Версія даної теми для друку

Автор: tyoma Jan 28 2011, 21:39

После 2007 года - я не вижу ни привета ни отчета по этому проэкту. Сайт в полудауне. В общем логичный вопрос - нас кинули? И второй вопрос - а где написано, что нас опять не кидают/будут кидать в подобных проэктах? В ФАДе как бы говорилось про открытость результатов, так где они? Ну или раскажите про тяжелую судьбу создателей ФАДа, хоть какую то, кто то знает?

Автор: nikelong Jan 28 2011, 22:11

tyoma,
А хто из нас гууглил эту тему?

Надо посидеть - покопать. Мож чё на просторах интернета и найдем...

Автор: tyoma Jan 28 2011, 22:15

Та полдня гуглю...

Автор: Arbalet Jan 28 2011, 23:01

Я несколько лет назад получил ответ от устроителя проекта - где-то на форуме выкладывал. Напишите ему снова, может и ответит

ЗЫ: Нашел - http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=855

Автор: tyoma Jan 28 2011, 23:12

в 2007, если не ошибаюсь. Но если эа это время даже сайт наполовину здох, то наверное и ответ будет общими словами, типо "множество соединений стабильны, но требуют дополнительных клинических иследований", ну в случае, если ответят. Реально - еще ни одного результата, хотя бы даже на намек, нигде не опубликовано, возникает вопрос - кто то знает, под какой лицензией считается ФАХ, boinc - проэкты? .

Автор: Arbalet Jan 28 2011, 23:27

Может быть просто ничего путного не нашли, ведь тогда вычислительные возможности не были столь велики, да и методы скринига с тех пор значительно усовершенствовались. Короче, отрицательный результат - тоже результат.

Автор: Sergyg Jan 28 2011, 23:40

я вот не хочу говорить ничего плохого, и признаю, что недостаточно компетентен, но, когда я пытался слегка разобраться, что считает FAH и особенно разглядывая их публикации, приведенные на сайте и ДИНАМИКУ и хронологию этих публикаций с учетом динамики вычислительных мощностей - то радужные мысли не приходят.
Имхо топчатся на месте и... не вижу ихнего вклада в мировую науку, осознавая, какие мощные выч.ресурсы им бесплатно предоставили.
Раньше на калькуляторах большего добивались, имхо.

Надеюсь, истина хотя бы посередине, и наоборот, я сильно хотел бы ошибаться.

Попробую ещё посмотреть, что там новенького (ФАХ)...

Автор: Rilian Jan 28 2011, 23:40

да,если бы не считали, то идеи чухче РВ были бы менее популярны чем сейчас

Автор: Alien Jan 28 2011, 23:52

+1, и серьезные (крупные белки) проекты МД с такими подходами не считаются.
они просто апробируют метод для внедрения на кластерные системы.
мы здесь обсуждали почему анриал считать крупные и продолжительные системы в громаксе.
гпу пока не дает той точности, что хотелось бы.. но благодаря таким расчетам правятся ошибки.

Автор: Death Jan 28 2011, 23:53

фад же влился в фах емнимс

Автор: Alien Jan 29 2011, 00:01

ты верно подметил, все правильно.
Сегодня кластерные системы позволяют почти линейно масштабировать задачу, что дает незаменимый прирост в продолжительности динамики.
МД методом расчета BOINC - вымирает. Его перспективы лишь как тестовые задачи и наладка новых алгоритмов. Тестирование, как тестирование, дорогое удовольствие на кластерах, где выполняются реальные задачи. Я думаю ближайшее время будут меньше полезных биологических публикаций в МД таким методом распределения, но не меньше пользы от новых разработок методов. К примеру ГПУ модуль для громакса как раз был разработан от команды ФАХ. Только пока жаль, что нельзя использовать более 1 видяхи для задачи. С технической точки зрения не переплюнули кластерные ЦПУ (если речь о громаксе). Но это сегодня и я думаю все реально.

Докинг продолжает жить и вижу перспективы большие, как и моделирование по гомологии. Так же думаю хорошие перспективы в квантовой химии. У них время расчета на задачу как раз до 6 часов в среднем. Хотя в с качественными базисами в квантах 6 часов с расчета на 8 ядер. В 6 часов на 1 ядре наверное можно успеть что-то типа пару молекул воды.

Автор: Sergyg Jan 29 2011, 00:18

ихние Awards закончились на дате 2008 г. ... имхо, они не оправдали и лимита доверия, который им ИМХО был АВАНСИРОВАН, насколько я могу судить из текста Award-ов 2002-2008...

видимо, да, ФАХ имеет немалое историческое значение и в свете популяризации РВ, и рекорд Гиннесса, и дал много ответов в практике разработки методов и их реализации в практике.

Если бы они действительно были заинтересованы в высокой скорости вычислений, то , имхо, наняли бы дополнительных специалистов (в т.ч. обратившись за помощью к АМД) для переработки/переписанию_с _нуля алгоритмов вычислений на GPU Radeon. Имхо, более 2-х лет они попросту недоиспользуют мощностя владельцев Радеонов.

Автор: Alien Jan 29 2011, 00:42

я вижу несколько главных проблем.
1- код громакса старый и писался изначально физиками, отнодь не хорошими програмистами. Найти в этом коде что-то нужное бывает очень сложно.
2- команда программистов для гпу, их буквально несколько людей https://simtk.org/home/openmm
за пару лет развитие очень медленное. С хорошим менеджемнтом можно было выбить хорошее финансирование и подключить ряд разработчиков.
3- проблемы в кадрах. программировать то что ты не понимаешь и для чего это нужно, чтоб оптимизировать код я думаю это проблема.

Но это все решается, было бы желание время и деньги. Возможно из-за того что они преподаватели, времени на развитие мало. А после защиты диссера, зачем оно им нужно, разве что при хороших деньгах на постдок =)

Автор: Sergyg Jan 29 2011, 01:07

а если признать (в какой бы то ни было мере) поражение - это дискредетирует всю идею РВ, тем более, что они завоевали большой кредит доверия и в кругах самих РВ-кранчеров.

Так что, в т.ч. и из-за этого я бы никогда не сказал что-то плохое в их адрес.
А вообще - "Что мы считаем?" - это хороший вопрос. Имхо, ученые в глобальном масштабе недоиспользуют огромный ресурс волонтерских мощностей. Или эти мощностя не такие уж и большие?

Как раз ты, Alien, и показал нам реальные масштабы действительно "взрослых" задач науки.
Все же 10000 PC фконтакте скоростей провайдера - пока не могут потягаться даже с кусочком суперкомпьютера

Автор: Alien Jan 29 2011, 01:23

oni izuchayut folding kak takovoi na primere maluh molekul belka. skazat 4to ya lichno ispolzuyu ih oput no dlya bolshuh sistem ya ne mogu ibo u menya sistema slognee i so svoimi nyuansami. oni izna4alno postavili cel razvitiya klassicheskoi mehaniki, kotorue ostalnue smogut ispolzovat na sereznuh sistemah. ka minimum vuyavlyayut bagi v gromace. k primeru paru let nazad utnali chto algoritm termostata berendsona vudaet ryad satisticheskih oshibok i zamenili na v-rescale

Автор: Alien Jan 29 2011, 01:31

oni vzali v primer villin, potomu chto odin i malenkih belkov dlya udobstva. no raznaya posledovadelnost aminokislotnuh ostatkov butet po raznomu vliyat na folding. no ya ne videl chtob oni issledovali raznue variacii posledovadelnostei... esli eto tak to razvitiya u nih net, biologicheskogo

Автор: UA_Lex Jan 29 2011, 20:59

У меня тоже иногда возникают сомнения в перспективности фолдинга. В свете того, что никак не появится 7 версия клиента, что нет нормального клиента для ати/амд карт, такое ощущение, что они сами не особо заинтересованы в более эффективном использовании имеющихся ресурсов. Надеюсь, что я ошибаюсь.

Автор: Sergyg Jan 29 2011, 21:46

имхо, лучше греть воздух Розеттой. Хотя то же - они не могут (не имеют морального права) сделать задачи на ПАРУ гиг ОЗУ и на 5-6 суток счёта.
Мне понравилось, какие задачи появились пару лет назад.
Пора уже сделать новые мега-задачки для ЦПУ-2011.
И fold-it имхо интересная идея, особенно, если они реально используют данные умных человечков из сосайети. Т.к. см. моё слоган под аватаром, имхо.

Автор: whynot Jan 29 2011, 22:06

Если говорить за FAH, то для меня это довольно болезненная тема. За полгода до перехода в язычество, у меня сложилось стойкое ощущение, что VP попросту капитализировал проект. Я помню, все эти объявления "VP прочитал лекцию тут", "VP присутствовал на зборах здесь". При этом на интересы негров -- плевать. Я признаю, AMD64 в 32bit это позор, но этот позор это факт; три раза подряд ему впихивают 64bit ядро. Три клиента лежат -- нет задач для вас, через два дня я их просто положил и в течении недели каждый день поднимал для проверки -- а может меня уже помиловали? Еще нет.

При этом -- главное, чтобы все выглядело гламурненько. Скандальные треды молча переводятся в шум и через две недели исчезают. Журнализдов снаружи (а откуда им еще там взяться?) трогать низзя. Идиотка постит месидж, что FAH выбран для исследования "open source community"; ей намекнули, что FAH никаким боком не "open source". Не знаю чем там у них это исследование закончилось, но я тоже как то в этом поучаствовал. Так мой пост удалили. (Я компетентен судить об этом, мои оба биологических родителя -- журнализды.)

Я не рисуюсь, мне действительно плевать, чем там зарабатывает VP. Мне нужно, чтобы оно считало. Is it really that much?

В boinc тоже не все зашибись. Но, по крайней мере, есть что считать.

Автор: A1ex01 Jan 29 2011, 22:32

меня отвернули от фолдинга бонусы на процах
если им нужен результат -на видяхах его быстрее получить, причем на ати еще быстрее. А они ввели какие то бонусы вместо новых клиентов ати...
+столько времени нет позитивных результатов...

Автор: Death Jan 30 2011, 00:26

vijay смотрит на вас...

Автор: Alien Jan 30 2011, 00:32

не работает картинка
кстати, в инглиш версии больше список публикаций http://folding.stanford.edu/English/Papers#ntoc8 есть даже за 2010 год

Нашел интересную для себя информацию

как я и говорил тут сразу виден методологический характер исследований.
при построении белково-нуклеиновых комплексов в 2011 году, мне понадобится эта информация ибо я хотел использовать силовое поле AMBER-03 и думал над тем почему остальные используют AMBER-99.
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0010056

почитал чуть дальше

еще писали сэнки волонтерам ФАХ