Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> MolDynGrid, Virtual Laboratory
Alien
Jan 12 2010, 03:32
Пост #1


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



MolDynGrid Virtual Laboratory

QUOTE
Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

QUOTE
публикации 2010 года:
(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:
(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.



(Show/Hide)



--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
4 Сторінки V  1 2 3 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(1 - 14)
nikelong
Jan 12 2010, 03:41
Пост #2


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Alien,

Спасибо.
И какой проект РВ мы помогали считать?

ЗЫ: ваш сайт?


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 12 2010, 03:53
Пост #3


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb





Мы пока работаем в рамках академического грида - http://grid.bitp.kiev.ua
Список наших серверов Украины - http://gridmon.bitp.kiev.ua, но настроены пока 5-6 кластеров, для GROMACS (IMBG, KNU, ISMA, KPI, MAO, ICBGE).
Сайт лаборатории - https://moldyngrid.org (в процессе разработки, но расчетный блок готов)
Список пользователей https://grid.org.ua/voms/?vo=moldyngrid
Сертификаты - https://ca.ugrid.org/valids.php
Презентация на рабочем совещании по УАГ'09 - https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG_ITF'09.ppt
Новости MolDynGrid - https://moldyngrid.org/forum/index.php?showtopic=24

К сожалению, на данный момент "домашние пользователи" не могут предоставить свои ресурсы для нашего украинского проекта, но у меня давно интерес к этому.
На данный момент мы под управлением NorduGrid middleware, скоро попробуем засертефицировать и под gLite. Это даст возможность участвовать в EGEE проектах.
Правда мы и тут уже зарегистрированы - https://cic.gridops.org/index.php?section=v...=moldyngrid.org

Я здесь редко общался, но зарегистрирован давно =)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 12 2010, 04:10
Пост #4


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(nikelong @ Jan 12 2010, 03:41) *

И какой проект РВ мы помогали считать?

скорее информацией и советами на вашем портале и его аналоге с доменом .ru.
мне конечно интересна идея использования ресурсов, особенно GPU акселерация для громакса, но боюсь тут будет много проблем
Наша лаборатория занимается проектами по аналогии: Folding@Home, Docking@home, Proteins@home.
Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін.
http://moldyngrid.org

Спасибо за то, что поддерживаете ученых!


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 17 2010, 11:11
Пост #5


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Круто!

И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 17 2010, 11:21
Пост #6


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



riliane, ti videl trebovanija k sertifikacii pod glite? oni po tolshine kak voina i mir ))) i do sih por neponyatno 4to shitat na superkomputere v kpi. zachem eshe i domashnie uzeri?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 19 2010, 14:23
Пост #7


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(Death @ Jan 17 2010, 11:21) *

riliane, ti videl trebovanija k sertifikacii pod glite? oni po tolshine kak voina i mir ))) i do sih por neponyatno 4to shitat na superkomputere v kpi. zachem eshe i domashnie uzeri?

это вопрос ко мне? =) мы работаем над этим. Все есть, кроме самой сертификации ROC-ом. Это скорее политический вопрос.
не понятно что мы считаем на кластерах? не понял вопроса.
КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает.
с инфинибендом у нас в громаксе классная параллелизация, а он стоит не на многих кластерах.
При 1 Гбитном есернете мы не используем более 2-3 узлов, а при инфинибенде прирост очень классный, я лично использовал 96 ядер (8ми ядерные узлы). (можно в презентации глянуть).
Мы не хотим ограничивать себя в маленьком времени... До грида и больших ресурсов мы проводили расчеты в пределах одного сервера до 5-10 нс, средних по величине объектов. Теперь я делаю по 100 нс, минимум. Благодаря этому я определил, что разгонный участок оказывается в первых 50 нс, для моего объекта. Разгонные участки нельзя использовать для большинства анализов, много погрешностей. Все траектории на картинках были поставлены на динамику при одинаковых параметрах симуляции, кроме 0, там другой алгоритм термостата - берендсен.

(Rilian @ Jan 17 2010, 11:11) *

Круто!

И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?

спасибо)
на самом деле вся проблема в нехватке рук, мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что...


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Jan 21 2010, 01:31
Пост #8


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Alien,
А у вас есть форум?

Я так, бегло прошелся по твоим ссылкам, и ничего подобного не нашел.

У меня родилась идея: мы создадим отдельный основной подфорум "MolDynGrid".

Покрайней мере с нашей стороны форумчанам будет интересно пообщатся напрямую с создателями проекта. Ну и тематика нашего форума подходящая.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 21 2010, 05:23
Пост #9


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(nikelong @ Jan 21 2010, 01:31) *

Alien,
А у вас есть форум?

Да, есть..я давал ссылку на него. https://moldyngrid.org/forum/ У нас пока чаще общение ведется по имейл или ICQ. так что имхо, лучше здесь.

(nikelong @ Jan 21 2010, 01:31) *

У меня родилась идея: мы создадим отдельный основной подфорум "MolDynGrid".
Покрайней мере с нашей стороны форумчанам будет интересно пообщатся напрямую с создателями проекта. Ну и тематика нашего форума подходящая.

Идея классная, постараюсь делиться новостями с передовой =)
Все желающие познакомится с академическими распределенными вычислениями советую зайти сюда -
Рабочее совещание ''Украинский академический грид - 2009
http://grid.nas.gov.ua/index.php?option=co...mid=182&lang=ru

Почитать презентации, к примеру в ГАО НАНУ (Главная астрономическая обсерватория), уже как год ведутся расчеты на ГПУ кластере (до этого использовали активней ПЛИСы, если не ошибаюсь). Был там, стоят ГТХ 280, есть планы у нас с ними покупать Ферми, но что касается биологических вычислений, тут еще остаются проблемы с GROMACS и NAMD.


Я планирую закупить в отдел 3д вижен нВидиа очки, есть опыт просмотра стерео молекул и т.д? Интересно насколько удобней рассматривать.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Jan 21 2010, 12:26
Пост #10


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



Молодцы, вы превзошли ожидания многих из нас cool2.gif

После ознакомления с презентацией появились такие мысли:

Основная часть ваших работ велась на кластере из 32 Оптеронов. На сегодня 1шт. Intel i7 способна на многое, да и КвардКоре и Феном довольно сильны.
Но, по всей видимости, ваши программы "общаются" именно с кластером, виртуально одной машинкой rilian.gif и перейти к схеме удаленных РВ, где нужно ещё засунуть алгоритмы в клиента, написать софт для сервера рассылки/приема заданий - большая ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ работа. Не говоря о том, что нужно как-то "разрезать" одну большую задачу на множество маленьких заданий.
Но, с другой стороны, если вы это осилите, думаю, получите заметное ускорение своей работы.
Многие пользователи могут выделить вашему клиенту более 2 Гб ОЗУ и даже более, если потребуется. (я вообще оч удивляюсь, что многие клиенты потребляют мало памяти, наверняка это из моральных соображений и в ущерб производительности). Хотя та же Rosetta@home требует много памяти на процесс и я вполне понимаю, почему так.
Хотя, может уже не стоит связываться с ЦПУ, т.к. имеем ГПУ. (Ферми, очевидно, будет мощной штукой с её производительностью в вычислениях двойной точности и серьёзно переработанной архитектурой).
Тем более, что Folding@home давно применяют Gromacs для ГПУ, вот только они там используют какой-то Brooks - вроде бы как давно устаревший и оттого довольно таки медленный. Но и они (почему-то?) не могут перейти на более эффективные алгоритмы (может, оттого, что трудно делать одинаковые задания для АМД и Нвидии? тогда нужно целиться на DirectCompute или OpenCl, ну или же CUDA с прицелом на Ферми. Но нужно где-то брать специалистов по этим делам idontno.gif или самим...)

Знакомы ли вы с методологией проекта Rosetta@home+Fold-it ? (имхо, они (зачем-то?) убрали с сайта анимацию своих достижений в симуляции фолдинга и вообще мало делятся результатами, но моему имху кажется, что ихний подход эффективнее, чем у Folding@home. Правда, мне так и не удалось углубиться, в чем основные отличия, вроде, как минимум, в бОльшей детализации у Folding@home. (но так ли она нужна?)

Также - я не силён в суперкомпьютерах, но сильно удивился, что в вашем тесте вышло, что кластер на основе (уже) очень слабых Ксеон2,33ГГц выдавали производительность на процессор - в 3 раза бОльшую, чем Ксеон3,2ГГц - за счет большей полосы пропускания между узлами. Просто интересно - это особенность используемых алгоритмов или общеизвестный факт, что 1Гбит сети оказывается явно недостаточно.

А 3Д-очки - думаю, вы оцените их пользу. Может, даже "другими глазами" посмотрите на казалось бы знакомые модели молекул.

(ну в презентации допущено 5 описок и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения, если она была проанализирована целевой аудиторией)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 21 2010, 12:32
Пост #11


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



1. КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает.

2. И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?

3. мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что...



NUFF SAID


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Jan 21 2010, 20:31
Пост #12


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Київ
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
1xRadeon 5570 (idling) +Xcores BOINC&OGR-NG



основная проблема РВ - параллелизация задач
т.е., разбиение основной задачи на подзадачи еще до начала вычислений

кластер выполняет именно параллельные вычисления, т.е. решает одну задачу, создавая несколько одновременно выполняемых вычислительных потоков, именно потому кластерные вычисления не совместимы с привычной нам распределенной моделью

(это что я вспомнил из своей дипломной работы shuffle.gif)


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 22 2010, 16:47
Пост #13


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Основная часть ваших работ велась на кластере из 32 Оптеронов.

нет, это не совсем так.
До развития Грид инфраструктуры и создании лаборатории MolDynGrid, расчеты велись локально на некоторых кластерах, включая и в Институте Кибернетики НАНУ.
Да, мы считали на ИМБГ-овском кластере раньше, но не более 10 нс. Он маломощный, как ты заметил.. Сейчас на нем считают или мелкие задачи или проводим анализ траекторий молекулярной динамики (МД).
За последний год, наши объекты исследований мы считаем на 32 ядрах и выше, на кластерах с инфинибенд. Благодаря меньшим задержкам эффект параллелизации значительно выше, относительно 1Gbit Ethernet.
Более свежую презентацию можно глянуть здесь, но тут тоже далеко не вся информация.
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG_Gr...eports-2009.rar (видео ролик - первый слайд презентации)
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

На сегодня 1шт. Intel i7 способна на многое, да и КвардКоре и Феном довольно сильны.

мы на квадрах и считаем на кластерах ИСМ-ы и КПИ. (Xeon E5345 и Xeon E5440)
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Но, по всей видимости, ваши программы "общаются" именно с кластером, виртуально одной машинкой rilian.gif и перейти к схеме удаленных РВ, где нужно ещё засунуть алгоритмы в клиента, написать софт для сервера рассылки/приема заданий - большая ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ работа. Не говоря о том, что нужно как-то "разрезать" одну большую задачу на множество маленьких заданий.
Но, с другой стороны, если вы это осилите, думаю, получите заметное ускорение своей работы.

да, работы много, но судя по фолдинг.хоуму - реальна для громакса.

(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Многие пользователи могут выделить вашему клиенту более 2 Гб ОЗУ и даже более, если потребуется. (я вообще оч удивляюсь, что многие клиенты потребляют мало памяти, наверняка это из моральных соображений и в ущерб производительности).

Нашим объектам с головой хватает по 512 мб\на ядро. А в целом на проект используется 600 мб, но из-за параллелизации по узлам кушается больше.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Хотя, может уже не стоит связываться с ЦПУ, т.к. имеем ГПУ. (Ферми, очевидно, будет мощной штукой с её производительностью в вычислениях двойной точности и серьёзно переработанной архитектурой).
Тем более, что Folding@home давно применяют Gromacs для ГПУ, вот только они там используют какой-то Brooks - вроде бы как давно устаревший и оттого довольно таки медленный. Но и они (почему-то?) не могут перейти на более эффективные алгоритмы (может, оттого, что трудно делать одинаковые задания для АМД и Нвидии? тогда нужно целиться на DirectCompute или OpenCl, ну или же CUDA с прицелом на Ферми. Но нужно где-то брать специалистов по этим делам idontno.gif или самим...)

мне очень интересна ГПУ акселерация, но судя по патчам для громакса от создателей Folding@home, они не поддерживают ряд алгоритмов, которые необходимы нам, для получения корректных результатов. Сложность еще в том, что в Folding@home считают очень маленькие объекты в пределах нескольких а.о., у нас же
комплексы большие и достигают около 10 тысяч атомов, только самого белка.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Знакомы ли вы с методологией проекта Rosetta@home+Fold-it ?

знаком, но уверен, что в меньшей степени чем вы.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Также - я не силён в суперкомпьютерах, но сильно удивился, что в вашем тесте вышло, что кластер на основе (уже) очень слабых Ксеон2,33ГГц выдавали производительность на процессор - в 3 раза бОльшую, чем Ксеон3,2ГГц - за счет большей полосы пропускания между узлами. Просто интересно - это особенность используемых алгоритмов или общеизвестный факт, что 1Гбит сети оказывается явно недостаточно.

это скорее мой недочет, просто те кому предназначалась презентация знакомы с архитектурами данных кластеров.
Ксеон 2,33ГГц - 4х ядерный процессор
Ксеон 3,2ГГц - 2х ядерный.
Еще хотел бы отметить, что по графику Ксеон 3,2ГГц, менее мощный чем АМД 2.0, на самом деле на кластере ICBGE сейчас софтовые проблемы и Интел не проявил себя в полных силах. Так что я думаю АМД проигрывает. Но результат в графике отображает реальное состояние на данный момент.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

А 3Д-очки - думаю, вы оцените их пользу. Может, даже "другими глазами" посмотрите на казалось бы знакомые модели молекул.

да =)
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

(ну в презентации допущено 5 описок и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения, если она была проанализирована целевой аудиторией)

в скриншотах?
насчет неясностей, тут уж сорри, она предназначалась для другой целевой аудиторией, как уже заметили. Поэтому я здесь и могу ответить на любые вопросы.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 22 2010, 17:08
Пост #14


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(Death @ Jan 21 2010, 12:32) *

1. КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает.
2. И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?
3. мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что...
NUFF SAID

Прежде чем начать заниматься каким-то делом, сперва нужно понять что ты хочешь получить в итоге.
Нехватка мощностей это не задача номер 1 для нас, как и любого Института академии.

Для нас, как и любого ученого важны международные контакты, сотрудничество и обмен опытом, результатами которых должны стать статьи в престижных журналах, патенты и финансирование.
Я не считаю, как и любой из вас, что наша страна занимает сегодня в мире 1е место по науке. Но хочу отметить, что у нас огромнейший потенциал, которому не хвает финансирования и высокого уровня практики.
Мне приходится тратить в 10тки раз больше времени на обучение и то благодаря долгих поисков информации в интернете. А когда находишь нужную статью, за нее еще нужно заплатить 35 долларов. Конечно же есть закупленные аккаунты, но пока доступа через них к журналам по нашему направлению - нет. Такого абсурда в цивилизованных странах нету.

Исходя из всего этого, ставить задачу по использованию лишь десктоп грида (или на первых началах), мы просто не продвинимся никуда. А если не учитывать аспекты безопасности, то тем более. У нас есть отделы которые занимаются в биохим военных областях, для многих пользователей безопасность к доступу важна.

Скоро мы будем продвигаться на европейские ресурсы. Мы могли этим заняться еще год назад, но не хотели (до создания веб-портала).
Объясню почему, выпрашивать ресурсы при этом не быть для них интересными - считаю некорректно с этической точки зрения. Чтоб нас считали полноправными партнерами мы планируем предоставить доступ пользователям их институтов, через наш удобный веб-интерфейс и чтоб была возможность пользоваться у них еще и нашими кластерами, а нам ихними. Вот тогда это будет правильно и нас будут уважать, как партнеров на международной арене. А просто "паразитировать" на их серверах, думаю это не для нас.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 22 2010, 17:37
Пост #15


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(Tamagoch @ Jan 21 2010, 20:31) *

основная проблема РВ - параллелизация задач
т.е., разбиение основной задачи на подзадачи еще до начала вычислений

кластер выполняет именно параллельные вычисления, т.е. решает одну задачу, создавая несколько одновременно выполняемых вычислительных потоков, именно потому кластерные вычисления не совместимы с привычной нам распределенной моделью

(это что я вспомнил из своей дипломной работы shuffle.gif)

у громакса есть такая штука как Domain Decomposition благодаря которому разбиваются на подзадачи.
http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/...macs/index.html


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

4 Сторінки V  1 2 3 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 26th September 2017 - 09:31

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.