![]() |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
![]() |
kornq |
![]()
Пост
#1
|
![]() kранчер ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 107 З нами з: 10-April 09 З: Киев Користувач №: 991 Стать: Чол Парк машин: Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB ![]() |
![]() Поиск Лекарств от Лихорадки Денге, 2 фаза / Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2 17.02.2010 Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid ![]()
Организаторы системы распределенных вычислений World Community Grid объявили о начале проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2, в котором продолжится поиск новых лекарств от опасных заболеваний, вызываемых флавивирусами (Flaviviridae). Проект поддерживается Медицинским отделением Техасского университета (University of Texas Medical Branch, UTMB) в Галвестоне и Университетом Чикаго (University of Chicago) в Иллинойсе, США. Проект призван обнаружить потенциальные лекарственные соединения, которые блокируют размножение в организме человека вирусов семейства Flaviviridae. К ним относятся вирусы, вызывающие такие опасные заболевания, как лихорадка Денге, желтая лихорадка, лихорадка Западного Нила, гепатит С и пр. Около 40% населения Земли проживают в регионах, где высока вероятность заразиться одним из перечисленных вирусов. Ежегодно более 1,5 млн людей лечат от лихорадки Денге. По некоторым оценкам, гепатитом С в мире заражено до 2% населения. Большой вред развивающимся странам наносят желтая лихорадка и лихорадка Западного Нила. К сожалению, эффективных препаратов для лечения этих заболеваний не существует, а паллиативная терапия обходится слишком дорого и при этом способна лишь ненамного снизить показатели летальности среди больных. В рамках проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 ученые сделали ставку на поиск ингибиторов вирусной протеазы NS3. QUOTE Ингибиторами (лат. inhibere – сдерживать, останавливать) называют вещества, замедляющее или предотвращающее развитие какого-либо процесса или химической реакции. Протеаза NS3 – фермент, играющий ключевую роль в репликации (размножении) вируса в организме человека. Последовательность аминокислот и атомная структура NS3 практически одинаковы для всех флавивирусов. К тому же строение протеазы прекрасно известно, поэтому исследователи надеются с помощью вычислительных методов найти эффективные лекарственные средства – химические соединения, блокирующие работу NS3. Ученые из UTMB и Чикагского университета уже обнаружили вещества, замедляющие в клеточных культурах работу протеазы вирусов, вызывающих лихорадки Денге и Западного Нила. Однако необходим дополнительный поиск перспективных лекарственных средств, к которым флавивирусы имеют минимальную резистентность. В этом вопросе ученые активно сотрудничают с сообществом World Community Grid, многотысячная армия участников которого предоставляет вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения научных исследований. В августе 2009 года закончилась первая фаза проекта. Вычисления производились с помощью специализированной программы для молекулярного докинга – AutoDock, разработанной доктором Олсоном (Olson) и его сотрудниками из Научно-исследовательского института Скриппса). QUOTE Молекулярный докинг (стыковка) – метод компьютерного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой, в т.ч. для комплексов низкомолекулярных соединений и активных центров белковых молекул. В ходе вычислений было произведено моделирование взаимодействия с протеазой NS3 около 3 млн потенциально эффективных малых молекул, из которых было отобрано несколько тысяч самых перспективных. К сожалению, чаще всего до 90-95% соединений, отобранных на первом этапе виртуального (”in silico”) скрининга веществ-кандидатов, оказываются бесполезными при лабораторных исследованиях. Поэтому до начала тестирования in vitro необходимо выбрать из найденных молекул наиболее эффективные. Для этого и предназначена вторая фаза проекта. (Впрочем, в UTMB уже приступили к «пробирочным» испытаниям некоторых из найденных веществ, показавших высокую активность в биохимических тестах.) В ходе работы Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 планируется отсеять ложноположительные соединения, найденные в первой фазе проекта, с помощью еще одной программы для молекулярного докинга – CHARMM, разработанной Мартином Карплюсом (Martin Karplus) и его сотрудниками в Гарварде. По итогам вычислений будут отобраны молекулы, показывающие наибольшее сродство с протеазой флавивирусов. Именно по результатам второй фазы проекта в лабораторию UTMB попадут химические соединения, которым суждено со временем стать новыми лекарствами от смертельно опасных лихорадок. Для контроля качества вычисленій будут проведены исследования на таких целях: The naming conventions for our quality control systems are: ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders ts02 = trypsin and its known binders/non-binders ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders ts06 = lysozyme and a small set of known binders/non-binders - Mar 22, 2010 (this is a control set to compare with some supercomputer runs) Плюс еще будет 18 "реальных" целей проекта Как получить больше рассчетных заданий В проекте редко бывают задания и необходимо набирать их в кэш БОИНКа. как это сделать: 1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles 2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project." 3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост. 4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней. Удачного улова и рассчетов ![]() Карта распространения болезней ![]() Информация В проекте надо посчитать 22,108,000 заданий (кворум 2), что примерно равно 6,500 процессорных лет! График проекта ![]() Скриншот проекта ![]() Полезные ссылки * Распределенные вычисления: поиск лекарств от лихорадки и гепатита Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 12 2011, 17:36 |
![]() ![]() |
re_SET |
![]()
Пост
#76
|
![]() кранчер зі стажем ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) ![]() |
Круть! ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() (Show/Hide) |
![]() ![]() |
![]() |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 26th April 2024 - 16:05 |