Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> MolDynGrid, Virtual Laboratory
Alien
Jan 12 2010, 03:32
Пост #1


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



MolDynGrid Virtual Laboratory

QUOTE
Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

QUOTE
публикации 2010 года:
(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:
(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.



(Show/Hide)



--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
4 Сторінки V < 1 2 3 4 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Sergyg
Jan 22 2010, 21:41
Пост #16


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



(видео ролик - первый слайд презентации)

Мы тоже мыслим онологично smile.gif Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/
только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо)

...и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения...

ещё раз прочитал то место, у вас все правильно, это я - читал ночью smile.gif

я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы.
Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, да и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Т.е. ваши исследования мудрёны 6e047365df22.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 22 2010, 22:10
Пост #17


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(Sergyg @ Jan 22 2010, 21:41) *

(видео ролик - первый слайд презентации)

Мы тоже мыслим онологично smile.gif Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/
только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо)

симпотно, даже догадываюсь как и в чем было сделано =)
я тоже планировал сперва подзарабатывать на визуализации научных результатов..
(Sergyg @ Jan 22 2010, 21:41) *

я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы.
Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Вот.

все зависит от тематики отдела.. У Панды одни у нас другие, некоторые вообще занимаются мембранными белками, а это в несколько раз больше и медленнее считается...

Насчет отдельных атомов, то ты несовсем правильно понял. Есть координаты ввиде цифр, которые идут на расчеты, а есть визуализация уже посчитанных результатов. Одни и теже координаты визуализировать можно по разному принципу, к примеру на атомарном уровне, по вандерваальсовским радиусам, по вторичной структуре.. Тоесть к расчетам это не имеет особо отношений.



--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 22 2010, 23:40
Пост #18


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



а архив.орг не помогает? что за платные статьи, просвети плз.


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 23 2010, 00:01
Пост #19


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



и да, на егее щас собирают доклады - вы что-нить послали?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 23 2010, 00:28
Пост #20


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



мы пока не участники егее, для этого нужен жлайт, пока не сертифицированный.. Скоро обратимся в Польшу за помощью.
Их проект заканчивается через пару месяцев, скорее всего будут отчитываться те, кто участвовал и получал финансирование.
а архив.орг не помогает? что за платные статьи, просвети плз.

к примеру через сайнс директ, доступ к статьям физкем, компьютейшенал кемистри и т.д.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 23 2010, 01:18
Пост #21


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



ну я кол 4 пейперс не читал, мне лень, но если есть наработки почему бы не послать? они будут отбирать участников для орального доклада по присланным бумажным докладам. вроде так.

или послать нечего?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 23 2010, 13:28
Пост #22


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



Насчет егее доклада, я этой информацией не владею, но узнаю.

А что касается есть ли что предоставить, то есть и предоставляли и нас приглашали на выступление в Италию, 2009 год...

Salnikov A.O. , Sliusar I.A., Sudakov O.O. , Savytskyi O.V., Kornelyuk O.I.
"MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure"
Proceedings of IEEE International Workshop on Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems: Technology and Applications. – 2009. –P.237-240.
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/IDAACS_2009.rar
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/ID...ynGrid_upd.pptx

Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Boyko Yu.V. and Kornelyuk O.I.
IMPLEMENTING THE FILE STORAGE SYSTEM IN THE UKRAINIAN ACADEMIC GRID INFRASTRUCTURE
21st International CODATA Conference Scientific Information for Society - from Today to the Future, 2008
http://www.codata.org/08conf/abstracts/Sal...GE%20SYSTEM.htm
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/CO...rid_Storage.ppt

R. Nikolaenko, F. Tereschenko, A. Savitsky, A. Kornelyuk
“Molecular dynamics simulation of human tyrosyl-tRNA synthetase and its mutant forms associated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy.”
Polish – Ukrainian research collaboration meeting, Warsaw, International Institute of Molecular and Cell Biology, May 14, 2009
Это тоже связано с MolDynGrid.


Вот сейчас недавно наши приехали из Нидерландов, конференция связана с http://www.enmr.eu будем заключать с ними сотрудничество. Они очень заинтересовались нашей лабораторией, даже не подозревали, что такое может быть в нашей стране. Они только планируют сделать нечто подобное ввиде удобного веб-интерфейса под Грид инфраструктуру.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 24 2010, 02:27
Пост #23


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



Ну вот, сегодня исторический день для лаборатории MolDynGrid, первый зарубежный пользователь, из Нидерландов добавлен в состав нашей VO.
User's DN and CA:/O=dutchgrid/O=users/O=universiteit-utrecht/OU=chem/CN=Nuno Loureiro Ferreira
осталось перевести портал на английский язык =)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Jan 24 2010, 12:47
Пост #24


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Поздравляю с расширением!


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 24 2010, 13:15
Пост #25


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Круто! Я рад что наша наука развивается smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 24 2010, 14:01
Пост #26


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



Спасибо, ребята... В честь этой новости выложу схему посещаемости к нам из мира, за последние 10 месяцев.
Это при том, что мы не рекламировали себя и не приглашали, особо. Хотели сперва все нормально доделать.


Ukraine, Poland, United States, Netherlands, Italy, Norway, France, Romania, Russia, Finland


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 26 2010, 01:13
Пост #27


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(Alien @ Jan 22 2010, 17:08) *

У нас есть отделы которые занимаются в биохим военных областях, для многих пользователей безопасность к доступу важна.

а что они считают если биологическое оружие запрещено??


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Jan 26 2010, 01:27
Пост #28


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



(Rilian @ Jan 26 2010, 01:13) *

а что они считают если биологическое оружие запрещено??

Это не обязательно оружие, но объект с повышенным уровнем доступа. В данном случае они у нас не считают и врядле связаны с теоретическими вычислениями..скорее экспериментаторы.
Что касается вычислений, то при том же поиске лиганда, потенциального лекарственного препарата, таким же методом можно найти оружие массового поражения =)
Если о добрых целях, то перед тем как утвердить лиганд на эксперимент с животными или людьми, нужно сперва проверить на безопасность, работая с человеческими белками. Практически невозможно перебрать все сегодня, поэтому и возникают побочные эффекты (если речь о драг дизайне, поиске ингибиторов).
Возможно плохо объяснил последнюю часть, но я знаком с процессом поиска лекарственных препаратов, методом компьютерных вычислений..если будут вопросы - спрашивайте, постараюсь ответить.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 26 2010, 01:31
Пост #29


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



То есть военные также считают докинг (в своих добрых целях) ?

не понимаю что могут считать военные кроме оружия? не лекарство же от гриппа?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Jan 26 2010, 11:29
Пост #30


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Київ
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
1xRadeon 5570 (idling) +Xcores BOINC&OGR-NG



позже можно будет переделать этот топик в интервью и на главную smile.gif


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

4 Сторінки V < 1 2 3 4 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 19th November 2017 - 08:46

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.