Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
Poem@home
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Основні проекти розподілених обчислень > Poem@home
1, 2, 3, 4, 5, 6, 7
nikelong


Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"
(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков



Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"


(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."



Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."


Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.


(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."


Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome
(_KoDAk_)
вношу свою маленькую лепту
- на данній момет гравичекого отображения расчетов -нет
- задания от 9 мин до 8 часов

ждемсс резутитатов))
(_KoDAk_)
тепер и для Mac OS 10.4 есть ядро -> http://boinc.fzk.de/poem/apps.php
+ щас приступим к улучшению статистики этого проекта)
(_KoDAk_)
Chivas Poem - home cocktailbar
(_KoDAk_)
Cult of Silence
ph34r2.gif интересное название для команды ph34r2.gif
Rilian
Интересный проект! Жаль что команда слабо в нем представлена!
(_KoDAk_)
мал того что он
-интересный (он первый или в числе первых стал использовать CASP8 )
-он к тому же стабильный сервер и сами задания
-задания фиксированной длины 2-3 часа
-на него обратили внимания и продолжают активно считать почти все крупнейшие команды

из недостатков он считается тока на
Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU но ихже и на х64 раздают
Linux running on an Intel x86-compatible CPU
Mac OS 10.4 or later running on Intel
Rilian
присоединился
Rilian
Посчитал первую ВЮ

За 4800 секунд на Core 2 Duo T8100 2.1Ghz клиент попросил 32 очка, и ему выдали 41 smile.gif

То есть с одного ядра ППД = 725, а со всего процессора получается 1500 - довольно много, примерно в полтора раза больше чем в WCG
Death
Jan 24 , 2009 -
From 24.01 to 08.02 a Benefiz Crunching project will be held on our project. During this timeframe we wanted to crunch a project, which can be finished during the timeframe of the benefiz. More information about this project will be released on monday, so stay tuned. Workunits connected to this project will be running under the Peptide_ name.
Although we were warned, we were overwhelmed by the support everybody is offering for the Benefiz-Crunching on our project. The shortage of workunits in the starting stages of the Benefiz Crunching should be over very soon as 80.000 workunits are in the generation queue at the moment. Thanks for your support!

Благотворительный кранч. )) Если бы я знал что это...

Вобщем они расчитывали до 8 февраля прикончить проект. Но набежало столько народу, что похоже всё кончится значительно быстрее...

Database/file status
State #
Results ready to send 27,248
Results in progress 82,354
Rilian
QUOTE(Death @ Jan 24 2009, 16:11) *

Благотворительный кранч. )) Если бы я знал что это...

Вобщем они расчитывали до 8 февраля прикончить проект. Но набежало столько народу, что похоже всё кончится значительно быстрее...

Database/file status
State #
Results ready to send 27,248
Results in progress 82,354

Пептиды - Это природные или синтетические соединения, содержащие десятки, сотни или тысячи мономерных звеньев — аминокислот. Полипептиды состоят из сотен аминокислот, в противоположность олигопептидам, состоящим из небольшого числа аминокислот (не более 10-50), и простым пептидам (до 10).

* Полипептиды могут иметь в молекуле неаминокислотные фрагменты, например углеводные остатки.
* Природные полипептиды с молекулярной массой более 6000 дальтон называют белками.
Tamagoch
(Death @ Jan 24 2009, 16:11) *
Results ready to send 27,248
Results in progress 82,354

уже 84000 реди ту сенд.... не думаю, что он кончится или есть другая инфа на эту тему?
я просто думаю, есть ли смысл переключаться с АБЦ или Магнетизма на этот проект?
и все равно в понедельник челлендж в прайме, так что мои колебания усиливаются еще и этим smile.gif
Rilian
в POEM задания в ближ время не кончатся.

Но переключиться с АБЦ имеет смысл
Tamagoch
после подключения к POEM начались BSOD'ы на х64 sad.gif
постараюсь досчитать задания и отключаюсь....

если поймаю синий экран без "поэма", придется железо ковырять, а накануне челленджа это очень нехорошо st.gif
(_KoDAk_)
у меня поем всегда и сейчас был стбилен.
Rilian
QUOTE(Death @ Jan 24 2009, 16:11) *

Jan 24 , 2009 -
From 24.01 to 08.02 a Benefiz Crunching project will be held on our project. During this timeframe we wanted to crunch a project, which can be finished during the timeframe of the benefiz. More information about this project will be released on monday, so stay tuned. Workunits connected to this project will be running under the Peptide_ name.
Although we were warned, we were overwhelmed by the support everybody is offering for the Benefiz-Crunching on our project. The shortage of workunits in the starting stages of the Benefiz Crunching should be over very soon as 80.000 workunits are in the generation queue at the moment. Thanks for your support!

Уже несколько таких посчитал.

На ВЮ на core 2 duo 2.1Ghz уходит до полутора часов thumbsup.gif
Rilian
Подробнее о проекте 384

(кстати, на оф сайте оч интересная инфа о всех подпроектах - во первых есть рисунок белка, во вторых есть таблица по юзерам и командам кто предсказал лучшую структуру)

Peptideanalysis 384

We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.

Изучаются белки которые могут проникать в мембраны клеток (например для доставки лекарств) а также немного измененные белки, которые не могут проникать сквозь мембрану. Цель этого подпроекта 384 - выяснить почему вторые не могут проникать в клетку и какие именно последовательности этому мешают

http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section...age&project=384

имхо проект = ФАХ2
(_KoDAk_)
QUOTE
есть рисунок белка

это не рисунок, а полноценная 3D модель с Zoom и вращением
да Poem изначально рулил и все больше и больше продолжает рулить

да не зря ж сюда вгатили топовые команды стока мощностей и продолжают отжигать

к тому же уних есть оптимистичный раздел: Results

им осталось расширить количество платформ + х64 + CUDA )
QUOTE
имхо проект = ФАХ2

ему бы такую спонсорскую поддержку

а ну и формальность, что бы boincsynergy.com не считали его Beta Projects


и я уже начинаю его ревновать к Розетте ))))))
Tamagoch
ПОЕМ подтверждает теорию о том, что юзера дня дают чтобы вернуть человека в проект smile.gif
позавчера переключил машину на магнетизм...
(_KoDAk_)
добавлен новый проект "Peptideanalysis 387"

We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.

To the right you will find the best energy structure (to date) of the first sequence. Below is a table of all the best energy structures and the people who have discovered them. This table will be updated once per day. To check out the other structures just click on the structure ID in the first column of the table. If you cannot see the Java applet on the right, please check your Java install.
Arbalet
В проекте начато исследование системы секреции третьего типа у патогенных бактерий (Type III Secretion System Project, project 412). Эта система, подобно троянскому коню, позволяет бактериям заражать ежегодно сотни миллионов человек, вызывая тяжелые инфекционные заболевания.

Система секреции третьего типа (Type three secretion system, TTSS или T3SS) является одной из основных причин вирулентности таких бактерий как:
  • Шигеллы (Shigella) — попадают в организм человека с пищей и вызывают, в частности, бактериальную дизентерию (Shigella dysenteriae) — тяжелую кишечную инфекцию. Ежегодно от шигеллы страдает свыше 165 млн. человек, из которых более 1 млн. погибают.
  • Кишечные палочки (E. coli) вызывают пищевые отравления и расстройства кишечника. Только один вид E. coli заражает каждый год 200 млн. людей (380 тысяч случаев смерти), преимущественно в развивающихся странах.
  • Сальмонеллы (Salmonella) — возбудители брюшного тифа и паратифа, на долю которых приходится 30 млн. заболеваний и 250 тысяч смертей ежегодно.
  • Чумная палочка (Yersinia pestis) — инфекционный агент, вызывающий чуму, например, такую, от которой в 1300-х годах в Европе погибло 30% населения.
  • Синегнойная палочка (Pseudomonas aeruginosa) — "больничная" инфекция, поражающая людей с ослабленным иммунитетом; очень опасный возбудитель, устойчивый к антибиотикам.
  • Хламидии (Chlamydia) — возбудители большого числа венерических заболеваний, а также основная причина инфекционной слепоты во всем мире.
Система секреции третьего типа — биомолекулярная "машина", которая внедряет содействующие заражению специфические белки (так называемые эффекторы) в клетки организма. Например, сальмонеллы с помощью системы секреции третьего типа изменяют структуру мембраны эпителиальных клеток и легко проникают в них.

Особый интерес для исследователей из POEM@HOME представляет сигнал, запускающий механизм секреции белков третьего типа. Это ключевое событие в процессе инфицирования клетки и его нарушение (ингибирование) предположительно может лишить бактерии возможности заражать здоровые клетки. Характер сигнала секреции до настоящего времени неизвестен. Поэтому любое продвижение в данном направлении может стать основой для разработки антибиотиков нового типа, которые смогут значительно снижать вирулентность патогенных бактерий. В отличие от существующих антибиотиков, которые подавляют жизнеспособность размножающихся бактерий и вызывают массу побочных эффектов, новый тип препарата будет только ограничивать инфекционные возможности бактерий, не нанося непоправимого урона полезной микрофлоре человеческого организма.

Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков.

Интернет-журнал "Распределенные вычисления" shuffle.gif
YuRi
(Arbalet @ May 15 2009, 19:12) *
Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков.
Блин, они что, действительно не понимают, что это замкнутый круг?
Или они серьезно надеются побороть естественный отбор?
Для борьбы с подобными "напастями" пока еще вполне достаточно привития народу элементарных гигиенических навыков.
ИМХО в своей гонке за "новыми антибиотиками" они скорее добьются выведения таких штаммов бактерий, которым будет не страшен и ядренный взрыв.
"Вот тогда мы похохочем" © sad.gif
Death
YuRi, евгенику зобанели. социал-дарвинизм непопулярен.

что делать?
(_KoDAk_)
пофиксил инфу о команде
cosmo_vk
чего-то команда Украины совсем не считает в проекте... sad.gif
(_KoDAk_)
та тяжелые времена ( + лето жара
+ ушли силы на наполнение таблички в подписи) (но эта работа почти выполнена на базовом этапе (по крайней меря для меня)))
а теперь понемногу вернемся привычному ритму

cosmo_vk
у нас пока жары нету, так что щелкаем вушки как орехи. smile.gif

Давайте начинайте считать, а то скоро вас догонят другие команды(типа University of British Columbia, они правда и нас(Russia) относительно скоро достанут). Так что усе на поднятие своего рейтинга!

http://ru.boincstats.com/stats/overtake_st...ect=team&id=191
Rilian
May 20 , 2010 -

After modeling the three helix bundle of Target 517 in Job CASP 439, CASP 440 relaxes the whole model now to pick out the energetically best.

May 17 , 2010 -

Also in 2010 POEM@HOME will participate in CASP 9. The first CASP workunits are from Target T517, where we try to fold a part of the protein (a three helix bundle) with POEM@HOME and merge it with another part created using homology information. The first week of CASP had only easy targets. The next weeks (especially June/July will bring more difficult targets according to the CASP commitee. CASP information link
corsar83
June 02 , 2010 - CASP 9 T531 news, T540 and T544

The modeling of T531 can be considered a success. We found in total three dominant folds, which were all quite stable in the POEM forcefield, but only one had the disulfide bridges all developed. We will submit all three folds to CASP with the first one being the one with all disulfide brigdes developed - expect pictures on tuesday. Following will be a very short relaxation of T540 as job CASP442 and a longer relaxation of T544 as job 443. Job 445 will be a regular data job simulating the docking of Antithrombin with some protein ligands.

May 28 , 2010 - CASP 9 T531

The results of the model for T517 look like a success. If our predictions are correct will only be known after CASP of course. The next job, which should go online today at night or early tomorrow will be the first real hard target T531. We generated models locally for this and they will now be relaxed in job CASP 441 to determine which is the most energetically feasible model.
Gelo
June 02 , 2010 - CASP 9 T531 resultpage

The modeling results of Target T531 are now visible on the 6e047365df22.gif resultpage . Thanks to everybody giving a helping hand here! koc.gif
Rilian
интересно у кого точнее предсказание структуры на CASP9, у Поем или у Розетты?
Death
сделай опорос ))

мы походу щитали за всех )))
Rilian
QUOTE(Death @ Jun 9 2010, 11:42) *

сделай опорос ))

мы походу щитали за всех )))

я имею ввиду, у кого из проектов оказался лучший алгоритм
Gelo
QUOTE(Rilian @ Jun 8 2010, 23:50) *

интересно у кого точнее предсказание структуры на CASP9, у Поем или у Розетты?


думаю узнаем когда CASP9 завершится:
QUOTE

Timetable
Registration for the experiment will start in the last week of March 2010. Testing of server connectivity ("dry run" for server predictors) will be conducted starting April 14. The first prediction targets will be released not earlier than May 3; the last prediction targets will be released not later than July 17; prediction season will end not later than July 31. Refinement experiment will end not later than August 20. Abstracts describing the methods tested in CASP9 will be collected in September. At the same time we will open registration for the meeting. The meeting will take place on December 5-9, and approximately one month before that groups with the most accurate and interesting predictions will receive invitations to give talks.
Gelo
June 25 , 2010 - CASP 9 T523 results available, POEM++

The official (preliminary) official PDB structure for Target T523 was released - we had achieved an excellent RMSD of 1.16 Angstroms. Check out a picture of the comparison on the Result page (at the bottom). Apart from that the new version of POEM called POEM++ is coming along. The first SIMD optimised release can be expected quite soon.

Блин help.gif , кто знает английский переведите плиз, а то от машинного перевода можно мозг сломать st.gif
corsar83
Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так wink2.gif
Gelo
ey.gif
re_SET
(corsar83 @ Jun 25 2010, 20:20) *

Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так wink2.gif

super.gif Жаль только, что пока НСС в приоритетах ))
Salmonella
(corsar83 @ Jun 25 2010, 19:20) *

Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так wink2.gif

Новая версия ПОЭМ будет SIMD. Это может понравиться не всем. OpenCL задерживается на неопределённое время. link.gif
Да, и в предыдущем CASP8, если я правильно понял, ПОЭМ был где-то во второй половине списка. link.gif Д. Бейкер, всё-равно, всех победил. smile.gif В этот раз, видно, получше будет результат. smile.gif
ReMMeR
Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.
Gelo
July 22 , 2010 - More CASP 9 results available

Some more experimental structures were released in the CASP9 benchmark. The results look very very promising. Head over to the resultpage to check them out. A big THANKS goes out to all you volunteers for making our current participation in CASP9 possible!
corsar83
July 30 , 2010 - Last CASP targets

The last four CASP targets are on POEM@HOME. Three of those will be submitted tomorrow - the last one T643 will still run for a week, but not on the complete POEM@HOME resources. Together with our prediction protocol we will start a folding simulation for this job _from zero_ so without any knowledge about secondary structure and so on as job data_487. Thanks for making all this possible!
corsar83
Aug 08 , 2010 - CASP over!
Finally the CASP protein structure assessment is over. Thanks to you we could process all HUMAN/SERVER targets in this year of CASP. Currently not all experimental structures are available for comparison with our prediction; we will keep you posted once they are. A big thanks again for making this huge effort and our participation possible!
corsar83
Aug 19 , 2010 - Downtime on Monday

On Monday the 23rd we will have a longer downtime period starting from 9:00 am CEST. During this period we will install the new server daemons needed for our next generation POEM++. The website should only be down for a couple of minutes if everything goes alright. The BOINC infrastructure underneath and also the mysql server will be down a bit longer. Thanks for your help and sorry for the inconvenience.
Gelo
Sep 07 , 2010 - POEM++ CPU client release

English: The big moment has come. We plan to release the first CPU client of POEM++ on Thursday the 16th of September. On this day we will release the Linux 64BIT client, followed by the Windows 32BIT on Friday the 17th (if there are no major regressions found, which we will report on.) If this also goes well the Windows 64BIT and Linux 32BIT clients will follow the 27th and 28th. GPU applications are also in the pipeline, but we won't give any releasedate, until the CPU app is proven to work stable on POEM@HOME. Thanks for your enormous patience.
corsar83
Sep 21 , 2010 - First Windows Clients released

English: Finally, two hours after the proposed release date the first windows release of poem++ could be uploaded. Also thanks to your loyal support the first bug in the linux version could be spotted, which is already fixed in the windows client (updated linux clients will come very soon). Thanks for your support!
Gelo
хотел щас попробовать , а оно говорит шо сервер в дауне thumbdown.gif sad.gif
corsar83
(Gelo @ Sep 21 2010, 22:13) *

хотел щас попробовать , а оно говорит шо сервер в дауне thumbdown.gif sad.gif


Sep 22 , 2010 - Current Outage

English: The current outage is over - sorry for the about 1 day of outage. It was an admin mistake from the BOINC server not resuming after an upgrade.
Gelo
словил 2 ВЮ POEM++ v0.03 оба дойдя до 4.52% застопорились - грохнул обоих.
после на сайте появилось новость
QUOTE
Sep 23 , 2010 - Still numerical problems

English: As we are still facing problems (infinite loops), we have now pulled all poem++ workunits from POEM@HOME. We are deeply sorry that this happened and are working to resolve the bugs.


Первые блины комом.
corsar83
(Gelo @ Sep 23 2010, 22:34) *

словил 2 ВЮ POEM++ v0.03 оба дойдя до 4.52% застопорились - грохнул обоих.
после на сайте появилось новость
Sep 23 , 2010 - Still numerical problems

English: As we are still facing problems (infinite loops), we have now pulled all poem++ workunits from POEM@HOME. We are deeply sorry that this happened and are working to resolve the bugs.


Первые блины комом.



Кстати эти новые задания они все для проца токо? Вроде как там и под видеокарту должны быть. Обещали вроде.
.
Invision Power Board © 2001-2021 Invision Power Services, Inc.