Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> FightMalaria@Home
nikelong
Jul 28 2011, 17:21
Пост #1


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол




----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте: FightMalaria@Home
Цель:
Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов.

К сведению:
Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений.

Возможности:
Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения.
Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов.

Проблема:
Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная.

Решение:
Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам.

Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home

Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора.

Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363).

Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований:
- что белок делает (биохимия)?
- на что это похоже (кристаллография рентгена)?
- мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)?
- или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)?

Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех.

Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается...


Промежуточные результаты

(Show/Hide)

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds. (2 Oct 2012)
-
This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial. (30 Nov 2012)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

Повідомлення у даній Темі
nikelong   FightMalaria@Home   Jul 28 2011, 17:21
Death   Donate spare CPU time If you would like to join t...   Jul 28 2011, 23:04
nikelong   Энд, ВТФ?   Jul 29 2011, 08:40
Death   когда настроят боинк дадуд ссылку на него.   Jul 29 2011, 23:07
Rilian   http://boinc.ucd.ie/fmah/ Ukraine http://boinc.uc...   Jul 19 2012, 00:14
re_SET   +1 :koc:   Jul 19 2012, 01:00
Death   пока даунлоад не включили   Jul 19 2012, 10:12
Rilian   FM@H up and running We have just fired off the fir...   Jul 21 2012, 20:06
Death   Имя Всего очков В среднем за день Страна 1) Death ...   Jul 22 2012, 03:15
Bel   Интересный проект вырисовывается. Сделаем проектом...   Jul 23 2012, 16:48
Death   я абортнул 1500 вушек. Computing status Work # T...   Jul 23 2012, 17:41
Rilian   если бы в нем были таски то можно было бы. а так...   Jul 23 2012, 17:55
Rilian   Переподключите проект!!!!! Up...   Jul 24 2012, 11:10
Rilian   Computing status Work # Tasks ready to send 15,538...   Jul 24 2012, 17:03
Bel   Launching on 30th July We are still doing a few fi...   Jul 27 2012, 13:12
Bel   Test experiment A is finished! "We have t...   Jul 28 2012, 11:13
Rilian   Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Com...   Jul 28 2012, 15:59
Death   в десьять раз больше ву. и даунлоад лежит   Jul 29 2012, 01:40
Rilian   Валидатор выключен   Jul 30 2012, 13:02
Bel   Server down The BOINC server will be down for main...   Aug 13 2012, 17:22
3 Сторінки V  1 2 3 >


Reply to this topicStart new topic
2 Користувачів переглядають дану тему (2 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 28th March 2024 - 20:36

Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.