Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> DrugDiscovery@Home alpha, российский биомедицинский проект
ReMMeR
Apr 22 2009, 16:28
Пост #1


----===[ oO ]===----
*********

Група: Team member
Повідомлень: 3 087
З нами з: 20-October 05
З: Quake arena
Користувач №: 135
Стать: Чол
Free-DC_CPID




Проект "DrugDiscovery@Home"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.04.2009 Капитан - ReMMeR
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.drugdiscoveryathome.com/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Новичкам: статья со скриншотами, как поставить и настроить BOINC-менеджер
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же Именем и EMAIL. если при регистрации в проекте указать другой e-mail , BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! В этом случае рекомендуется зайти во все ваши аккаунты и во все проекты и где надо поменять емейл на нужный. Через некоторое время ваши аккаунты сольются в один с одним cross-project-id.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:

Drug Discovery at Home (в пер. с англ., найди лекарство дома) — российский биомедицинский проект распределенных вычислений, основанный на платформе BOINC. Научные цели проекта DrugDiscovery@Home (DD@Home) связаны с исследованиями фолдинга белков, рака, старения, стволовых клеток, а также с поиском новых лекарственных средств от ряда заболеваний. Проект пока не имеет формальных отношений ни с одной фармацевтической компанией или академическим учреждением, а развивается на энтузиазме и за счет смешанной российско-американской группы разработчиков.

В настоящий момент проводится предварительное альфа-тестирование серверной части проекта и расчетного клиента DrugDiscovery@Home, основанного на таких известных пакетах специализированного ПО как GROMACS (симуляция молекулярной динамики биологических молекул) и Autodock (молекулярный докинг). Желающие принять участие в альфа-тестировании или помочь в техническом развитии проекта, могут обратиться лично к Андрею Воронкову — научному сотруднику МГУ и главному куратору DrugDiscovery@Home.

Ссылки по теме:

Текст взят из : Вики © Arbalet

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 12 2010, 20:53
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
10 Сторінки V « < 7 8 9 10 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(120 - 134)
bestdrug
Feb 28 2011, 12:08
Пост #121


DrugDiscovery@Home admin


Група: New Members
Повідомлень: 3
З нами з: 19-February 11
Користувач №: 1 646
Стать: bot



На всякий случай - дискуссия очень интересная, я обязательно напишу ответ. Так если совсем вкратце.
1. Действительно разброс может быть довольно большой в зависимости от размеров белка, гибкости и т.п. Нас интересует вопрос на данном этапе не столько о стабильности структуры белка и ее реклаксации, что безусловно важно и наверное даже должно быть может и первым шагом, а вопрос о стабильности лиганд-белкового комплекса. В целом идеально было бы протестировать это на данных РСА с хорошим разрешением. А так...ну есть проект Folding@home они имитируют фолдинг траекториями по 1 нс. У них есть задача изучения траектории, там работает чисто статистика. Можем ли мы пойти тем же путом и моделировать структуру, а не только имитировать фолдинг? Для этого должны быть некие критерии, там свободная энергия, укладка и т.п. Т.е. если мы запускаем 100-200 процессов по 1 нс у нас есть в каких то случаях шанс получить релаксированную структуру. Впорос в том как ее отобрать. Насчет кластера согласен, но очень интересно было бы сделать проект независимым от внешних расчетных ресурсов.
2. 1 млрд это виртуальные библиотеки несинтезированных, даже если по 1 й конфрмации на лиганд (для гибкого докинга достаточно), для жесткого еще больше. Насчет наилучшей эффективности ОМЕГА не спорю, ну там ооочень большие проблемы с лицензиями, все очень жестко - только академическим группам для академических работ и никаких распределенных вычислений иначе цена лицензии от 30 до 50 тыс долл в год. Кроме того, очень хотелось бы найти софт с открытым кодом, имхо это вообще наиболее так сказать морально оправданное направление в компьютерной разработке лекарств - софт с открытым кодом тк издержки на разработку лекарств и так огромны. В общем мы ориентируемсмя на самый эффективный софт из того что есть с открытым кодом, это единственное что нам подходит по лицензии как и любому проекту распределенных волонтерских вычислений.
3.Окей есть шаг расчета, шаг записи и т.п.
Folding@home для имитации фолдинга использует распределенные вычисления. В целом не вижу проблемы, но давйте обсудим. Сейчас пока основная задача - попробовать оценить стабильность комплексов белок-лиганд и сделать исходные соответственно данные для анализа методом MM-PBSA. Допустим
10 000 вокрклюнитов по 100 пикосекунд, 1000 пользователей, 1 сутки на воркюнит...вполне можно сделать, но это очень очень грубая прикидка сейчас, ориентировочная...Опять же две разные задачи - оптимизация структуры белка и изучение стабильности лиганд-белковых взаимодействий.
Давайте чуть подробнее здесь попробуем подискутировать, может даже я почитаю побольше публикаций на эту тему. И докинг лиганда, те взаимодействие с белком и фолдинг - оба процесса статистические, значит можно использовать одинаковые методы для их имитации. Разница только в том, что в фолдинге мы знаем конечною структуру и нам простон адо понять траекторию, а в случае лиганд-блековых взаимодействий или например оптимизации структуры белка - нет. Но...фолдинг то начинается у нас с денатурированного белка, а оптимизация структуры и изучение лиганд-белкового комплекса в общем то с какой то уже достаточно близкой к нативной структуры. Т.е. есть и недостатки при расчете БОИНком, но и преимущества для таких задач получается тоже есть.
6. Насчет OpenMM может быть сейчас и не совсем та версия, которая отвечает полностью нашим задачам. Но мы сейчас на той тсадии чтобы научится вообще с этим кодом работать и использовать его в расчетах, на тренировочной стадии можно сказать. А так в принципе можно придумать задачи адекватные и для той версии, которая есть. Хоть что нибудь если-бы в GPU реализовано было бы...уже хорошо.
7. Ну это фармакофорная модель на основе РСА комплекса лиганд-белок. Это в идеальном случае. А так можно строить по чему и как угодно и не факт что не будет работать smile.gif Но в данном случае рассматриваются разные варианты. Идеальный - описанный Вами РСА комплекса белок-лиганд. Еще вариант - набор биологически активных лигандов, например в LigandScout делается генерация конформаций, они кластеризуются отбираются наиболее вероятные для каждого из лигандов и строится модель фармакофорная. По своему опыту скажу, что конечно в зависимости от выборки лигандов можно получить довольно разные модели и чем химическое разнообразие больше, тем в целом больше есть шанс получения верной модели. В общем при отсутствии РСА биомишени это скорее вынужденный подход, чем наиболее эффективный. Но тем не менее он тоже, как мне представляется, имеет право на существование.
Большое спасибо за интересные вопросы и комментарии! Извиняюсь за задержку с ответами, буду стараться отвечать и дальше.

На всякий случай мой личный контакт - av@drugdiscoveryathome.com
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Feb 28 2011, 12:44
Пост #122


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



TODO: вынести проект в отдельный форум. Вынести научное обсуждение в отдельный топик


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Mar 1 2011, 02:27
Пост #123


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



Спасибо за ответ.
предлагаю обращаться к друг-другу на ты, мы приблизительно одинакого возраста =)
QUOTE
Т.е. если мы запускаем 100-200 процессов по 1 нс у нас есть в каких то случаях шанс получить релаксированную структуру.

ну если из соображений, что изначально рецептор был получен после кластеризации релаксированного участка траектории, то конечно, может 1 нс и хватит.

Первый концептуальный вопрос который возникает, после прочтения этой фразы
QUOTE
"попробовать оценить стабильность комплексов белок-лиганд"
.
Динамику комплексов вы себе представляете классической механикой? В идеале бы сделать по методу MM\QM, при расчете активного центра и лиганда. PC Gamess вроде бесплатен. Но я как-то вел беседу с квантовиками, они сказали при участии более 10 а.о. уже будут серьезные тормоза.

А тут, может я чего-то недопонял, но кажется в корне неправильное понимание -
QUOTE
"Разница только в том, что в фолдинге мы знаем конечною структуру и нам простон адо понять траекторию".

Это ты имел ввиду, что в динамике стремится конформация к той что мы видим после РСА или ЯМР? Ну как бы это "условный" теоретический эталон, хоть и экспериментальный. Я читал что последние исследования говорят о том, что РСА предоставляет низкоэнергетические конформации, а биоактивные обладают чуть выше энергией и чуть отличаются. Тоже самое касается и ЯМР, там зависит от растворителя (гидрофобный или гидрофильный). Я понимаю, что лучшего ориентира нет, но и воспринимать как последнюю инстанцию не стоит, как по мне).

QUOTE
OpenMM,
обещают выпустить новый релиз через пару недель, можно будет потестить, скорее всего и громакс выйдет заодно.

И так, в целом я теперь понимаю, что вы планируете делать. Осталось конструктивно описать то, что уже сделано и что осталось сделать.
Так же можно выделить то, что можно отложить на будущее, на дальнейшее развитие. К примеру, гпу клиент я бы отложил - это не приоритетная задача.
Возможно, стоит нарисовать схему алгоритма и на ней отобразить то, что актуально для разработки, чтоб здешние ребята, кто разбирается в программировании, смогли помочь.

P.S. А пробовали ли на кафедру биоинформатики МГУ обращаться за помощью?


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Mar 21 2011, 11:56
Пост #124


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



пурумпумпу
есть ву


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Alien
Apr 17 2011, 23:43
Пост #125


Разработчик MolDynGrid
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 584
З нами з: 7-October 07
Користувач №: 594
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb



Мы с Андреем сейчас по имейлу переписываемся, но чтоб были в курсу, я тут нашел книжечку с тезисами.. и увидел аналогичный проект англичан.

http://enterthegrid.com/ThirdAlmereGridWor...ridWorkshop.pdf
ст. 23-27.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
May 26 2013, 14:24
Пост #126


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



вы не поверите но проект начинает работу снова!

http://boinc.drugdiscoveryathome.com/

2 Feb 2013
Change in administration
QUOTE
Hi all,

For the next couple of months I'll be taking over administrating this project. Having neigh on no experience with the BOINC back-end, I'm looking forward to it, if only for the added experience.

As the first thing, I have updated the forum software and merged the forums.
Then hacked the database to add the news forum. The script that should've done this didn't work. I am now trying to fix it so the news actually shows on the front page, not just in the 'old news' section.

There's no work as of yet. I'm busy trying to figure out how to get a Java application working with the new BOINC wrapper. But for this wrapper to work, we need more up-to-date BOINC server software, so guess what's next on the To-Do list?


19 May 2013
Back
QUOTE
The forums are back. The fancy front page will take a while.
As far as I saw, it was a virus injection in the Drupal code that the front page uses. It's taken all this time to take it down as it ran on a server I had no access to.

The next thing to do is ask Google to come check our sanity any further. And see what we want to do with the Drupal front page. if anyone has more Drupal knowledge than me, PM me. Of course, if you know how to make a fancy HTML page, your help is also welcome.


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ArsenEverlast
Jan 23 2017, 21:25
Пост #127


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 156
З нами з: 8-February 14
З: Lviv
Користувач №: 3 385
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Dell Inspiron 7720 (i7-3632QM, Radeon HD 7730M), ARTLINE Gaming X93 (i7-6700K, GeForce GTX 1080), Lenovo IdeaPad 330 (i7-8550U, GeForce MX150)



в проекті знову зявилися завдання, на моєму i7-6700K рахуються 200-500 секунд, за кожне завдання дають 3 очка


--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tawejesin
Feb 5 2017, 03:02
Пост #128


кранчер-новачок
***

Група: Validating
Повідомлень: 44
З нами з: 6-July 16
З: Russia
Користувач №: 3 608
Стать: Чол



Задания все валят и валят. А у нас на форуме по этому проекту тишина, проект вообще в завершенные перенесли
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Feb 5 2017, 23:23
Пост #129


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



Кстати да. Два человека педалят. А хочется бооольшееее...


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 6 2017, 22:07
Пост #130


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



ни описания ресерча, ни кто стоит за етим - фсбшное говно какоето небось


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tawejesin
Feb 7 2017, 16:20
Пост #131


кранчер-новачок
***

Група: Validating
Повідомлень: 44
З нами з: 6-July 16
З: Russia
Користувач №: 3 608
Стать: Чол



QUOTE(Death @ Feb 6 2017, 22:07) *

ни описания ресерча, ни кто стоит за етим - фсбшное говно какоето небось

Подтверждаю. Инфа 146%excl.gif Все кто на проекте считают - агенты Кремля!
А список команды Украина надо передать в СБУ. Наградят. Орден дадут. Орден Иуды называется.
Омерика з нами!

Це повідомлення відредагував tawejesin: Feb 7 2017, 16:25
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Dromage
Feb 8 2017, 10:24
Пост #132


Мега ранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 102
З нами з: 6-March 12
З: Кривий Ріг
Користувач №: 2 942
Стать: Чол
Парк машин:
домашня конячка: i5-4690K, домашній ішачок: pentium B970



Death, tawejesin. Ой, ребята не начинайте - прошу вас.

За себя могу сказать что не считаю, потому что разорвать свои отнюдь не бесконечные ресурсы на все проекты невозможно. А у меня и так за все время считались 25 ныне действующих проектов + 17 уже завершенных. Итого 42. Ведь хочется всем помочь, везде успеть...

Сейчас приоритет у меня на Прайм, Энштейн и WCG (кроме проектов не требующих процессорного времени). По одному проекту на каждое из 3-х направлений. А так как DrugDiscovery@Home - двоюродный родственник WCG, то ему моего внимания, к сожалению, не хватает.


--------------------


(Show/Hide)


Паралельний світ: https://s.bbgam.com/?152127
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tawejesin
Feb 14 2017, 15:49
Пост #133


кранчер-новачок
***

Група: Validating
Повідомлень: 44
З нами з: 6-July 16
З: Russia
Користувач №: 3 608
Стать: Чол



QUOTE(Death @ Feb 6 2017, 22:07) *

ни описания ресерча, ни кто стоит за етим - фсбшное говно какоето небось

Ну да, мутный тип какой-то. Описание проекта не дает. Похоже, грант замутил и создает видимость работы. Нашел только http://www.interface.ru/home.asp?artId=38015, Сколково, рай при жизни! Чубайс, много денег, дай, дай, дай, и очень много, и прочий негатив...
Но из принципа смысла нет считать чего-то Омериканцам, все равно наебут.
Хотел братьям-хохлам помочь посчитать их проект nanosurf, но проект оказался еще более мутный, чем DrugDiscovery.

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Feb 22 2017, 00:50
Пост #134


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Воронков Андрей Эдуардович, Руководитель
Баринов Владимир Игоревич, Программист
Джон Шульц, CIO, главный разработчик
Гайфуллин Булат (Интерфейс), Анализ и обработка больших массивов данных


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
tawejesin
Apr 5 2017, 13:42
Пост #135


кранчер-новачок
***

Група: Validating
Повідомлень: 44
З нами з: 6-July 16
З: Russia
Користувач №: 3 608
Стать: Чол



Недолго ждать пришлось, Воронков с поляками чего-то делит, шкуру неубитого медведя. Похоже, деньгами запахло.
https://boinc.drugdiscoveryathome.com/forum...hp?id=2091#4830
Валю на другой проект

Це повідомлення відредагував tawejesin: Apr 7 2017, 12:13


Приєднані зображення
Приєднане зображення Приєднане зображення
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

10 Сторінки V « < 7 8 9 10 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 29th March 2024 - 14:39

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.