Mapping Cancer Markers (MCM, Картирование маркеров рака)
Старт проекта: 8 ноября 2013.
Организаторы проекта: Торонтский университет (University of Toronto), факультет компьютерных наук, http://www.cs.utoronto.ca/~juris/contact.htm, в сотрудничестве с http://www.theprincessmargaret.ca/en/Pages/Default.aspx. Техническую поддержку оказывает Исследовательский центр наук о жизни IBM (IBM Life Sciences Discovery Centre) на базе объединения World Community Grid.
Официальный сайт проекта: http://www.cs.utoronto.ca/~juris/MCM.htm
Цели и задачи проекта Mapping Cancer Markers
Различные формы рака – одна из главных причин смертности в мире. Современные методы лечения обеспечивают пятилетнюю выживаемость (это считается критерием излечения) лишь менее чем половине пациентов. Некоторые формы рака (например, головного мозга или поджелудочной железы) до сих пор остаются на 100% смертельными – врачи могут только на несколько лет или месяцев продлить мучения больных. Выживаемость больных раком легких лишь в последние годы увеличилась до 16%. Общее количество больных в 31 ведущей стране мира оценивается в 19 млн. человек.
Причины возникновения рака – это не только канцерогены в окружающей среде и общеизвестные вредные привычки, но и нарушения работы генов. Многие из них и тем более процессы их взаимодействия еще не выявлены. Развитие рака является многоступенчатым процессом, который приводит к неконтролируемому росту клеток опухоли, а затем – к их распространению (метастазированию) в другие органы организма. Этот процесс сопровождается усилением активности онкогенов, новыми мутациями, прекращением, подавлением или активизацией кодируемых генами белков.
Злокачественные изменения в клетках могут быть обнаружены с помощью так называемых мАркеров – определенных участков ДНК и связанных с ними специфических белков. Комбинации этих маркеров связаны с характерными типами рака. По наличию тех или иных маркеров в организме человека можно определить его предрасположенность к определенной форме рака, развитие и протекание выявленного заболевания, а также результаты проведенной терапии, что позволяет значительно улучшить качество лечения.
Например, годы исследований рака молочной железы и простаты позволили обнаружить маркеры, которые позволяют диагностировать рак на ранних стадиях, выявлять пациентов с высоким риском заболевания, прогнозировать реакцию организма на лечение. Известны маркеры и для некоторых других видов рака, но еще больше их предстоит открыть, так как рак очень неоднороден.
Авторы проекта Mapping Cancer Markers (MCM) надеются с помощью участников World Community Grid обнаружить и картировать клинически полезные онкомаркеры, связанные с раком молочной железы, яичников, простаты, поджелудочной железы, легких и других органов. Для этого потребуется обработка проб здоровых и пораженных раком образцов тканей тысяч пациентов, а также тестирование астрономического числа комбинаций маркеров. При этом методом простого перебора комбинаций выполнить такую задачу не представляется возможным – на это не хватит никаких вычислительных ресурсов. Вместо этого исследователи применяют специальные эвристические методы уменьшения пространства поиска полезных маркеров, которые позволят произвести всеобъемлющее картирование в разумные сроки с помощью вычислительных мощностей World Community Grid.
http://www.cs.utoronto.ca/~juris/publications.htm
Связанные с проектом публикации на сайте:
http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=6484
Слово организаторам МСМ:
Требования проекта к ОС и железу: Windows, Linux, Mac; ок. 400 Мб оперативной памяти и 500 Мб свободного места на диске.
Текущая версия расчетного клиента: 7.24
Скриншот графической оболочки клиента Mapping Cancer Markers
Бейджики проекта:
шапку оформлю позже
вот ссылка на описание проекта http://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do
выберите проект в вашем профиле https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyProjects.do
либо в вашем девайс-профиле https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewProfiles.do
Ура! С меня хороший перевод инфы о проекте - уже занимаюсь.
Урра! Врубил переключение на новый проект!
Уже и бейджики доступны:
Понеслась за новыми бейджами!
Ну наконец-то!
Подрубаюсь! С меня два года расчетов!
УРЯ
Я тоже в деле
Да и кто в курсе насколько там заданий хватит ?
Чё то смотрю всего 36 дней , это что шутка такая
На момент перехода получилось ппд 10 дней за сутки, продолжаем разгон!
Первый беджик пошёл
Почитал я инфу про проект. Задача - довольно масштабная, но очень важная.
Собирают различные маркеры на различных этапах развития различных видов рака. В том числе маркеры у здоровых людей, которые теоретически впоследствии могут заболеть
Это поможет прогнозировать заболевание, и также покажет статистику различных видов лечения на больших масштабах.
Поэтому в данный момент переключаю свой мини-ГРИД сюда на все время работы проекта
Silver
Я пока только разгоняюсь, и в одном моем "дата-центре" отключили инет за неуплату ...
Шо ж день сегодня?
Заинтересовал проект. Тем более местный)
Вроде парочку тазиков присобачил, завтра-послезавтра еще один, ну и на челлендж еще один.
Я так понимаю чтоб участвовать в челлендже, просто можно считать этот проект, без заморочек?
Толку от меня наверно мало будет, ну хоть так
у меня пока что
Чего то у меня задания на одном компе зависли, и не уходят. Пишет что на сервере диск аут оф спейс И новые не идут...
Ага, понял. С офф форума:
Temporary pause for the Mapping Cancer Markers project
We launched the Mapping Cancer Markers project this week and accelerated the first batch so that we could check the results sooner for any anomalies. Unfortunately, we found a limitation with the default random number generator being used for the project. The increased volume of results revealed some duplication of computation due to this. That is, the results computed are valid and correct, but in some cases they are duplicated instead of exploring new regions of the search space. For this reason, we are temporarily pausing the project and making some code changes to improve the random number generator usage. We will run a brief beta test for this change and if all looks good, will soon (in a few days) resume the project at full speed. The nature of research is that it often contains unexpected surprises and this is just one of them. Members will receive the normal credits for the work already performed. Thank you for your contributions and support of the project and more importantly thank you for your patience with this.
Блин, я поздно заметил что уже 2 дня нет тасков с этого проекта.... В итоге у меня считались СИМАП и Розетта
Добавил FAAH чтобы сохранить скорость для челенджа
http://www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewBoincProfileConfiguration.do?name=Default
А мну прозорливо запасся подкожным жирком вюшками по самое нимагу и теперь спокойно схомячивает запас, лениво глядя на братьев-хомяков, активно бороздщих пустое фермерское поле в поисках вкусняшек от МСМ.
Убрал галочку с Фааха ибо пришло сие:
Пошли новые задания
Да ну на Не успел себе ничего урвать, вьюшки как пирожки разгребают))) Штамповать не успевают)
Насобирал ВЮшек на рубиновый бейдж
Я вот тоже теперь могу официально похвастаться новым бейджиком
<tiss промолчал>
Ух, задания пошли - у меня сутки на одно задание уходит.
<-
у меня на задание MCM1_0000217_1479 ушло 38 часов
Вот и я обзавелся "бронзой"
В тему:
Хорошая новость
--
Мне еще 260 дней до сапфира. Думаю накранчу их за 6 дней
Давай кто первей дойдет до 10 лет ?
Я вас всё равно догоню
http://www.dailytechinfo.org/medic/5468-yuzhnokoreyskie-uchenye-sozdali-pervyh-v-mire-nanorobotov-dlya-borby-s-rakovymi-zabolevaniyami.html
В последнее время какие-то постоянные проблемы с отправкой заданий
Че за дела такие? На одной из машин упорно не хотят отправляться посчитанные задания. Клиент пишет такое:
Arbalet, я думаю дата на компьютерах неправильная. будущее или прошлое, не помню
Короче, закончилось все тем, что тупо удалил все задания, тем более, что стали наступать дедлайны у вюшек... Пичалька!
И дело не во времени - у меня на компе все ОК и постоянно синхронизируется по сети.
Arbalet, а ты почитал оф форум? антивирусы есть?
я кроме времени больше проблем с сертификатами не встречал.....
Jan 10, 2014
Hello World Community Grid members,
As currently planned, over the course of the project, MCM will proceed in four phases, analyzing a different cancer dataset in each phase. The first (and current) phase is focused on lung cancer. So far, MCM work units have explored the space of lung cancer signatures that are composed of 10-20 genetic markers at a time.
We estimate about 350,000,000 work units in total for the project (counting redundancy) -- about 80,000,000 to 100,000,000 work units per cancer.
We are delighted by the incredible response to this project. Thank you all for making this project possible with your enthusiasm and your donated CPU cycles.
Christian A. Cumbaa
Research Associate
Ontario Cancer Institute / University Health Network
http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36146
Насчитал тут уже 11 процессорных лет!
по этому проекту - оценено кол-во работы в 350М воркюнитов (с двойной избыточностью) -- http://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,36146
на сегодня посчитано 65,916,036 результатов, то есть 18% -- http://www.worldcommunitygrid.org/stat/viewProject.do?projectShortName=mcm1
в день считается скажем так 470000 результатов, итого осталось (350000000-65916036)/477000= 595 дней
Похоже, скоро можно будет кранчить проект на GPU:
"https://secure.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=369" проекту від 10 липня.
Стаття про проект в одній з найбільших канадських газет http://www.thestar.com/news/insight/2014/09/21/global_pc_network_gives_researchers_supercomputer_power.html.
Поделились промежуточными результатами исследований - http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=6484 их статью с сайта WCG.
Молодцы - трудятся, совершенствуют инструментарий, ботаники 80-го левела!
Arbalet, спасибо за перевод, а то на англицком не все было понятно
Новости проекта http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=419
апдейт
One step closer to identifying lung cancer biomarkers
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=443
Вот хотел спросить.
04.03.2015 в 19:48 было 73%
26.09.2015 было 93%
Статус выполнения проекта.
Сейчас, сегодня, тоже 73% Что это такое??
Cпасибо, я подозревал что здесь что-то не то)
я уже насчитал 71 год
wlad, в 2.x раза меньше)
Hello all,
In this latest Mapping Cancer Markers project update, the researchers discuss the upcoming transition to analyzing ovarian cancer, as well as many other details. Please take the time to check it out!
Thank you,
ErikaT
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=457
ну шо, все заглохло?
Research update from the MCM team (March 2024)
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=809
We continue to characterise lung cancer biomarkers identified in the MCM1 project. This update focuses on HSD17B11, a gene associated with lung cancer survival. HSD17B11 is a protein coding gene, relatively ubiquitously expressed across organs and tissues. It is a short-chain alcohol dehydrogenase that metabolises secondary alcohols and ketones.
Invision Power Board
© Invision Power Services