Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
Docking@home
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Інші проекти розподілених обчислень > Медико-біологічні > Docking@home
1, 2
nikelong


Проект "Docking@home"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:
Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд).



Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation).

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en


http://www.polarseti.ru/page.php?23

http://distributed.ru/wiki/pro:docking
(_KoDAk_)
для создания экаунта требуется пригласительный код (который хз где брать)
(_KoDAk_)
1.gif yahoo.gif new_russian.gifтепер мы там есть new_russian.gif yahoo.gif 1.gif
но н этом хорошие новости закончились
nikelong
http://docking.cis.udel.edu/server_status.php
Сервер статус.

Кодак, Results ready to send 77
может хапнешь себе пару штук, шоб небыло "ноль кредитов" по команде?
(_KoDAk_)
еслиб мог добавить проект в менеджер я бы попробовал...((((
nikelong
Тут задания выдаются?

А то на ваулте этот проджект добавлен, а нас нету в нем бо у команды ноль очков о_0
http://www.dc-vault.com/showteam.php?team=433
Death
присоединился и скачал 5 заданий ))))
Некто
joined
Tamagoch
первыйнах! +13 очков dance.gif
(_KoDAk_)
странно все это в я не могу добавить проект в менеджер
хотя могу зайти в проект под своим экаунтом (

кто нибудь выложите\отправте на мыло account_*******.xml
Некто
за задания 10.13-10.18 очков
(_KoDAk_)
мега респект

ReMMeR

за спасение
утопаюЩего

,-+-,/----\\\-------\\\--------\\\\---
\.-+-
/ /
P.S.:вот тока уних тоже х64*32 режиме пашет ((((
Некто
мда... тут разве что с читерскими клиентами... очков очень мало дают даже по сравнению с АБЦ
Rilian
Присоединился

Судя по ДЦ-Ваулту этот проект полезно вытягивать для того чтобы подняться еще выше (на 10 место)

ps: клиента под макось нет sad.gif
Rilian
3.47 очка за 50 минут работы. Мало
(_KoDAk_)
5,832.75 33.80 33.80
+ поправил шапку команды )
T0lsty
Results ready to send: 0
(_KoDAk_)
QUOTE(T0lsty @ Nov 4 2008, 10:00) *

Results ready to send: 0

ну єто может и клучшему
(_KoDAk_)
November 04, 2008 15:38 UTC
We are having some problems with the work generation. The workunit distribution will start and stop frequently during the next couple of hours

November 03, 2008 13:38 UTC
Due to your great support crunching about 600 000 HIV workunits, today we start a new phase of Docking@Home with the distribution of Trypsin. We did extensive testing before submiting this new protein but we may have some problems due to the new files distributed.

в общем как всегда пару часов (превращаются в пару дней) отсутствия заданий )
(_KoDAk_)
и появились новые задания ...
Rilian
В понедельник 12 января будет обновлен софт на сервере, и сайт проекта не будет работать с 5 до 11 вечера по восточному тихоокеанскому времени (то есть я так понимаю у нас это с около полуночи 12 января до 10 утра 13 января)

QUOTE
We will upgrade the Web page next Monday January 12th and it may be down from 5 to 11 PM EST
Некто
у них новый сайтег smile.gif
Rilian
Почитал их сайт

Вобщем докинг это то же самое что розетта, тока для двух белков - рассчитывается их взаимодействие между собой
Rilian
И, как бе, да, Docking работает на программе CHARMM (лучшая на сегодня система моделирования взаимодействия белков), которая также используется для рассчетов в проекте FightAIDS@home

то есть считая этот проект вы косвенно помогаете тестировать все проекты которые рассчитывают взаимодействия белков
Некто
New protein
January 20, 2009 17:36 UTC

Tomorrow, Jan 21, we will start docking a new protein. P38alpha, also known as SAPK2a and MAPK14, is involved in the regulation of cellular stress responses as well as the control of proliferation and survival of many cell types. Several promising compounds that inhibit p38 alpha are being investigated as potential therapies for arthritic and inflammatory diseases, more info here. This protein seems to be more stable than Trypsin, and we can expect longer workunits. Please also expect minor problems during the transition phase. Thank you
Slow WUs Generator
January 20, 2009 01:41 UTC

The work-unit generator seems not able to keep up the pace with your requests for jobs. We are working on this issue and we will keep you posted.
Rilian
Вот как примерно віглядит белок которій считается в проекте Docking@home

IPB Image

его можно крутить, приближать, отдалять итд look.gif
Rilian
Dear rilian,

The Docking@Home team is pleased to release the third Docking@Home newsletter to our volunteers. You can download the newsletter at:

http://docking.cis.udel.edu/about/project/...sletter_nr3.pdf

Enjoy the reading!

Michela rtfm.gif
Death
в шапке такой же адрес как и для тестового проекта.
если это основной, то какой же тогда у теста????
Rilian
нет у тестового свой адрес
Death
http://docktest.cis.udel.edu/ это тест - аккаунті не создаются
http://docking.cis.udel.edu/ это основной - можно щитать.

препутал вечером с устатку....

(_KoDAk_)
February 17, 2009 10:26 EST

This week we will resume some short tests with trypsin. We will test: 1c1r, 1c2d, 1c5t, and 1ce5. The model has been changed and the workunits should be more stable.
(_KoDAk_)
March 13, 2009 18:42 EST

We are ready to distribute new computation with a new, more accurate model of the docking process. More about the new model can be found in the forum.

QUOTE

Dear D@H Volunteers,

We are ready to submit new docking simulations with a new computation model (i.e., algorithm for the simulation of the docking process). This time we have improved the way we represent the effect of the solvent in the docking process. We know that ligands and proteins interact immersed in a solvent (water) and the solvent can affect the docking process.

This new model should be more accurate because the solvent representation and its effect on the docking process are more accurately represented. Unfortunately the model is also more time demanding. So for example, given a job comprising a protein and a ligand, in preliminary tests 40 docking attempts take approximately:

- 2.3 to 2.6 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz

- 3.0 to 3.5 hrs - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz

- 7.0 to 7.2 hrs - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz

We tested the model extensively in the past two weeks but, as usual, testing is never enough. Please help us to tune the new model and address any issue. The distribution will start next week.

The jobs will have the tag "mod0014" in the name. We will also post further news before to start distributing.

Thanks,

Michela


Новая модель в бОльшей степени учитывает влияние внешней среды (воды) при докинге 2 молекул. Также новый алгоритм требует бОльших вычислений, и это примерно составит

- 2.3 до 2.6 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 Extreme CPU Q6800 @ 2.93GHz

- 3.0 до 3.5 часов - GenuineIntel Intel® Core 2 CPU 6600 @ 2.40GHz

- 7.0 до 7.2 часов - GenuineIntel Intel® Pentium 4 CPU @ 3.00GHz

Разработчики просят обо всех ошибках и замечаниях сообщать на форуме. ВЮ с новой моделью называются mod0014_*
(_KoDAk_)
вот ток а меня настораживает лимит в 72 результата вдень(
это даунизм какой-то
(_KoDAk_)
ладно задания пошли толстые 140 минут на 3300Mhz квада
так что заданий на день хватает сголовой тепере
так что пока буду кочегарить
(_KoDAk_)
50к рубеж взять

команда 215к
41 место
(_KoDAk_)
Dear Volunteers,

There is a problem with the workunits currently distributed. Please abort ALL 1hpv workunits you might have received. Those workunits were sent with a corrupted input file which is preventing the timely execution of them.

We are really sorry for the inconvenience. Thank you for your understanding.


The Docking@Home Team

To opt out of future emails from Docking@Home, please edit your project preferences at http://docking.cis.udel.edu/prefs.php?subset=project
Arbalet
В научной базе Newswis опубликована статья о проекте Docking@home

Аннотация:
Знаете ли вы о том, что сегодня можно предоставить свободные вычислительные ресурсы своего компьютера для помощи ультрасовременному биомедицинскому научно-исследовательскому проекту, нацеленному на обнаружение лекарств от ВИЧ, болезни Паркинсона, артрита и рака молочной железы. Этим занимаются специалисты из Университета Делавэра в рамках проекта распределенных вычислений Docking@Home, который получил поддержку Национального научного фонда США. Более 6 тысяч добровольцев во всем мире с азартом участвуют в этом проекте, ускоряя научные вычислительные эксперименты, способные сделать прорыв в лечении тяжелых заболеваний.
(_KoDAk_)
а что дает поддержка Национального научного фонда США ?
(_KoDAk_)
обновились расчетные модули)
(_KoDAk_)
D@H third phase
August 26, 2009 11:58 EST
Since we started tesing HIV1 we expect that the workunits will be shorter than our previous batch. We have also detected download errors in some machines, we are investigating if this issue has something to do with the new complexes or are more a BOINC-related issue.

D@H third phase
August 26, 2009 11:45 EST
Today D@H starts its 3rd phase of validation. This time we will dock HIV1 protease, Trypsin, and P38alpha proteins using ligands with very different initial conformations than those in the crystal complexes. With these experiments we expect to prove that by combining our prostprocessing with our sampling capabilities, D@H is able to find near-native structures even if the initial conditions are not favorable.
(_KoDAk_)
D@H third phase: Trypsin
October 19, 2009 18:07 EST
We are starting the distribution of trypsin complexes using initial configurations that are at least 5A away from the crystal structure. With this set of experiments we expect to prove that our preprocessing algorithm can find native-like docking structures despite the initial conditions of the docking.
pavlan
нмогу зарегениться((

после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данныеexcl.gif! что за дела!?
Rilian
QUOTE(pavlan @ Jan 27 2010, 21:05) *

нмогу зарегениться((

после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данныеexcl.gif! что за дела!?

попробуй через BOINC

там добавишь проект (URL) и выберешь "новый юзер"

А дальше оно само тебя зарегистрирует. Останется только зайти в аккаунт, вступить в команду Ukraine cool2.gif и настроить все под себя rilian.gif

Если выкидывает со страницы выбора никнейма, то попробуй в другом браузере. Может у тебя какие-то левые плагины стоят?
corsar83
Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. idontno.gif
Rilian
QUOTE(corsar83 @ Jan 28 2010, 11:52) *

Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите. idontno.gif

Привет. судя по статусу серверов там все ОК

http://docking.cis.udel.edu/status/

А что конкретно пишет BOINC? Можешь скопировать и вставить сюда текст из Messages?
corsar83
Сейчас не дома. Но что-то типа Internet is OK. Maybe temporarily server is down. return и через 1 час и более повторяет попытку с тем же успехом. Перезапускал проект несколько раз максимум доходил до 29% за неделю наверно.
Rilian
2010-02-02: Tomorrow D@H will start crossdocking, it is a critical change but we expect we will move smoothly. Please be patient in the event of possible crashes

Завтра проект начнет кроссдокинг.

Что это такое?

QUOTE
The method termed "in situ cross-docking" combines separate docking grids joined into one larger grid


This week Docking@Home starts its crossdocking phase, we will perform docking of a given ligand with slightly different conformations of the receptor, then our postprocessing algorithm will select the best ligand conformation. This process simulates the flexibility of the protein resulting in more realistic simulations
roma4004
Может мне кто либо подсказать, как можно "убедить" моего "бионика" присоединится к команде Украины, где это вообще меняется? А то он просто считает по видимому очки просто мне считаются, а не команде...
---
А у мну сегодня ДЕНЬ РОЖДЕНИЯ!)
Death
в проекте котором ты зарегистрирован заходишь в свой аккаунт.

там есть ссылка найти команду - находишь команду Ukraine и жмёшь присоединиться (Join).
Rilian
roma4004, поздравляем с днем рождения и приветствуем в команде Украины! drinks2.gif
.
Invision Power Board © 2001-2021 Invision Power Services, Inc.