Версія даної теми для друку

Натисніть сюди для перегляду даної теми у оригінальному форматі

Розподілені обчислення в Україні _ Медико-біологічні _ FiND@Home

Автор: Arbalet Dec 23 2014, 02:55

FiND@Home (FightNeglectedDiseases@Home) - «Боремся с забытыми болезнями дома»

Приєднане зображення

Организаторы проекта:

http://www.ucd.ie/casl/ из http://www.ucd.ie/, Ирландия

Официальный сайт проекта
- http://findah.ucd.ie/index.php

http://fightmalariaathome.org/

Текущей целью проекта FiND@Home является поиск целевых белков для новых противомалярийных препаратов в рамках подпроекта FightMalaria@Home.

Переоценить актуальность борьбы с малярией сложно. Страшная статистика такова: малярия убивает одного ребенка каждые 45 секунд. Заболевание наиболее распространено в бедных странах Африки, где ежегодно поражает до 216 млн. человек и убивает 650 тысяч из них, в основном - детей в возрасте до 5 лет (данные Всемирной организации здравоохранения – ВОЗ). Проблема усугубляется тем, что возбудитель заболевания - малярийный плазмодий Plasmodium falciparum, который передается с укусами малярийных комаров, стремительно приспосабливается к имеющимся лекарственным препаратам. Поэтому очень важно не прекращать поиск новых лекарственных средств, ориентированных на «выключение» новых белков в клетках организма паразита.

Геном малярийного плазмодия успешно секвенирован, его протеом (набор белков) известен. Доступны модели кристаллических структур многих целевых белков Plasmodium falciparum, а оставшиеся без таковых - могут быть смоделированы с использованием имеющихся структурных шаблонов. Крупные научно-исследовательские организации (GSK, Novartis) уже опробовали миллионы соединений и отсеяли из них 19 тысяч «хитов» - потенциально эффективных лекарственных молекул, которые показывают многообещающую активность в отношении малярийного плазмодия (MMV). Но они еще не знают, какие целевые белки плазмодия ингибируется этими соединениями. Разработка новых лекарственных средств будет значительно ускорена, если будет известен целевой белок для каждого из обнаруженных «хитов».

Исследователи в рамках проекта FiND@Home планируют провести молекулярное моделирование докинга (стыковки) каждого из обнаруженных 18924 хитов-соединений с каждым из 5363 белков, содержащихся в малярийном плазмодии. Требуемая для выполнения этой задачи вычислительная мощь поистине колоссальна и организаторам проекта крайне необходимы компьютерные ресурсы участников распределенных вычислений со всего мира, использующих BOINC-платформу для помощи научным исследованиям.

Результаты проекта FightMalaria@Home: полная база полученных результатов доступна на данном сайте - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/Malaria.php

Добавить проект в BOINC-менеджере можно по ссылке - http://findah.ucd.ie/

Ссылка на команду Ukraine в статистике проекта FiND@Home - http://findah.ucd.ie/team_display.php?teamid=21

Автор: Arbalet Dec 23 2014, 03:02

Задания коротенькие - считаются по две минуты, заданий на сервере море. koc.gif

Автор: Death Dec 25 2014, 02:23

все разобрали и пишут проджект андер майнтенанс

Автор: Arbalet Jan 12 2015, 01:22

Проект ожил, чтобы сообщить об окончании исследований. Грустно, но оптимистично. smile.gif

http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=204

Вот по этой ссылке - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/Malaria.php

Реализован очень удобный поиск по лигандам и рецепторам, с выдачей всех полученных результатов, чтобы заинтересованные исследователи со всего мира уже более целенаправленно искали новые противомалярийные препараты.

Пока на представленном сайте доступны первые 400 соединений (перспективных лекарственных молекул) из пакета MMV400 (MalariaBox), которые по базе можно посмотреть на эффективность связывания с белками малярийного плазмодия. Завершаются последние расчеты для оставшихся 19 тыс. соединений из MMV19K, которые позже будут добавлены на сайт.

По результатам проведенных расчетов готовится статья, на которую понадобится чуть больше времени, чем ожидалось. Как закончат - сообщат отдельно.

Выражают большую признательность всем участникам проекта. Надеются, что результаты будут полезны и приведут к появлению новых эффективных лекарств, а также - к открытию новых перспективных целевых белков малярийного плазмодия, которые можно использовать для создания таковых.

koc.gif

ЗЫ: На мой взгляд, образцово показательный проект, хотя мы почти и не успели поучаствовать - припозднились... Зато все результаты максимально открыты и доступны - пользуйся на здоровье. thumbsup.gif

Надеюсь, будет продолжение в виде новых исследований. Поэтому пока в завершенные переносить не буду.

Автор: Arbalet Jan 14 2015, 00:36

ves001.gif worthy.gif yahoo.gif
Запустили 3 192 552 новых WU! swoon.gif

Надо бы поднять команду в статистике, пока не прикрыли лавочку! Мы пока на 28 месте koc.gif

Автор: Death Jan 14 2015, 02:29

14-Jan-15 02:26:31 | FiND@Home | Scheduler request completed: got 80 new tasks



Computing status

Work #
Tasks ready to send 755
Tasks in progress 104,894

Автор: Arbalet Jan 21 2015, 13:49

Фсьо - задания просчитаны, подняли с камрадами Ukraine до 24-го места, с чем команду и поздравляю! drinks2.gif

Автор: Rilian Jan 21 2015, 13:50

странно, у меня есть 10к в єтом проекте. может страничка проекта тут єто дубликат старой теми?

Автор: Arbalet Jan 21 2015, 14:30

(Rilian @ Jan 21 2015, 13:50) *

странно, у меня есть 10к в єтом проекте. может страничка проекта тут єто дубликат старой теми?

Перед созданием темы, я пытался найти похожую по ключевым словам, но не преуспел.

Автор: Arbalet Jan 27 2015, 23:27

Еще подкинули заданьев - захомячился, считаю koc.gif
Надо команду пропампить, пока есть такая возможность!

Автор: Arbalet Feb 3 2015, 23:37

Новая огромная партия заданий - 8,310,176 WUs! swoon.gif

Автор: Sergyg Feb 11 2015, 22:45

хе-хе, один компик 2010года (односокетный) даёт 30k в сутки wink2.gif

Автор: Sergyg Feb 17 2015, 09:15

похоже, разные задания ОЧЕНЬ разного времени счёта



-------------

любопытно, 0,36% от этих 8,310,176 WUs уже капнуло мне (при том, что задействованы откровенно скромные мощности). Думается, в этом проекте на данный момент нет мастодонтов, подключенных к гектару ветряков ))

Автор: Arbalet Feb 20 2015, 21:43

http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=226 сервер до следующей недели. В понедельник пойдет раздача оставшихся 3 млн. заданий.

Автор: Arbalet Feb 23 2015, 20:40

У них там оказывается http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=228 авария базы данных, но уже пофиксили - идет обещанная раздача 3 млн. тасков! ves001.gif

Автор: Sergyg Feb 23 2015, 23:29

долевое участие wink2.gif

Автор: Arbalet Feb 24 2015, 00:06

(Sergyg @ Feb 23 2015, 23:29) *

долевое участие wink2.gif

В этот раз я пас - уступаю свою долю smile.gif

Автор: Arbalet Feb 26 2015, 17:56

Координатор проекта http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=231, что вскоре нас ожидает мега-пачка новых заданий - на 60 млн. штук! swoon.gif yahoo.gif
Он как раз подчищает базу данных для ее загрузки. Говорит, что ему нравится, чем мы тут занимаемся. smile.gif Честно признается, что результаты проекта являются частью защиты его научной степени PhD (это докторская степень в западной высшей школе). Сейчас же он готовится сосредоточиться на поиске лекарств (в лабораторных условиях) от Rhodococcus equi - внутриклеточной бактерии-паразита, вызывающей туберкулез у жеребят. Но проект закрывать не планирует. wink.gif

Автор: Arbalet Mar 24 2015, 11:53

Перед обещанными 60 млн. WU, http://findah.ucd.ie/forum_thread.php?id=236 просчитать 5,610,195 заданий. smile.gif

Автор: mr11 Dec 4 2016, 01:49

Завдання то 6, то 16, то 26, то 36 хвилин рахуються. Причому, прогрес-бар абсолютно неадекватний. І ще й завдань накачало як із переляку, а дедлайн 1 день.

Invision Power Board
© Invision Power Services