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Oct 29 2014, 09:32
Пост #336


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(Death @ Oct 29 2014, 02:19) *


*****

надо попедалить )


Поддерживаю! Я втопил сколько мог! Больше просто нечем ((! koc.gif koc.gif koc.gif


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 4 2014, 10:21
Пост #337


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

начался рассчет последней пачки заданий!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 10 2014, 13:53
Пост #338


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Осталось 35 дней до конца проекта...

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 16 2014, 17:14
Пост #339


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

осталось 28 дней рассчетов! Подключайтесь!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Yura12
Nov 23 2014, 15:24
Пост #340


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 8
З нами з: 13-February 13
З: Петрозаводск
Користувач №: 3 169
Стать: Чол




Уже осталось чуть больше месяца, пока можно поддержать медико-биологический проект распределённых вычислений SIMAP.

С 2015 года он будет недоступен для счёта через BOINC всем пользователям (а будет считаться только внутри института у организаторов проекта).

Поэтому сейчас – самое важное сейчас – это активно поддержать проект, чтобы успеть как можно больше просчитать, продвинуть проект и исследования.

Остальные проекты подождут, их мы и в 2015 году успеем просчитать, а SIMAP уже нет. Так что присоединяйтесь к проекту SIMAP, переводите на него как можно больше мощностей.

Заключительное соревнование по SIMAP
http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/586
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Nov 27 2014, 19:39
Пост #341


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



SIMAP - Similarity Matrix of Proteins is temporarily shut down for maintenance. Please try again later.


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Dec 4 2014, 00:50
Пост #342


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



странно но

Project status:
preparing new work
Scheduled start: Wed, Dec 10 (06:00:00)



--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
dimus8210
Dec 5 2014, 13:23
Пост #343


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 707
З нами з: 24-November 13
З: Київ
Користувач №: 3 348
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Ryzen 5900X, 32Gb озу, RTX3060, Ubuntu 20.04; E5-2680x2, 32Gb озу, GT1030, Ubuntu 20.04



Панове хто-небудь готується-хом’ячить до SIMAP final challenge?


--------------------
Science knows no country, because knowledge belongs to humanity, and is the torch which illuminates the world. Science is the highest personification of the nation because that nation will remain the first which carries the furthest the works of thought and intelligence. Louis Pasteur
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
Dec 5 2014, 14:41
Пост #344


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 388
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



(dimus8210 @ Dec 5 2014, 13:23) *

Панове хто-небудь готується-хом’ячить до SIMAP final challenge?
Я в темі, проте нахом'ячити виходить не дуже - лишились завдання з WCG дораховуюсться сьогодні. Проте два тижні я з Вами.


--------------------
(Show/Hide)






Folding@Home

Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Vzik
Dec 8 2014, 11:24
Пост #345


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 388
З нами з: 26-April 13
З: Київ, Святошин
Користувач №: 3 232
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи.



Здається, на що здатна наша команда, то це приблизно 3000 балів в час, як доречі і у BOINC@Poland (Link).
Мабудь не популярний проект, до того ж який закривають...


--------------------
(Show/Hide)






Folding@Home

Шукаю сенс життя...

Хто дуже шукає - той знаходить.
The Law of One (Ra Material)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

24 Сторінки V « < 21 22 23 24 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 11:53

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.