Версія даної теми для друку

Автор: Arbalet Feb 26 2015, 19:01

FightAIDS@Home: конец начала уже скоро

Благодаря участникам объединения распределенных вычислений World Community Grid в проекте FightAIDS@Home удалось практически закончить важный этап исследований и приступить к анализу полученных результатов.



FightAIDS@Home – один из самых первых проектов, запущенных с помощью World Community Grid в 2005 г. За прошедшее десятилетие коллектив проекта значительно расширил область научных исследований – появились новые перспективные цели-мишени и кандидатные лекарственные средства, которые было сложно представить в самом начале.

С помощью участников проекта удалось выполнить огромный объем вычислительной работы. В настоящее время посчитаны все задачи под приложение для молекулярного докинга AutoDock (AD), а для приложения AD Vina остался окологодичный запас заданий. Теперь усилия исследователей в основном будут сконцентрированы на анализе полученных данных.

Анализ первичных результатов FightAIDS@Home усложнен из-за огромного количества данных. Такова специфика вычислений при молекулярном моделировании докинга (стыковки) целей-мишеней (белков вируса иммунодефицита – ВИЧ), структуры которых могут иметь несколько вариантов, с перспективными лекарственными молекулами, которых насчитываются миллионы штук. В результате получаются комбинации из сотен миллионов вариантов взаимодействия на каждую цель-мишень. Обрабатывать такие массивы данных непросто, поэтому применяются различные подходы. Например, изучают аминокислоты, участвующие в докинге с наиболее высокими значениями эффективности связывания. Другой подход сводится к исследованию координат атомов, участвующих в связывании исследуемых белков с лекарственными молекулами.

В качестве примера можно привести случай ингибирования протеазы ВИЧ-1 с помощью TL3. В рамках эксперимента №1 FightAIDS@Home было просчитано около 5,5 млн. вариантов стыковки ингибитора TL3, и это только для одного варианта структуры протеазы ВИЧ-1. Все эти вычисления «в кремнии» – необходимый этап исследований, чтобы отобрать для дальнейших лабораторных испытаний («в пробирке») наиболее перспективные лекарственные молекулы – будущие возможные лекарственные препараты.

Итак, работа продолжается, более того – начинается ее важнейший этап. При этом исследователи отмечают, что самого искреннего спасибо будет недостаточно за неоценимую помощь волонтеров-добровольцев, которые пожертвовали в общей сложности 330 тысяч лет процессорного времени на исследования в рамках проекта FightAIDS@Home.

Подготовлено https://distributed.org.ua по материалам World Community Grid: http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=420