Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Simap, создаем базу данных сходств протеинов
Waldhausen
Mar 3 2006, 17:54
Пост #1


Соромлюсь щось писати
*

Група: New Members
Повідомлень: 5
З нами з: 3-March 06
Користувач №: 188
Стать: Чол



IPB Image

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------ТОП-20 участников:
IPB Image
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:
(Show/Hide)

IPB Image


02.02.2009
CODE
Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603


2.03.2009
CODE
140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:

IPB Image

http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE
http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

http://distributed.ru/wiki/pro:simap
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
24 Сторінки V < 1 2 3 4 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Death
Dec 16 2008, 11:00
Пост #16


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Riliane, они обещали к 1 января подкинуть пачку, а подкинули 15 декабря. О чём и была новость у них на сайте.

Данные они действительно выкладывают по мере поступления из лабораторий.


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Dec 31 2008, 16:14
Пост #17


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



понеслась.

Project status
Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 400.000 new sequences from public databases imported in december 2008.
After these calculations are finished, next workunits are expected around february 1st.

RESULTS Approximate #
in database 163,969
unsent 6,543
in progress 116,273

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
144 Ukraine 0 0 0 0 200 1,178 17,543 666 265,182


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 13 2009, 11:42
Пост #18


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Project status
The project has currently no work (see below).
The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. All workunits from the last calculation period are distributed, thanks to all users for chrunchig them.
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from January 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around February 1st.

142 Ukraine 83 83 36 32 472 1,486 29,163 773 279,603

+2 места.

До сотни надо будет не хуже чем в АБЦ навалиться )))


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 17 2009, 17:12
Пост #19


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



присоединился

пока заданий не пришло


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 24 2009, 21:04
Пост #20


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from January 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around February 1st.

Задания будут 1го февраля


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
(_KoDAk_)
Jan 28 2009, 02:49
Пост #21


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям



http://www.dotsch.de/boinc/SIMAP.html
множество расчетных модулей под различные платформы
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/appdownloads.php


--------------------
- "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "

(Show/Hide)











Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 1 2009, 03:44
Пост #22


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



January 31, 2009
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 300.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in January, will start in the evening (UTC) of February 1st.

Мы на 142-м месте (((


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 1 2009, 22:42
Пост #23


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



НАЛЕТАЙ! punk2.gif punk2.gif punk2.gif punk2.gif 1.gif 1.gif 1.gif 1.gif 1.gif

http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php clap_1.gif

Всего 250000 ВЮ (умножить на кворум 2 шт), каждая считается примерно 30 минут на среднем по мощности компе


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Burzum
Feb 1 2009, 23:10
Пост #24


D.NET'чик
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 137
З нами з: 27-April 05
З: Вінниця-Kиїв-Львів
Користувач №: 106
Стать: Чол
Парк машин:
Майже 0 ГГц



01.02.2009 23:09:33|boincsimap|Message from server: (Project has no jobs available)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 1 2009, 23:45
Пост #25


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Повысьте приоритет. ВЮ аплоадятся пачками


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 1 2009, 23:58
Пост #26


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Да, 15 тыщ ВЮ расхватали за полчаса

кол-во ВЮ на сайте увеличивается, так что надо просто не отключать клиент


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 2 2009, 00:22
Пост #27


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



После 20 минут простоя мой комп отхватил вторую ВЮ. Скоро "рынок" насытится и ВЮ будут разбираться без проблем


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 2 2009, 00:34
Пост #28


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Project status
Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 250.000 new sequences from public databases imported in January 2009.
After these calculations are finished, next workunits are expected around March 1st.

RESULTS Approximate #
in database 22,185
unsent 24
in progress 21,548


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 2 2009, 00:44
Пост #29


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 333
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(Death @ Feb 2 2009, 00:34) *

RESULTS Approximate #
in database 22,185
unsent 24
in progress 21,548

угу. прикинь какая конкуренция на 24 задания среди активных за последнюю неделю 13,001 компов? smile.gif

пс: тока что удалось получить еще 2 ВЮ (после пары десятков безуспешных запросов)


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Burzum
Feb 2 2009, 01:01
Пост #30


D.NET'чик
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 137
З нами з: 27-April 05
З: Вінниця-Kиїв-Львів
Користувач №: 106
Стать: Чол
Парк машин:
Майже 0 ГГц



Невезучий я... Ніфіга нема для мене... idontno.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

24 Сторінки V < 1 2 3 4 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 19th November 2017 - 08:40

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.