Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
Що таке Folding@home і навіщо воно мені
Розподілені обчислення в Україні > Великі проекти розподілених обчислень > Folding@Home
1, 2
romko
Запрошую всіх небайдужих до розвитку науки і боротьби зі смертельними хворобами приєднуватися до проекту розподілених обчислень, що проводиться під егідою Стенфордського університету і носить назву Folding@home. Суть проекту полягає в моделюванні згортання білків з метою виявлення можливих проблем згортання, які призводять до хвороб Альцгеймера, Паркінсона, діабету типу II, коров'ячого сказу, склерозу і деяких типів раку. Поглиблене розуміння цих процесів допоможе з'ясувати точну картину виникнення захворювання і розробити методи продидії.

Подібно до інших відомих проектів (SETI@Home, distributed.net, Finad-a-Drug), в Folding@Home приймають участь сотні тисяч власників персональних комп'ютерів, на яких виконуються невеличкі порції-завдання. Обчислення проводяться в фоновому режимі з мінімальним приоритетом, тому не заважають нормальній роботі з комп'ютером. Інтернет потрібен лише для отримання завдань і відправки результатів в автоматичному режимі без участі користувача. Типові завдання мають розмір порядка 100 КБ, а результати - до 1 МБ на один білок, при тому, що на обрахування одного білка в Folding@Home йде від 2 до 10 робочих днів. Вимоги до ПК - Duron/Celeron або вище, 10-20 МБ пам'яті для роботи.

Ведеться статистика для кожного учасника. Учасники можуть об'єднуватися в команди за країнами, містами чи спільними уподобаннями. Команда України зараз (04.01.2006 13:00) посідає 388 місце з 42019: офіційна статистика або розширена статистика. Це не дуже престижне місце для країни, де сотні тисяч гігагерцових процесорів ганяє порожні цикли в офісах чи приватних помешканнях. sad.gif

Тому ласкаво прошу на http://folding.stanford.edu/, викачуйте клієнтське програмне забезпечення, читайте інструкції тут або на сайті проекту і записуйтесь в команду 2164. Зробіть свій посильний внесок в подолання хвороб! Якщо є якісь питання, можете їх задавати і консультуватись з учасниками команди України в цьому форумі.
romko
Навіщо задіювати сотні тисяч комп'ютерів, якщо пожна скористатись одним суперкомп'ютером і досягнути потрібного результату значно швидше?

Відповідь:

Сучасні суперкомп'ютери складаються з сотень або тисяч процесорів, іноді ця кількість сягає 10000 процесорів (які окремо взяті часто повільніші від сучасних десктопних процесорів), поєднаних швидкісними з'єднаннями. Саме ці з'єднання роблять суперкомп'ютер єдиним комп'ютером, а не кластером з окремих комп'ютерів, і є чи не найдорожчими його компонентами.

Так от, специфіка обчислювальних алгоритмів, які використовуються Folding@Home в тому, що швидкісні з'єднання між процесорами не потрібні, а потрібна максимізація швидкості кожного процесора. Тому навіть якби в розпорядженні проекту був суперкомп'ютер з 1000 процесорів, то він би видавав результати не швидше, ніж 1000 окремих комп'ютерів з такими ж процесорами.

Але для отримання вагомих результатів в Folding@Home потрібні не тисячі процесорів, а сотні тисяч. Тому розрахунки, які проводять учасники проекту, неможливі будь-якими іншими засобами на даному етапі розвитку обчислювальної техніки, і ще довго не будуть можливі.

Для довідки, станом на 15.10.2005 активними є 182206 процесорів: http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=osstats. Це робить кластер, який формують учасники проекту, одним з найбільших в світі, здатним виконувати приблизно 175 ТераФлопс.
romko
Де можна дізнатись про результати роботи проекту і кому вони належать?

Відповідь:

На відміну від інших проектів розподілених обчислень, Folding@Home працює під егідою академічного установи, Pande Group, яка входить до кафедри хімії Стенфордського університету. Pande Group є неприбутковою організацією, яка не продає дані, отримані в результаті обчислень, здійснюваних в рамках даного проекту, і не отримує за них гроші в якийсь інший спосіб.

Ці дані робляться доступними для інших дослідників на сайті проекту по мірі завершення обрахунку окремих симуляцій згортання білків. Аналіз симуляцій членами Pande Group публікується в наукових журналах і також робиться доступним на сайті проекту.
romko
Що вже зроблено, які досягнення Folding@Home?

Відповідь:

Завершено симуляції процесу згортання кількох білків тривалістю 5-10 мікросекунд. Ці результати підтверджено лабораторними дослідами. Наукові праці, які докладно представляють результати, можна подивитись: http://folding.stanford.edu/papers.html. Багато з цих статей пройшли розгляд іншими науковцями і були опубліковані в провідних наукових журналах (Science, Nature, Nature Structural Biology). Кількість таких статей на даний момент перевищує кількість публікацій за результатами всіх інших проектів розподілених обчислень разом взятих.
romko
Вимоги до комп'ютера для участі в Folding@Home

Будь-який персональний комп'ютер підходить для участі в проекті, але якщо він випущений більш, ніж 3-4 роки тому і його процесор має частоту менше 1 ГГц, то є імовірність, що він не встигатиме повертати завдання до встановленого крайнього терміну. В такому випадку можна налаштувати клієнтську програму приймати лише завдання, які не мають визначеного кінцевого терміну.

Таким чином, підходить будь-який процесор Pentium, Athlon, Duron, Sempron, Celeron, Power PC. Клієнтські програми існують для Windows, Linux, Mac OS. Також можуть приймати участь комп'ютери з FreeBSD або OpenBSD.

При роботі програма використовує типово 10-20 МБ пам'яті, в залежності від розміру білкової молекули і складності розрахунків. Є завдання, які потребують значно більше пам'яті, але їх отримують лише ті учасники, які спеціально цього захотіли.

При роботі клієнтської програми використовуються 100% ресурсів процесора, але оскільки пріоритет даного процесу є найнижчим можливим, то на нормальній роботі з комп'ютером це не позначається, і ніякого уповільнення реакції на натиснення клавіш чи чогось подібного не спостерігається. Проте можна і зменшити навантаження на процесор до іншого відсотку (задається в конфігурації), якщо, наприклад, процесор перегрівається або працює нестабільно з таким навантаженням.

Взагалі, машини, які працюють нестабільно при повному завантаженні процесора (причинами можуть бути надмірний розгон або неякісні компоненти, передусім пам'ять) краще до проекту не підключати, поки не будуть виправлені всі несправності і не буде доведена здатність роботи при повному навантаженні.

Ще однією обов'язковою умовою участі в проекті є використання комп'ютерів, які належать особисто Вам, або Ви маєте згоду власника на запуск програм Folding@Home на них. Це оговорено в ліцензійній угоді на програми Folding@Home. А так ці програми є безкоштовними, більше того, компоненти, які виконують безпосередні розрахунки, базуються на відкритому коді.
Red Panda THINKs
Грунтовно. Переконливо. В мене навіть промайнула одна думка. :)
Якби був клієнт під Солярку, підключився би до вас.
romko
(Red Panda THINKs @ Oct 15 2005, 09:07 PM)
Грунтовно. Переконливо. В мене навіть промайнула одна думка. smile.gif
Якби був клієнт під Солярку, підключився би до вас.

На жаль, ні. На початку існування Folding@home була версія клієнта під Solaris, але вона зупинила розвиток, і зараз не підтримується. Причинами називаються недостатня розповсюдженість платформи і нестача людських ресурсів для повноцінної підтримки ще однієї платформи.

Наскільки я чув, поточними пріоритетами є розробка клієнта, який би працював на платформі BOINC, а також використання для обчислень потужностей графічних процесорів сучасних 3D-акселераторів.
Red Panda THINKs
Дякую за інформацію. Я тут знайшов коментарі Панде щодо FAH/BOINC:

For over a year, we have been working with David Anderson's group at Berkeley to develop a FAH client for BOINC. We have been analyzing whether it would be an appropriate platform to add, as an additional client for Folding@Home (much like Google Compute is an additional client), considering the many complex aspects of a FAH/BOINC port.

After much planning, developing, and testing, we are now at the point where we will soon start a public beta. There will be more news soon. For now, we wanted to simply make an announcement of the existence of the FAH/BOINC client. A more open beta test will be forthcoming in the next days to weeks.

Finally, I want to make it completely clear that the FAH/BOINC client is an additional client for FAH, and thus FAH is not "switching" to BOINC. The development of the FAH client will continue as our main client, and we will port features to BOINC as appropriate.

Our goal is to make it as easy as possible to contribute to FAH, and with an even larger group of donors, we would be able to tackle even more complex and challenging problems -- which is the reason for FAH in the first place.

В даний момент іде програма з тестування закритої бети клієнта FAH/BOINC.
Обіцяють вже скоро відкрити бету.
Ну дивіться, якщо мені зовсім не вдасться запустити FaD під Солярку, підключусь до вас, як відкриють бету! :)
romko
Компонети клієнтського програмного забезпечення Folding@Home

Клієнт Folding@Home може бути реалізований у вигляді консольної програми (Windows, Linux, Mac OS X), графічного клієнта (Windows, Mac OS X) або скрінсейвера (Windows, Mac OS X). Завантажити їх можна тут: http://folding.stanford.edu/download.html.

Графічний клієнт може згортатись в трей, і при автоматичному старті він запускається у згорнутому стані. Графічний клієнт і скрінсейвер при роботі показують тривимірну динамічну модель молекули білка, який обраховується. Для відображення використовується OpenGL-ядро, і на це витрачається 3-5% ресурсів процесора.

Консольний клієнт при роботі у Windows займає місце на панелі задач і не може бути згорнутим в трей. Під Windows 2000/XP консольний клієнт може запускатись як сервіс, щоб не займати місце в треї чи панелі задач і не залежати від авторизації користувача (запускається при старті системи). Якщо комп'ютер має кілька процесорів, або його єдиний процесор має кілька ядер, то можна запустити кілька консольних клієнтів для одночасного виконання кількох завдань. При цьому вони повинні бути встановлені в різні папки.

Всі клієнти є невеликими програмами (розмір інсталяції 300-500 КБ). Різниця між ними лежить лише в способі запуску і показу результатів. Отримання завдань і відправка результатів здійснюються ними однаково, а для виконання розрахункових завдань використовуються ядра. При отриманні завдання клієнт перевіряє, чи є в його каталозі потрібне для обрахунків цього завдання ядро, і якщо воно відсутнє або застаріле, то здійснюється завантаження з сервера. Ядра, як і завдання, передаються в стисненому вигляді, і розмір завантаження складає порядка 500-700 КБ. Цілісність завантажених даних підтверджується цифровим підписом.

В один каталог можна встановити і графічний, і консольний клієнт, і довільно переключатись між ними без втрати проміжних результатів обрахунку завдання. При цьому повинні виконуватись дві умови: версії клієнтів повинні бути сумісні (один клієнт не повинен бути набагато старший від іншого) і клієнти повинні запускатись по одному.
romko
Конфігурація клієнта

Після встановлення клієнта на комп'ютер з допомогою програми інсталяції рекомендується відразу налаштувати його конфігурацію.

Можна це робити в діалоговому вікні графічного клієнта, можна запустити консольний клієнт з параметром "-config" в командному рядку і ввести відповіді на запити, можна відредагувати файл конфігурації "client.cfg" з допомогою текстового редактора. Останнє можна робити і під час роботи клієнта, тільки треба пам'ятати, що зміни вступлять в силу після перезапуску клієнта.

Можна комбінувати ці підходи: запустити графічний клієнт, зробити всі потрібні налаштування, натиснути ОК, дочекатись отримання ядра і успішного старту розрахунків. Потім завершити роботу графічного клієнта, запустити консольний, і надалі користуватись ним, вносячи при потребі зміни в конфігурацію ручною правкою файлу "client.cfg". Вручну можна змінювати будь-які параметри, окрім "proxy_passwd", який зберігається в закодованому вигляді, і може бути записаний тільки самою клієнтською програмою.

Якщо запустити консольний клієнт на комп'ютері, де ніколи не використовувались програми Folding@Home і відсутні файли завдань і конфігурації, то він відразу запуститься в режимі конфігурування, після чого файл конфігурації буде створено і заповнено введеними значеннями.

Крім файлу конфігурації, Windows-клієнти Folding@Home зберігають деякі параметри в реєстрі. Єдиним значимим з них є "UserID" - унікальний ідентифікатор комп'ютера в проекті, за яким визначається, з якою машиною виконано завдання, і рахується, скільки машин використовує користувач.
romko
Типи завдань

На даний момент завдання в проекті бувають 4 основних типів. Взнати тип завдання можна або за назвою ядра, яка показується у вікні клієнта, або в журналі його роботи, або за номером проекту на сторінці проектів: http://vspx27.stanford.edu/psummary.html. Там вказано розмір завдання в атомах, кількість днів на виконання (бажана і крайня), кількість балів, які будуть нараховані за виконання. З цієї ж сторінки можна перейти до детального опису проекту, де вказано, згортання якого білка досліджується і з якою метою.

Отже, типи завдань і ядер:
1. Tinker (докладніше - http://folding.stanford.edu/gromacs.html) - традиційне перевірене ядро, використовується в проекті тривалий час. Використовує моделі з неявним розчинником. Ядро написано досить давно, тому швидкісні оптимізації виконані на асемблері під традиційні арифметичні співпроцесори (x87). Внаслідок цього одні й ті ж Tinker-завдання виконуються значно швидше на процесорах AMD, ніж аналогічних за рейтингом Pentium 4 або Power PC. Вимоги до пам'яті цього ядра - мінімальні (порядка 10 МБ).

2. Gromacs (докладніше - http://folding.stanford.edu/gromacs.html) - більш нове ядро, яке використовує моделі з явним розчинником. Протягом 2004-2005 стало основним ядром проекту, в якому обраховується більшість завдань, завдяки більшій ефективності. Має оптимізації під SSE/3D-Now/Altivec, яка вмикається автоматично при наявності підримки з боку операційної системи. Внаслідок цього швидкість виконання завдань мало залежить від архітектури процесора, а в основному від його тактової частоти, і, для завдань великого об'єму, від швидкості інтерфейсу "процесор-пам'ять", тобто перевага за Athlon 64. Вимоги до пам'яті - від 10-30 МБ для типових завдань до 100-200 МБ для великих завдань, які посилаються тільки тим, хто спеціально їх дозволив і має не менше 512 МБ ОЗП.

Ядро Gromacs має три варіації (різні бінарні файли): стандартний Gromacs, GBGromacs (використовує неявний узагальнений розчинник Борна), DGromacs (оптимізований під SSE2 для випадків, коли потрібна вища точність розрахунків).

3. Amber (докладніше - http://folding.stanford.edu/AMBER.html) - ще більш нове ядро, яке дозволяє виконувати розрахунки згортання в силових полях з поляризацією. Є досить ефективним, але оптимізацій під SSE/3D-Now не має, і оскільки застосовуються числа з плаваючою комою подвійної точності, то їх і не буде. Планується оптимізація під SSE2, яка повинна додати ~10% приріст швидкості. Не використовується Mac OS клієнтом.

4. QMD (докладніше - http://folding.stanford.edu/QMD.html) - на відміну від інших ядер, QMD не використовує в обрахунках силових полів, а натомість атомні взаємодії обчислюються квантовим хімічним методом або шляхом розв'язання рівняння Шредингера. Вимоги до пам'яті для розрахунків - від 200 МБ і більше. Завдання цього типу не завантажуються на комп'ютери з менш, ніж 768 МБ ОЗП, і якщо користувач спеціально не дозволив їх (*).
Ядро оптимізовано під SSE2, але в зв'язку з тим, що для компіляції використовувався компілятор Intel, то підтримка SSE2 розпізнається лише на процесорах Pentium 4 та Xeon, і не розпізнається на процесорах Athlon 64 та Pentium M. Таким чином, на останніх розрахунки можуть тривати довше в порівнянні з аналогічними за рейтингом Pentium 4, і тому сервери проекту видають такі завдання тільки для процесорів Pentium 4.

На даний момент завдання, що виконуються ядром QMD, є найвигіднішими з точки зору кількості очок, які за них нараховуються. Машина, яка постійно обраховує QMD-блоки, здатна принести своєму господарю понад 400 очок в день. Такий стан обумовлений тим, що такі блоки потребують значних обчислювальних ресурсів, передусім швидкої пам'яті, і є експериментальними (протягом принаймні 2005 р.). Учасники, які їх добровільно отримують і обробляють, мають, за задумом Pande Group, бути додатково винагороджені. Тому половина очок, нарахованих за кожен обрахований QMD-блок, є бонусними.

(*) Для отримання QMD-блоків потрібно виконати наступні умови:
1. Треба мати P4 з 768 МБ або більше пам"яті.
2. Виставити bigpackets=yes в секції settings файлу client.cfg.
3. Запускати клієнта з параметром -advmethods в командному рядку.
romko
Параметри конфігурації клієнта

Загальні установки (секція http).

Ім'я користувача (параметр username). Ім'я, під яким користувач приймає участь в проекті.

Номер команди (параметр team). Номер команди, членом якої є користувач. Команда України має номер 2164.

Запитувати дозвіл на вихід в інтернет (параметр asknet). Установка в "Yes" означає, що клієнт буде видавати запит користувачеві кожен раз, коли йому буде потрібно отримати завдання, чи відправити результат.

Порядковий номер клієнта (параметр machineid). У випадку багатопроцесорної конфігурації, кожен запущений на ній клієнт Folding@Home повинен мати унікальний порядковий номер. Може мати значення від 1 до 8, отже допускається не більше 8 клієнтів на одній машині (під Linux це обмеження можна обійти).

Кількість виконаних завдань (параметр local). Кількість завдань, виконаних даним примірником клієнта Folding@Home. Рахуються лише 100%-завершені блоки. Зміна параметру ні на що не впливає.

Отримувати великі завдання (параметр bigpackets). Цей параметр означає згоду користувача на отримання великих, до 5 МБ і більше, завдань, які до того ж потребують великих об'ємів пам'яті для виконання. Установка цього параметра не означає, що такі завдання будуть отримані негайно, це лише рекомендація для сервера, який призначає завдання.

Установки HTTP-проксі (секція http).

Доступ через проксі (параметр active). Установка в "Yes" означає, що клієнт буде зв'язуватись з серверами проекту через проксі, використовуючи інші параметри секції.

IP-адреса і порт проксі-сервера (параметри host і port).

Використовувати установки IE (параметр usereg). Для доступу в інтернет використовуються установки проксі-сервера з конфігурації Internet Explorer'а. Установка в "Yes" означає, що подальше налаштування доступу в клієнті Folding@Home не потрібне.

Проксі потребує авторизації (параметр usepasswd). Установка в "Yes" означає, що для проксі буде використовуватись авторизація з використанням логіна і пароля.

Логін і пароль для проксі (параметри proxy_name і proxy_passwd).

Установки ядра (секція core).

Завантаження процесора (параметр cpuusage). При роботі клієнтської програми використовуються 100% ресурсів процесора, але можна і зменшити навантаження на процесор до іншого відсотку, якщо, наприклад, процесор перегрівається або працює нестабільно з максимальним навантаженням.

Пріоритет процесу (параметр priority). Системний пріоритет обчислювального ядра, яке запускається клієнтом Folding@Home. Значення "0" означає пріоритет "idle", тобто найнижчий, і встановлено по умовчанню. Установка значення більше 0 може дещо прискорити розрахунки, але ціною уповільнення виконання інших програм на даному комп'ютері і уповільнення його реакції на дії користувача.

Вимкнути асемблерні оптимізації (параметр disableassembly). Розрахункові ядра Folding@Home мають асемблерні оптимізації, використання яких прискорює обчислення за рахунок раціонального розподілу інструкцій між виконавчими блоками процесора, що дозволяє виконувати по кілька операцій за такт і зменшити простої процесора в очікуванні чергових порцій даних. Якщо конфігурація є не дуже стабільною, то результуюче навантаження є непосильним, і тому виникає потреба вимкнути оптимізації, щоб комп'ютер хоч і повільніше, але міг проводити розрахунки.

Інтервал між контрольними точками (параметр checkpoint). Час між примусовими збереженнями стану завдання.

Ігнорувати кінцеві дати (параметр ignoredeadlines). Установка в "Yes" означає, що робота над завданням продовжуватиметься навіть після його кінцевої дати. Має сенс лише для випадків, коли таймер комп'ютера збивався або переводився або не працює взагалі, бо якщо завдання дійсно прострочене, за нього не будуть нараховані очки.

Тип клієнта (секція clienttype).

Тип клієнта (параметр type).
Якщо комп'ютер випущений більш, ніж 3-4 роки тому і його процесор має частоту менше 1 ГГц, то є імовірність, що він не встигатиме повертати завдання до встановленого крайнього терміну. В такому випадку можна налаштувати клієнтську програму приймати лише завдання, які не мають визначеного кінцевого терміну, значення "2". Значення "1" говорить серверу, що потрібні завдання тільки з наявною кінцевою датою. Значення "0", а також відсутність цього параметру залишають рішення серверу.

Установки відображення (секція graphics).

Параметри цієї секції впливають на вміст вікна графічного клієнта, на швидкість оновлення зображень молекул в ньому і т.д. Їх установку найкраще проводити у вікні конфігурації графічного клієнта, де вони до того ж докладно і вичерпно пояснені.
Paul B.Atton
Виникає ще одне питання: а як найпростіше перенести клієнта у разі зміни компа (коли стару машину забирають, а дають нову)?
-=Vzhik=-
Сегодня такое сделал на консольном - откопировал полностью папку с клиентом, грохнул .cfg, запустил консоль, настроил... Все подхватилось и считается...
romko
(Paul B.Atton @ Nov 28 2005, 07:52 PM) *

Виникає ще одне питання: а як найпростіше перенести клієнта у разі зміни компа (коли стару машину забирають, а дають нову)?


Встановити клієнта (з інсталяції) і скопіювати туди:
- каталог work і файл queue.dat - це завдання
- FahCore_.... - ядра, щоб не викачувати по-новому
- client.cfg - конфігурація, щоб не налаштовувати по-новому

Для консольного клієнта - теж саме, тільки замість інсталяції треба створити папку і скопіювати туди ЕХЕ-файл клієнта, а потім всі вищеназвані файли.

P.S. В цій гілці я намагаюся писати розгорнуті розповіді про роботу ФАХ, для майбутнього сайту і/або FAQ'у. Тому, якщо можна, свої запитання про ФАХ кидати в окремі гілки форуму, щоб їх бачило більше людей, і щоб цю тему не перетворювати в балачку. Дякую smile.gif
Paul B.Atton
(romko @ Nov 29 2005, 06:06 PM) *

Для консольного клієнта - теж саме, тільки замість інсталяції треба створити папку і скопіювати туди ЕХЕ-файл клієнта, а потім всі вищеназвані файли.

А ще ж у реєстрі щось ніби є? Чи його можна не переносити?

(romko @ Nov 29 2005, 06:06 PM) *
P.S. В цій гілці я намагаюся писати розгорнуті розповіді про роботу ФАХ, для майбутнього сайту і/або FAQ'у. Тому, якщо можна, свої запитання про ФАХ кидати в окремі гілки форуму, щоб їх бачило більше людей, і щоб цю тему не перетворювати в балачку. Дякую smile.gif

Згоден. Але, наприклад, твоя відповідь вийшла недостатньо розгорнутою, а в офіційному ФАКу я відповіді не знайшов. Що робити?
А за балачки не переживай. Якщо буде треба - почистимо. wink.gif
romko
(Paul B.Atton @ Nov 30 2005, 08:38 PM) *

А ще ж у реєстрі щось ніби є? Чи його можна не переносити?


Там UserID, який повинен бути унікальним для кожної машини. Тому його переносити не треба, щоб не заплутувати сервери проекту.

(Paul B.Atton @ Nov 30 2005, 08:38 PM) *

Згоден. Але, наприклад, твоя відповідь вийшла недостатньо розгорнутою, а в офіційному ФАКу я відповіді не знайшов. Що робити?
А за балачки не переживай. Якщо буде треба - почистимо. wink.gif


А, точно, ти ж модератор smile.gif

Так, з одного заходу покрити всі ньюанси важко, тому дійсно, я буду доповнювати (і вже доповнював) висвітлені питання. Щоб потім мати дійсно повну версію для FAQ.
nikelong
может это чем-то поможет?

http://forum.vbios.com/showflat.php/Cat/0/.../0/fpart/7/vc/1
Paul B.Atton
(romko @ Nov 30 2005, 07:48 PM) *
Так, з одного заходу покрити всі ньюанси важко, тому дійсно, я буду доповнювати (і вже доповнював) висвітлені питання. Щоб потім мати дійсно повну версію для FAQ.

Саме для цього я й задаю "дурні" запитання. wink.gif

(nikelong @ Dec 1 2005, 01:06 AM) *

может это чем-то поможет?

http://forum.vbios.com/showflat.php/Cat/0/.../0/fpart/7/vc/1

Ох, потрібен нам FAQ... Нормальний, щоб добре було читати. А не посилати одне одного з форума на форум.
nikelong
Ох, потрібен нам FAQ... Нормальний, щоб добре було читати. А не посилати одне одного з форума на форум.

ну может хоть эти сведенья РэдПанда разместит у нас на сайте?
Paul B.Atton
(nikelong @ Dec 2 2005, 09:51 AM) *
ну может хоть эти сведенья РэдПанда разместит у нас на сайте?

А вже є сайт? blink.gif
nikelong
ну я имел ввиду fad.zone.com.ua
считаю его сайтом нашей команды в фад. Поскольку состав участников почти не изменится при переходе в ФАХ, то и его содержание будет с фахом связано
ЗЫ:а насколько болезнена процедура создания сайта fah.zone.com.ua ?
т.е. техническая, т.к. материалы для содержания уже есть (хотябы в этом форуме)?
Red Panda THINKs
Обсуждение сайта переносим сюда.
romko
Контрольні точки, вибір оптимального інтервалу

Контрольні точки - це моменти в обрахунку завдання, коли відбувається збереження проміжних результатів на диск. Якщо після цього відбувається збій живлення, чи зупиняється клієнт, то при його повторному запуску розрахунок буде продовжений саме з контрольної точки. Контрольні точки бувають природні і примусові. Природні контрольні точки встановлюються авторами проекту в самому завданні, і збереження стану приїх досягненні відбувається автоматично. Більшість завдань умовно містять 100 або 400 фреймів, деякі завдання мають іншу кількість фреймів. Кількість фреймів і визначає кількість автоматичних проміжних збережень результатів. Кількість фреймів однакова для всіх завдань в межах одного проекту; її можна дізнатись на сторінці проектів.

Деякі завдання є дуже великими, або комп'ютер є дуже повільним. Тому інтервали між фреймами є великими, і збій в роботі комп'ютера призводить до втрати значної кількості часу. Щоб зменшити потенційні втрати в таких ситуаціях, клієнт Folding@Home може здійснювати запис проміжних результатів в примусових контрольних точках, які трапляються кожних N хвилин, незалежно від прогресу поточного фрейма. Більшість сучасних розрахункових ядер Folding@Home (крім Tinker'а) підтримують запис в примусових контрольних точках.

Інтервал між контрольними точками встановлюється в конфігурації клієнта. Вибір оптимального значення інтервалу залежить від конфігурації комп'ютера і імовірності його зависання або раптового перезавантаження. На середніх за швидкодією (Sempron, Celeron, старіші Athlon i Pentium) краще встановити 5-10 хв., на повільних і швидких - ліпшим був би більшй час, 15-20 хв. Повільні і швидкі машини не даремно згруповані - і на тих, і на тих короткі контрольні інтервали є недоцільними, хоч і з різних причин. На повільних - тому що сам процес зберігання займає багато часу. На швидких - тому що природні контрольні точки (границі фреймів) і так трапляються досить часто, тому і потреба в примусових контрольних точках виникатиме тільки при обрахунку найбільш важких завдань.




Як клієнт відноситься до частих перезапусків?

Відповідь:

Дивлячись що мається на увазі під "частими" перезапусками. Раз на годину - це часто, 2 рази на добу - ні.
Я б не рекомендував часто перезапускати без потреби. Взагалі нічого страшного статись не повинно, але раз чи два за рік я втрачав наполовину розраховані завдання коли зупиняв клієнт відразу після запуску розрахункової фази. Та й не всі типи завдань можуть записуватись в довільних точках, тому при перезапуску може втрачатись робота за останні кілька хвилин, які минули з початку поточного фрейма (для Tinker-завдань) або останньої контрольної точки.

Саме значна втрата часу при частих перезапусках є причиною низької популярності клієнта-скрінсейвера серед серйозних фолдерів.
Oasis
Порядковий номер клієнта (параметр machineid). У випадку багатопроцесорної конфігурації, кожен запущений на ній клієнт Folding@Home повинен мати унікальний порядковий номер.

Поставил параметр = 4 , но что то после перезагрузки все равно висит 1 процес?
Я так понимаю остальные 3 просто недогрузлились, они после отправки досчитаной жабки загрузяться или еще что то можно сделать?
Red Panda THINKs
К сожалению, поддержка многопроцессорных конфигураций в F@H реализована гораздо хуже, нежели в FaD. (Или, вернее будет сказать, никак не реализована?) Для того, чтобы запустить 4 процесса параллельно, необходимо создать 4 отдельных инсталляции клиента и сконфигурировать их с разными Machine ID.
Lyolik
(Oasis @ Dec 3 2005, 02:31 PM) *

Порядковий номер клієнта (параметр machineid). У випадку багатопроцесорної конфігурації, кожен запущений на ній клієнт Folding@Home повинен мати унікальний порядковий номер.

Поставил параметр = 4 , но что то после перезагрузки все равно висит 1 процес?
Я так понимаю остальные 3 просто недогрузлились, они после отправки досчитаной жабки загрузяться или еще что то можно сделать?


Нужно установить каждого клиента в отдельную папку. Например: 1-ый - C:\F@H; 2-ой - C:\F@H_2 и т.д. Папки в папке (директории в директории) - не прокатывают! smile.gif
nikelong
К сожалению, поддержка многопроцессорных конфигураций в F@H реализована гораздо хуже, нежели в FaD. (Или, вернее будет сказать, никак не реализована?) Для того, чтобы запустить 4 процесса параллельно, необходимо создать 4 отдельных инсталляции клиента и сконфигурировать их с разными Machine ID.

надеюсь, хоть всё это хозяйство будет управлятся одним УДмонитором? :ph34r:
romko
За яким принципом нараховуються очки за виконані завдання?

Відповідь:

Кожен проект має визначену кількість очок, які нараховуються учасникам за успішне виконання його завдань. Кількість очок залежить від часу, який витрачається на обрахунки еталонною машиною. Еталонна машина має процесор Pentium 4 2.8ГГц з вимкненими SSE2, і виконує лише консольний Linux-клієнт Folding@Home. Після визначення часу виконання завдання, кількість очок, яка буде нараховуватись за нього, обчислюється за формулою:

points = 110 * (daysPerWU)
, де daysPerWU - кількість днів, що зайняли обрахунки.

Час, який йде на розрахунки на інших конфігураціях, може відрізнятись в тут чи іншу сторону, але для однієї і тієї ж конфігурації за тих самих умов виконання час розрахунку всіх завдань одного проекту є однаковим. Цим Folding@Home відрізняється від деяких інших проектів розподілених обчислень, де однотипні завдання можуть мати різний час розрахунку в залежності від досягнення певних умов. В зв'язку з цим, учасники проекту для порівнянні швидкодії своїх комп'ютерів використовують кількість очок за день (ppd) або за годину (pph), які заробляє їх комп'ютер в певному проекті. Як випливає з описання типів завдань і ядер, один і той же комп'ютер може давати суттєво відмінний виход очок за одиницю часу, в залежності від типу завдань.

Крім очок, які нараховуються за витрачений час, деякі проекти мають ще так звані "бонусні" очки. Вони призначаються тим проектам, завдання в яких є експериментальними або вимагають дуже багато ресурсів, порівняно з нормальними завданнями, і тому висувають жорсткіші вимоги до конфігурації. За задумом авторів проекту, бонусні очки є винагородою тим учасникам, які підключають до проекту досконаліші комп'ютери, витрачаються на придбання додаткової пам'яті. Станом на листопад 2005, додаткові очки даються за завдання, виконувані ядром QMD і великі Gromacs-завдання, які видаються учасникам, які встановили в конфігурації опцію "Отримувати великі завдання".

На сторінці проектів вказано, скільки очок дається за завдання певного проекту. Бонусні очки окремо не відзначені, показується лише загальна кількість.

За неповністю обраховані завдання нараховується лише частина очок, яка пропорційно відповідає виконаній частині завдання. Такі завдання потім можуть призначатись для повторних обрахунків іншим учасникам проекту.
romko
Чому мені знову видано завдання, яке я вже обрахував?

Відповідь:

Таке питання часто задається новачками, комп'ютер яких щойно обрахував завдання pNNN, і знову почав обрахунок завдання pNNN. Такі ситуації цілком можливі, але вони не означають, що повторно рахується те саме завдання. Насправді, це різні завдання одного проекту, оскільки pNNN означає лише номер проекту, який в свою чергу може містити тисячі або десятки тисяч блоків-завдань. Щоб переконатись в тому, що це справді інше завдання, треба подивитись до протоколу (в файлі "FAHlog.txt") і звернути увагу на числа на зразок (Run 33, Clone 82, Gen 3) після "Project: NNN" в одному з рядків, що відповідають фазі початку розрахунків. Номери після "Run", "Clone", "Gen" будуть різними в кожному випадку.

Існують різні погляди на те, що саме означають ці "Run", "Clone" і "Gen". Але як заявив професор Панде в дописі на форумі проекту, значення цих параметрів може відрізнятись в залежності від проекту і типу розрахунків. Але в найбільш узагальненому вигляді можна уявити, що в межах одного проекту виконується кілька симуляцій згортання білків, і ці симуляції ієрархічно пов'язані одна з одною. Для одного "Run" (прогон) всі атоми симуляції мають однакові початкові координати, і в окремих "Clone" відрізняються лише швидкостями. "Gen" (покоління) відповідає різним відрізкам часу симуляції і тому, щоб перейти до наступного значення "Gen" для певного "Run" проект має завершити обрахунки всіх його клонів. Типово, одне покоління завдань симуляції відповідає 100-400 пікосекундам.
Rilian
Вот что я на одном форуме запостил на вопрос "как принять участие..."
можете использовать этот пост

Во первых, сейчас команда Украины в основном занимается вычислениями сворачивания белков -проект Folding@Home ( [url=http://folding.stanford.edu]http://folding.stanford.edu[/url] ) - ключевой момент при исследовании рака и других болезней связанных с развитием клеток. Все очень подробно описано в статьях на сайте команды, поэтому много здесь писать не буду.

Итак, вот официальный сайт команды Украины - там находятся все статьи на русском языке. [url=http://distributed.org.ua]http://distributed.org.ua[/url] - не в ua-ix

также создан сайт в ua-ix - [url=http://spin.org.ua/fah]http://spin.org.ua/fah[/url] , на котором находятся несколько базовых статей и, главное, все файлы ядер (чтобы не качать несколько метров с забугра) а также последняя Консоль ФАХа (folding@home) и программа - монитор Консоли (УДмон) которая имеет удобный интерфейс и позволяет полностью управлять заданиями, а также слотами для нескольких заданий

Очень рекомендую прочитать статьи о проекте, чтобы понять как вы будете спасать человечество :)

Подробно об установке рассказывается на форуме команды. Я напишу базовые шаги:

1) создаем папку C:\FAH\
2) скачиваем и распаковываем в эту папку:

FAH504-Console.rar      109 КБ
FahCore_65.rar      426 КБ
FahCore_78.rar     682 КБ
FahCore_79.rar     696 КБ
FahCore_7a.rar     696 КБ
FahCore_82.rar     625 КБ
FahCore_96.rar     2561 КБ

3) удаляем файлы архивов, чтобы не мешали
4) скачиваем УДмонитор (4.45)

udmon-4.45.rar      461 КБ

5) разархивируем его в C:\FAH\udmon\
6) .. и устанавливаем его туда же

7) настраиваем УДмон так как написано в этой статье - очень подробно: [url=http://spin.org.ua/fah/core/udmon_setup_ru.htm]http://spin.org.ua/fah/core/udmon_setup_ru.htm[/url]

8) обычно, достаточно создать два слота в кэше. Тогда, если пока вас нет один рабочий юнит досчитается, УДмон автоматически переключится на второй.

9) для тех, у кого двухъядерный процессор: так как ядро специально разработано для одноядерных машин, вы можете (должны!) запускать две консоли вычислений одновременно. Лучший способ это сделать - создайте папку c:\fah\udmon2\ и установите туда УДмон. после этого настройте его как и первую копию, только поставьте в слотах номера процессора (Machine ID) отичные от номеров в слотах первого УДмона

10) ставим УДмоны в Автозагрузку: перетаскиваем ярлык на udmon-fah.bat (и, соответственно, второй, если у вас двухъядерный процессор, и переименовываем ярлыки как УДмон1 и УДмон2)

10) скачиваем программу которая будет мониторить выполнение заданий и выводить результат в очень удобном виде: FahSpy (1.18)

FAHSpy 118.rar      494 КБ

11) кидаем ее в c:\fah\ и запускаем, если хочется посмотреть выполнение по всем заданиям

12) последнее, очень классная программа которая выводит 3Д изображение (с анимацией иногда) тех белков которые вы в данный момент считаете:

FoldinGL.rar      185 КБ

13) FoldinGL нучно положить в папку (папки) с консолью и оттуда запускать

------------

вот кратко как выглядит установка. [b]Огромная просьба[/b], если появятся вопросы как устанавливать, про какие-то ошибки, задавайте их на форуме команды [url=http://distributed.org.ua/forum/index.php]http://distributed.org.ua/forum/index.php[/url]

------------

Также, консоль можно установить как сервис (Виндовс) и ее вообще не будет видно (толко трафик будет немножко есть)

------------

Увидимся на странице статистики команды :) [url=http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=2164]http://folding.extremeoverclocking.com/tea...y.php?s=&t=2164[/url]
nikelong
УДК 616.831:616:98

С.В. Авилов, С.В. Веревка, к.б.н.

ПРИКЛАДНЫЕ АСПЕКТЫ ПРИОНОВОЙ ПРОБЛЕМЫ. II. ТОКСИЧЕСКИЙ ЗАПУСК СПОНГИФОРМНЫХ ЭНЦЕФАЛОПАТИЙ
Институт биохимии им. А.В. Палладина НАН Украины, г. Киев

В бесконечном ряду научных, медицинских и социальных проблем, связанных с уникальным характером спонгиформных энцефалопатий, вопросы этиологии занимают особое место. Несмотря на интенсивные исследования, доказанного и общепринятого объяснения патогенного действия и самовоспроизводства лишенного нуклеиновых кислот переносчика заболевания не существует. Единственное отличие между нормальной (PrPC) и патогенной (PrPSc) формами прионового белка состоит в способе укладки полипептидной цепи, обусловившей ряд отличий их физико-химических свойств, в частности — устойчивости к действию протеолитических ферментов [1]. Совместная инкубация обеих форм приводит к заметному возрастанию протеиназоустойчивости нормального конформера, что легло в основу наиболее распространенного объяснения молекулярных механизмов прионового патогенеза как следствия способности патогенной формы прионового белка перестраивать по своему подобию нормальную клеточную форму [2, 3]. В то же время многочисленные попытки добиться увеличения инфекционного материала (прионового титра) в условиях in vitro оказались безуспешными [4, 5]. Индуцированное же b-структурированной матрицей агрегирование описано для самых разнообразных белков [6] и к формированию патогенной конформации прионового белка может не иметь никакого отношения.

Недоказанность ключевого положения чисто белковой гипотезы, равно как и необъясненность целого ряда свойств спонгиформных энцефалопатий, закономерно привели к возникновению альтернативных объяснений — вплоть до отрицания безнуклеиновой природы инфицирующего агента [7]. И это при том, что доказательство патогенной роли прионового белка может служить примером корректной и высокопрофессиональной проверки идущего вразрез с общепринятыми положениями факта [8].

С другой стороны, отказ от предположения о трансформации клеточной изоформы прионового белка в патогенную вовсе не означает отрицание чисто белковой гипотезы прионового патогенеза. Анализ многочисленных экспериментальных данных позволил обосновать предположение о клеточном характере прионового патогенеза, обусловленного превращением нервных клеток в относительно долгоживущие бридеры — размножители патогенных прионов вследствие прион-опосредованного повреждения шапероновой системы клетки и мембранного фолдинга новосинтезируемого белка в патогенную конформацию [9, 10]. Подобное предположение объясняет многие особенности спонгиформных энцефалопатий, превращая их из биохимической ереси во взаимообусловленную и закономерную последовательность нарушений хорошо известных клеточных процессов. Одно из следствий подобного механизма состоит в возможности безинфекционного запуска прионового патогенеза.

Как известно, протеолитические ферменты играют важную роль в регуляции не поддающегося даже приблизительному подсчету физиологических и патологических процессов. Чрезмерная и физиологически необоснованная активность протеиназ напрямую связана с тяжелейшими заболеваниями — воспалительные процессы, панкреатиты, нарушения в системе гемостаза, онкозаболевания и многие другие [11]. Это закономерно обусловило развитие целого направления терапевтических методов, основанных на ограничении чрезмерного протеолиза введением ингибиторов протеиназ — главным образом основного панкреатического ингибитора трипсина [12]. Однако в ряде случаев использование ингибиторов дает ограниченный эффект либо таковой вообще отсутствует. В силу структурного подобия участков активационных расщеплений белковых проформ и реактивных центров белковых ингибиторов эффективное подавление чрезмерного активационного действия протеиназ требует большого, недостижимого в условиях in vivo, избытка белкового ингибитора [13]. Неизбежно возникают проблемы, связанные с иммунной реакцией организма на чужеродный белок. С другой стороны, заманчивая идея использования низкомолекулярных синтетических ингибиторов протеиназ имеет принципиальное ограничение, связанное с цитотоксичностью легко проникающих сквозь клеточные мембраны и эффективно блокирующих внутриклеточные процессы этих соединений. В частности, из громадного и постоянно пополняемого списка синтетических ингибиторов трипсин-подобных протеиназ до уровня клинического внедрения доведен лишь Аргатробан [14] — смесь производных аргинина, отобранных не по максимальному ингибирующему действию, а по минимально приемлемым побочным эффектам, обусловленным главным образом цитотоксичностью [15].

Недавно появились новые данные, свидетельствующие о еще одной форме токсичности, вернее о существовании молекулярного механизма бесприонового запуска спонгиформных заболеваний. При исследовании антиметастатического действия группы низкомолекулярных ингибиторов тиоловых протеиназ достигнуто высокоизбирательное ингибирование протеасом нервных клеток, что как in vitro (на культуре нейробластомы), так и in vivo — привело к возникновению прион-опосредованного патогенеза [16, 17]. Подобный побочный эффект потенциального медикаментозного средства хорошо коррелирует с ранее высказанным предположением о повреждении шапероновой системы клетки и мембранном фолдинге новосинтезируемого клеточного белка как ключевых моментах спонгиформных энцефалопатий [10].

Основная функция протеасомного комплекса состоит в расщеплении денатурированных белков, своего рода уборке "клеточного мусора". Накопление последнего в сколько-нибудь значительных количествах неизбежно приводит к перегрузке клеточной системы фолдинга белков [18]. Как известно, формирование новосинтезируемого белка в функционально обусловленную конформацию представляет собой сложный внутри- и межмолекулярный процесс, опосредованный взаимодействием формирующейся белковой молекулы с шапероновыми белками клетки. Последние практически нейтральны по отношению к белкам, находящимся в нативной конформации, однако энергично взаимодействуют с денатурированными формами [19, 20]. Обусловленное ингибированием протеасом накопление денатурированных белков равносильно конкурентному ингибированию фолдинговой системы клетки, вследствие чего новосинтезируемый клеточный белок не может получить правильного структурирования. Иными словами, обнаруженный эффект представляет собой еще один способ нарушения фолдинга прионового белка с неизбежным запуском патогенеза. Показательно, что в случае исследований на культуре нейробластомы развитие патологического процесса не прерывалось восстановлением (до 70% от исходной) активности протеасом [16, 17]. Иными словами, единожды инициированный процесс протекает по своим, не зависящим от первопричины, законам.

Неизбежно возникает вопрос — является ли описанный механизм бесприонового запуска спонгиформных энцефалопатий единственным и насколько велика вероятность реализации подобных механизмов в составляющем нашу среду обитания техногенном окружении.

В предыдущей статье рассматривались прикладные аспекты прионовой проблемы — инфекционные свойства патогенного агента, его токсического действия и методы диагностики [21]. Обнаружение возможности бесприоновой инициации спонгиформных энцефалопатий создает новые проблемы и побуждает к более подробному изучению молекулярных механизмов прион-опосредованного патогенеза. Имеющиеся данные позволяют говорить о, по крайней мере, трех не исключающих друг друга видах повреждения клетки патогенной формой прионового белка. Для шапероновой системы клетки PrPSc представляет собой еще один вид денатурированного белка, чем, по-видимому, и объясняется формирование смешанных PrPSc-HSP70 агрегатов [22], равно как и токсичность отдельных фрагментов прионового белка [23]. Способность патогенной формы прионового белка к трансмембранному переносу внеклеточных протеиназ внутрь клетки может не только обусловливать повреждение белков клетки, в первую очередь компонентов системы фолдинга белков, но и вызывать физиологически неуместную активацию проформ внутриклеточных белков — проферментов, профакторов и т.п. Этим, по-видимому, и вызваны как прогрессирующая деградация и гибель нервных клеток, так и сопряженный с прионовым патогенезом астроцитоз [24].

С другой стороны, жизнедеятельность клетки сопряжена с постоянным обновлением ее клеточного состава, причем по времени жизни (и интенсивности биосинтеза) различные белки резко отличаются между собой. Прионовый белок относится к быстродеградируемым и интенсивно нарабатываемым [25], что неизбежно создает проблемы, связанные с его последующим структурированием. Подобно любой биологической системе, емкость фолдинговой системы клетки не беспредельна и по ее превышении новосинтезируемый белок не успевает получить законченного структурирования. Последующее взаимодействие недособранного белка с клеточной мембраной ведет к так называемому мембранному фолдингу и формированию патогенной формы прионового белка со всеми вытекающими отсюда последствиями. Именно это, по-видимому, и происходит в случае спонтанного заболевания трансгенных мышей, оверэкспрессирующий прионовый белок хомяка [26].

Рассмотренные варианты далеко не исчерпывают возможные пути нарушения фолдинга белков с последующим запуском спонгиформного заболевания. Как известно, большинство случаев болезни Крейцфельда-Якоба относится к спорадической форме, что в условиях многолетнего латентного периода заболевания может быть объяснено невозможностью отслеживания передачи инфекции [21]. Основной причиной недавнего всплеска интереса к проблеме спонгиформных энцефалопатий послужила беспрецедентная эпизоотия "коровьего бешенства" в Великобритании, вернее, связанная с ней возможность массового инфицирования населения алиментарным путем, однако никакой корреляции между динамикой развития эпизоотии и числом случаев так называемой новой версии болезни Крейтцфельда-Якоба не обнаружено [27]. Токсический запуск прионового патогенеза вызывает закономерный интерес к альтернативным первопричинам заболевания. Ранее рассматривался фактор риска, связанный с возможным инициированием прионового патогенеза прошедшими мембранный фолдинг белков — своего рода клеточным браком, сплошь и рядом сопровождающим активные продукты трансгенных технологий [28]. Столь же интересны возможные последствия нарушения внутриклеточных процессов фермент-связывающими белками с искусственно созданной способностью к прохождению сквозь клеточные мембраны (нечто подобное в настоящее время проходит клинические испытания [29]). Очевидно также и то, что традиционные методы исследования потенциальных терапевтических средств требуют существенного дополнения — дополнительной проверки в отношении возможности инициирования прионового патогенеза. С другой стороны, в высшей степени перспективным в отношении предотвращения как "обычной", так и прион-опосредованной токсичности является подход, который состоит во всемерном подавлении мембранотропности низкомолекулярных соединений, в частности, посредством ковалентной конъюгации с гидрофильными, высокомолекулярными и малоиммуногенными полимерами [30].

Приведенные соображения позволяют заключить, что любые факторы, нарушающие нормальную работу фолдинговой системы клетки, потенциально опасны в отношении возможности запуска прион-опосредованного патогенеза. В то же время рассмотрение последнего как взаимообусловленной последовательности нарушений известных клеточных процессов позволяет осознать связанный с нарушением клеточного фолдинга белков риск и своевременно предусмотреть возможные способы его предотвращения.

http://www.medved.kiev.ua/arhiv_mg/st_2003/03_4_6.htm
Rilian
Nicelong... ничего не понял.. Но я рад что ученые над этим работают!!
ReMMeR
Что такое фолдинг

В клетках за производство протеинов отвечают рибосомы, где белки собираются из отдельных аминокислот в соответствии с последовательностью, считываемой из ДНК.

Результатом работы такого биологического конвейера являются длинные молекулы — «заготовки» для протеинов. И хотя геном сегодня расшифрован, то есть, известна структура некоторого количества белков, в том числе — человека, даже в этом случае невозможно судить о его функциях. Последние проявляются только после того, как длинная цепочка аминокислот свернется и примет необходимую форму.

Примечательно, что из миллионов потенциально возможных пространственных комбинаций протеин принимает одну-единственную заранее известную форму. Этот процесс и называется фолдингом. Таким образом, в организме образуются готовые к работе гемоглобин, инсулин и другие необходимые для жизнедеятельности белки.

Процесс сворачивания может проходить в несколько стадий длительностью от нескольких секунд до нескольких минут. В последней — решающей — фазе протеин из «предварительного состояния» мгновенно принимает окончательную форму. Именно эта фаза продолжительностью несколько десятков микросекунд представляет собой сложнейшую проблему для моделирования.

Ситуация с принятием окончательной формы усугубляется тем, что процесс в значительной степени зависит от условий внешней среды, в том числе температуры. Одна молекула мгновенно, «естественным образом», сворачивается в природных условиях. Но моделирование этого, казалось бы, простого процесса может занимать годы непрерывной работы многих компьютеров.

В наше время ученые развернули активную деятельность в попытках понять, каким образом протеины выполняют фолдинг так быстро и так надежно.

Понимание этого процесса позволит не только с легкостью создавать усовершенствованные версии белков, существующих в природе, но и моделировать абсолютно новые структуры с новыми свойствами — синтетические «самосборные» протеины с запрограммированной функциональностью. Некоторые даже говорят о будущих «нанороботах», появление которых приведет к настоящей технологической революции, в том числе в медицине.
Viva(sv-ix.kiev.ua)
Кілрой хоч якусь користь приніс для нас, хоча більше шкоди. smile.gif
Monomax_Ukraine
/Якби ще не ці паганські
p2124_lambda_5way_melt_4_10011
..........
дуже довго вони підраховуються./
А чому б не блокувати фаєрволом 160-ий сервер? wink.gif
Rilian
You could say that when your PC is folding a WU unrelated to cancer, it frees up someone else's PC to fold a cancer-related one

нашел такую фразу на официальном форуме... понравилось...
nikelong
Переведи на русский, чтоб и мне понравилась...
Oleg82
Можна сказать что когда ваш компьютер считает WU не связаную с раком, то ето освобождает чейто компьютер считать связаную с раком.

мне не нравится.. unsure.gif
Rilian
это относится к тому, что если вам попалась "плохая" вю (например если очень хочется считать только ВЮ связанные с определенными заболеваниями) то все равно "нужная" ВЮ будет посчитана. Эта фраза прежде всего - обращение к "убийцам ВЮ" smile.gif
Oleg82
aaaa.... я подумал что говорится про несвязаную вю из другого проэкта fool.gif
Rilian
Прочитал на странице своего юзера...

Overall rank (if points are combined) 36096 of 600605

Получается, в Проекте уже поучаствовало и продолжает участвовать 600000 Разных Людей !
nikelong
с "поучаствовало" соглашусь. И то частично.
С "продолжает участвовать" вообще не соглашусь (!)
Думаю, реально активных учаснегов под 200К...
vladimirsaki
Мне сегодня один человек очень емко ответил на ссылку на наш сайт, дословно
-Конечно по мере сил поучаствую, все под Богом ходим....
Мне кажеться, добавить нечего...
ivan1510
Х-м, наскільки мені здається участь у зовнішніх проектах не була основною метою f@h blink.gif
Чи у стенфорда з'явились надмірні вільні потужності? angry2.gif

F@H приймає участь в SAMPL
LinuxDrom
(ivan1510 @ Sep 21 2007, 05:02 PM) *

Х-м, наскільки мені здається участь у зовнішніх проектах не була основною метою f@h blink.gif
Чи у стенфорда з'явились надмірні вільні потужності? angry2.gif

F@H приймає участь в SAMPL

Щось, мені це зовсім не подобається. Це що, я для якоїсь OpenEye рахую? angry2.gif mad2.gif
nikelong
(ivan1510 @ Sep 21 2007, 05:02 PM) *

Х-м, наскільки мені здається участь у зовнішніх проектах не була основною метою f@h blink.gif
Чи у стенфорда з'явились надмірні вільні потужності? angry2.gif

F@H приймає участь в SAMPL


Шо там пишут? В двух словах... helpsmilie.gif
ivan1510
Якщо в двох словах - OpenEYE проводить конкурс (challenge) по дослідженню молекул, які можуть бути використані як лікарства. Дослідження є сліпим (blind) - F@H проводить свої розрахунки (на основі власних технологій) щодо поставлених завдань, а в кінці звіряє результати з експериментальними від OpenEYE.
В принципі, тематика аналогічна, але все ж не залишає думка про надлишковість потужностей у Pande group unsure.gif
Олександр
Привіт, а коли зазвичай ти маєш зявитися у списку юзерів на сервері? після початку розрахунків
Rilian
(Олександр @ Nov 15 2007, 02:26 PM) *

Привіт, а коли зазвичай ти маєш зявитися у списку юзерів на сервері? після початку розрахунків

Одразу (найбільше 3 години - час оновлення статистики) після відправки одного ВЮ dance.gif
.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.