Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Poem@home, Моделирование структуры белка
nikelong
Dec 25 2007, 18:59
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол





Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"
(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков



Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"


(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."



Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."


Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.


(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."


Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
23 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(30 - 44)
Rilian
Jun 8 2010, 22:50
Пост #31


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



интересно у кого точнее предсказание структуры на CASP9, у Поем или у Розетты?


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jun 9 2010, 10:42
Пост #32


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 429
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



сделай опорос ))

мы походу щитали за всех )))


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jun 9 2010, 10:59
Пост #33


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 344
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



QUOTE(Death @ Jun 9 2010, 11:42) *

сделай опорос ))

мы походу щитали за всех )))

я имею ввиду, у кого из проектов оказался лучший алгоритм


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gelo
Jun 9 2010, 13:19
Пост #34


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 205
З нами з: 17-July 09
З: Дніпропетровськ
Користувач №: 1 114
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты.



QUOTE(Rilian @ Jun 8 2010, 23:50) *

интересно у кого точнее предсказание структуры на CASP9, у Поем или у Розетты?


думаю узнаем когда CASP9 завершится:
QUOTE

Timetable
Registration for the experiment will start in the last week of March 2010. Testing of server connectivity ("dry run" for server predictors) will be conducted starting April 14. The first prediction targets will be released not earlier than May 3; the last prediction targets will be released not later than July 17; prediction season will end not later than July 31. Refinement experiment will end not later than August 20. Abstracts describing the methods tested in CASP9 will be collected in September. At the same time we will open registration for the meeting. The meeting will take place on December 5-9, and approximately one month before that groups with the most accurate and interesting predictions will receive invitations to give talks.


--------------------
(Show/Hide)



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gelo
Jun 25 2010, 19:12
Пост #35


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 205
З нами з: 17-July 09
З: Дніпропетровськ
Користувач №: 1 114
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты.



June 25 , 2010 - CASP 9 T523 results available, POEM++

The official (preliminary) official PDB structure for Target T523 was released - we had achieved an excellent RMSD of 1.16 Angstroms. Check out a picture of the comparison on the Result page (at the bottom). Apart from that the new version of POEM called POEM++ is coming along. The first SIMD optimised release can be expected quite soon.

Блин help.gif , кто знает английский переведите плиз, а то от машинного перевода можно мозг сломать st.gif


--------------------
(Show/Hide)



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Jun 25 2010, 19:20
Пост #36


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так wink2.gif


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gelo
Jun 25 2010, 19:41
Пост #37


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 205
З нами з: 17-July 09
З: Дніпропетровськ
Користувач №: 1 114
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты.



ey.gif


--------------------
(Show/Hide)



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
re_SET
Jun 25 2010, 21:10
Пост #38


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 465
З нами з: 26-January 09
З: Волинська обл., смт. Любешів
Користувач №: 911
Стать: Чол
Парк машин:
1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)



(corsar83 @ Jun 25 2010, 20:20) *

Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так wink2.gif

super.gif Жаль только, что пока НСС в приоритетах ))


--------------------
Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...





(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Salmonella
Jun 27 2010, 05:01
Пост #39


кранчер-новачок
***

Група: Trusted Members
Повідомлень: 39
З нами з: 10-June 10
Користувач №: 1 414
Стать: Чол



(corsar83 @ Jun 25 2010, 19:20) *

Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так wink2.gif

Новая версия ПОЭМ будет SIMD. Это может понравиться не всем. OpenCL задерживается на неопределённое время. link.gif
Да, и в предыдущем CASP8, если я правильно понял, ПОЭМ был где-то во второй половине списка. link.gif Д. Бейкер, всё-равно, всех победил. smile.gif В этот раз, видно, получше будет результат. smile.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
ReMMeR
Jul 7 2010, 10:21
Пост #40


----===[ oO ]===----
*********

Група: Team member
Повідомлень: 3 087
З нами з: 20-October 05
З: Quake arena
Користувач №: 135
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.


--------------------
(Show/Hide)

# Open Door, So I Walk Inside ...


echo 'tuk tuk' > /dev/buben




RC5-72:


OGR-25:


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gelo
Jul 23 2010, 23:47
Пост #41


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 205
З нами з: 17-July 09
З: Дніпропетровськ
Користувач №: 1 114
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты.



July 22 , 2010 - More CASP 9 results available

Some more experimental structures were released in the CASP9 benchmark. The results look very very promising. Head over to the resultpage to check them out. A big THANKS goes out to all you volunteers for making our current participation in CASP9 possible!


--------------------
(Show/Hide)



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Jul 31 2010, 17:27
Пост #42


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



July 30 , 2010 - Last CASP targets

The last four CASP targets are on POEM@HOME. Three of those will be submitted tomorrow - the last one T643 will still run for a week, but not on the complete POEM@HOME resources. Together with our prediction protocol we will start a folding simulation for this job _from zero_ so without any knowledge about secondary structure and so on as job data_487. Thanks for making all this possible!


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Aug 11 2010, 15:17
Пост #43


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Aug 08 , 2010 - CASP over!
Finally the CASP protein structure assessment is over. Thanks to you we could process all HUMAN/SERVER targets in this year of CASP. Currently not all experimental structures are available for comparison with our prediction; we will keep you posted once they are. A big thanks again for making this huge effort and our participation possible!


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
corsar83
Aug 21 2010, 14:14
Пост #44


кранчер зі стажем
******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 426
З нами з: 28-January 10
Користувач №: 1 282
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750



Aug 19 , 2010 - Downtime on Monday

On Monday the 23rd we will have a longer downtime period starting from 9:00 am CEST. During this period we will install the new server daemons needed for our next generation POEM++. The website should only be down for a couple of minutes if everything goes alright. The BOINC infrastructure underneath and also the mysql server will be down a bit longer. Thanks for your help and sorry for the inconvenience.


--------------------


User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Gelo
Sep 7 2010, 19:18
Пост #45


мрію про ферму...
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 205
З нами з: 17-July 09
З: Дніпропетровськ
Користувач №: 1 114
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты.



Sep 07 , 2010 - POEM++ CPU client release

English: The big moment has come. We plan to release the first CPU client of POEM++ on Thursday the 16th of September. On this day we will release the Linux 64BIT client, followed by the Windows 32BIT on Friday the 17th (if there are no major regressions found, which we will report on.) If this also goes well the Windows 64BIT and Linux 32BIT clients will follow the 27th and 28th. GPU applications are also in the pipeline, but we won't give any releasedate, until the CPU app is proven to work stable on POEM@HOME. Thanks for your enormous patience.


--------------------
(Show/Hide)



User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

23 Сторінки V < 1 2 3 4 5 > » 
Reply to this topicStart new topic
3 Користувачів переглядають дану тему (3 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 20:37

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.